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鸡传染性喉气管炎病毒王岗株gC和gD基因的克隆及序列分析 被引量：4
1
作者 孟松树 郭鑫 +4 位作者 张绍杰 王柳 仇华吉 王玫 童光志 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第2期108-111,共4页
根据已发表的传染性喉气管炎病毒 ( ILTV) SA-2株的核酸序列 ,设计了 1对引物 ,以 ILTV中国王岗株 DNA为模板 ,PCR法扩增出 1条 1 .3 9kb的基因片段 ,将扩增产物插入到真核表达质粒 p CRTM 3 -Uni,得到重组质粒 p TA-g D。另将克隆到 p ... 根据已发表的传染性喉气管炎病毒 ( ILTV) SA-2株的核酸序列 ,设计了 1对引物 ,以 ILTV中国王岗株 DNA为模板 ,PCR法扩增出 1条 1 .3 9kb的基因片段 ,将扩增产物插入到真核表达质粒 p CRTM 3 -Uni,得到重组质粒 p TA-g D。另将克隆到 p Bluescript SK质粒中的 g C基因酶切后 ,插入到 p CRTM 3 -Uni载体 ,得到重组质粒 p TA-g C。经电泳分析、酶切、PCR鉴定后 ,进行序列测定。序列分析表明 ,ILTV王岗株 g C基因的编码序列与 SA-2株的核苷酸同一性为 99%,而王岗株 g D基因的编码序列在其 C端多了 1 7个核苷酸 ,其余部分的同一性为 97%。鉴于 g C、g D基因在诱导机体产生对 ILTV的免疫应答中的作用 ,g C、g D基因的克隆及其真核表达质粒的构建 ,为 展开更多
关键词 gc基因 GD基因 克隆 序列分析 鸡 ILTV 基因免疫
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广西伪狂犬病毒流行株的分离鉴定及遗传变异分析 被引量：8
2
作者 林俊 陈冰 +6 位作者 覃绍敏 曹颖颖 刘金凤 石永胜 白安斌 赵武 吴健敏 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期142-150,共9页
为了更好防控广西伪狂犬病,本研究采集广西北海发生疑似伪狂犬病疫情（AD）猪场的犬和猪样品进行病毒分离,通过动物接种试验、电镜观察及核酸检测,证实分离到2株PRV毒株。2毒株与GenBank上登录的参考毒株gE和gC基因核苷酸序列同源性为97... 为了更好防控广西伪狂犬病,本研究采集广西北海发生疑似伪狂犬病疫情（AD）猪场的犬和猪样品进行病毒分离,通过动物接种试验、电镜观察及核酸检测,证实分离到2株PRV毒株。2毒株与GenBank上登录的参考毒株gE和gC基因核苷酸序列同源性为97.4%~100.0%和91.3%~99.8%;氨基酸序列同源性为95.1%~100.0%和86.6%~99.5%。基于gE基因和gC基因的进化分析显示,2株分离毒与国内不同时期的毒株在进化树上共同构成一个进化分支,与欧洲和美洲的毒株亲缘关系较远。对氨基酸序列的分析结果显示,2株分离毒的gE基因决定毒力的关键位点未发生突变。基于gE蛋白质与gC蛋白质的分析结果显示,虽然与国外毒株（Rice和Bartha）相比存在多个氨基酸位点的变异,但与国内的分离毒,尤其是2011年后的流行毒株,变异情况基本一致。 展开更多
关键词 伪狂犬病毒 分离鉴定 GE基因 gc基因 遗传变异分析
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疱疹病毒gC基因及其编码蛋白研究进展 被引量：4
3
作者 练蓓 程安春 汪铭书 《中国动物传染病学报》 CAS 2009年第2期82-86,F0003,共6页
疱疹病毒gC基因属晚期基因,其编码的gC糖蛋白位于成熟病毒粒子囊膜表面,作为重要的结构蛋白参与病毒感染过程。同时,gC糖蛋白还构成病毒粒子表面抗原决定簇,是重要的免疫原,可全面诱导宿主的免疫反应。本文就gC基因及其编码蛋白的特点... 疱疹病毒gC基因属晚期基因,其编码的gC糖蛋白位于成熟病毒粒子囊膜表面,作为重要的结构蛋白参与病毒感染过程。同时,gC糖蛋白还构成病毒粒子表面抗原决定簇,是重要的免疫原,可全面诱导宿主的免疫反应。本文就gC基因及其编码蛋白的特点和相关功能等方面进行总结,以期为疱疹病毒gC基因的深入研究提供有用借鉴。 展开更多
关键词 疱疹病毒 gc基因 gc糖蛋白
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鸭肠炎病毒囊膜蛋白gB和gC主要抗原域的原核表达与鉴定 被引量：7
4
作者 张小荣 董广阔 +2 位作者 成大荣 朱善元 吴艳涛 《中国家禽》 北大核心 2011年第2期22-25,28,共5页
