网上生物信息学数据库资源 被引量：33

1

作者 万跃华 何立民 《情报学报》 CSSCI 北大核心 2002年第4期497-512,共16页

大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据... 大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据库 ,生物大分子 (主要是蛋白质 )三维空间结构数据库 ,以及以这 3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库 (包括基因组二次数据库、蛋白质序列二次数据库、蛋白质结构二次数据库 )和生物信息学数据库的集成系统等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学数据库的最近动态和有关信息 ,同时对主要的热门生物信息学数据库站点和资源进行了评价。此外 ,就国内生物信息学数据库存在的问题与前景进行了讨论 ,指出生物信息学将是一次国际性的科学大协作 ,也是我国生命科学振兴的一个新契机。 展开更多

关键词 生物信息学 网络信息资源 基因组数据库 结构数据库 核酸数据库 蛋白质数据库 序列数据库 生命科学

下载PDF 职称材料

昆虫基因组及数据库研究进展 被引量：11

2

作者 尹传林 李美珍 +4 位作者 贺康 丁思敏 郭殿豪 席羽 李飞 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期1-18,共18页

基因组序列为昆虫分子生物学研究提供丰富的数据资源,推动系统生物学在古老的昆虫学中蓬勃发展。昆虫基因组学研究已经成为当前的研究热点,目前在NCBI登录注册的昆虫基因组测序计划有494项,其中已提交原始测序数据的昆虫有225种,完成基... 基因组序列为昆虫分子生物学研究提供丰富的数据资源,推动系统生物学在古老的昆虫学中蓬勃发展。昆虫基因组学研究已经成为当前的研究热点,目前在NCBI登录注册的昆虫基因组测序计划有494项,其中已提交原始测序数据的昆虫有225种,完成基因组拼接的有215种,具有基因注释的有65种,公开发表的昆虫基因组有43篇。本文综述了测序技术发展的历史及其对昆虫基因组研究的推动作用、昆虫基因组的组装和注释及其存在的问题、昆虫基因组测序进展、昆虫基因组数据库的发展及基因数据挖掘利用的基本思路和对策,以及昆虫基因大数据在害虫防治和资源昆虫利用中的应用前景。 展开更多

关键词 昆虫基因组 组装与注释 数据挖掘与分析 基因组数据库 害虫防治 资源昆虫利用

下载PDF 职称材料

PHP技术支持的基因数据库Web平台构建(英文) 被引量：5

3

作者 刘国祥 董颖 刘明银 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1215-1218,共4页

PHP技术是高效的WEB设计技术之一,以快速、方便的设计、友好的界面和灵活的嵌入特性见长。本研究通过把各种不同存储形式的基因数据库转换为Oracle格式,然后在基因数据库之间建立数据连接,借助PHP技术搭建了基因数据库的Web服务平台,从... PHP技术是高效的WEB设计技术之一,以快速、方便的设计、友好的界面和灵活的嵌入特性见长。本研究通过把各种不同存储形式的基因数据库转换为Oracle格式,然后在基因数据库之间建立数据连接,借助PHP技术搭建了基因数据库的Web服务平台,从而实现了基因数据库的Web服务。解决了繁杂基因数据库共享使用难的问题,实现了通过高效、简单、快速的PHP操作平台检索基因数据库的功能,为发挥这些基因数据库的潜在价值创造了很好的检索环境。 展开更多

关键词 WEB服务 PHP技术 基因数据库

原文传递

新型微生物脂肪酶资源开发 被引量：4

4

作者 舒正玉 薛龙吟 +2 位作者 林瑞凤 蔡少丽 黄建忠 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期747-752,共6页

微生物脂肪酶是一类重要的工业生物催化剂,广泛应用于工农业生产的诸多领域。筛选、挖掘和开发出具有新型催化活性或高稳定性的微生物脂肪酶一直是脂肪酶研究的重点。本文从极端微生物、宏基因组技术、基因组数据库挖掘、定向进化技术... 微生物脂肪酶是一类重要的工业生物催化剂,广泛应用于工农业生产的诸多领域。筛选、挖掘和开发出具有新型催化活性或高稳定性的微生物脂肪酶一直是脂肪酶研究的重点。本文从极端微生物、宏基因组技术、基因组数据库挖掘、定向进化技术、固定化技术和化学修饰技术等方面介绍了当前新型脂肪酶开发的途径和方法。 展开更多

