期刊文献+
共找到130篇文章
< 1 2 7 >
每页显示 20 50 100
基因调控网络的生物信息学研究 被引量:18
1
作者 雷耀山 史定华 王翼飞 《自然杂志》 北大核心 2004年第1期7-12,共6页
DNA微阵列技术和蛋白质质谱技术为基因调控网络的研究提供了可能的技术装备 .基因调控网络的研究试图以系统的观点为出发点 ,从基因之间相互作用的角度揭示复杂的生命现象 .基因调控网络是功能基因组学研究的重要内容 ,也是当前生物信... DNA微阵列技术和蛋白质质谱技术为基因调控网络的研究提供了可能的技术装备 .基因调控网络的研究试图以系统的观点为出发点 ,从基因之间相互作用的角度揭示复杂的生命现象 .基因调控网络是功能基因组学研究的重要内容 ,也是当前生物信息学研究的前沿 .本文着重从生物信息学的角度对基因调控网络的研究从源起 展开更多
关键词 基因调控网络 后基因组信息学 网络模型 模型评估 反向技术
下载PDF
ORS1, an H2O2-Responsive NAC Transcription Factor, Controls Senescence in Arabidopsis thaliana 被引量:20
2
作者 Salma Balazadeh Miroslaw Kwasniewski +4 位作者 Camila Caldana Mohammad Mehrnia Maria Ines Zanor Gang-Ping Xue Bernd Mueller-Roeber 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2011年第2期346-360,共15页
We report here that ORS1, a previously uncharacterized member of the NAC transcription factor family, controls leaf senescence in Arabidopsis thaliana. Overexpression of ORS1 accelerates senescence in transgenic plant... We report here that ORS1, a previously uncharacterized member of the NAC transcription factor family, controls leaf senescence in Arabidopsis thaliana. Overexpression of ORS1 accelerates senescence in transgenic plants, whereas its inhibition delays it. Genes acting downstream of ORS1 were identified by global expression analysis using transgenic plants producing dexamethasone-inducible ORSl-GR fusion protein. Of the 42 up-regulated genes, 30 (-70%) were pre- viously shown to be up-regulated during age-dependent senescence, We also observed that 32 (-76%) of the ORSl-dependent genes were induced by long-term (4 d), but not short-term (6 h) salinity stress (150 mM NaCI). Furthermore, expression of 16 and 24 genes, respectively, was induced after 1 and 5 h of treatment with hydrogen peroxide (H2O2), a reactive oxygen species known to accumulate during salinity stress. ORS1 itself was found to be rapidly and strongly induced by H2O2 treatment in both leaves and roots. Using in vitro binding site selection, we determined the preferred binding motif of ORS1 and found it to be present in half of the ORSl-dependent genes. ORS1 is a paralog of ORE1/ ANACO92/AtNAC2, a previously reported regulator of leaf senescence. Phylogenetic footprinting revealed evolutionary conservation