根据GenBank中已经发表的鸭肠炎病毒(DEV)基因组序列,在抗原性分析的基础上,设计5对引物,以DEV标准强毒株DPV-F37基因组DNA作为模板分别扩增DEVgB基因主要抗原域编码区(328～552nt、667～1164nt和1519～1797nt)和gC基因主要抗原域编码区... 根据GenBank中已经发表的鸭肠炎病毒(DEV)基因组序列,在抗原性分析的基础上,设计5对引物,以DEV标准强毒株DPV-F37基因组DNA作为模板分别扩增DEVgB基因主要抗原域编码区(328～552nt、667～1164nt和1519～1797nt)和gC基因主要抗原域编码区(67～402nt和472～837nt)。将目的片段克隆入原核表达载体pGEX-6P1中获得重组表达载体pGEX-6P1-gB1、pGEX-6P1-gB2、pGEX-6P1-gB3、pGEX-6P1-gC1和pGEX-6P1-gC2。将重组表达载体转化至BL21宿主菌,经IPTG诱导,外源基因获得了良好表达,融合蛋白大小分别为35、45、37、38和40ku左右。以兔抗DEV多抗血清进行Western blot分析,抗血清与表达的5种融合蛋白均能发生特异性反应。结果提示所有表达出的目的蛋白均具有与天然蛋白相似的反应原性。 展开更多
关键词 鸭肠炎病毒 GB基因 gc基因 原核表达
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鸭瘟病毒gC基因的克隆及其分子特性分析 被引量：5
5
作者 徐超 李欣然 +7 位作者 信洪一 练蓓 程安春 汪铭书 朱德康 贾仁勇 罗启慧 陈孝跃 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1038-1044,共7页
对已构建的鸭瘟病毒(DPV)DNA文库重组质粒测序后,运用ORF Finder、BLASTN等工具进行全面生物信息学分析,根据分析结果设计引物,以DPV DNA为模板进行PCR扩增和T克隆,获得完整基因,经测序和探针核酸斑点杂交进行验证。结果证实,获得的完整... 对已构建的鸭瘟病毒(DPV)DNA文库重组质粒测序后,运用ORF Finder、BLASTN等工具进行全面生物信息学分析,根据分析结果设计引物,以DPV DNA为模板进行PCR扩增和T克隆,获得完整基因,经测序和探针核酸斑点杂交进行验证。结果证实,获得的完整ORF片段(ORF1296)为DPV的gC基因(GenBank登录号EU076811),全长1 296 bp,与已报道的其他疱疹病毒gC基因具有较高的同源性,它编码432个氨基酸,蛋白分子质量为45 ku、等电点(PI)为5.292,具有疱疹病毒典型I型膜蛋白结构特征。gC基因进化树分析表明,DPV与α-疱疹病毒亚科的鸟源疱疹病毒亲缘关系最近,编码的gC蛋白多为柔性区域,富含无规卷曲,含少量α-螺旋和β-折叠,氨基酸序列的第21～24、50～58、67～70、161～171、273～281、387～393位最有可能为抗原表位。此结果为进一步开展DPV gC基因及其编码蛋白的深入研究提供了有用数据。 展开更多
关键词 鸭瘟病毒 gc基因 克隆 分子特性
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甘草鲨烯合酶基因多态性对其编码酶催化效率影响的研究 被引量：7
6
作者 刘颖 张宁 +3 位作者 王学勇 刘春生 陈宏昊 文浩 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第24期3777-3783,共7页
目的:分析甘草鲨烯合酶(squalene synthase,SQS)基因多态性及其对编码酶催化效率的影响,为揭示优质甘草形成的分子机制奠定基础。方法:提取甘草总RNA;PCR扩增其SQS基因编码序列;测序后分析SQS序列的多态性;将具有明显差异的4个甘草SQS序... 目的:分析甘草鲨烯合酶(squalene synthase,SQS)基因多态性及其对编码酶催化效率的影响,为揭示优质甘草形成的分子机制奠定基础。方法:提取甘草总RNA;PCR扩增其SQS基因编码序列;测序后分析SQS序列的多态性;将具有明显差异的4个甘草SQS序列(SQS1C,SQS1F,SQS2A,SQS2B)连入表达载体pET-32a(+),转化大肠杆菌BL21;IPTG诱导蛋白表达,纯化后用于体外酶促反应;GC-MS鉴定产物并比较相对含量。结果:甘草SQS1基因存在单核苷酸多态性(single nuclearpolymorphisms,SNPs)、插入与缺失多态性(InDel)、选择性剪接(AS)多态性;SQS2基因只存在SNPs。氨基酸序列分析显示,SQS1非保守替换占53.94%,结构域中有2个位点突变;SQS2非保守替换占60%,结构域中有1个位点突变。在4种编码酶的体外酶促反应中,利用GC-MS均能检测到产物生成;SQS1F编码酶积累鲨烯的能力高于其他序列。结论:甘草SQS基因具有丰富的多态性,其编码酶催化效率差异显著,这可能是优质甘草形成的分子基础。 展开更多
