狐源犬瘟热病毒HBF-1株全基因组序列测定及其分析 被引量：6

1

作者 卜研 薛向红 +3 位作者 闫喜军 朱翔宇 胡博 史宁 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期510-516,540,共8页

通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增。将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEA... 通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增。将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEASY-Blunt载体,筛选出阳性克隆子。经过反复测序后,对11个片段的序列进行拼接最终获得了HBF-1株全基因组序列。利用DNAstar和MEGA6.0软件,分析HBF-1株与其他已公布CDV序列遗传进化关系。结果显示,适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1基因组全长为15690bp,与最初分离株Hebei株的同源性高达为99.8%,与国内黑龙江分离株HLJ-06的亲缘关系较近,同源性为98.5%,同经典疫苗株的亲缘关系相对较远,同源率为92.7%。HBF-1是分离株Hebei的Vero-dSlam细胞适应株,对二者基因编码区的序列比对,共出现13处氨基酸突变。其中,P蛋白突变率为0.39%,H蛋白突变率为0.33%,是2个变异率最高的结构蛋白。这些变异很有可能是病毒在适应Vero-dSlam细胞过程中形成的,但它们对HBF-1的致病性和毒力强弱是否存在影响,后续我们将深入研究。因此,开展细胞适应株HBF-1的全基因组序列测定及序列分析,对未来研究强毒株与Slam受体互作关系,及强毒株的致弱机制提供基础。 展开更多

关键词 犬瘟热病毒 全基因组序列测定 序列分析

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犬瘟热病毒弱毒和野毒的全基因组扩增及序列测定 被引量：5

2

作者 薛向红 卜研 +7 位作者 赵建军 史宁 胡博 朱言柱 廉士珍 张蕾 白雪 闫喜军 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1710-1714,共5页

分析比对了GenBank中已公布的23株犬瘟热病毒全基因组序列,针对保守区设计了11对特异性通用引物,用于扩增犬瘟热病毒野毒株和疫苗株全基因组。通过优化11对引物的工作浓度及退火温度等条件,对保存的3株疫苗毒CDV3株、OR12株、CDV/R-20/... 分析比对了GenBank中已公布的23株犬瘟热病毒全基因组序列,针对保守区设计了11对特异性通用引物,用于扩增犬瘟热病毒野毒株和疫苗株全基因组。通过优化11对引物的工作浓度及退火温度等条件,对保存的3株疫苗毒CDV3株、OR12株、CDV/R-20/8株和2株野毒HBF-1株和SD(14)07株进行了全基因组扩增。取5μL扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳,结果显示11对通用引物对以上5株犬瘟热病毒扩增后,均获得11个特异性目的片段,条带大小与预期相符。选取疫苗毒OR12株和野毒HBF-1株的进行全基因组序列测定,与GenBank中已公布的序列进行比对,同源性均大于99.0%,证实这11对特异性通用引物能够实现对犬瘟热病毒野毒和弱毒全基因组的准确扩增,并获得准确的全基因组序列。 展开更多

关键词 通用引物 犬瘟热病毒 全基因组扩增 序列测定

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浙江省野生动物鼬獾狂犬病毒全基因组序列测定分析 被引量：4

3

作者 雷永良 王晓光 +5 位作者 柳付明 陈秀英 叶碧峰 梅建华 兰进权 唐青 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期824-828,共5页