of the ORS1 and ORE1 promoter sequences in different Brassicaceae species, indicating strong positive selection acting on both genes. We conclude that ORS1, similarly to ORE1, triggers expression of senescence-associated genes through a regulatory network that may involve cross-talk with saltand H2O2-dependent signaling pathways. 展开更多
关键词 NAC transcription factor leaf senescence gene expression gene regulatory network hydrogen peroxide
原文传递
基因表达谱聚类/分类技术研究及展望 被引量:6
3
作者 李杰 唐降龙 +1 位作者 王亚东 李霞 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期667-673,共7页
随着人类及多种模式生物全基因组测序基本完成,人类基因组计划的研究进入后基因组时代.后基因组时代研究的焦点已经从测序转向功能研究。聚类/分类技术作为分析基因表达谱和识别基因功能的重要工具之一,近年来获得很大的发展。对目前基... 随着人类及多种模式生物全基因组测序基本完成,人类基因组计划的研究进入后基因组时代.后基因组时代研究的焦点已经从测序转向功能研究。聚类/分类技术作为分析基因表达谱和识别基因功能的重要工具之一,近年来获得很大的发展。对目前基因表达谱聚类/分类技术及它们的发展,进行了综述性的研究,分析了它们的优缺点,结合我们的研究,提出了解决问题的思路和方法,为基因表达谱的进一步研究提供了新的途径。 展开更多
关键词 基因表达谱 分类 聚类 基因调控网络 逆向工程
下载PDF
基于微阵列数据构建基因调控网络 被引量:4
4
作者 刘万霖 李栋 +1 位作者 朱云平 贺福初 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1434-1442,共9页
随着微阵列数据的快速增长,微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络,可以解读复杂的调控关系,发现细胞内的调控模式,并进而在系统尺... 随着微阵列数据的快速增长,微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络,可以解读复杂的调控关系,发现细胞内的调控模式,并进而在系统尺度上理解生物学进程。近年来,人们引入了多种算法来利用基因芯片数据构建基因调控网络。文章回顾了这些算法的发展历史,尤其是其在理论和方法上的改进,给出了一些相关的软件平台,并预测了该领域可能的发展趋势。 展开更多
关键词 微阵列时间序列 基因调控网络 贝叶斯网络 布尔网络
下载PDF
Conservation and Diversification of the SHR-SCR- SCL23 Regulatory Network in the Development of the Functional Endodermis in Arabidopsis Shoots 被引量:7
5
作者 Eun Kyung Yoon Souvik Dhar +9 位作者 Mi-Hyun Lee Jae Hyo Song Shin Ae Lee Gyuree Kim Sejeong Jang Ji Won Choi Jeong-Eun Choe Jeong Hoe Kim Myeong Min Lee Jun Lim 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2016年第8期1197-1209,共13页
Development of the functional endodermis of Arabidopsis thaliana roots is controlled, in part, by GRAS transcription factors, namely SHORT-ROOT (SHR), SCARECROW (SCR), and SCARECROW-LIKE 23 (SCL23). Recently, it... Development of the functional endodermis of Arabidopsis thaliana roots is controlled, in part, by GRAS transcription factors, namely SHORT-ROOT (SHR), SCARECROW (SCR), and SCARECROW-LIKE 23 (SCL23). Recently, it has been shown that the SHR-SCR-SCL23 regulatory