关键词 脂肪酶 极端微生物 宏基因组 基因组数据库 蛋白质工程 固定化 化学修饰

原文传递

转基因大豆生信分析平台的构建及口岸初步应用

5

作者 杜鹃 刘誉 +4 位作者 刘振宇 马鑫淼 李浩辰 马毅 董志珍 《中国口岸科学技术》 2023年第7期72-78,共7页

本研究立足海关业务特点和实际需求,运用计算存储服务器整合和数据挖掘应用等技术,研究转基因大豆数据库及数据分析方法,建立基于可视化操作的转基因大豆生物信息分析平台。基于长期收集和积累的转基因植物基因组数据库,构建大豆泛基因... 本研究立足海关业务特点和实际需求,运用计算存储服务器整合和数据挖掘应用等技术,研究转基因大豆数据库及数据分析方法,建立基于可视化操作的转基因大豆生物信息分析平台。基于长期收集和积累的转基因植物基因组数据库,构建大豆泛基因组参考基因,结合大豆各品系标准样本,通过对大豆样品进行测序和序列分析,将其中的可疑序列进行筛选、组装后,再根据统计阈值参数判断待鉴定样本是否为转基因品种/品系,实现通过基因测序数据对转基因大豆进行高效鉴别。依托分布式云计算技术建立转基因大豆分析平台,形成基因测序数据分析方法,提高转基因大豆鉴别速度和精度。构建了具有可视化、操作简单、功能强大、数据安全性和信息保密性强等优点的转基因大豆生信分析平台,该分析平台简化了转基因大豆数据分析操作,可视化编排的流程为检测技术人员进行数据分析操作提供了便利,一键操作即可实现转基因大豆数据分析,快速、精准鉴别转基因大豆非法序列。 展开更多

关键词 转基因大豆 分析平台 生信分析 基因组数据库

原文传递

基于高通量RNA测序数据分析的弹性云平台 被引量：1

6

作者 吴一雷 闫鹏程 +2 位作者 刘充 陈禹保 赵文明 《生物技术进展》 2012年第1期52-56,共5页

高通量RNA测序(RNA-seq)技术为研究人员提供了海量数据,如何对这些数据进行快速有效的分析,并为后续转录组、基因表达等研究提供支持,是生物信息学领域的热点方向。本文讨论了当前RNA-seq数据分析的发展水平和常用软件、算法,并设计了... 高通量RNA测序(RNA-seq)技术为研究人员提供了海量数据,如何对这些数据进行快速有效的分析,并为后续转录组、基因表达等研究提供支持,是生物信息学领域的热点方向。本文讨论了当前RNA-seq数据分析的发展水平和常用软件、算法,并设计了一系列数据处理模块和分析流程。同时,为了给用户提供更好的使用环境,我们设计了基于弹性资源管理系统的生物云平台BioCloud。该平台集成了丰富的软件,采用高灵活度、高扩展性的体系架构,在给用户提供低成本、高性能计算服务的同时,还提供个性化的流程定制服务。 展开更多

关键词 高通量测序 转录组分析 弹性云平台 基因组数据库 分布式系统

下载PDF 职称材料

血管内皮生长因子和程序性死亡分子配体1在肺鳞癌组织中的表达及对预后的影响 被引量：7

7

作者 李鹏 常玉喜 +7 位作者 闫相涛 张国伟 张米娜 张晓娟 杨金坡 王慧娟 马杰 马智勇 《临床肿瘤学杂志》 CAS 北大核心 2019年第3期212-217,共6页

