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山西芝麻种质资源SSR遗传多样性及群体结构分析 被引量:19
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作者 吕伟 韩俊梅 +3 位作者 任果香 文飞 王若鹏 刘文萍 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1495-1506,共12页
为探明山西芝麻种质资源的遗传特性,本研究利用30对简单重复序列标记(SSR)对71份山西芝麻种质资源进行遗传多样性分析及群体结构分析。结果表明,30对SSR标记共检测到144个等位基因位点,平均每个SSR标记4.800个等位基因;有效等位基因数在... 为探明山西芝麻种质资源的遗传特性,本研究利用30对简单重复序列标记(SSR)对71份山西芝麻种质资源进行遗传多样性分析及群体结构分析。结果表明,30对SSR标记共检测到144个等位基因位点,平均每个SSR标记4.800个等位基因;有效等位基因数在1.058~5.149之间,平均2.805个;Shannon指数变幅为0.128~1.813,平均为1.096;Nei′s遗传多样性指数变幅为0.055~0.806,平均为0.558;多态性信息含量变幅为0.053~0.783,平均为0.515。基于SSR标记对参试材料进行聚类分析,遗传相似系数为0.21~0.67,在遗传相似系数0.27处将参试材料分为6个类群;基于SSR标记对参试材料进行群体结构分析,将参试材料划分为5个组群。综上所述,山西芝麻种质资源间遗传差异相对较高,具有丰富的遗传多样性,在今后芝麻种质资源创制利用中,加大山西芝麻种质资源的开发与利用,可为芝麻品种遗传改良和优异基因发掘奠定良好的基础。 展开更多
关键词 芝麻 SSR标记 遗传多样性 群体结构分析
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基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析 被引量:7
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作者 杜凤凤 刘晓静 +3 位作者 常雅军 李乃伟 李丕睿 姚东瑞 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期9-16,共8页
采用SSR标记技术对42个荷花品种(Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析(PCo A)。结果表明:采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位... 采用SSR标记技术对42个荷花品种(Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析(PCo A)。结果表明:采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位点百分率为88.31%;每对引物可扩增出1~9个多态性位点。根据Nei’s遗传距离,供试的42个荷花品种可被分成Ⅰ和Ⅱ两组,分别包含3和39个品种;在Nei’s遗传距离0.150处,Ⅱ组被进一步分成Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc 3个亚组,分别包含3、16和20个品种。群体结构分析结果表明:组分概率高于等于0.80时,供试的42个荷花品种被分成Pop1、Pop2和混合群3个亚群,分别包含17、16和9个品种。PCo A分析结果表明:在F1水平上,供试的42个荷花品种被分成2个部分;其中,Pop1亚群的品种均分布在第二和第三象限,而Pop2亚群的品种则分布在第一和第四象限。总体来看,聚类分析、群体结构分析和PCo A分析的结果基本一致。综合分析结果表明:Ⅰ组包含美洲黄莲(N.lutea Pers.)品种‘艾江南’,且与传统中国莲(N.nucifera Gaertn.)品种的亲缘关系最远,故认为该组为美洲黄莲;Ⅱ组为中国莲,其中,Ⅱc亚组以传统中国莲品种为主,而Ⅱb亚组则偏重于美洲黄莲。总体上看,供试的42个荷花品种主要被分为中国莲和美洲黄莲两组,而中美杂交莲并没有独立成组,其成因有待进一步研究。 展开更多
关键词 荷花品种 SSR标记 遗传多样性 UPGMA聚类分析 群体结构分析 主坐标分析(PCo A)
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云南双江勐库大叶种茶树基因型和种群结构分析 被引量:7