module is also essential for spec- ification of the endodermis (known as the bundle sheath) in leaves. Nevertheless, compared with what is known about the role of the SHR-SCR-SCL23 regulatory network in roots, the molecular interactions of SHR, SCR, and SCL23 are much less understood in shoots. Here, we show that SHR forms protein com- plexes with SCL23 to regulate transcription of SCL23 in shoots, similar to the regulation mode of SCR expression. Our results indicate that SHR acts as master regulator to directly activate the expression of SCR and SCL23. In the SHR-SCR-SCL23 network, we found a previously uncharacterized negative feed- back loop whereby SCL23 modulates SHR levels. Through molecular, genetic, physiological, and morpho- logical analyses, we also reveal that the SHR-SCR-SCL23 module plays a key role in the formation of the endodermis (known as the starch sheath) in hypocotyls. Taken together, our results provide new insights into the regulatory role of the SHR-SCR-SCL23 network in the endodermis development in both roots and shoots. 展开更多
关键词 ENDODERMIS gene regulatory network SHORT-ROOT SCARECROW SCARECROW-LIKE 23 transcription factor
原文传递
酵母基因调控网络的微分方程模型研究 被引量:3
6
作者 郭波涛 李辉智 +1 位作者 王文昌 易东 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2006年第2期129-133,共5页
目的寻求一种新的描述基因调控网络的微分方程模型。方法建立微分方程并应用于酵母基因的时间序列表达数据,最后与试验结果比较。结果微分方程模型所得结论基本与试验结果吻合,并作出了预测。结论该模型弥补了其他线性微分方程模型的不... 目的寻求一种新的描述基因调控网络的微分方程模型。方法建立微分方程并应用于酵母基因的时间序列表达数据,最后与试验结果比较。结果微分方程模型所得结论基本与试验结果吻合,并作出了预测。结论该模型弥补了其他线性微分方程模型的不足,是一种新的有价值的微分方程模型。 展开更多
关键词 酵母 基因调控 微分方程
下载PDF
一种用于基因调控网络建模的CGP-WPSO混合算法 被引量:8
7
作者 蔡昕烨 牛耘 +1 位作者 黄志球 范大娟 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2012年第9期180-182,197,共4页
依靠基因调控网络来预测农作物的表现型,对于保障全球的粮食安全有着极其重要的意义。提出了一种基于笛卡尔遗传规划(Cartesian genetic programming)和线性递减惯性权重粒子群优化(linear decreasing inertia weightparticle swarm opt... 依靠基因调控网络来预测农作物的表现型,对于保障全球的粮食安全有着极其重要的意义。提出了一种基于笛卡尔遗传规划(Cartesian genetic programming)和线性递减惯性权重粒子群优化(linear decreasing inertia weightparticle swarm optimization)的混合算法,用于基因调控网络的建模。进一步,为了验证算法的有效性,将算法应用于拟南芥开花调控系统的模型重建问题。最后通过计算机仿真实验表明,该算法能够根据农作物的基因型和环境情况,重建出能够较精确地预测农作物表现型的基因调控网络模型。 展开更多
关键词 拟南芥开花调控系统 基因调控网络 基因编程 粒子群算法 CGP-WPSO混合算法
下载PDF
m^(6)A相关基因在激素性股骨头坏死中的生物信息学分析 被引量:1
8