关键词 甘草 SQS 基因多态性 单核苷酸多态性 插入与缺失多态性 选择性剪接 原核表达 gc—MS 鲨烯
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鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析 被引量：7
7
作者 周丹 薛仁余 +4 位作者 张晓峰 杜科 马吉敏 顾颖 孙效文 《水产学杂志》 CAS 2013年第2期19-25,共7页
运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适... 运用Codon W程序计算和统计分析了鲤和斑马鱼HOX基因家族密码子组成、同义密码子使用频率。结果表明,鲤和斑马鱼HOX基因家族的最优密码子分别为6和9种。鲤和斑马鱼以A或U结尾的密码子发生强烈偏向;最优密码子的使用频率(Fop)与密码子适应指数(CAI)、密码子偏爱指数(CBI)、基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)之间呈极显著的正相关(鲤和斑马鱼的相关系数分别为r=0.5946和0.7884、0.9772和0.9616、0.3356和0.5380、0.5424和0.8144),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.1241和0.3987)。实验表明:同义密码子第三位密码子碱基含量和组成直接影响着最优密码子使用偏性,基因的表达水平越高,对密码子的使用偏性越强。 展开更多
关键词 鲤鱼 斑马鱼 HOX基因家族 同义密码子使用偏性 最优密码子 gc含量
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2017-2019年广西猪伪狂犬病病毒的分离鉴定及其gC、gG毒力基因分析 被引量：6
8
作者 党佳佳 卢丽飞 +3 位作者 赵硕 许力士 吴青萍 黄伟坚 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2021年第3期56-63,共8页
为了解2017-2019年广西猪伪狂犬病病毒(PRV)的流行和遗传变异情况,对2017年1月至2019年8月于广西各地区采集的284份疑似伪狂犬病发病猪临床样品进行检测和病毒分离,对分离毒株的gC、gG基因进行克隆、测序、遗传变异分析。被测样品中有8... 为了解2017-2019年广西猪伪狂犬病病毒(PRV)的流行和遗传变异情况,对2017年1月至2019年8月于广西各地区采集的284份疑似伪狂犬病发病猪临床样品进行检测和病毒分离,对分离毒株的gC、gG基因进行克隆、测序、遗传变异分析。被测样品中有85份阳性,阳性率为29.9%,从中共分离到10株PRV毒株,其中9株为国内变异毒株,1株为国内经典毒株。结果显示:广西地区流行的不同亚型PRV毒株在gC、gG基因上均存在相似的核苷酸和氨基酸变异特点,主要与国内变异株亲缘关系较近;广西地区PRV流行毒株主要为国内变异株。本研究结果丰富了广西PRV检测数据资料,为深入评估和预测广西PRV疫病的流行情况提供了可靠的数据基础。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病病毒 gc基因 gG基因 遗传变异分析
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一株猪伪狂犬病病毒变异株的分离鉴定 被引量：6
9
作者 庞旋飞 练斯南 +2 位作者 李中圣 万曾培 白挨泉 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第1期196-205,共10页
为了解广东省猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)野毒株的基因变异及遗传演化的情况,本试验对广东佛山疑似暴发伪狂犬病的猪场采集的病料(脑、肺脏、扁桃体、肝脏、脾脏)进行了PCR鉴定,初步鉴定为PRV毒株后,将阳性病料接种非洲绿... 为了解广东省猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)野毒株的基因变异及遗传演化的情况,本试验对广东佛山疑似暴发伪狂犬病的猪场采集的病料(脑、肺脏、扁桃体、肝脏、脾脏)进行了PCR鉴定,初步鉴定为PRV毒株后,将阳性病料接种非洲绿猴肾细胞(Vero),进行毒株传代培养,对分离毒株进行PCR检测及小鼠感染试验,证实该病毒为PRV,并命名为PRV FS-2015株;并对该毒株进行细胞病变观察、病毒TCID50测定、毒株gC和TK基因扩增及序列分析。