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作者 徐礼羿 王丽鸳 +6 位作者 苏静静 吴立赟 戎玉廷 刘福桥 阮丽 韦康 成浩 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1052-1064,共13页
大叶种茶树在长期的自然演化过程中,形成了众多表型且表型的变异非常大,是研究茶树进化关系和育种的重要材料。云南省独特的地理和生态环境使其具有丰富大叶种茶树资源。勐库大叶茶(Camellia sinensis var. assamica ‘Mengkudayecha’... 大叶种茶树在长期的自然演化过程中,形成了众多表型且表型的变异非常大,是研究茶树进化关系和育种的重要材料。云南省独特的地理和生态环境使其具有丰富大叶种茶树资源。勐库大叶茶(Camellia sinensis var. assamica ‘Mengkudayecha’)是原产于云南省双江县勐库镇的有性系国家良种,具有芽叶生育力强、持嫩性强等特点,作为主栽品种之一广泛栽培于云南西部、南部各产茶县。本研究收集取自云南省双江县11个区域的235份勐库大叶种茶树资源,结合SSR标记评估这些资源的遗传多样性及个体间的遗传关系,筛选合适的核心标记组合,并分析种群遗传结构。结果显示:SSR标记在待测样本中具有多态性,每个SSR位点的等位基因数为2~7个,平均等位基因数为3.84,观察杂合度Ho范围为0.18~0.74,均值0.47;25个SSR位点的基因分型组合能精确的识别出每份种质资源,赋予每份资源唯一的指纹码,并成功筛选出8个核心SSR位点作为简化的组合,以该组合检测235份种质资源,样本组两个随机样本存在同一基因型组合的概率仅为8.1e^-5~7.7e^-3;结合群体遗传结构分析,11个区域的235个样本被分为5个亚群(Sub-population R,G,Y,Pi,Pu)和3个组(Group Pu+Y,R+G,Pi+Y),并初步推测慕烈和冰岛区域的R亚群血统主要由南榔区域茶树资源向北部区域迁徙引入;Group Pu+Y和Group Pi+Y两个组所在区域的原生血统为Y亚群,且由于懂过区域茶树资源的迁徙而引入Pu和Pi亚群的血统。 展开更多
关键词 大叶种茶树 SSR标记 指纹图谱 遗传结构分析
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基于SNP分子标记的新疆野生黄花苜蓿遗传多样性分析
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作者 杜雨 于秀明 +3 位作者 汪鹏 李倩 王玉祥 张博 《饲料研究》 CAS 北大核心 2024年第4期68-73,共6页
为揭示新疆野生黄花苜蓿的遗传多样性,研究利用SLAF-seq技术对材料进行SNP开发。结果显示,材料测序平均Q30值为96.32%,平均GC值为37.99%。研究共开发了376 641个SLAF标签,多态性SLAF标签119 331个;SNP平均完整性为24.77%,平均杂合率5.53... 为揭示新疆野生黄花苜蓿的遗传多样性,研究利用SLAF-seq技术对材料进行SNP开发。结果显示,材料测序平均Q30值为96.32%,平均GC值为37.99%。研究共开发了376 641个SLAF标签,多态性SLAF标签119 331个;SNP平均完整性为24.77%,平均杂合率5.53%。供试新疆野生黄花苜蓿品系的有效等位基因数、观测等位基因数、期望杂合度、观测杂合度和Shnnon Wiener指数的平均值分别为1.380、1.594、0.220、0.117和0.327。研究表明,聚类分析将材料分为7类,PCA将材料分为3类,但样品的来源为同一个祖先。 展开更多
关键词 黄花苜蓿 SLAF-seq 分子标记 遗传多样性 群体结构分析 亲缘关系分析
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德南牛全基因组变异解析和功能基因挖掘
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作者 赵家豪 刘贤 +6 位作者 张子敬 赵昭 杜蕾 吕世杰 雷初朝 王二耀 黄永震 《中国牛业科学》 2024年第3期1-6,共6页