作者 令狐熙涛 桂佳琦 +2 位作者 梁卓智 瓦庆德 黄帅 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第36期5811-5816,共6页
背景:m^(6)A修饰与股骨头坏死的发生发展相关,但在激素性股骨头坏死中的作用尚不清楚。目的:基于GEO数据库,采用生物信息学方法分析激素性股骨头坏死中表达差异的m^(6)A基因及互作miRNAs,探寻其潜在发病机制。方法:在GEO数据库中检索并... 背景:m^(6)A修饰与股骨头坏死的发生发展相关,但在激素性股骨头坏死中的作用尚不清楚。目的:基于GEO数据库,采用生物信息学方法分析激素性股骨头坏死中表达差异的m^(6)A基因及互作miRNAs,探寻其潜在发病机制。方法:在GEO数据库中检索并下载与激素性股骨头坏死相关的mRNA表达谱数据集(GSE123568),通过R软件对数据集进行差异基因筛选及GO功能、KEGG通路富集分析。识别差异基因中的m^(6)A差异表达基因(m^(6)A-DEGs)并对其进行GO功能与KEGG通路富集分析,比较m^(6)A-DEGs的表达量并分析它们之间的相关性。最后通过Cytoscape构建m^(6)A-DEGs的PPI互作网络及筛选核心基因。使用TargetScan,miRTarBase和miRBD数据库预测m^(6)A-DEGs相关的潜在miRNAs,同时使用ChIPBase及hTFtarget数据库预测7个核心基因潜在转录因子,然后分别构建m^(6)A-miRNA与转录因子m^(6)A调控网络。最后使用数据集GSE74089验证7个核心m^(6)A-DEGs的表达水平。结果与结论:①从数据集中共筛选出2460个差异表达的基因,其中1455个上调,1005个下调。②从数据集中筛选出了14个m^(6)A-DEGs,包括3个下调和11个上调基因,m^(6)A-DEGs在激素性股骨头坏死中的表达具有显著差异(P<0.05),Spearman分析表明它们之间具有一定相关性。③m^(6)A-DEGs的GO和KEGG富集分析主要集中在骨髓细胞分化与发育、免疫受体与细胞因子受体活性、破骨细胞分化、AMPK与白细胞介素17信号通路。④m^(6)A-DEGs前7个核心基因包括YTHDF3,YTHDF1,YTHDF2,ALKBH5,METTL3,HNRNPA2B1及HNRNPC,它们在miRTarBase,miRDB和TargetScan数据库中共有44个miRNA重叠,在ChIPBase及hTFtarget数据库中共有79个重叠转录因子。⑤在GSE74089数据集中有6个核心m^(6)A-DEGs的表达水平与GSE123568数据集一致。⑥结果证实,根据生物信息学方法筛选的7个m^(6)A-DEGs可能通过调控多个miRNA、转录因子和AMPK及白细胞介素17信号通路表达,进而影响激� 展开更多
关键词 激素性股骨头坏死 m^(6)A甲基化 微小RNA 转录因子 生物信息学 差异基因 基因调控网络 核心基因
下载PDF
肝癌基因调控网络研究进展 被引量:6
9
作者 刘湘琼 连保峰 林勇 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1322-1331,共10页
肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是我国常见的恶性肿瘤之一。肝癌基因调控网络(HCC regulatory network,HCC GRN)是研究肝癌分子机制的重要途径之一,其节点包括肝癌相关的分子,如mi RNA、TF等,网络的边由节点间相互作用关系构成。... 肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是我国常见的恶性肿瘤之一。肝癌基因调控网络(HCC regulatory network,HCC GRN)是研究肝癌分子机制的重要途径之一,其节点包括肝癌相关的分子,如mi RNA、TF等,网络的边由节点间相互作用关系构成。基于不同类型的数据构建的肝癌基因调控网络其类型及特征各有不同。综合近年来肝癌基因调控网络研究发现,由TF与mi RNA构建的肝癌转录调控网络更能揭露肝癌关键基因,反映关键基因在调控网络中的扰动情况。整合基因变异信息与调控网络成为研究肝癌基因调控网络的趋势,但相应的研究几乎是空白的。本文从HCC GRN的数据来源、分类及特征,及各类型调控网络的近年研究情况等方面进行综述,并结合相关研究工作对肝癌基因调控网络研究现状进行分析与讨论,对前景进行展望,为这一领域研究工作提供参考。 展开更多
关键词 肝癌 基因调控网络 转录调控网络 基因变异
原文传递
基于miRNA-gene调控网络的miRNA重要性评估
10
作者 顾丽丽 郑泽昆 +1 位作者 方紫婵 许鹏 《广州大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第3期8-14,共7页