结果显示,PRV FS-2015株TCID50为10-7.5/0.1mL。PRV FS-2015株的gC和TK基因序列与国内外PRV参考毒株进行同源性比对分析发现,其核苷酸序列同源性分别为95.8%~100.0%和99.4%~100.0%,氨基酸同源性分别为92.3%~100.0%和98.7%~100.0%。遗传进化分析表明,PRV FS-2015株与国内近几年分离的PRV变异株GY、ZJ01、HB1201、HN1201、JS2012、BJ/YT和BP属于同一分支,同源性较高,亲缘关系更近;但与PRV经典株Kaplan、Becker、NIA3、Kolchis、Bartha、Yangsan、Min-A、SS和SL株的同源性较低,基因变异较大,表明PRV FS-2015毒株属于近几年流行的变异株。本研究结果可为广东省伪狂犬病的防控工作和疫苗株的选择提供科学依据。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病毒 分离鉴定 序列分析 gc基因 TK基因 遗传变异
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伪狂犬病病毒鄂A株gC基因的克隆、序列分析及其在大肠杆菌中的表达 被引量：5
10
作者 肖少波 陈焕春 +3 位作者 方六荣 洪文洲 何启盖 马相如 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期202-206,共5页
以伪狂犬病病毒国内地方分离株 (鄂A株 )为材料 ,采用核酸杂交、DNA重组技术直接从基因组DNA中克隆了最主要的保护性抗原基因gC ,测定了全序列并对其原核表达产物作为血清学诊断抗原进行了初步探讨。结果表明 :所克隆的 gC基因全长 175 ... 以伪狂犬病病毒国内地方分离株 (鄂A株 )为材料 ,采用核酸杂交、DNA重组技术直接从基因组DNA中克隆了最主要的保护性抗原基因gC ,测定了全序列并对其原核表达产物作为血清学诊断抗原进行了初步探讨。结果表明 :所克隆的 gC基因全长 175 5bp(含启动子序列和 poly(A)信号序列 ) ,具有典型I型膜蛋白结构特征。同具有代表性的国外标准株NIA 3株、IndianaS株相比 ,多个酶切点不同 ,尤其是具有分型意义的BamHI位点消失 ;氨基酸水平上也存在一定程度的差异 ,鄂A株 gC可编码 4 87个氨基酸残基 ,而以往所报道的gC均只编码 4 78或 4 79个氨基酸 ,有意义的是功能区突变较多 ,并存在连续 7个氨基酸残基的插入。同 pET 2 8a的 6xHis Tag融合的gC基因完整编码区在大肠杆菌中获得高效表达 ,融合蛋白分子量为 6 2ku ,能同伪狂犬病病毒高免血清发生特异性反应。纯化的表达产物作为ELISA和乳胶凝集诊断抗原 。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 鄂A株 gc基因 克隆 序列分析 基因表达
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湖南省猪伪狂犬病病毒野毒流行情况调查及遗传变异分析
11
作者 杜雅萍 彭国华 +3 位作者 龙明英 廖淑玲 谭凯利 周宇骏 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1356-1361,共6页
为了解当前湖南省猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)流行及遗传变异情况,本研究于2021—2022年从湖南省部分地区采集18861份血清样品和1725份疑似感染PRV组织样品,分别采用ELISA法和qPCR检测血清样品PRV-gE抗体和组织样品PRV核酸... 为了解当前湖南省猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)流行及遗传变异情况,本研究于2021—2022年从湖南省部分地区采集18861份血清样品和1725份疑似感染PRV组织样品,分别采用ELISA法和qPCR检测血清样品PRV-gE抗体和组织样品PRV核酸,并统计不同年份和季节样品阳性率。同时,对15份PRV阳性样品gC基因序列进行PCR扩增、测序及序列分析,并将阳性病料接种于Vero细胞,初步探究分离株生物学特性。结果发现,2004份血清和56份组织样品分别检测为PRV-gE抗体和PRV核酸阳性,阳性率分别为10.74%和3.25%。