[目的]研究德南牛的群体遗传结构和解析影响其重要性状的关键基因。[方法]通过主成分分析、群体进化树分析、群体遗传结构分析等方法,研究德南牛的遗传结构和与其他品种的亲缘关系;同时,利用全基因组SNP数据,计算德南牛与德国黄牛、南... [目的]研究德南牛的群体遗传结构和解析影响其重要性状的关键基因。[方法]通过主成分分析、群体进化树分析、群体遗传结构分析等方法,研究德南牛的遗传结构和与其他品种的亲缘关系;同时,利用全基因组SNP数据,计算德南牛与德国黄牛、南阳牛群体固定指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)、复合似然比(CLR)、XP-EHH等多种选择信号指标,以筛选出德南牛基因组上受到选择的信号,鉴定出重要的候选基因。[结果]德南牛具有欧洲普通牛(0.789)、东亚牛(0.176)、中国瘤牛(0.035)的混合血统。在θπ和CLR方法中鉴定出93个共有基因,使用FST和XP-EHH方法鉴定出17个共有基因。进行富集以及基因功能注释后,发现这些基因可能与生殖性能(TUBB3、NSD2、GRM1、ERBB4)、生长性状(RFX3、FGFR3、GABRB1、PDE4D)、环境适应性(PGR、GRIA4)和免疫系统反应(P2RY12、P2RY13、GPR87、P2RY14、GPR171)有关。[结论]本项研究发现德南牛血统受德国黄牛影响较多,且挖掘了德南牛基因组内可能具有经济意义的性状相关的选择特征,为德南牛种群的选育提高提供理论支撑。 展开更多
关键词 德南牛 选择信号 遗传结构分析 候选基因
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基于SSR分子标记的紫苏种质资源遗传多样性及群体结构分析
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作者 向依 潘金卫 +4 位作者 李慧琳 奉斌 杨航 袁婷婷 于二汝 《种子》 北大核心 2024年第5期40-47,F0002,共9页
为了明确不同紫苏种质的遗传基础和群体的亲缘关系,本研究利用19对SSR分子标记对不同地理来源的141份紫苏资源进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明,19对SSR分子标记扩增出80条多态性条带,平均每对引物4.26条,多态性指数(PIC)变幅在0... 为了明确不同紫苏种质的遗传基础和群体的亲缘关系,本研究利用19对SSR分子标记对不同地理来源的141份紫苏资源进行遗传多样性和群体结构分析。结果表明,19对SSR分子标记扩增出80条多态性条带,平均每对引物4.26条,多态性指数(PIC)变幅在0.3311~0.8457之间,平均为0.6206,多态性条带占比85.10%。利用UPGMA法对141份紫苏进行分子聚类,遗传相似系数(GS)介于0.4787~0.9489之间,平均为0.7099,在GS=0.696处将供试材料分为三类。通过Structure群体结构分析,将供试材料分为三大类,其中68.8%的紫苏种质资源遗传背景比较单一,31.2%的资源拥有混合血统,其遗传背景较为复杂。 展开更多
关键词 紫苏 遗传多样性 SSR标记 群体结构分析
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白菜类作物资源群体结构分析 被引量:3
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作者 高玉梅 张淑江 +4 位作者 章时蕃 李菲 王晓武 武剑 孙日飞 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2009年第21期332-334,共3页
白菜类作物是中国重要的蔬菜和油料作物,关于白菜类作物资源群体结构尚不清楚,采用SSR标记和SRAP标记方法对64份白菜类作物进行研究分析,运用structure软件统计分析标记数据,结果表明白菜类作物资源真实存在3个组群,组群1和组群2间距离... 白菜类作物是中国重要的蔬菜和油料作物,关于白菜类作物资源群体结构尚不清楚,采用SSR标记和SRAP标记方法对64份白菜类作物进行研究分析,运用structure软件统计分析标记数据,结果表明白菜类作物资源真实存在3个组群,组群1和组群2间距离较近,其中组群3的遗传多样性更丰富。 展开更多
关键词 白菜类作物 遗传多样性 结构分析
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基于全基因组SNP分子标记分析青海云杉遗传结构 被引量:2
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作者 张宏斌 吕东 +3 位作者 赵明 赵祜 赵兴鹏 李伟 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期373-382,共10页
