期刊文献+
共找到9篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
马铃薯StIgt基因家族的鉴定及其对干旱胁迫的响应分析 被引量:9
1
作者 秦天元 刘玉汇 +6 位作者 孙超 毕真真 李安一 许德蓉 王一好 张俊莲 白江平 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期780-786,共7页
干旱胁迫是影响马铃薯产量和品质的主要非生物胁迫因素之一。马铃薯在抵御干旱胁迫的过程中,根系的生长发育和构型分布发挥着重要作用。Igt基因家族是普遍存在于植物中的一类功能基因,在调控植物根系构型和提高植株抗逆性等方面效果显... 干旱胁迫是影响马铃薯产量和品质的主要非生物胁迫因素之一。马铃薯在抵御干旱胁迫的过程中,根系的生长发育和构型分布发挥着重要作用。Igt基因家族是普遍存在于植物中的一类功能基因,在调控植物根系构型和提高植株抗逆性等方面效果显著。本研究以马铃薯双单倍体‘DM-v4.03’高质量基因组为参考,在全基因组范围内分析鉴定了StIgt基因家族的成员,并采用多种生物信息学软件对其进行了系统进化树构建、染色体定位、保守蛋白结构域、基因结构和顺式元件预测。同时,利用本课题组前期对马铃薯四倍体品系在不同干旱条件下的转录组测序结果,分析了StIgts响应干旱胁迫的表达谱。结果表明,在马铃薯中共鉴定获得10个StIgt家族成员,其中StIgt1由本课题组前期克隆获得。除StIgt1位置信息不明外,其余基因不均匀地分布在1、2、5、7、10和11号染色体上。StIgt家族蛋白长度为110~283个氨基酸,分子量介于13.136~32.542 kD之间,预测等电点为3.82~9.86。系统进化树分析发现,该基因家族可分为3个亚族,亚族间的基因结构、蛋白保守域和顺式作用元件差别明显。干旱胁迫下的表达谱分析表明,StIgt6、StIgt7、StIgt9和StIgt10响应早期干旱胁迫,在干旱2 h时即迅速上调表达。这些结果为阐明StIgt基因家族的进化关系和进一步研究其成员的功能特性提供了理论基础。 展开更多
关键词 全基因组 马铃薯 StIgt基因家族 干旱胁迫 表达谱分析
下载PDF
辣椒HD-Zip基因家族鉴定、系统进化及表达分析 被引量:6
2
作者 邵晨冰 黄志楠 +2 位作者 白雪滢 王云鹏 段伟科 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1004-1017,共14页
【目的】鉴定辣椒HD-Zip基因家族,并利用生物信息学方法系统分析其在基因组中的分布、基因结构、进化分化特征及在不同组织中的时空表达特异性,解析该家族的进化特征及生物学功能。【方法】根据已报道及PlantTFDB数据库中的拟南芥HD-Zi... 【目的】鉴定辣椒HD-Zip基因家族,并利用生物信息学方法系统分析其在基因组中的分布、基因结构、进化分化特征及在不同组织中的时空表达特异性,解析该家族的进化特征及生物学功能。【方法】根据已报道及PlantTFDB数据库中的拟南芥HD-Zip序列,利用本地BLAST工具在我国辣椒测序品种‘遵辣1号’基因组中比对,并利用Pfam、SMART工具进一步验证。采用EMBOSS Programs、MEGA、GSDS、MEME、MCScanX、OrthoMCL、Circos等软件预测辣椒HD-Zip基因家族成员蛋白理化性质,构建系统进化树,定位染色体,分析基因结构、基因复制类型及直系、旁系同源基因。基于GEO数据库,运用R软件、本地perl语言及Cytoscape分析辣椒HD-Zip组织表达差异并绘制共表达网络。【结果】本研究在‘遵辣1号’基因组中鉴定获得42条辣椒HD-Zip,命名为CaHDZ01-CaHDZ42。CaHDZs长度跨度较大,70%CaHDZ蛋白的pI小于7.0。除CaHDZ42,其余基因不均匀地分布在12条染色体上,部分基因为片段复制。