通过DNA从头测序分析人胸膜间皮瘤发生的高关联度突变基因。提取恶性胸膜间皮瘤(MPM)组织和正常胸膜组织DNA,构建基因文库,用Illumina HiSeqX Ten PE 150平台测序,将测序结果与人类基因组数据库的参考序列进行比对、注释,并对测序结果...通过DNA从头测序分析人胸膜间皮瘤发生的高关联度突变基因。提取恶性胸膜间皮瘤(MPM)组织和正常胸膜组织DNA,构建基因文库,用Illumina HiSeqX Ten PE 150平台测序,将测序结果与人类基因组数据库的参考序列进行比对、注释,并对测序结果进行过滤、错误率分布检查、GC含量分布检查分析。MPM组织DNA平均过滤37829946 bp,错误率小于0.12%,GC含量占41.17%,而正常胸膜组织DNA平均过滤39089681 bp,错误率小于0.1%,GC含量占41.7%,两者测序质量均在Q 30(≥80%)以上,MPM为87.43%,正常胸膜为88.36%。以上高质量测序数据通过BWA比对到参考基因组(GRCh 37/hg 19),得到最初比对序列,利用重复标记后的比对序列进行覆盖度、深度等统计,覆盖深度达到10 X以上该突变位点可信。结果显示,实验病例XL14覆盖深度达到10 X的占98.59%,覆盖率达到99.83%;对照病例Z5占98.50%,覆盖率达到99.79%。对该序列进行基因注释分析,发现一系列单核苷酸多态性、基因插入缺失、基因结构变异、基因拷贝数变异,筛选出总变异位点数29277个,可能致病的变异位点数22个,致病性的变异位点数5个,不确定变异有害性的位点数为3353个,其余变异位点均为良性。进一步对突变基因进行富集、关联性分析,预测出突变基因TXNDC2与人胸膜间皮瘤的发生高度相关,相关系数达到0.8以上;突变基因PIEN、ABCC1、UGT1A7、UGT1A3、UGT1A4、UGT1A9、ALDH3B1、UGT1A5等与人胸膜间皮瘤有一定关联性,关联度在0~0.2之间。基因TXNDC2、PIEN、ABCC1、UGT1A7、UGT1A3、UGT1A4、UGT1A9、ALDH3B1、UGT1A5的变异可能与人胸膜间皮瘤的发生发展有关。本实验为人胸膜间皮瘤分子诊断提供了参考。展开更多
文摘目的：研究血管紧张素转化酶（ACE）基因插入或缺失（I /D）多态性与健康新生儿胰岛素敏感性的关系。方法180例健康新生儿（孕周>33周，1分钟 Apgar 评分>7分）在出生时测量体重、身长，生后2~3天上午8～9时哺乳前取足跟血，测空腹血糖（FG）和空腹胰岛素（FI）水平，提取 DNA 进行 ACE 基因分型，用 FI 和内稳态模式评估值（HOMA）衡量胰岛素敏感性。结果 ACE基因分布符合 Hardy-Weinberg 平衡定律（χ2=0.188，P =0.910）。不同 ACE 基因型间出生体格无差异。DD 基因型的 HOMA 对数值最高（0.21±0.45），但与 ID 和 II 基因型相比差异无显著性。DD 基因型与≥1个 I 等位基因（即 ID+II 基因型）比较，DD 基因型 FI 对数值较高（0.93±0.41比0.76±0.36, P=0.018），DD 基因型的 HOMA 对数值较高（0.21±0.45比0.01±0.38, P=0.010）。结论在健康新生儿， D 等位基因与相对差的胰岛素敏感性相关。这可能是解释远期胰岛素抵抗与 D 等位基因相关的线索。