目的探讨程序性死亡分子配体1(PD-L1)和血管内皮生长因子(VEGF)在肺鳞癌组织中的表达以及对总生存时间(OS)的影响。方法收集2004年7月至2009年6月75例肺鳞癌患者术后病理组织并构建组织芯片,采用SP法对VEGF和PD-L1进行免疫组化染色,采用... 目的探讨程序性死亡分子配体1(PD-L1)和血管内皮生长因子(VEGF)在肺鳞癌组织中的表达以及对总生存时间(OS)的影响。方法收集2004年7月至2009年6月75例肺鳞癌患者术后病理组织并构建组织芯片,采用SP法对VEGF和PD-L1进行免疫组化染色,采用Cox风险回归模型进行预后分析。同时提取癌症基因组数据库(TCGA)中肺鳞癌的相关数据,分析VEGF和PD-L1 mRNA表达水平与OS的关系。结果 75例肺鳞癌患者的中位OS为57.0个月。单因素分析显示,年龄、临床分期和VEGF评分与OS有关(P<0.05)。Cox多因素分析显示,VEGF评分和临床分期为影响OS的独立因素(P<0.05)。44例VEGF高评分者的中位OS为59.0个月,26例低评分者的中位OS未达到(P=0.008)。30例PD-L1高评分者的中位OS为74.0个月,45例低评分者为76.0个月(P=0.378)。在PD-L1高评分的患者中,22例VEGF高评分者的中位OS为43.0个月,8例VEGF低评分者的中位OS未达到(P=0.026)。共提取TCGA数据库中肺鳞癌患者449例,224例VEGF低表达者的中位OS为63.7个月,225例高表达者为39.6个月(P=0.222);225例PD-L1低表达者的中位OS为44.9个月,224例高表达者为61.4个月(P=0.451)。在224例PD-L1高表达的患者中,126例VEGF低表达者的中位OS为69.5个月,显著优于98例VEGF高表达者的38.5个月(P=0.033)。结论 VEGF表达与肺鳞癌患者的OS有关,同时高表达PD-L1和VEGF的患者预后不良。 展开更多

关键词 肺鳞癌 程序性死亡分子配体1(PD L1) 血管内皮生长因子(VEGF) 癌症基因组数据库(TCGA) 总生存时间(OS)

下载PDF 职称材料

宏基因组学分析深度处理阶段污水中细菌的赋存特征及其功能

8

作者 胡健双 王燕 +3 位作者 周政 汪雅琴 王秉政 李激 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期2259-2267,共9页

为探究深度处理阶段污水中细菌的赋存特征及其功能,采集了污水深度处理阶段沿程各单元的进出水样品,并基于宏基因组学对污水中细菌的群落结构及功能进行了解析.结果表明,不同深度处理单元出水中细菌的多样性存在差异,臭氧接触池出水中... 为探究深度处理阶段污水中细菌的赋存特征及其功能,采集了污水深度处理阶段沿程各单元的进出水样品,并基于宏基因组学对污水中细菌的群落结构及功能进行了解析.结果表明,不同深度处理单元出水中细菌的多样性存在差异,臭氧接触池出水中细菌的多样性最低;相比夏季,冬季深度处理阶段污水中细菌的丰富度和多样性较低.不同季节深度处理阶段污水中的细菌群落结构变化较大,反硝化滤池出水中的细菌群落结构与其它样品存在较大差异;变形菌门(41.5%~71.0%)是深度处理阶段污水中的主要优势菌门,其次是拟杆菌门(3.8%~16.2%);反硝化滤池出水中主要菌属有脱氯单胞菌(4.1%~7.4%)、弓形杆菌(3.0%~8.3%)和不动杆菌(2.3%~3.0%).在深度处理阶段各工艺出水中共发现了29种与氮代谢有关的功能基因,并且在各工艺出水中均检测到了与反硝化有关的功能基因,如nosZ、napA、nirK和norB等,表明深度处理阶段污水中的细菌具有持续脱氮的潜力.糖苷转移酶和糖苷水解酶是深度处理阶段主要的碳水化合物活性酶,深度处理阶段污水中的细菌表现出了对多种有机物的降解潜力. 展开更多

关键词 污水深度处理 宏基因组学 细菌群落 脱氮功能 KEGG基因数据库 CAZy数据库

原文传递

超高强钢的基因组数据库管理平台建设及应用 被引量：1

9

作者 雍兮 刘振宝 +1 位作者 王长军 宁静 《钢铁》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期168-172,187,共6页