该基因家族可分为4个亚族,分别含有18、9、5、10个HD-Zip,基因结构及蛋白结构域差别显著。辣椒、番茄和拟南芥3个物种中的直系同源基因对数目大体相同,但同为茄科的辣椒和番茄之间的稍多;辣椒中的旁系同源基因少于番茄和拟南芥,说明辣椒基因组的倍增事件并没有使CaHDZs明显扩增。对无油樟、水稻、玉米、番茄、马铃薯、辣椒‘CM334’、辣椒‘Zunla-1’、毛果杨、葡萄以及拟南芥9个代表物种的HD-Zip进化特征分析结果表明,从被子植物开始,HD-Zip基因家族就稳定存在4个亚族。推测在形成4个亚族前,HD-Zip分为两组,其中一组分化成Ⅰ和Ⅱ亚族,而另一组则分化成为Ⅲ和Ⅳ亚族。CaHDZs在根、茎、叶、花芽、花和果实不同发育时期的表达模式分析结果显示,4个亚族具有不同程度的表达趋势。其中Ⅰ亚族基因在辣椒不同组织中的表达量均较高 展开更多
关键词 辣椒 HD-Zip基因家族 系统进化 表达分析
下载PDF
红花CtWD40转录因子家族基因的生物信息学分析 被引量:6
3
作者 王刚 章正仁 +5 位作者 王一非 洪瑛琦 刘秀明 姚娜 董园园 李海燕 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第14期3432-3440,共9页
WD40转录因子家族是真核生物中广泛存在的基因超家族,与植物生长及发育调控密切相关。并且在以往的研究中发现WD40转录因子参与花色苷的合成,而花色苷是红花类黄酮化合物的重要组成之一。该研究通过生物信息学手段及基因表达分析方法鉴... WD40转录因子家族是真核生物中广泛存在的基因超家族,与植物生长及发育调控密切相关。并且在以往的研究中发现WD40转录因子参与花色苷的合成,而花色苷是红花类黄酮化合物的重要组成之一。该研究通过生物信息学手段及基因表达分析方法鉴定了红花基因组中40个CtWD40家族成员。研究根据拟南芥等植物WD40蛋白序列及系统发育特点将红花CtWD40家族归为7个亚家族,结合保守基序分析揭示每个亚家族成员特定的保守基序与基因结构,发现进化关系邻近的家族成员在保守基序与基因结构上具有一定的相似性。其次,基因启动子顺式作用元件搜索发现CtWD40特定启动子元件,揭示其可能参与的代谢途径。接下来,使用功能富集分析,分析CtWD40蛋白的功能类别和细胞定位,并通过CtWD40蛋白间相互作用,预测其潜在的调控功能。最后,根据qRT-PCR揭示了红花CtWD40亚家族19个成员在红花不同组织及花期中的差异表达。该研究为红花CtWD40基因功能验证及表达分析提供了理论依据。 展开更多
关键词 红花 WD40基因 生物信息分析 表达分析 系统发育
原文传递
基于家族分析的苜蓿逆境应答Ca^(2+) ATPase家族基因筛选与鉴定 被引量:6
4
作者 张美萍 杨珺凯 +2 位作者 孙明哲 贾博为 孙晓丽 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期198-208,共11页
Ca^(2+) ATPase属于P型ATPase超家族,在植物对外界逆境的应答中发挥重要作用,但迄今尚未有苜蓿Ca^(2+) ATPase基因研究的相关报道。为筛选逆境胁迫应答Ca^(2+) ATPases,本研究鉴定获得了16个苜蓿Ca^(2+) ATPase家族成员,分布在7条染色体... Ca^(2+) ATPase属于P型ATPase超家族,在植物对外界逆境的应答中发挥重要作用,但迄今尚未有苜蓿Ca^(2+) ATPase基因研究的相关报道。为筛选逆境胁迫应答Ca^(2+) ATPases,本研究鉴定获得了16个苜蓿Ca^(2+) ATPase家族成员,分布在7条染色体上,且存在一对旁系同源基因。系统进化分析表明苜蓿Ca^(2+) ATPases分为ACA和ECA亚家族,ACA亚家族分为4组,且组内成员具有相似的内含子-外显子组成模式。此外,苜蓿Ca^(2+) ATPase家族具有高度保守的蛋白序列组成,包括4个功能结构域、10个跨膜结构域和11个保守motif。转录组数据分析发现该家族具有不同的逆境诱导表达模式,且多数苜蓿Ca^(2+) ATPases家族基因受低温和冷冻胁迫诱导表达,其中Mt ACA9和Mt ACA8上调表达最明显。q RT-PCR结果证实Mt ACA9和Mt ACA8表达在低温和冷冻胁迫下显著上调。本研究结果为揭示苜蓿Ca^(2+) ATPase基因在低温冷害应答中的功能提供了重要参考。 展开更多