MicroRNAs(miRNAs)是一类非编码短序列RNAs分子,它能够与靶基因特异性结合,进而影响靶基因对应的蛋白质产量。单个miRNA可能调节多个基因的表达,同时,单个基因的表达也可能被多个miRNAs所调控。已有研究表明,miRNA可以作为潜在的肿瘤标... MicroRNAs(miRNAs)是一类非编码短序列RNAs分子,它能够与靶基因特异性结合,进而影响靶基因对应的蛋白质产量。单个miRNA可能调节多个基因的表达,同时,单个基因的表达也可能被多个miRNAs所调控。已有研究表明,miRNA可以作为潜在的肿瘤标志物用于癌症的早期诊断和治疗。评价不同miRNAs的重要性对于探究miRNA在各种疾病中的作用具有重要的意义。因此,文章基于miRNA与基因之间的调控网络,提出了一种miRNA重要性评价指标。通过对该指标对miRNAs进行打分排序,排名靠前的miRNAs与疾病相关可能性越大,GO富集分析结果表明,排名靠前的miRNAs具有重要的生物学功能。基于排名靠前的100个miRNAs表达特征,训练SVM分类模型对各种癌症进行分类,实验证明其平均精度达到90%以上。总之,文章提出的miRNA重要性指标对于疾病相关miRNAs的识别以及应用具有重要的指导意义。 展开更多
关键词 MIRNA 基因调控网络 基因 重要性评估
下载PDF
类风湿性关节炎滑膜组织差异基因的筛选和分析 被引量:2
11
作者 王晨宇 姚佳炜 +1 位作者 徐雄峰 邱波 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2023年第20期3224-3229,共6页
背景:类风湿性关节炎为自身免疫性疾病,研究其发病机制并进行相应的靶向治疗是目前主要的研究方向。目的:对类风湿性关节炎滑膜炎基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找差异基因,建立和完善类风湿性关节炎的基因调控网络。方法:利用GEO2... 背景:类风湿性关节炎为自身免疫性疾病,研究其发病机制并进行相应的靶向治疗是目前主要的研究方向。目的:对类风湿性关节炎滑膜炎基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找差异基因,建立和完善类风湿性关节炎的基因调控网络。方法:利用GEO2R对数据库中筛选出的类风湿性关节炎芯片进行基因差异表达分析,使用R语言及DAVID对差异基因进行基因本体论富集分析和DAVID功能富集分析,String数据库进行蛋白网络互作分析,Cystoscape软件获取关键基因,实时荧光定量PCR和Western blot对部分关键靶基因进行实验验证。结果与结论:(1)类风湿性关节炎患者的滑膜组织中2064个基因呈差异性表达,其中上调基因625个,下调基因1439个;(2)差异基因主要涉及免疫反应激活细胞表面受体信号通路和抗原受体介导的信号通路等生物反应;(3)根据蛋白互作网络分析筛选出10个关键靶基因,包括表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、MYC、RELA、ITGB2、LCK、EPHB2、IRF4、NRAS、FN1、MAPK1;(4)基于蛋白互作网络的蛋白互作线数量与Cystoscape算法评分得到EGFR、MYC、RELA、ITGB2、LCK五个显著性较高的基因,并对其进行实验验证;(5)实时荧光定量PCR和Western blot实验结果表明,类风湿性关节炎组滑膜组织中EGFR、MYC、RELA、ITGB2、LCK基因的mRNA和蛋白表达水平较对照组滑膜组织显著增高,其中EGFR最为显著;(6)提示膝关节类风湿性关节炎滑膜组织有明显不同的基因表达特征,其中EGFR是类风湿性关节炎滑膜组织最有价值的差异表达基因。 展开更多
关键词 类风湿性关节炎 滑膜组织 差异基因 生物信息学 基因调控网络
下载PDF
基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断算法综述
12
作者 张少强 潘镜伊 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第1期1-12,共12页
通过基因表达的变化可以推断基因调控网络.单细胞RNA测序(scRNA-seq)为推断细胞周期或分化等时间依赖性生物过程的基因调控网络提供了新的可能性,基于scRNA-seq数据的基因调控网络推断算法成为一个相对活跃的研究方向.本文首先对26种基... 通过基因表达的变化可以推断基因调控网络.单细胞RNA测序(scRNA-seq)为推断细胞周期或分化等时间依赖性生物过程的基因调控网络提供了新的可能性,基于scRNA-seq数据的基因调控网络推断算法成为一个相对活跃的研究方向.本文首先对26种基因调控网络推断算法进行介绍,包括3种针对批量RNA测序数据的推断算法和23种针对scRNA-seq数据的推断算法(基于布尔网络的算法2种、基于微分方程的算法3种、基于伪时序基因相关性集成策略的算法5种、基于共表达基因的算法4种、基于细胞特异性的算法3种、基于深度学习的算法6种),详细描述了每类算法的方法原理和算法优缺点,对算法进行综合比较;然后分析了推断算法比较研究的相关成果,并使用scRNA-seq数据简单评估了26种算法的性能;最后探讨当前基因调控网络推断算法面临的机遇与挑战. 展开更多
关键词 基因调控网络 单细胞RNA测序 网络推断算法 深度学习
