【目的】了解目前广东省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)分离株的基因型和进化特征,为广东省PCV2防控及疫苗株的筛选提供参考依据。【方法】运用PCR方法将4份鉴定为PCV2阳性样品进行PCV2全基因组序列扩增、测序及遗传进...【目的】了解目前广东省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)分离株的基因型和进化特征,为广东省PCV2防控及疫苗株的筛选提供参考依据。【方法】运用PCR方法将4份鉴定为PCV2阳性样品进行PCV2全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析;利用MegAlign软件对4株PCV2广东分离株ORF2氨基酸序列与国内外参考毒株进行关键位点氨基酸变异分析;应用DNAStar中Protean软件的Jameson-Wolf方法对4株PCV2广东分离株ORF2基因编码的Cap蛋白与4株疫苗株进行抗原指数预测分析。【结果】测序结果表明,4株PCV2广东分离株序列长度均为1767 bp。遗传进化树结果表明,4株分离株均属于PCV2d基因型,且核苷酸相似性在97.7%~99.1%之间,与国内外54株参考毒株相似性在91.7%~99.8%之间,其中与PhuTho/G40312/2018株(Viet Nam,登录号:LC602996)、QZ1410株(江苏,登录号:MG732832)、GXBB1501211株(广西,登录号:MH756609)亲缘关系最为接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有8个氨基酸特异性突变位点,分别是Y3C、F8Y、T56S、R116K、V123I、K164E、R169G及T216A。抗原指数分析发现,广东省分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第7-12、47-53、80-90、160-170和205-213位氨基酸这5个区域。【结论】从广东省部分地区分离的4株PCV2均为2d亚型,其Cap蛋白氨基酸序列存在多个突变位点,抗原指数与疫苗株差异较大,提示广东省PCV2的流行趋势逐渐以2d亚型为主。展开更多
猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是影响全球养猪业的主要疾病之一。猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的突变率是RNA病毒中最高的。为了解其分子特征和遗传变异,对陕西和河南地区猪场采集的252份...猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是影响全球养猪业的主要疾病之一。猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的突变率是RNA病毒中最高的。为了解其分子特征和遗传变异,对陕西和河南地区猪场采集的252份疑似样本采用RT-PCR检测技术和生物信息学软件进行了ORF5基因和Nsp2基因序列比对和遗传变异分析。结果显示:252份样本中阳性样品为39份,阳性率为15.6%。对39份阳性样品克隆测序获得10条Nsp2基因阳性样品序列和5条ORF5基因阳性品序列;5株PRRSV ORF5基因毒株与GenBank中26株PRRSV参考毒株的ORF5基因之间的核苷酸序列同源性为79.7%~99.7%,10株PRRSV毒株Nsp2基因的核苷酸序列同源性为38.2%~92.2%,其中5株ORF5基因的GP5-5、GP5-7、GP5-10毒株为PRRSV-2型谱系1的毒株,99L、100L毒株为PRRSV-2型谱系5的毒株,分别与代表株NADC30和VR-2332亲缘关系最近;10株PRRSV毒株Nsp2基因均为PRRSV-2型谱系1的毒株,与代表株NADC30亲缘关系最接近。GP5蛋白与NSP蛋白均发生不同程度的变异,说明PRRSV毒株变异频繁,因此,实时监测PRRSV株系的遗传变异动态,探索其遗传变异模式,可为疫病防控提供科学参考。展开更多
为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区...为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。展开更多
文摘为了解我国河北省牛梨形虫的种类、感染率、遗传进化及季节流行性情况,本研究共收集河北省7个地级市的牛血液样品564份,以提取的牛全血液基因组DNA为模板,采用套式PCR对牛梨形虫18S r RNA基因进行扩增检测,并鉴定虫种,选取10份不同地区牛犁形虫阳性样品测序,并构建其18S r RNA基因系统进化树分析其遗传进化特征。结果显示,我国河北省牛梨形虫总感染率为18.6%(105/564),其中张家口地区牛梨形虫感染率最高,为83.3%(20/24),极显著高于河北省其他地区(P<0.01),唐山、沧州、石家庄及承德的牛梨形虫感染率分别为27.4%(32/117)、22.1%(17/77)、25.0%(20/80)和19.0%(16/84),秦皇岛和衡水地区牛梨形虫感染率为0。感染梨形虫的虫种主要为双芽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫和瑟氏泰勒虫,感染率最高的为双芽巴贝斯虫(12.2%,69/564)。18S r RNA基因的进化树分析结果显示,10份牛梨形虫18S r RNA基因均呈地区性聚集;统计学分析结果显示,8月份河北省牛梨形虫感染率最高(29.7%),显著高于其他月份(P<0.05),4月~8月间牛梨形虫感染率呈逐渐上升的趋势,8月份达到顶峰后感染率逐渐下降。本研究首次对河北省牛梨形虫进行了流行病学调查,并分析了其遗传进化特征,结果表明河北省存在牛梨形虫的感染,尤其是张家口地区,该地区应在夏季应加强对牛梨形虫的重点防控。本研究为河北省牛梨形虫的防制提供了科学依据。