关键词 苜蓿 Ca2+ATPase 家族分析 逆境应答 表达分析
原文传递
芍药胼胝质合成酶基因家族鉴定及PlCalS5功能分析
5
作者 贺丹 尤啸龙 +5 位作者 何松林 张明星 张佼蕊 华超 王政 刘艺平 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第16期3183-3198,共16页
【目的】CalS家族在调控植物胼胝质合成方面具有重要作用,鉴定芍药CalS家族成员,并进行生物信息学和表达模式分析,为芍药属远缘杂交不亲和研究提供依据。【方法】通过荧光显微镜观察自交、杂交柱头内花粉管生长过程及花粉萌发情况;测定... 【目的】CalS家族在调控植物胼胝质合成方面具有重要作用,鉴定芍药CalS家族成员,并进行生物信息学和表达模式分析,为芍药属远缘杂交不亲和研究提供依据。【方法】通过荧光显微镜观察自交、杂交柱头内花粉管生长过程及花粉萌发情况;测定柱头所含胼胝质、内源脱落酸含量(ABA)以及β-1,3-葡聚糖酶活性;分段克隆8个PlCalS并进行序列分析;使用Expasy、MEME、TBtools、MEGA 7.0等软件和在线工具预测PlCalS家族成员蛋白质基本理化性质、保守基序并构建系统发育进化树;利用qRT-PCR技术检测8个PlCalS在自交24 h、杂交24 h、杂交36 h的相对表达水平;对CalS5进行多序列比对并构建系统进化树,分析PlCalS5响应不同浓度ABA处理的表达特征。【结果】花粉管荧光显微观察发现杂交柱头内发生较为严重的胼胝质堵塞从而影响花粉管的正常生长及花粉的萌发。测定柱头内胼胝质含量发现多数时期自交柱头均低于同时期杂交柱头的含量,柱头内β-1,3-葡聚糖酶活性、ABA含量变化均具有一定的规律性。通过对结构域的完整性分析鉴定芍药PlCalS基因家族成员,后经同源性比对分析命名8个CalS,均含有15个保守基序且在PlCalS基因家族中的分布类似。多物种系统进化关系表明,CalS家族可分为3个分支,PlCalS家族仅分布在2个分支,其中PlCalS5与牡丹、拟南芥和番茄的CalS5亲缘关系较近。生物信息学分析结果表明8个家族成员编码1745—1951个氨基酸,原子总数为28583—31870个,等电点为7.99—9.13。对转录组FPKM值的分析表明,PlCalS家族成员在相同时期杂交处理中有较高表达,相同处理情况下在杂交36 h时高表达;荧光定量PCR表明,8个基因的相对表达量在自交24 h时均低于杂交24 h和杂交36 h。经两个浓度的ABA处理,发现PlCalS5对高浓度的ABA更为敏感。【结论】芍药CalS家族有8个基因成员且具有较高的保守性,8个家族 展开更多
关键词 芍药属 远缘杂交不亲和 CalS基因家族 表达分析
下载PDF
苦荞糖基转移酶基因FtUGT143的克隆及表达分析
6
作者 王佳蕊 孙培媛 +2 位作者 柯瑾 冉彬 李洪有 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期204-212,共9页