序列分析结果表明,15份PRV阳性样品的gC基因核苷酸和对应氨基酸序列相似性分别为98.4%~100.0%和98.8%~100.0%。遗传进化分析结果显示,13个阳性样品与已知PRV变异株同属于一个分支,而另外2个样品与已知PRV经典株聚为同一个分支。病毒分离获得1株PRV变异株,该毒株可引起Vero细胞出现典型病变,病毒最高滴度为108.2 TCID50/mL。本研究揭示出PRV在湖南省各地区广泛流行,且流行基因型包括PRV变异株和经典株,其中变异株为优势流行亚型,为探究湖南省PRV分子流行病学特征及疫苗研发提供了科学依据。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病病毒 血清学调查 分子流行病学调查 gc基因 序列分析 病毒分离与鉴定
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貉源伪狂犬病毒Rac 1株的分离鉴定 被引量：5
12
作者 刘曜综 芮萍 +3 位作者 马增军 马芮 杨卫军 张珍珍 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期202-205,共4页
为分析近年我国人工养殖貉出现疑似伪狂犬病症状的病因,本研究从病死的貉脑组织中分离到一株病毒并对其进行了系统鉴定。结果显示,该病毒分离株在MDCK细胞中传代呈现出疱疹病毒特征的细胞病变。电镜观察可见直径150 nm^180 nm,带有囊膜... 为分析近年我国人工养殖貉出现疑似伪狂犬病症状的病因,本研究从病死的貉脑组织中分离到一株病毒并对其进行了系统鉴定。结果显示,该病毒分离株在MDCK细胞中传代呈现出疱疹病毒特征的细胞病变。电镜观察可见直径150 nm^180 nm,带有囊膜的病毒粒子。以猪抗伪狂犬病病毒(PRV)阳性血清为一抗,对病毒分离株进行间接免疫荧光试验,结果呈阳性。该病毒分离株对氯仿、胰酶敏感,在pH5~9的环境中稳定,对热具有较强的耐受性。动物试验均出现典型的伪狂犬病症状。分子生物学检测分析结果表明,本研究所分离的病毒株为PRV,并将其命名为貉源PRV Rac 1株。本研究为预防和控制貉伪狂犬病提供了依据。 展开更多
关键词 貉 伪狂犬病毒 分离鉴定 GE基因 gc基因
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伪狂犬病毒Fa株gB、gC、gD基因的克隆与序列分析 被引量：4
13
作者 陈振海 林天龙 +1 位作者 陈少莺 宋铁英 《福建农业学报》 CAS 2007年第2期120-125,共6页
对猪伪狂犬病病毒闽A株（Fa株）gB、gC、gD基因进行了克隆和序列测定，结果表明：gB、gC、gD基因序列全长分别为2745bp、1464bp、1215bp，编码914、487、404个氨基酸残基组成的多肽。序列分析结果显示：Fa株与其他毒株gB、gC、gD基因核... 对猪伪狂犬病病毒闽A株（Fa株）gB、gC、gD基因进行了克隆和序列测定，结果表明：gB、gC、gD基因序列全长分别为2745bp、1464bp、1215bp，编码914、487、404个氨基酸残基组成的多肽。序列分析结果显示：Fa株与其他毒株gB、gC、gD基因核苷酸序列的同源性为94.9％-99.9％，氨基酸序列的同源性为91.4％-99.9％。不同PRV毒株gB、gC、gD基因在核苷酸和氨基酸水平上高度保守。基于gB、gC、gD基因的进化树分析表明，中国分离毒株与韩国分离毒株可归为一个进化分支，而日本分离株与欧美分离株归为另一个分支。在前一个分支里，闽A株与鄂A株的亲缘关系特别近，3个基因的同源率均在99.5％以上。在gB蛋白氨基酸序列全长上中国分离株（Ea株、Fa株）比欧美分离株多了1个氨基酸，氨基酸残基的突变主要集中在第50-100氨基酸。在gC基因序列第186-211bp，Ea株、Fa株比欧美分离株多插入了21个碱基。在gD蛋白氨基酸序列全长上，Ea株、Fa株比其他分离株多了2-6个氨基酸。在gD基因序列第803-837bp，Fa株核苷酸AGGCCC串联重复最多，达到7个。 展开更多
关键词 伪狂犬病毒 GB基因 gc基因 GD基因 序列分析
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重组铜绿假单胞菌外毒素PE38KDEL的克隆、表达与活性检测 被引量：4
14
作者 崔京霞 纪剑飞 +1 位作者 倪剑锋 吴文芳 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期985-990,共6页