“材料基因组计划”主要是为了改变材料研究的“试错”模式,通过对以往试验数据的收集与整理,结合模拟计算技术、大数据与区块链等信息技术,建立材料的基础数据库、大数据管理平台、高通量模拟计算、试验与分析平台,并利用机器学习等先... “材料基因组计划”主要是为了改变材料研究的“试错”模式,通过对以往试验数据的收集与整理,结合模拟计算技术、大数据与区块链等信息技术,建立材料的基础数据库、大数据管理平台、高通量模拟计算、试验与分析平台,并利用机器学习等先进人工智能技术,为能够快速开发高性能新材料提供有效的数据支撑。主要针对超高强钢研发中的数据处理需求,依托超高强钢的基础数据收集、超高强钢高通量模拟计算等,探索建立了超高强钢的基因组数据库及其管理平台,提出了数据库系统的结构框架以及基因组数据管理平台的总体架构,并展示了在该数据平台基础上进一步开发的试验数据汇总生成试验报告、计算数据解析及可视化展示等应用功能。该平台可以支持数值、文本、富文本、表格、函数、图片等丰富的数据类型,支持TB级海量数据的存储管理以及百万级数据记录的索引与检索,实现所有数据从在线采集、规范化处理、存储和管理到检索和分析的全流程高效智能化管理,从而为超高强钢基因组材料研发工作的顺利进行提供了必要的数据保障,有效提升了研究团队的数据资源化能力和数据分析能力,通过一个能够快速索引、检索并给出分析报告的数据管理分析平台,为研究部门开发新型超高强度钢提供优质服务。 展开更多

关键词 材料数据管理平台 材料基因组数据库 高通量计算 材料大数据 超高强度钢

原文传递

MAGEA4在非小细胞肺癌中的表达以及与患者预后的关系 被引量：5

10

作者 高建全 张宇祥 +1 位作者 呼玲玲 薛亚妮 《临床肺科杂志》 2020年第6期895-901,共7页

目的探讨MAGEA4基因在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的表达、相关生物学功能及其与患者生存期的关系。方法检索肿瘤基因表达谱数据库(TCGA)中MAGEA4基因在NSCLC患者癌组织和癌旁组织中的表达情况;应用STRING数据构建MAGEA4基因编码蛋白-蛋... 目的探讨MAGEA4基因在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的表达、相关生物学功能及其与患者生存期的关系。方法检索肿瘤基因表达谱数据库(TCGA)中MAGEA4基因在NSCLC患者癌组织和癌旁组织中的表达情况;应用STRING数据构建MAGEA4基因编码蛋白-蛋白相互作用网络,并对网络中的蛋白进行基因本体论(GO)和KEGG信号通路富集;应用linkedomics在线分析软件,分析TCGA数据中与MAGEA4正负相关表达基因。同时回顾性分析我院手术治疗的68例NSCLC患者组织标本,采用免疫组织化学法(IHC)检测患者癌和癌旁组织中MAGEA4蛋白表达水平并分析其与患者临床病理特征的关系,对前述生物信息分析结果进行验证。结果 MAGEA4基因mRNA在NSCLC患者癌组织中的表达水平明显高于癌旁组织(P<0.05);与MAGEA4蛋白相互作用网络中,区域聚类指数为0.90,蛋白相互作用网络富集明显(P<0.05);与MAGEA4正相关表达最为显著的基因为MAGEA410(r=0.80,P<0.05),而负相关表达最为显著的基因为DE4D (r=-0.37,P<0.05);功能富集分析显示,MAGEA4生物学过程、细胞成分及分子功能分别主要富集于磷脂酰肌醇3激酶结合、细胞粘附的蛋白质复合物和核苷酸受体活性;KEGG信号通路富集显示,MAGEA4及相关共表达基因主要富集于Notch信号通路、维生素代谢信号通路和DNA复制相关信号通路等。生存分析显示,MAGEA4基因mRNA高表NSCLC患者总生存低于低表达患者(HR=1.3,95%CI:1.04~3.21,P<0.05);而高低表达组无疾病进展生存无统计学差异(HR=0.82,95%CI:0.36~1.94,P>0.05);IHC分析显示,MAGEA4蛋白表达水平与NSCLC患者肿瘤分化程度(P<0.05)和淋巴结转移(P<0.05)存在相关性,MAGEA4蛋白高表达者肿瘤分化程度较低,淋巴结转移率较高。结论 MAGEA4在NSCLC癌组织中表达明显增强,MAGEA4高表达与患者的预后不良有关。抑制MAGEA4基因表达有望成为NSCLC治疗的新靶点。 展开更多

关键词 小细胞肺癌 肿瘤基因组数据库 MAGEA4基因 生物学功能 预后

下载PDF 职称材料

四膜虫功能基因组数据库增量更新2016:生活史和减数分裂转录组及磷酸化蛋白组资源建设 被引量：2

11

作者 杨文涛 张晶 +5 位作者 闫冠雄 田苗 袁冬霞 缪炜 曾宏辉 熊杰 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1443-1450,共8页