苦荞[Fagopyrum tataricum(L.)Gaertn]富含类黄酮C-糖苷,具有抗氧化、抗癌和消炎等多种保健作用。通过RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reaction)技术从苦荞中克隆得到了一个糖基转移酶基因,命名为FtUGT143,对其进行生... 苦荞[Fagopyrum tataricum(L.)Gaertn]富含类黄酮C-糖苷,具有抗氧化、抗癌和消炎等多种保健作用。通过RT-PCR(reverse transcription-polymerase chain reaction)技术从苦荞中克隆得到了一个糖基转移酶基因,命名为FtUGT143,对其进行生物信息学、分子对接、基因表达、基因表达量与代谢物含量相关性等分析。结果表明,FtUGT143全长CDS序列为678 bp,编码226个氨基酸。密码子偏好分析结果显示,FtUGT143具有双子叶植物的密码子使用偏好性。多序列比对和进化树分析表明,FtUGT143是植物糖基转移酶基因家族中的C-糖基转移酶亚家族成员。分子对接结果表明,FtUGT143能与合成黄酮C-糖苷(牡荆素、异牡荆素、荭草素和异荭草素)的底物芹菜素和木犀草素相互作用。RT-qPCR结果显示,FtUGT143基因在苦荞的各个组织部位中均有表达,但在芽苗期的根、茎、叶中显著表达,且其在不同组织部位的表达量与4种黄酮C-糖苷积累量具有较好的相关性。研究结果表明FtUGT143是C-糖基转移酶,它可能参与苦荞中黄酮C-糖苷生物合成,对于揭示苦荞中黄酮C-糖苷的合成机制具有重要意义。 展开更多
关键词 苦荞 C-糖基转移酶 黄酮C-糖苷 基因克隆 分子对接 FtUGT143 表达分析
下载PDF
桑树磷脂酶MaPLA1-2D亚型4个基因的克隆与胁迫应答分析
7
作者 郝博文 李瑞卿 +3 位作者 夏宇 尚姝婷 李文强 张敏娟 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1107-1116,共10页
磷脂酶(phospholipase)是一类在植物生长发育和胁迫应答中起重要调控作用的磷脂水解酶,也是一类重要的信号转导酶。而磷脂酶A1(PLA1)在植物应答生物胁迫和非生物胁迫中的功能研究鲜见报道。研究从桑树(Morus alba L.)中克隆了磷脂酶PLA1... 磷脂酶(phospholipase)是一类在植物生长发育和胁迫应答中起重要调控作用的磷脂水解酶,也是一类重要的信号转导酶。而磷脂酶A1(PLA1)在植物应答生物胁迫和非生物胁迫中的功能研究鲜见报道。研究从桑树(Morus alba L.)中克隆了磷脂酶PLA1的1个亚型MaPLA1-2D基因,对其进行了序列分析、组织表达、胁迫诱导表达和蛋白亚细胞定位分析。结果表明,桑树PLA1-2D亚型基因包括4个成员,命名为MaPLA1-2D.1~MaPLA1-2D.4。4个基因在桑树根和叶中高水平表达,蛋白亚细胞定位在叶绿体。序列和进化分析表明MaPLA1-2D基因4个成员与拟南芥AtDAD1基因的保守结构域序列具有较高相似度且进化关系紧密。MaPLA1-2D基因4个成员的启动子含有多种胁迫应答顺式元件和激素响应元件;胁迫诱导表达模式分析表明MaPLA1-2D基因表达受干旱和脱落酸处理显著诱导。以上结果说明,MaPLA1-2D基因与拟南芥DAD同源,可能在桑树非生物胁迫应答中发挥重要功能。 展开更多
关键词 桑树 磷脂酶A1 MaPLA1-2D 基因克隆 表达分析 非生物胁迫
下载PDF
梅花PmWRKY40基因的克隆及其表达分析 被引量:3
8
作者 彭婷 王艺琴 +3 位作者 陈曼曼 冯蓝萍 包满珠 张俊卫 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期71-78,共8页
为揭示梅花WRKY基因的功能,采用RT-PCR技术从梅花品种'雪梅'(Prunus mume'Xuemei')中分离得到1个WRKY转录因子基因PmWRKY40。序列分析结果显示,该基因cDNA全长1072bp,完整开放阅读框972bp,编码323个氨基酸,包含1个WRKY... 为揭示梅花WRKY基因的功能,采用RT-PCR技术从梅花品种'雪梅'(Prunus mume'Xuemei')中分离得到1个WRKY转录因子基因PmWRKY40。序列分析结果显示,该基因cDNA全长1072bp,完整开放阅读框972bp,编码323个氨基酸,包含1个WRKY结构和1个C2H2型锌指结构。系统进化分析结果显示,梅花PmWRKY40蛋白与欧洲甜樱桃亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析表明:PmWRKY40基因受低温、氧化胁迫诱导,但诱导程度存在差异。此外,SA处理显著提高PmWRKY40的表达,ABA处理则抑制该基因表达。推测PmWRKY40可能在梅花响应低温胁迫过程中起重要作用。 展开更多