目的对铜绿假单胞菌外毒素A的编码序列进行改造,以获得相对分子质量小、活性强的重组毒素PE38KDEL。方法基于铜绿假单胞菌外毒素A的编码序列的高GC含量,通过PCR反应和酶切技术,构建重组毒素PE38KDEL基因,并于大肠杆菌表达,用Westernblo... 目的对铜绿假单胞菌外毒素A的编码序列进行改造,以获得相对分子质量小、活性强的重组毒素PE38KDEL。方法基于铜绿假单胞菌外毒素A的编码序列的高GC含量,通过PCR反应和酶切技术,构建重组毒素PE38KDEL基因,并于大肠杆菌表达,用Westernblot分析表达产物。为检测其生物活性,将其与靶向分子IL4突变体cpIL4(13D)融合,构建融合蛋白表达载体,并于大肠杆菌表达,表达产物经亲和色谱和阴离子交换色谱纯化后,用MTT法检测其对表达IL4受体的黑色素瘤细胞LiBr的细胞毒性。结果成功构建了PE38KDEL基因,并在大肠杆菌BL21(DE3)中得到了高效表达,表达量占细胞全蛋白的21%左右;构建了融合蛋白cpIL4(13D)PE38KDEL,并于大肠杆菌AD494(DE3)中得到高效表达,纯化后融合蛋白的纯度达95%以上,细胞毒实验证明其对黑色素瘤细胞LiBr具有良好的杀伤作用,这说明改造后的PE38KDEL是具有细胞毒效应的。结论重组毒素PE38KDEL的构建,为各种导向药物的构建奠定了基础。 展开更多
关键词 PE38 铜绿假单胞菌 大肠杆菌表达 外毒素A IL-4 重组毒素 融合蛋白 高效表达 gc含量 PCR反应
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红藻rbcL基因密码子偏爱性分析 被引量：5
15
作者 李国灵 陶文 +2 位作者 高诗晨 靳燕 姚慧鹏 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期109-117,共9页
红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻rbcL基因密码子的偏爱性,确定该类基因的最优密码子,本研究通过使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0软件对20条红藻rbcL基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析,最终获得了红... 红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻rbcL基因密码子的偏爱性,确定该类基因的最优密码子,本研究通过使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0软件对20条红藻rbcL基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析,最终获得了红藻rbcL基因三个位置的GC碱基含量、ENC值和RSCU值。结果显示,红藻rbcL基因AT碱基含量高于GC碱基,ENC值为41.89,说明红藻rbcL基因密码子偏爱于A/T碱基结尾。ENC绘图分析,PR2-plot分析和中性绘图分析表明自然选择是影响rbcL基因密码子偏爱性的主要因素。通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较,发现红藻rbcL基因和它们均有较大的差异性。最后筛选得到了UUU、UUA、AUU等18个最优密码子,均偏向于以A/U碱基结尾。研究结果对红藻资源的开发利用和rbcL基因的表达研究具有重要意义。 展开更多
关键词 红藻(Rhodophyta) RBCL基因 gc 密码子偏爱性
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猪伪狂犬病病毒gC基因的克隆及其部分生物学特性的分析 被引量：5
16
作者 王键义 郭万柱 +2 位作者 徐志文 王印 王小玉 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期830-836,共7页
采用PCR方法扩增出12株伪狂犬病病毒（PRV）的gC基因全序列，并测序，使用生物学软件对这12株PRVgC基因序列和GenBank上登录的6条gC基因序列进行了生物信息学分析和预测。结果显示，PRVgC基因开放阅读框的核苷酸长度为1437～1464bp，编... 采用PCR方法扩增出12株伪狂犬病病毒（PRV）的gC基因全序列，并测序，使用生物学软件对这12株PRVgC基因序列和GenBank上登录的6条gC基因序列进行了生物信息学分析和预测。结果显示，PRVgC基因开放阅读框的核苷酸长度为1437～1464bp，编码478～487个氨基酸。在遗传进化关系上，四川省流行的PRV毒株与日本、欧洲、美洲分离株的亲缘关系较近，而与我国其他地区的分离株亲缘关系较远。这些毒株的蛋白疏水性、抗原表位和高级结构等具有相似性，但也存在一些变化和差异。表明，PRVgC基因具有较高的保守性，但可能存在抗原漂移现象。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 gc基因 PCR 生物学特性