以张掖龙渠青海云杉(Picea crassifolia)无性系种子园中的106个青海云杉亲本无性系为研究材料,采用改良CTAB法,提取的青海云杉基因组DNA,构建SLAF文库并进行高通量测序,之后分析SLAF测序数据和筛选SNP位点,基于邻接法分析得到样品的聚... 以张掖龙渠青海云杉(Picea crassifolia)无性系种子园中的106个青海云杉亲本无性系为研究材料,采用改良CTAB法,提取的青海云杉基因组DNA,构建SLAF文库并进行高通量测序,之后分析SLAF测序数据和筛选SNP位点,基于邻接法分析得到样品的聚类情况。研究得出:将测序的水稻日本晴reads与其参考基因组进行比对,显示本试验双端比对效率为95.33%,说明SLAF建库成功。本研究中所测序列的Q30较高,碱基测序错误率低,测序质量高;本研究共开发4058883个SLAF标签,标签的平均测序深度为21.21×。共开发12275765个青海云杉SNP标记,各青海云杉样本的SNP数量为1890934~4487841。利用已开发的高质量青海云杉SNP标记,构建了106个青海云杉的系统发育树,发现来自不同种源的青海云杉在各组中分布比较均匀,不同种源的青海云杉多聚为一类。通过SNP标记和主成分分析,这些无性系来源于同一个祖先的可能性较大,表明无性系间亲缘关系相近。为今后遗传多样性的分析、遗传图谱的构建等提供了基础数据,也为青海云杉初级种子园去劣疏伐提供依据,为高世代种子园的营建奠定基础。 展开更多
关键词 青海云杉 DNA提取 SLAF标签 遗传结构分析
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ENU诱变草鱼及其雌核发育后代的微卫星遗传分析 被引量:2
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作者 王成龙 郑国栋 +2 位作者 陈杰 蒋霞云 邹曙明 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1013-1019,共7页
为了获得雌核发育ENU诱变草鱼(Cetpharyngodon idellus)群体的相关遗传参数,实验采用Partec Cy Flow倍性分析仪测定ENU诱变草鱼群体(Q群体)和雌核发育ENU诱变草鱼群体(E群体)相对DNA含量分别为24.02和23.80,二者的DNA含量接近,均为二倍... 为了获得雌核发育ENU诱变草鱼(Cetpharyngodon idellus)群体的相关遗传参数,实验采用Partec Cy Flow倍性分析仪测定ENU诱变草鱼群体(Q群体)和雌核发育ENU诱变草鱼群体(E群体)相对DNA含量分别为24.02和23.80,二者的DNA含量接近,均为二倍体。选取28个微卫星标记对Q群体和E群体多样性进行了检测。结果表明,E群体和Q群体的平均等位基因分别为3.7143、5.1786,平均有效等位基因分别为2.1857、4.0028,平均期望纯合度分别为0.5122、0.2814,平均期望杂合度分别为0.4878、0.7186,多态信息含量(PIC)平均值分别为0.4282、0.6606。从个体在微卫星位点的纯合率分析,在E群体中,每个个体的纯合度均小于1.00,说明没有完全纯合的个体。从每个微卫星位点在群体的纯合率分析,除了微卫星位点5476,HLJC118和HLJC81外,其他位点的纯合度以不同的速率得到明显的提高。综上所述,经过减数雌核发育方法,ENU诱变草鱼群体的各微卫星位点的纯合度以不同的速率得到提升,遗传多样性明显降低,此方法可以获得纯合度较高的雌核发育ENU诱变草鱼个体,为ENU诱变草鱼良种选育提供了重要的遗传数据资料。 展开更多
关键词 微卫星 减数雌核发育 ENU诱变草鱼 遗传结构分析
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基于反转录转座子及简单重复序列标记的裸大麦遗传多样性研究 被引量:2
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作者 王国荣 华为 +4 位作者 陈功海 龙周锴 李博 张文英 徐延浩 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期357-365,共9页
为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到... 为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。 展开更多
关键词 分子标记 裸大麦 遗传多样性 群体结构分析
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基于TRAP标记的苹果属种间遗传多样性分析 被引量:2