关键词 梅花 WRKY转录因子 非生物胁迫 低温胁迫 氧化胁迫 激素处理 基因克隆 表达分析
下载PDF
龙眼乙烯合成途径基因鉴定及响应ACC处理的分析 被引量:1
9
作者 赖春旺 周小娟 +6 位作者 陈燕 刘梦雨 薛晓东 肖学宸 林文忠 赖钟雄 林玉玲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期558-574,共17页
【目的】S-腺苷甲硫氨酸合成酶(SAMS)、1-氨基环丙烷-1-羧酸合成酶(ACS)和1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶(ACO)是植物合成乙烯的3个关键酶,从全基因组水平鉴定龙眼SAMS、ACS和ACO(DlSAMS、DlACS和DlACO)基因家族,并进行生物信息学、体细胞... 【目的】S-腺苷甲硫氨酸合成酶(SAMS)、1-氨基环丙烷-1-羧酸合成酶(ACS)和1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶(ACO)是植物合成乙烯的3个关键酶,从全基因组水平鉴定龙眼SAMS、ACS和ACO(DlSAMS、DlACS和DlACO)基因家族,并进行生物信息学、体细胞胚早期不同阶段及不同浓度1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)和不同处理时间下龙眼胚性愈伤组织的表达模式分析,为进一步研究和利用DlSAMS、DlACS和DlACO基因家族奠定基础。【方法】从拟南芥数据库(TAIR)下载SAMS、ACS和ACO家族蛋白质序列作为参考序列,TBtools、NCBI Blast等工具搜索龙眼基因组数据库,鉴定DlSAMS、DlACS和DlACO基因家族。使用ExPASy、PrediSi、TMHMM Server 2.0、NetPhos 3.1 Server、Plant-PLoc、MEME、PlantCARE、STRING、TBtools等软件和在线工具预测DlSAMS、DlACS和DlACO家族成员蛋白质基本理化性质、保守基序(Motif)与互作关系,定位染色体,分析基因共线性与选择压力、基因结构及启动子顺式作用元件;Clustal W和MEGA-X软件对龙眼、拟南芥、番茄、水稻和玉米的SAMS、ACS和ACO家族成员蛋白质序列分别进行多序列比对、构建系统进化树;根据龙眼转录组数据库的FPKM值,应用TBtools软件绘制DlSAMS、DlACS和DlACO家族成员在体细胞胚早期不同阶段的表达热图;采用qRT-PCR法分析不同浓度ACC和不同处理时间下龙眼胚性愈伤组织DlSAMS、DlACS和DlACO家族成员的表达情况。【结果】龙眼第三代基因组中分别鉴定获得SAMS、ACS和ACO家族成员4个、11个和4个,在家族成员数量上与拟南芥、番茄等物种差异不大。DlSAMS家族成员最保守,所有成员的Motif相同;DlACS和DlACO家族成员也含有较多保守的Motif。3个家族共19个成员分布在11条染色体上,有6对共线性基因,与拟南芥有30对共线性基因,均受纯化选择作用。3个家族的成员均含有大量光、激素和逆境响应元件。家族成员内部的蛋白互作关系较弱,但 展开更多
关键词 龙眼 SAMS ACS ACO 基因家族 表达分析
下载PDF
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部