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PRV变异株gB和gC基因分子特征及抗原差异性分析 被引量：4
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作者 万曾培 王征帆 +4 位作者 庞旋飞 王凤求 王贵平 李中圣 白挨泉 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1454-1460,共7页
对3株(GD1406、FS2015、FJFZ株)变异伪狂犬病病毒(PRV)的gB和gC全基因进行扩增、测序及生物信息学分析,应用微量交叉中和试验分析抗原差异性。基因序列比对结果显示,3株PRV变异株之间gB、gC基因核苷酸和氨基酸同源性分别为99.7%~100.0%... 对3株(GD1406、FS2015、FJFZ株)变异伪狂犬病病毒(PRV)的gB和gC全基因进行扩增、测序及生物信息学分析,应用微量交叉中和试验分析抗原差异性。基因序列比对结果显示,3株PRV变异株之间gB、gC基因核苷酸和氨基酸同源性分别为99.7%~100.0%和99.6%~100.0%,100.0%和99.0%~100.0%;gB和gC基因系统进化树遗传进化分析显示:系统进化树分为2大支,其中一个大支为国内经典毒株群、2011年后分离的变异毒株群2个小分支所占据的中国毒株群;另一个大支为欧洲分离株和美洲分离株组成的欧美毒株群。微量交叉中和试验结果显示,PRV-Bartha K61高免血清中和PRV-GD1406和PRV-Bartha K61的效价分别为22和53,PRV-GD1406高免血清中和PRV-GD1406和PRV-Bartha K61的效价分别为37和44;PRV-GD1406毒株异源血清中和效价/同源血清中和效价约为0.83,PRV-Bartha K61毒株异源血清中和效价/同源血清中和效价约为0.59;2个毒株(PRV-GD1406、PRV-Bartha K61)间交叉反应程度相关系数R=0.72。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病病毒 GB基因 gc基因 血清交叉中和试验 抗原差异性
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维生素D结合蛋白基因遗传变异与海南省老龄慢性鼻窦炎的关联性 被引量：4
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作者 陈赛明 周小柳 +2 位作者 李志路 张云霞 周代锋 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2019年第11期2694-2697,共4页
目的探讨维生素D结合蛋白(VDBP)基因GC遗传变异与海南者老龄慢性鼻窦炎的关联性。方法 37例老龄慢性鼻窦炎患者作为病例组,99例健康老年体检者作为对照组,检测GC基因三个多态性位点rs7041、rs222016、rs4588的基因型,利用统计学在线分... 目的探讨维生素D结合蛋白(VDBP)基因GC遗传变异与海南者老龄慢性鼻窦炎的关联性。方法 37例老龄慢性鼻窦炎患者作为病例组,99例健康老年体检者作为对照组,检测GC基因三个多态性位点rs7041、rs222016、rs4588的基因型,利用统计学在线分析软件SNPStats进行数据分析。结果三个单核苷酸多态性(SNP)位点均可以检测出三种基因型,其中rs7041的三个基因型TT、GT、GG在病例组的发生率为20例(54.1%)、14例(37.8%)、3例(8.1%),在对照组分别为44例(44.4%)、41例(41.4%)、14例(14.2%)。rs222016的三种基因型AA、AG、GG在病例组的发生率分别为14例(37.8%)、17例(46.0%)、6例(16.2%),在对照组分别为34例(34.3%)、39例(39.4%)、26例(26.3%)。rs4588的三种基因型CC、AC、AA在病例组的发生率为17例(46.0%)、18例(48.6%)、2例(5.4%),在对照组分别为59例(59.6%)、33例(33.3%)、7例(7.1%)。三个SNP位点基因型及等位基因在组间的分布频率均无统计学意义(P>0.05)。结论 GC基因三个多态性位点rs7041、rs222016、rs4588的遗传差异可能与海南老龄慢性鼻窦炎无关联。 展开更多
关键词 慢性鼻窦炎 维生素D结合蛋白 gc基因 基因多态性