目的测定浙江省分离的2株野生动物鼬獾狂犬病毒株全基因组序列，从分子水平进行遗传变异特征分析，了解狂犬病毒在浙江省的流行和变异情况。方法RT-PCR测定鼬獾狂犬病毒株全基因组核苷酸序列，并进行基因序列和编码蛋白相似性比较及种... 目的测定浙江省分离的2株野生动物鼬獾狂犬病毒株全基因组序列，从分子水平进行遗传变异特征分析，了解狂犬病毒在浙江省的流行和变异情况。方法RT-PCR测定鼬獾狂犬病毒株全基因组核苷酸序列，并进行基因序列和编码蛋白相似性比较及种系发生分析。结果测序获得2株鼬獾狂犬病毒全基因组核苷酸序列信息：基因组全长11923nts，leader长58nts，由5个编码区组成：NP（1353nts）、PP（894nts）、MP（609nts）、GP（1575nts）、LP（6386nts），N—P—M—G间隔序列长2、5、5nts；G—L基因间伪基因Ψ长423nts；trailer长70nts。核酸BLAST及多序列比对显示，浙江省鼬獾狂犬病毒株全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病毒属特征；鼬獾病毒株负链RNA基因组5个基因编码氨基酸的长度没有变异，编码区基因没有发生重组，编码蛋白仅表现较少的序列变化，多数只发生碱基的替代；中国病毒株之间特别是同种动物狂犬病毒之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高，鼬獾狂犬病毒基因组序列相似性在氨基酸水平明显高于核苷酸水平，蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变。结论鼬獾狂犬病毒与研究中选择的代表性疫苗株或者街毒株的变异位点和变异类型相似，多序列相似性比较和N基因种系发生分析显示，鼬獾狂犬病毒均属于基因1型，具有中国地域性特点，2株野生动物鼬獾狂犬病毒极有可能是存在于自然界中固有的街毒株。 展开更多

关键词 狂犬病毒 鼬獾 全基因组 序列分析

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一株重组乙型肝炎病毒的全基因克隆和序列分析 被引量：4

4

作者 边涛 沈立萍 +4 位作者 王峰 王岳 张丽文 张勇 毕胜利 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期255-259,共5页

通过血清学和PCR方法对广西地区乙型肝炎病毒感染者样本进行检测,发现一株乙型肝炎病毒基因序列与其余病毒差异较大,利用PCR的方法,扩增出该株病毒的全长cDNA序列,并将其克隆到T载体,进行序列测定,结果显示基因全长为3 215bp,血清型为ad... 通过血清学和PCR方法对广西地区乙型肝炎病毒感染者样本进行检测,发现一株乙型肝炎病毒基因序列与其余病毒差异较大,利用PCR的方法,扩增出该株病毒的全长cDNA序列,并将其克隆到T载体,进行序列测定,结果显示基因全长为3 215bp,血清型为adr。将测定序列与网上公布的标准基因序列进行比对分析,发现该株病毒全基因组序列进化分析结果与C型基因比较接近,而对其全基因组进行分析时发现1 630bp^2 880bp间基因起源与和C型基因最为接近,而其余基因序列则与A型基因更接近,提示这是一株C型和A型重组的乙型肝炎病毒,首次在国内发现这种类型的基因重组病毒,丰富了我国乙型肝炎病毒研究内容,并对基因型别研究和病毒进化研究提供了参考。 展开更多

关键词 乙型肝炎病毒 重组 全基因组 序列测定

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家鸭中H8N4亚型流感病毒株A/duck/Yangzhou/02/2005的全基因克隆和序列分析 被引量：3

5

作者 薛峰 彭宜 +3 位作者 张小荣 姚春峰 龙进学 刘秀梵 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期450-455,共6页

采用常规的血清学试验和特异性RT—PCR方法对华东地区家养水禽中流感病毒的带毒状况进行4年多的监测，分离鉴定出国内报道的第一株H8亚型禽流感病毒。应用流感病毒通用引物成功地扩增出H8N4亚型禽流感病毒A／duck／Yangzhou／02／2005... 采用常规的血清学试验和特异性RT—PCR方法对华东地区家养水禽中流感病毒的带毒状况进行4年多的监测，分离鉴定出国内报道的第一株H8亚型禽流感病毒。应用流感病毒通用引物成功地扩增出H8N4亚型禽流感病毒A／duck／Yangzhou／02／2005株（简称Dk／YZ／02／05）的全基因序列。将Dk／YZ／02／05的基因组核苷酸全序列与网上公布的基因序列进行比较分析，结果表明：Dk／YZ／02／05（H8N4）的8个基因片段均含有相应病毒基因的完整开放阅读框；其推导的血凝素（Heamgglutinin，HA）氨基酸剪切位点序列为P-SV-E-P-R，为典型低致病性禽流感病毒的特征序列；神经氨酸酶（NA）在第48位氨基酸后无20个氨基酸的缺失；非结构蛋白（NS）79～84位也没有氨基酸的缺失。 展开更多