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作者 索相敏 郝婕 +3 位作者 冯建忠 鄢新民 王献革 李学营 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1609-1618,共10页
【目的】了解苹果属资源遗传多样性,以期为种间亲缘关系分析提供分子水平上的可靠依据。【方法】利用TRAP(Target Region Amplified Polymorphism)分子标记对苹果属30个种和梨属3个种共33份材料进行了遗传多样性分析。【结果】筛选出的1... 【目的】了解苹果属资源遗传多样性,以期为种间亲缘关系分析提供分子水平上的可靠依据。【方法】利用TRAP(Target Region Amplified Polymorphism)分子标记对苹果属30个种和梨属3个种共33份材料进行了遗传多样性分析。【结果】筛选出的16对引物组合共扩增出407条有效条带,其中多态性条带404条,多态性百分率达99.26%。UPGMA聚类结果显示,当遗传相似系数GS=0.666时能很好地区分苹果属与梨属材料,当GS=0.680时可将苹果属30个种分为Ⅰ和Ⅱ两个亚类。主坐标分析中材料所属类群同UPGMA聚类结果有较高的符合度,基本与传统系谱一致。但群体结构分析结果同UPGMA聚类和主坐标聚类结果有一定的差异性,其中23份材料的协变量Q值≥0.6,亲缘关系相对单一。【结论】开发出TRAP标记引物组合16对,可有效地区分苹果属种质材料的遗传多样性,为苹果属种间亲缘关系分析提供了新的分子证据。 展开更多
关键词 苹果属 遗传多样性 TRAP标记 群体结构分析
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基于SNP芯片的甘蓝型油菜遗传多样性和群体遗传结构分析
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作者 崔成 李浩杰 +7 位作者 蒋俊 柴靓 郑本川 张卡 覃海燕 丁怡雯 张锦芳 蒋梁材 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第22期7501-7510,共10页
为揭示四川油菜核心种质的遗传多样性和群体遗传结构,提高甘蓝型油菜种质利用效率,本研究利用油菜50K基因芯片对201个育种亲本品系进行全基因组SNP位点分析,利用Powermarker软件计算SNP位点的Nei’s基因多样性指数(H)、主要等位基因频率... 为揭示四川油菜核心种质的遗传多样性和群体遗传结构,提高甘蓝型油菜种质利用效率,本研究利用油菜50K基因芯片对201个育种亲本品系进行全基因组SNP位点分析,利用Powermarker软件计算SNP位点的Nei’s基因多样性指数(H)、主要等位基因频率(MAF)和多态性信息含量(PIC)和供试材料的遗传距离,进行聚类和群体结构分析。结果表明,共筛选到17243个SNP位点,平均每条染色体分布907个多态性位点,位点的Nei’s基因多样性指数(H)、主要等位基因频率(MAF)和多态性信息含量(PIC)平均值分别为0.351、0.738、0.282;201份供试材料遗传距离在0.0001~0.5298之间,平均为0.3505,Kinship值为0的占59.90%;供试材料可分成6个大类,分别为:保持系(1个品系:SC223)、远缘杂交种质(2个品系:SC001和SC273)、复合杂交油菜种质(2个品系:SC119和SC175)、征集种质(1个品系:SC017)、混合来源Ⅰ(16个品系:征集的优良品系SC034等,复合杂交保持系种质SC103等和恢复系SC249)和混合来源Ⅱ(179份:征集的优良品系,远缘杂交后代,复合杂交保持系种质和恢复系),群体结构分成13个亚群,可进行杂种优势预测。研究结果表明供试育种亲本种质遗传多样性丰富,为甘蓝型油菜杂种优势利用和育种种质创新提供理论依据。 展开更多
关键词 油菜(Brassica napus) 单核苷酸多态性(SNP)芯片 遗传多样性 群体结构分析
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基于遗传算法的Delta并联机器人机械结构工作空间逆解研究
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作者 张广祥 李玉爽 查子延 《芜湖职业技术学院学报》 2022年第2期54-57,共4页
以Delta并联机器人的工作空间和可达工作空间的关系为基础,建立尺度综合逆解的主函数、工作空间上与点位置有关的惩罚函数和基于运动性能指标的惩罚函数,最终可求得目标总函数。依据遗传算法选择种群、设定遗传算法参数范围,对目标总函... 以Delta并联机器人的工作空间和可达工作空间的关系为基础,建立尺度综合逆解的主函数、工作空间上与点位置有关的惩罚函数和基于运动性能指标的惩罚函数,最终可求得目标总函数。依据遗传算法选择种群、设定遗传算法参数范围,对目标总函数编制程序,进行一定迭代运算之后就会产生参数的最优解。绘制工作空间平面视图,可验证遗传算法产生的一组四个参数L_(1)、L_(2)、e、H的最优解,能够满足工作空间和运动性能的要求。遗传算法的引入,可提高并联机器人体系的精确度,降低人工复检工作的难度,从而提升工业生产效率。 展开更多