下载PDF
系统生物学的现状与展望 被引量:5
13
作者 石铁流 李亦学 《中国科学基金》 CSCD 北大核心 2005年第5期282-286,共5页
作为生物学的一个新领域,系统生物学的兴起及发展为研究生命活动提供了一个全新的思路和方法,它将各种组学的方法综合起来,通过高通量的实验手段,从转录组、蛋白质组、代谢组等方面多层次、全方位地对生物体内的生命活动进行检测,同时... 作为生物学的一个新领域,系统生物学的兴起及发展为研究生命活动提供了一个全新的思路和方法,它将各种组学的方法综合起来,通过高通量的实验手段,从转录组、蛋白质组、代谢组等方面多层次、全方位地对生物体内的生命活动进行检测,同时利用生物信息学的方法和手段对相关的数据进行分析及整合,并在此基础上,对相关的生命活动进行模拟,以期系统地研究和阐明生命活动的规律。本文简单介绍了系统生物学的现状,研究的内容及方法,并对今后的发展提出了一些想法。 展开更多
关键词 系统生物学 生物系统建模 高通量 基因调控网络 蛋白质相互作用网络 现状 生命活动 展望 生物信息学 实验手段
原文传递
基于复杂网络的时延基因调控网络构建 被引量:6
14
作者 王雪松 谷阳阳 程玉虎 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第11期2518-2522,共5页
借鉴复杂网络的分析思想和方法,采用规范化Laplace矩阵和K均值聚类法对基因调控网络进行多社团划分,同时给出每个社团内部和社团之间基因的相互作用情况.另外,为反映基因之间真实的相互作用过程和提高建模精度,在社团划分之前,采用时间... 借鉴复杂网络的分析思想和方法,采用规范化Laplace矩阵和K均值聚类法对基因调控网络进行多社团划分,同时给出每个社团内部和社团之间基因的相互作用情况.另外,为反映基因之间真实的相互作用过程和提高建模精度,在社团划分之前,采用时间序列谱分析法对基因表达时延进行精确估计.酵母细胞周期基因调控关系分析的实验结果表明,本文所提方法能更准确地反映基因之间的相互作用过程和提供基因调控模型的细节. 展开更多
关键词 复杂网络 时延 基因调控网络 社团
下载PDF
基于相关性分析和主成分分析的基因调控网络研究 被引量:6
15
作者 董艺 路云龙 《吉林化工学院学报》 CAS 2021年第9期112-116,共5页
为了构建基因调控网络模型,提出了相关性分析和主成分分析相结合的方法.利用皮尔逊相关系数进行相关性分析,构造初始的基因调控网络.进而利用主成分分析法确立剪边原则,从而获得新的基因调控网络.采用Dream3中的大肠杆菌(Ecoli1)10个基... 为了构建基因调控网络模型,提出了相关性分析和主成分分析相结合的方法.利用皮尔逊相关系数进行相关性分析,构造初始的基因调控网络.进而利用主成分分析法确立剪边原则,从而获得新的基因调控网络.采用Dream3中的大肠杆菌(Ecoli1)10个基因的表达数据进行测试,结果表明,参考黄金标准下的基准网络,所提方法获得的基因调控网络具有较高的准确性. 展开更多
关键词 基因调控网络 主成分分析 相关性分析 皮尔逊相关系数
下载PDF
先天性巨结肠遗传学研究进展、问题与展望
16
作者 高雅 姜茜 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第4期542-552,共11页
先天性巨结肠(hirschsprung disease,HSCR)又称肠无神经节细胞症,是引起儿童肠梗阻最常见的消化系统疾病,以肠神经嵴细胞增殖、迁移、分化障碍导致远端肠组织中神经节细胞缺失为主要病理特征.基因变异导致的功能缺陷和基因-环境交互作... 先天性巨结肠(hirschsprung disease,HSCR)又称肠无神经节细胞症,是引起儿童肠梗阻最常见的消化系统疾病,以肠神经嵴细胞增殖、迁移、分化障碍导致远端肠组织中神经节细胞缺失为主要病理特征.基因变异导致的功能缺陷和基因-环境交互作用分别在疾病发生中扮演不同角色.得益于遗传学研究方法的快速发展及普及应用,目前多数家族性患者及部分散发病例的致病基因及疾病遗传结构已被解析.本文首先对遗传及非遗传因素的疾病发生贡献进行了概述,然后重点阐述了肠组织特异性基因相互作用与复杂调控网络、多变异协同致病、肠神经系统发育调控分子以及嵌合体变异作为该病潜在遗传机制的主要研究进展,并围绕“遗传力丢失”、现有分析手段统计效力不足、针对弱效基因变异组合的检测模型缺乏及临床转化应用中面临的主要瓶颈问题进行了论述,最后展望了基于基因编辑技术的疾病研究模型构建、干细胞移植治疗及多组学整合的未来研究方向与应用前景. 展开更多
关键词 先天性巨结肠 遗传力 外显率 基因调控网络 嵌合体变异 干细胞移植
原文传递
三类基因振子和它们的基本动力学 被引量:5
17
作者 周天寿 胡长春 《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2008年第1期1-5,共5页