关键词 H8N4亚型禽流感病毒 全基因组 序列测定 分析

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全基因组分析揭示A组肠道病毒型间重组的复杂模式 被引量：3

6

作者 宋娟 肖金波 +1 位作者 韩俊 张勇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期454-460,共7页

A组肠道病毒(Enterovirus A,EV-A)是手足口病的主要病原体。基因组流行病学将基因组技术与生物信息学和流行病学有机整合,可快速对致病病原体进行鉴定和溯源。基因重组是肠道病毒进化的驱动力之一。本研究以EV-A的基因组为研究对象,对... A组肠道病毒(Enterovirus A,EV-A)是手足口病的主要病原体。基因组流行病学将基因组技术与生物信息学和流行病学有机整合,可快速对致病病原体进行鉴定和溯源。基因重组是肠道病毒进化的驱动力之一。本研究以EV-A的基因组为研究对象,对其进行重组特点分析,为基于EV-A基因组的手足口病病原体溯源技术体系提供基础资料。本研究以GenBank中全部1 180条EV-A的全长基因组序列为研究对象,为降低序列的冗余性和减少计算强度,对序列进行整理,剔除核苷酸相似性>98%的序列,构建包含346条EV-A代表性全基因组序列的数据库,对EV-A不同血清型全基因组的重组形式和重组热点进行了研究。利用T-RECs软件,对上述346条EV-A全基因组序列进行基因重组分析,并应用Simplot软件进行验证。结果显示,EV-A衣壳编码区未发生基因重组,而在整个P2区和P3区均发生了高频率的重组事件,尤其P2区的2A区是重组热点。尽管EV-A中有21个血清型,但只有少数血清型作为频繁的重组供体发挥着核心作用,其中肠道病毒A组71型和柯萨奇病毒A组6型是EV-A的最主要的重组供体。本研究凸显了全基因组序列分析在EV-A溯源中的重要作用,随着基因组学技术、生物信息学以及大数据管理技术的迅速发展,可对海量全基因组序列数据进行加工整理,准确进行病毒溯源,洞悉病原体进化过程,发现其毒力和致病因子、耐药基因,从而为病毒病"精准防控"提供理论依据。 展开更多

关键词 A组肠道病毒(EV-A) 手足口病(HFMD) 全基因组序列分析 基因重组 重组供体

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鸽新城疫病毒BJ-C分离株基因组测序及系统发育分析 被引量：3

7

作者 韩坤 梁琳 +3 位作者 李复煌 梁瑞英 汤新明 丁家波 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期5034-5044,共11页

【背景】鸽新城疫是由鸽Ⅰ型副黏病毒(pigeon paramyxovirus typeⅠ,PPMV-1)感染引起的危害最严重的疫病之一,至今尚无有效的防控制剂。【目的】分析鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组信息及系统发育关系,为鸽新城疫的防控提供科学依据。【方... 【背景】鸽新城疫是由鸽Ⅰ型副黏病毒(pigeon paramyxovirus typeⅠ,PPMV-1)感染引起的危害最严重的疫病之一,至今尚无有效的防控制剂。【目的】分析鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组信息及系统发育关系,为鸽新城疫的防控提供科学依据。【方法】设计首尾重叠的6对特异性引物,利用分段扩增的方法,以鸽新城疫病毒BJ-C株基因组cDNA为模板,分别扩增、测序后进行全基因组序列拼接。以NCBI数据库中发布的新城疫病毒序列为参考,针对鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组、F基因建立系统发育树。【结果】鸽新城疫病毒BJ-C株的基因组全长为15192 nt。基于全基因组的系统发育分析发现其与PPMV-1/BJ-01/CH株的系统发育关系最近,核苷酸相似性为99.96%,氨基酸相似性高达100%,属于同一个分支,而与LaSota疫苗株等其他新城疫毒株的亲缘关系相对较远。基于F基因序列的系统发育树分析发现BJ-C株F基因与我国的BJP2013株同属一个分支。ClassⅡ类Ⅵ亚型F基因高变区序列(47-420nt)比对结果显示,安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012、广东株Pigeon/Guangdong/GZ288/2013、北京株BJP13、浙江株Pigeon/Zhejiang/2036/2012及比利时株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011等与BJ-C毒株处于同一个分支,同属Ⅵb亚型。【结论】本研究获得了鸽新城疫病毒BJ-C株全基因组序列,分析了其系统发育关系,确定其属于ClassⅡ类Ⅵb型,为后续防控产品的开发提供了理论依据。 展开更多