关键词 并联机器人 工作空间 遗传算法 结构分析
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北京地区两个封闭群巴马小型猪的群体遗传质量分析
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作者 魏杰 王洪 +8 位作者 巩薇 李晓波 付瑞 王吉 邢进 冯育芳 王淑菁 高正琴 岳秉飞 《实验动物科学》 2017年第2期26-30,共5页
目的对北京地区两个封闭群巴马小型猪群体进行遗传质量评价与分析。方法利用DB11/T828.3-2011中的25对微卫星引物,对A、B两个巴马小型猪群体进行微卫星分型及遗传参数计算。结果 A、B两巴马小型猪群体分别得到126和160个等位基因,平均... 目的对北京地区两个封闭群巴马小型猪群体进行遗传质量评价与分析。方法利用DB11/T828.3-2011中的25对微卫星引物,对A、B两个巴马小型猪群体进行微卫星分型及遗传参数计算。结果 A、B两巴马小型猪群体分别得到126和160个等位基因,平均杂合度分别为0.6541、0.6973,平均多态信息含量(PIC)分别为0.6037、0.6605,两者的遗传距离为0.2650。结论 B群巴马小型猪群体具有较好的遗传多样性和稳定性,符合封闭群动物的群体遗传特征。 展开更多
关键词 巴马小型猪 遗传结构分析 DB11/T828.3-2011
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高原适应基因中藏族祖先信息位点的研究 被引量:3
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作者 黄美莎 马泉 +3 位作者 王玲 马新 李彩霞 江丽 《中国法医学杂志》 CSCD 2017年第6期588-592,602,共6页
目的基于高原适应基因上的SNPs位点筛选出藏族祖先信息位点。方法本研究利用Mass ARRAY?基因分型系统对183份藏族个体在EGLN1和EPAS1基因上的87个SNPs位点进行分型检测,结合千人数据库中26个世界人群2504份样本的分型数据,进行群体间差... 目的基于高原适应基因上的SNPs位点筛选出藏族祖先信息位点。方法本研究利用Mass ARRAY?基因分型系统对183份藏族个体在EGLN1和EPAS1基因上的87个SNPs位点进行分型检测,结合千人数据库中26个世界人群2504份样本的分型数据,进行群体间差异分析,筛选出藏族特异性高的位点作为藏族祖先信息位点(Ancestry informative SNPs,AISNPs),并通过群体间遗传结构对筛选出的位点进行分析评估。结果在87个高原适应基因SNPs位点中,有23个位点在藏族群体中的频率分布具有特异性,可作为藏族AISNPs。STRUCTURE聚类分析结果表明:在K=2时,藏族人群具有与其他26个人群不同的遗传主成分。结论本研究筛选出的23个藏族祖先信息位点可合并到现有的祖先推断体系中,进一步增加针对东亚亚人群的分辨率,也可为相关案件提供侦破线索。 展开更多
关键词 法医物证学 祖先信息位点 群体遗传结构分析 高原适应基因
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多位点序列分型及其在寄生虫群体遗传结构分析中的应用 被引量:1
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作者 梁伟涛 刘华 邓瑶 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 2014年第4期449-452,共4页
多位点序列分型技术(Multilocus sequence typing,MLST)具有分辨率、敏感性及特异性高等优点。在寄生虫学研究中,MLST通过扩增多个管家基因进行测序分析和对病原体进行群体遗传结构分析,可为研究虫种进化等提供更多的理论依据。本文就M... 多位点序列分型技术(Multilocus sequence typing,MLST)具有分辨率、敏感性及特异性高等优点。在寄生虫学研究中,MLST通过扩增多个管家基因进行测序分析和对病原体进行群体遗传结构分析,可为研究虫种进化等提供更多的理论依据。本文就MLST技术的原理、方法和结果分析及其在几种寄生虫遗传结构分析方面的应用进行综述。 展开更多