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GC和CYP27B1基因多态性与汉族人群尘螨致敏的持续性变应性鼻炎的关联研究 被引量：4
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作者 田慧琴 吴中飞 +1 位作者 陆莹 程雷 《山东大学耳鼻喉眼学报》 CAS 2019年第3期71-78,共8页
目的探讨维生素D代谢相关的维生素D结合蛋白基因(GC)及1α-羟化酶基因(CYP27B1)的多态性与汉族人群变应性鼻炎(AR)易感性的关联。方法应用病例-对照研究,纳入苏皖汉族人群中尘螨致敏的持续性AR患者564例和健康对照583例。选取GC及CYP27B... 目的探讨维生素D代谢相关的维生素D结合蛋白基因(GC)及1α-羟化酶基因(CYP27B1)的多态性与汉族人群变应性鼻炎(AR)易感性的关联。方法应用病例-对照研究,纳入苏皖汉族人群中尘螨致敏的持续性AR患者564例和健康对照583例。选取GC及CYP27B1的单核苷酸多态性(SNPs)位点共8个,分别为GC的rs4588、rs7041、rs3733359、rs16847024、rs843008、rs1565572,rs11939173和CYP27B1的rs10877012。采用TaqMan法对两组研究对象的候选位点SNPs进行分析。结果 GC的7个位点及CYP27B1的rs10877012位点与持续性AR的易感性均未发现有统计学关联。但对病例组进行年龄、性别、是否合并哮喘及总IgE水平的高低分层后发现,GC的rs16847024位点中,年龄≥17岁的基因型CT(调整OR=0.62,95%CI=0.41~0.94)和CT/TT(调整OR=0.62,95%CI=0.42~0.90)、男性的基因型CT/TT(调整OR=0.68,95%CI=0.48~0.96)、不伴哮喘的基因型CT(调整OR=0.70,95%CI=0.52~0.95)和CT/TT(调整OR=0.72,95%CI=0.54~0.97),以及总IgE水平较低者的基因型CT(调整OR=0.70,95%CI=0.52~0.95)和CT/TT(调整OR=0.71,95%CI=0.53~0.94)与野生基因型CC相比,均可降低持续性AR的发病风险。GC和CYP27B1的基因交互作用分析发现,涉及GC基因两个位点(rs3733359和rs1565572)的模型具有统计学意义(P=0.001),而同时涉及两个基因位点的模型均未发现统计学意义。结论维生素D代谢相关基因GC的rs16847024位点与汉族人群尘螨致敏的持续性AR的易感性关联可能受患者年龄、性别、是否合并哮喘及总IgE水平的影响。GC基因rs3733359位点和rs1565572位点在持续性AR的遗传学发病机制中可能存在联合作用。 展开更多
关键词 变应性鼻炎 gc基因 CYP27B1基因 单核苷酸多态性 遗传学关联研究
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牛传染性鼻气管炎病毒内蒙古分离株gB、gC、gD基因的分子克隆与序列分析 被引量：3
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作者 胡文兵 关平原 +2 位作者 郝瑞峰 赵鹏伟 乌日罕 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期965-971,共7页
对牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)内蒙古分离株gB、gC、gD基因进行克隆和序列测定,结果表明IBRV内蒙古分离株gB、gC、gD基因序列分别为2 850、1 723、1 559bp,编码933、508、417个氨基酸组成的完整开放阅读框。序列比较和系统进化树分析结... 对牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)内蒙古分离株gB、gC、gD基因进行克隆和序列测定,结果表明IBRV内蒙古分离株gB、gC、gD基因序列分别为2 850、1 723、1 559bp,编码933、508、417个氨基酸组成的完整开放阅读框。序列比较和系统进化树分析结果显示:内蒙古分离株与其他毒株gB、gC、gD基因核苷酸序列的相似性为94.9%～99.9%,其推导的氨基酸相似性在90.3%～99.7%,不同IBRV毒株gB、gC、gD基因在核苷酸和氨基酸水平上高度保守。在系统进化树中内蒙古分离株与瑞典毒株亲缘关系较近,属于同一个分支。 展开更多
关键词 牛传染性鼻气管炎病毒 GB基因 gc基因 GD基因 分子克隆 序列分析
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