原生动物嗜热四膜虫是一种优良单细胞真核模式生物,以其作为研究对象在基础生物学领域的研究已经取得了一系列突破性的成果。2006年,其大核基因组测序完成并发表,标志着四膜虫的研究进入了功能基因组时代。2013年基于基因芯片、基因网... 原生动物嗜热四膜虫是一种优良单细胞真核模式生物,以其作为研究对象在基础生物学领域的研究已经取得了一系列突破性的成果。2006年,其大核基因组测序完成并发表,标志着四膜虫的研究进入了功能基因组时代。2013年基于基因芯片、基因网络和转录组数据,我们构建了四膜虫功能基因组数据库,其目前已成为模式生物嗜热四膜虫研究的两个重要数据库之一。在过去几年里,随着对四膜虫功能基因组学研究的深入,相关组学数据也实现了一定积累,对这些数据的整合也非常迫切。基于此,我们对四膜虫功能基因组数据库进行了增量更新。更新内容主要包括三个方面:(1)四膜虫生活史不同时期转录组数据;(2)四膜虫接合生殖减数分裂过程转录组数据;(3)磷酸化蛋白组数据。此次增量更新进一步提升和完善了四膜虫功能基因组数据库的内容和功能,对以四膜虫为对象的相关研究工作具有重要作用。 展开更多

关键词 四膜虫 四膜虫功能基因组数据库 增量更新 生活史转录组 减数分裂转录组 磷酸化蛋白组

原文传递

基于基因组数据库的杂草稻叶绿体分子标记开发 被引量：7

12

作者 朱国忠 戴伟民 +2 位作者 陈晓锋 张晶旭 强胜 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期240-247,共8页

[目的]杂草稻的起源与演化是一个未澄清的热点问题,分子标记技术是最重要的研究手段之一。由于已经应用的分子标记数量有限,与栽培水稻缺乏特异性,因此探索新的分子标记仍然十分必要。[方法]使用网络基因组数据库中13份栽培水稻和野生... [目的]杂草稻的起源与演化是一个未澄清的热点问题,分子标记技术是最重要的研究手段之一。由于已经应用的分子标记数量有限,与栽培水稻缺乏特异性,因此探索新的分子标记仍然十分必要。[方法]使用网络基因组数据库中13份栽培水稻和野生稻叶绿体全基因组序列进行比对和分析,针对其中的高频变异区域设计标记引物,进而对60份杂草稻样品的标记区域测序并进行多态性验证。[结果]13份样品叶绿体全基因组中存在1020个单核苷酸多态性(SNP)位点,111个插入/缺失(InDel)位点,表现出丰富的遗传变异;选定其中3个高频变异区域,分别针对trnG-trnfM基因间区、psbM-trnC基因间区和trnT-trnL基因间区设计了3对引物,对60份杂草稻材料进行了检测,发现3个片段总长1966bp,共存在7个SNP位点,6个InDel位点,总变异序列长度为34bp,占序列总长的1.73%。系统发育树结果显示,60份杂草稻被划分为4个类群。另外,将网络数据库中的13份栽培水稻和野生稻数据进行分析,发现不同栽培稻和野生稻的籼粳类型分别被聚到杂草稻的相应类群中。[结论]所开发的3对叶绿体分子标记可以对上述杂草稻进行良好的分类,因此可以作为研究杂草稻遗传多样性及演化的分子标记。 展开更多

关键词 杂草稻 基因组数据库 叶绿体基因 分子标记

下载PDF 职称材料

聚类分析技术与基因数据知识发现 被引量：2

13

作者 李存华 潘祝山 《淮海工学院学报（自然科学版）》 CAS 2002年第3期20-23,共4页

聚类方法是面向基因数据库知识发现的主要手段之一。随着后基因时代的到来 ,巨量的基因数据向现有的聚类分析方法提出了严峻的挑战。就基因数据库知识发现的内容、聚类方法在基因数据分析中的应用和基因数据库的特征进行了分析与探讨 ,... 聚类方法是面向基因数据库知识发现的主要手段之一。随着后基因时代的到来 ,巨量的基因数据向现有的聚类分析方法提出了严峻的挑战。就基因数据库知识发现的内容、聚类方法在基因数据分析中的应用和基因数据库的特征进行了分析与探讨 ,指出面向基因数据分析的聚类方法必须解决基因数据集巨量性、异构性、高维性等 展开更多