关键词 医学寄生虫学 多位点序列分型 管家基因 群体遗传结构分析 隐孢子虫 微孢子虫
原文传递
湖北钉螺指名亚种一输入性扩散事件的群体遗传学
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作者 蒋奉娟 刘卉萌 +3 位作者 陈海婴 彭国华 周宪民 邹节新 《南昌大学学报(理科版)》 CAS 北大核心 2020年第3期286-294,299,共10页
2017年南昌市滨江公园赣江江滩发现大面积钉螺滋生,此为市区内首次。为追溯该种群的输入来源,本研究根据湖北钉螺采样点的地理分布进行分组,测定湖北钉螺线粒体12S rRNA、16S rRNA及CO1基因,并结合GenBank数据库中已上传序列,统计分析... 2017年南昌市滨江公园赣江江滩发现大面积钉螺滋生,此为市区内首次。为追溯该种群的输入来源,本研究根据湖北钉螺采样点的地理分布进行分组,测定湖北钉螺线粒体12S rRNA、16S rRNA及CO1基因,并结合GenBank数据库中已上传序列,统计分析遗传分化系数(Fst)、基因流(Nm)等群体遗传学参数,构建单倍型网络图。基于CO1基因及12S rRNA、16S rRNA、CO1三者联合基因的结果表明来自滨江公园的湖北钉螺种群与来自武汉的湖北钉螺种群遗传背景相似;但和12S rRNA、16S rRNA基因单独分析的结果存在差异可能由于其组内样本量较少导致。各基因构建的单倍型网络图均显示:湖北钉螺滨江公园种群与武汉种群的单倍型间有直接演化关系。本研究从分子种群遗传学层面初步证实了“南昌市滨江公园输入性湖北钉螺群体可能由移栽自武汉市黄陂区的景观芦苇携带而来”的流行病学调查结果,同时表明线粒体CO1基因能够提供较丰富的信息以追溯湖北钉螺未知群体的来源。 展开更多
关键词 湖北钉螺 线粒体基因 群体遗传结构分析 未知群体 南昌
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红鳍东方鲀养殖群体生化遗传变异初步研究 被引量:4
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作者 陈艳翠 高天翔 +1 位作者 陈四清 张岩 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2007年第4期14-20,共7页
采用水平凝胶电泳技术对红鳍东方鲀养殖群体进行了同工酶分析。本实验采用肌肉和肝脏两种组织,分析了8种酶,检测到9个位点,在0.99水平上,PGM*和IDHP*表现为多态,MPI*、LDH*、AAT*、SOD*、MDH-1*、MDH-2*和G3PDH*均为单态,多态位点比例为... 采用水平凝胶电泳技术对红鳍东方鲀养殖群体进行了同工酶分析。本实验采用肌肉和肝脏两种组织,分析了8种酶,检测到9个位点,在0.99水平上,PGM*和IDHP*表现为多态,MPI*、LDH*、AAT*、SOD*、MDH-1*、MDH-2*和G3PDH*均为单态,多态位点比例为0.2222,平均预期杂合度为0.0998,实际观测杂合度为0.0467,平均有效等位基因数目为1.1840,PGM*位点的遗传偏离指数为-0.0707,杂合子缺失,IDHP*位点无杂合子,遗传偏离指数为-1。 展开更多
关键词 红鳍东方鲍 养殖群体 遗传结构 同工酶分析
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社会科学视角下的转基因相关学术概念分类与检视
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作者 黄文昊 刘祖云 《华中农业大学学报(社会科学版)》 2011年第3期12-19,共8页
转基因出现在我国的社会科学研究场域中,并结合社会科学研究范式而形成的一些关键概念术语,是最近10年的事情。在我国转基因相关问题10多年的研究进程中,社会科学研究者对同一概念术语使用了很多不同的称谓,造成了不同的理论视域和研究... 转基因出现在我国的社会科学研究场域中,并结合社会科学研究范式而形成的一些关键概念术语,是最近10年的事情。在我国转基因相关问题10多年的研究进程中,社会科学研究者对同一概念术语使用了很多不同的称谓,造成了不同的理论视域和研究倾向之间一定的隔阂与混乱。通过结构分析的方法和思路,把与转基因本质相联系的关键概念术语加以界定,并归纳为以下3类:技术相关类概念术语、问题相关类概念术语、实践应用类概念术语,以此形成理论和实践的良性互动。 展开更多
关键词 转基因 概念术语 结构分析 生物安全 学术涵义
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