蛋白质作为基因调控过程的产物,它的丰度的周期变化处在重要细胞过程的心脏.把基因振子分为3类:松弛型基因振子、规则型基因振子和随机型基因振子.我们分析了它们的基本动力学,显示出它们有不同的动力学性质.例如,松弛振子展示出跳跃动... 蛋白质作为基因调控过程的产物,它的丰度的周期变化处在重要细胞过程的心脏.把基因振子分为3类:松弛型基因振子、规则型基因振子和随机型基因振子.我们分析了它们的基本动力学,显示出它们有不同的动力学性质.例如,松弛振子展示出跳跃动力行为,规则振子展示出规则的极限环,而随机振子展示出连贯共振.这种分类对系统地研究基因振子和它们的群体行为将起着重要的作用. 展开更多
关键词 基因调控网 基因振子 噪声 连贯共振
下载PDF
整合受体调控基因表达信息构建细胞通信网络 被引量:1
18
作者 郭书旗 张绍武 +1 位作者 李岩 张世华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第3期623-633,共11页
目的构建细胞通信网络有助于揭示细胞间协同工作机制、生物学过程和疾病发病机理。目前基于配体-受体相互作用构建细胞通信网络的方法大多只考虑配体和受体的表达信息,忽略了受体对其调控基因的信号传递影响,导致构建的细胞通信网络可... 目的构建细胞通信网络有助于揭示细胞间协同工作机制、生物学过程和疾病发病机理。目前基于配体-受体相互作用构建细胞通信网络的方法大多只考虑配体和受体的表达信息,忽略了受体对其调控基因的信号传递影响,导致构建的细胞通信网络可靠性较低。鉴于此,本文提出IRRG算法,旨在构建更为准确的细胞通信网络,并挖掘具有生物学意义的细胞通信模式。方法本文提出了一种整合受体调控基因表达信息构建细胞通信网络的方法(命名为IRRG)。该方法通过随机游走方式计算受体对下游基因的影响得分,进而与配体-受体共表达量结合构建细胞通信网络。结果使用IRRG构建了小鼠滤泡间表皮(IFE)细胞通信网络并分析了配体-受体对的生物学意义,验证了IRRG计算受体影响得分的稳定性和细胞通信网络构建的可靠性。此外,使用IRRG构建了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的细胞通信网络,挖掘并分析其肿瘤微环境细胞通信模式。结论IRRG可以构建富有生物学意义并且可靠的细胞通信网络,帮助人们从细胞通信的角度更深入地了解多种生物过程。IRRG算法代码可从GitHub获取:https://github.com/NWPU-903PR/IRRG。 展开更多
关键词 细胞通信 配体-受体 基因共表达 基因调控网络 随机游走
下载PDF
基因表达数量性状定位的研究进展 被引量:5
19
作者 陈颖 汪旭升 +3 位作者 许玲莉 沈勤 王晓冬 陆璐 《生命科学》 CSCD 北大核心 2009年第1期38-42,共5页
近年来,随着人类和一系列模式生物全基因组测序工作的完成,阐明基因互作、调控网络及代谢途径的生物学功能,成为后基因组时代生物学研究的重点及热点。最近将数量性状定位(quantitative trait loci,QTL)和基因表达分析联合运用,产生了... 近年来,随着人类和一系列模式生物全基因组测序工作的完成,阐明基因互作、调控网络及代谢途径的生物学功能,成为后基因组时代生物学研究的重点及热点。最近将数量性状定位(quantitative trait loci,QTL)和基因表达分析联合运用,产生了遗传基因组学或基因表达数量性状定位(expression QTL;eQTL)。本文简要地回顾了基因表达遗传变异的本质及eQTL分析的基本原理。在此基础上,结合我们当前的研究工作,重点介绍了eQTL分析方法在候选基因挖掘和基因调控网络构建中的运用,并结合单核苷酸多态性(SNP)对基因表达的影响等问题,讨论eQTL在实际研究分析中面临的困难,并探讨该领域的挑战和发展方向。 展开更多
关键词 遗传基因组学 基因表达数量性状定位(eQTL) 基因表达 数量性状 基因调控网络
原文传递
基于动态Bayesian网络的基因调控网络建模 被引量:4
20
作者 张妤 邓志东 +1 位作者 孙欣 贾培发 《清华大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1173-1177,共5页
为了精确建模与推断基因调控网络,提出一种基于动态Bayesian网络的多数据融合方法(SP-DBN)。该方法利用结构期望最大算法进行未知结构学习,基于粒子滤波方法完成参数学习,可有效处理数据缺失与噪声问题,更好地捕捉数据中固有的动态特性... 为了精确建模与推断基因调控网络,提出一种基于动态Bayesian网络的多数据融合方法(SP-DBN)。该方法利用结构期望最大算法进行未知结构学习,基于粒子滤波方法完成参数学习,可有效处理数据缺失与噪声问题,更好地捕捉数据中固有的动态特性,并通过其先验结构,在基因表达数据的基础上,自然地融合转录因子绑定位点等多数据源信息。基于酿酒酵母的真实数据,实验结果表明:对于仅采用基因表达数据的情况,SP-DBN的敏感度与特异度分别提高到19%和95%;融入绑定位点数据后,SP-DBN的敏感度可从19%进一步提升至20%,而特异度则仍保持在95%的水平。 展开更多
关键词 基因调控网络 动态Bayesian网络 结构期望最大 粒子滤波 多数据融合
原文传递
上一页 1 2 7 下一页 到第
使用帮助 返回顶部