关键词 基因数据库 知识发现 聚类分析 人类基因组计划 基因数据分析 知识挖掘

下载PDF 职称材料

基于MongoDB蒙古高原家畜基因组大数据管理系统的设计与实现 被引量：2

14

作者 邬学敏 高静 《软件》 2022年第12期4-8,14,共6页

目前,国内外已有许多动物基因组学数据库,却还未有专门针对蒙古高原家畜基因组信息构建的数据库。此外,传统的基因组数据库平台一般采用关系型数据库存储数据,但在面对海量的基因组数据时出现了读写性能差、可靠性低、不易扩展等问题。... 目前,国内外已有许多动物基因组学数据库,却还未有专门针对蒙古高原家畜基因组信息构建的数据库。此外,传统的基因组数据库平台一般采用关系型数据库存储数据,但在面对海量的基因组数据时出现了读写性能差、可靠性低、不易扩展等问题。为解决上述问题,收集整合了牛、绵羊、山羊、骆驼等蒙古高原家畜的基因组数据,应用非关系型数据库,设计并实现了基于MongoDB存储架构的蒙古高原家畜基因组大数据管理系统。该系统的实现为蒙古高原家畜分子生物学研究提供了一个良好的数据平台,也解决了海量基因组数据的存储与管理问题。 展开更多

关键词 基因组学数据库 蒙古高原家畜 海量数据 非关系型数据库 MONGODB

下载PDF 职称材料

运用基因组和EST数据库进行电子克隆分离杨树功能基因的策略 被引量：13

15

作者 林元震 张志毅 +3 位作者 林善枝 张谦 刘纯鑫 郭海 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第4期583-587,共5页

杨树是重要的造林绿化树种,也是主要的工业用材树种,还是高大林木的模式树种。进行杨树功能基因的挖掘、克隆和功能的研究,是当前杨树基因组学的首要任务之一,不仅可为杨树品种改良和基因资源的有效利用奠定基础,而且对探讨林木的生理... 杨树是重要的造林绿化树种,也是主要的工业用材树种,还是高大林木的模式树种。进行杨树功能基因的挖掘、克隆和功能的研究,是当前杨树基因组学的首要任务之一,不仅可为杨树品种改良和基因资源的有效利用奠定基础,而且对探讨林木的生理及遗传特性分子机制也具有重要的理论意义。电子克隆是近年来伴随着基因组计划和EST计划发展起来的基因克隆新方法,具有成本低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。丰富的杨树EST数据和公布的杨树基因组序列框架图,使得利用电子克隆技术开展杨树功能基因的分离和鉴定已经成为可能。本文阐述了电子克隆分离杨树功能基因的基本方法、相关的生物信息资源,并讨论了电子克隆技术存在的问题和未来发展。 展开更多

关键词 杨树 功能基因 基因组和EST数据库 电子克隆

下载PDF 职称材料

基于公共数据库分析肿瘤坏死因子受体超家族成员-4在喉鳞状细胞癌中的表达及临床意义

16

作者 饶兴旺 朱凯铨 +3 位作者 陈帅男 施丽彩 李贺 林刃舆 《中国临床研究》 CAS 2024年第1期100-104,共5页

目的 通过多个数据库资料结合临床样本分析喉鳞状细胞癌(鳞癌)患者中肿瘤坏死因子受体超家族成员(TNFRSF)4表达水平的变化,研究TNFRSF4在喉鳞癌发生发展中的作用。方法 根据高通量基因表达(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库转录... 目的 通过多个数据库资料结合临床样本分析喉鳞状细胞癌(鳞癌)患者中肿瘤坏死因子受体超家族成员(TNFRSF)4表达水平的变化,研究TNFRSF4在喉鳞癌发生发展中的作用。方法 根据高通量基因表达(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库转录组表达谱数据筛选出差异表达的基因,结合基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库对差异基因TNFRSF4进行表达水平预测和生存分析;同时通过3例患者的喉鳞癌组织与癌旁组织标本进行qRT-PCR和Western blot验证,基于TCGA的临床数据绘制K-M生存曲线图并进行Cox回归分析。采用基因集富集分析探究与TNFRSF4在喉鳞癌中作用有关的信号通路。结果 数据库和临床样本中,喉鳞癌组中TNFRSF4的表达高于正常组(P<0.05),且TNFRSF4高表达组的生存率高于TNFRSF4低表达组(P<0.01)。多因素的Cox回归分析显示,TNFRSF4表达水平(HR:0.430,95%CI:0.229~0.806,P=0.009)、性别(HR:0.424,95%CI:0.204~0.882,P=0.022)、淋巴结分期(HR:2.010, 95%CI:1.055~3.831,P=0.034)和远处转移(HR:3.706, 95%CI:1.152~11.922,P=0.028)四个因素共同对患者的总生存时间产生影响。基因集富集分析的结果显示,与TNFRSF4表达最显著相关的信号通路有细胞黏附分子、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、原发性免疫缺陷和自身免疫性甲状腺疾病。结论 TNFRSF4高表达可能是喉鳞癌患者预后良好的生物标志物。 展开更多