关键词 鸽新城疫病毒 全基因组测序 F基因 系统发育分析

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两株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组序列测定与分析 被引量：2

8

作者 齐瑛琳 金宏丽 +6 位作者 赵丽丽 王化磊 赵平森 付玉 涂长春 杨松涛 夏咸柱 《中国病原生物学杂志》 CSCD 2011年第7期481-485,489,F0003,共7页

目的对2株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组测序,了解国内狂犬病病毒的流行和变异情况。方法采用乳鼠脑内接种方法分离2株天津地区狂犬病病毒街毒株,RT-PCR扩增病毒DNA覆盖全基因组12个相互重叠的基因片段,PCR产物平端克隆后进行全基因组... 目的对2株犬源狂犬病病毒街毒株全基因组测序,了解国内狂犬病病毒的流行和变异情况。方法采用乳鼠脑内接种方法分离2株天津地区狂犬病病毒街毒株,RT-PCR扩增病毒DNA覆盖全基因组12个相互重叠的基因片段,PCR产物平端克隆后进行全基因组核苷酸序列测定,然后对其分子变异和进化特点进行分析。进行两分离株的序列相似性、氨基酸同源性、主要功能位点的变异比较和种系发生分析。结果 TJD04和TJD05两株狂犬病病毒全基因组长均为11 924 nts,全基因组序列的组成和结构均符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征。病毒基因组由5个编码区组成,基因起始位点和终止位点高度保守,氨基酸编码长度未发生变异,5个编码蛋白序列较少发生变化,仅有个别主要功能位点发生变异,且大部分变异均属于无意义沉默突变。多序列相似性比较和种系发生分析显示,两株病毒均属于基因1型,N基因与全基因进化树保持一致,与中国犬源狂犬病病毒BD06同源性最高(99.6%),进化关系近,并具有较为独特的中国地域特点。结论两天津株狂犬病毒可能是自然界中固有的狂犬病病毒街毒株。 展开更多

关键词 狂犬病病毒 街毒株 全基因组 序列分析

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猪源牛病毒性腹泻病毒SD0803株细胞传代研究 被引量：2

9

作者 孙春清 邓宇 +4 位作者 张宏彪 龙进学 韦祖樟 童光志 袁世山 《中国动物传染病学报》 CAS 2012年第2期22-28,共7页

为研究猪源牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)生物学特性,将本实验室分离得到的SD0803毒株在马-达氏牛肾细胞(mardin-darby bovine kidney,MDBK)上连续传40代,提取第40代病毒基因组RNA,设计扩增及测序引物,用RT-PCR... 为研究猪源牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)生物学特性,将本实验室分离得到的SD0803毒株在马-达氏牛肾细胞(mardin-darby bovine kidney,MDBK)上连续传40代,提取第40代病毒基因组RNA,设计扩增及测序引物,用RT-PCR方法分5段扩增第40代病毒基因片段,并进行全长测序,利用DNASTAR软件进行序列拼接及分析,与亲代病毒SD0803序列比对分析;用Real-time PCR方法测定第1、10、20、30和40代细胞上清中的病毒复制效率,并绘制多步生长曲线。测序结果表明,第40代病毒与亲代病毒核苷酸序列的同源性为99.8%,氨基酸序列的同源性为99.6%,其中有23处发生核苷酸突变,14处为有义突变,氨基酸变化主要集中在E2和NS5B区域。多步生长曲线显示,传代病毒和亲本病毒均能在MDBK细胞上获得较高的复制效率,并有着相似的生长特性,复制效率基本一致。本次研究为研制猪源BVDV疫苗做好了物质储备,为下一步研究其致病性和抗原性奠定基础。 展开更多