关键词 喉鳞状细胞癌 肿瘤坏死因子受体超家族成员-4 癌症基因组图谱数据库 高通量基因表达数据库 基因表达谱数据动态分析数据库 预后

原文传递

基于生物信息学构建口腔鳞状细胞癌免疫基因的预后模型 被引量：1

17

作者 王锦航 彭士雄 +2 位作者 杨凯成 陈彦平 崔子峰 《疑难病杂志》 CAS 2024年第1期78-85,共8页

目的旨在构建免疫相关基因(IRGs)的风险预测模型,以预测口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者的预后。方法应用生物信息学技术分析OSCC的转录组测序数据,鉴定出差异表达的IRGs(DEIRGs)。通过Cox回归分析构建DEIRGs的风险预测模型,并对其预测能力进... 目的旨在构建免疫相关基因(IRGs)的风险预测模型,以预测口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者的预后。方法应用生物信息学技术分析OSCC的转录组测序数据,鉴定出差异表达的IRGs(DEIRGs)。通过Cox回归分析构建DEIRGs的风险预测模型,并对其预测能力进行评估。分析该模型与临床病理和免疫细胞浸润的相关性。结果通过比较OSCC和正常样本共鉴定出3634个差异表达基因,其中包括330个DEIRGs(FDR<0.05,|logFC|>1)。单因素Cox回归分析筛选出与预后相关的20个DEIRGs(P<0.05),多因素Cox回归分析筛选出其中15个DEIRGs用于构建风险预测模型。该模型可作为OSCC患者的独立预后因素(P<0.001),预测患者预后的能力具有较高的准确性(AUC=0.732),并与临床分期(t=-3.484,P<0.001)、B细胞(Cor=-0.180,P=0.002)和CD4^(+)T细胞(Cor=-0.127,P=0.026)密切相关。结论基于15个预后相关DEIRGs构建的风险预测模型能够有效地预测OSCC患者的预后,可帮助临床医生为不同风险的OSCC患者选择个性化的治疗策略。 展开更多

关键词 口腔鳞状细胞癌 免疫相关基因 预后 风险预测模型 癌症基因组图谱数据库

下载PDF 职称材料

高质量临床微生物基因组参考数据库构建的思考

18

作者 刘东来 吴林寰 +3 位作者 关文达 庞慧芳 胡松年 许四宏 《中国食品药品监管》 2024年第6期32-39,共8页

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因... 病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因组参考数据库等问题,一定程度上制约了该技术临床应用的进一步发展。本文介绍了高质量临床微生物基因组参考数据库建设现状,探讨了高质量临床微生物基因组参考数据库构建的技术要求、质量控制过程和实现方式,并提出相关思考和建议。 展开更多

关键词 病原宏基因组高通量测序 生物信息学分析 微生物基因组参考数据库 建设现状 技术要求

下载PDF 职称材料

焦亡相关基因与胃癌预后及免疫浸润的相关性分析

19

作者 吴云青 王承霞 谢东宇 《中国医药导报》 CAS 2024年第21期35-45,共11页

目的通过生物信息学筛选胃癌预后焦亡相关基因(PRGs),构建和评估风险模型并分析PRGs与免疫浸润的相关性,验证胃癌治疗的新靶点。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌的转录组和临床数据并筛选差异表达的PRGs。采用单因素Cox回归及... 目的通过生物信息学筛选胃癌预后焦亡相关基因(PRGs),构建和评估风险模型并分析PRGs与免疫浸润的相关性,验证胃癌治疗的新靶点。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌的转录组和临床数据并筛选差异表达的PRGs。采用单因素Cox回归及LASSO回归分析差异表达的PRGs并构建预后模型。Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征曲线评估模型的准确性及预后价值。根据风险评分中位数将患者分为高、低风险组,Cox回归风险模型评估风险评分与预后的相关性。胃癌基因芯片数据集GSE84437作为预测模型的外部验证。RT-qPCR和Western blot检测SERPINE1、Caspase-1、NLRP3 mRNA和蛋白表达量。结果筛选35个差异表达PRGs,其中5个PRGs(CRTAC1、GPX3、IRGM、RGS2和SERPINE1)被纳入风险模型构建。年龄、M分期、N分期和风险评分是TCGA队列患者生存率的独立影响因素(P<0.05);年龄、T分期和N分期是基因表达综合(GEO)队列患者生存率的独立影响因素(P<0.05)。TCGA、GEO队列中高风险组免疫细胞浸润水平、免疫相关途径活性总体均高于低风险组(P<0.05)。CRTAC1与CD4+T细胞(r=0.488)、巨噬细胞(r=0.588)和树突状细胞(r=0.332)的浸润水平呈正相关(P<0.01);GPX3与CD4+T细胞(r=0.372)、巨噬细胞(r=0.572)和树突状细胞(r=0.406)的浸润水平呈正相关(P<0.01);RGS2与CD4+T细胞(r=0.343)、巨噬细胞(r=0.526)和树突状细胞(r=0.326)的浸润水平呈正相关(P<0.01);IRGM(r=0.327)、SERPINE1(r=0.310)与巨噬细胞的浸润水平呈正相关(P<0.01)。胃癌组织中SERPINE1表达水平高于正常胃组织(P<0.05);高表达SERPINE1组的生存时间短于低表达SERPINE1组(P<0.01)。干扰组SERPINE1、Caspase-1、NLRP3 mRNA和蛋白表达量均低于阴性对照组(P<0.05)。结论通过生物信息学方法筛选5个PRGs构建胃癌预后模型,SERPINE1高表达与胃癌不良预后相关,可能参与调控NLRP3/Caspase-1细胞焦亡途径。 展开更多

关键词 胃癌 焦亡相关基因 癌症基因组图谱数据库 预后风险模型 免疫浸润

下载PDF 职称材料

基于TCGA数据库肺腺癌自噬相关基因预后模型的建立与验证

20

作者 吴双丽 吴铁成 +3 位作者 喻光 徐敬宣 李保健 邢龙 《现代医药卫生》 2024年第10期1621-1626,共6页

目的探究肺腺癌自噬相关基因(ARGs),并构建肺腺癌ARGs的预后模型。方法肺腺癌的RNA高通量转录组数据下载于癌症基因组图谱(TCGA)数据库和人类自噬基因(HADb)数据库,获取ARGs,并基于肺腺癌差异表达ARGs构建肺腺癌预后模型并验证,进一步... 目的探究肺腺癌自噬相关基因(ARGs),并构建肺腺癌ARGs的预后模型。方法肺腺癌的RNA高通量转录组数据下载于癌症基因组图谱(TCGA)数据库和人类自噬基因(HADb)数据库,获取ARGs,并基于肺腺癌差异表达ARGs构建肺腺癌预后模型并验证,进一步构建列线图及校准曲线探究模型在临床中的应用价值。对差异表达ARGs进行基因本体和京都基因与基因组百科全书富集分析。对获得的具有预后意义的差异表达ARGs进行Lasso回归分析并构建肺腺癌预后模型。绘制Kaplan-Meier生存曲线。结果共获得31个差异表达ARGs,筛选得到10个具有预后意义的差异表达ARGs。高风险组患者与较差的总生存期明显相关,差异有统计学意义(P<0.05)。T分期、N分期、风险评分为肺腺癌患者的独立预后因素。校准曲线和列线图全局一致性为0.710,说明模型预测结果与实际情况具有较高的符合度。结论基于差异表达ARGs构建的风险模型可作为肺腺癌患者的一种预后特征或可为肺腺癌患者的个体化治疗提供参考依据。 展开更多

关键词 肺腺癌 自噬相关基因 预后模型 癌症基因组图谱数据库 计算生物学

下载PDF 职称材料