关键词 牛病毒性腹泻病毒 病毒传代 全长测序 REAL-TIMEPCR 多步生长曲线

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浙江地区鼬獾和犬源狂犬病病毒分离株全基因组测序与分析 被引量：2

10

作者 雷永良 王晓光 +6 位作者 陶晓燕 李浩 孟胜利 陈秀英 柳付明 叶碧峰 唐青 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期45-52,共8页

测定浙江地区狂犬病病毒分离株（鼬獾和犬）全基因组序列,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解狂犬病病毒在浙江的流行和变异情况以及目前浙江流行株的遗传学背景,以丰富中国狂犬病病毒街毒流行株的全基因组信息。脑内接种1-2日... 测定浙江地区狂犬病病毒分离株（鼬獾和犬）全基因组序列,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解狂犬病病毒在浙江的流行和变异情况以及目前浙江流行株的遗传学背景,以丰富中国狂犬病病毒街毒流行株的全基因组信息。脑内接种1-2日乳鼠分离狂犬病病毒,RT-PCR反应测定浙江地区狂犬病病毒分离株全基因组核苷酸序列,并进行编码蛋白和序列相似性比较及种系发生分析。测序获得狂犬病病毒浙江淳安鼬獾分离株F02、F04和松阳犬分离株D01、D02全基因组核苷酸序列信息：基因组全长11 923和11 925 nts,前导序列Leader长58nts,5个ORF为：NP（1 353 nts）; PP（894 nts）; MP（609 nts）; GP（1 575 nts）; LP（6 386 nts）,N-P-M-G间隔序列长2、5、5 nts; G-L基因间的伪基因Ψ长423 nts; Trailer尾长70 nts。核酸BLAST及多重序列比对分析显示浙江地区4个狂犬病病毒分离株的全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征; 中国毒株之间特别是浙江同种动物狂犬病病毒之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,浙江病毒全基因组序列编码蛋白氨基酸序列相似性高于核苷酸序列相似性,说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变; 浙江病毒负链RNA基因组5个基因编码氨基酸的长度没有变异,5个编码蛋白仅表现较少的序列变化; 浙江病毒与本研究选择的代表性引用街毒株或者来自街毒的减毒株的变异位点和变异类型相似,多重序列相似性的比较和种系发生分析显示所分离的狂犬病病毒浙江街毒株均属于基因1型,具有较独特的中国地域性特点,故本研究中的浙江地区分离株极有可能是自然界中固有的街毒株。 展开更多

关键词 狂犬病病毒 鼬獾 犬 全基因组 序列分析

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鸡传染性支气管炎病毒SD060311株和GD080122(肾型)株的全基因组序列分析 被引量：1

11

作者 夏业才 杨汉春 《中国家禽》 北大核心 2012年第16期10-14,共5页

通过对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)分离株SD060311和GD080122(肾型)的基因组进行RT-PCR扩增和基因序列测定,结果表明其基因组大小分别为27788nt和27407nt,与已报道的IBV全基因组序列大小不完全一致,但基因组编码基因的顺序与已报道的IBV... 通过对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)分离株SD060311和GD080122(肾型)的基因组进行RT-PCR扩增和基因序列测定,结果表明其基因组大小分别为27788nt和27407nt,与已报道的IBV全基因组序列大小不完全一致,但基因组编码基因的顺序与已报道的IBV一致,均为5′cap-Replicase-S-3a-3b-3c-M-5a-5b-N-poly(A)3′。与已报道的IBV毒株和火鸡冠状病毒进行比较,绘制系统进化树,结果显示,SD060311和GD080122(肾型)分离株自成一支,与中国分离株BJ株和A2株的亲缘关系最近。本研究不仅丰富了冠状病毒的生物信息数据库,且为进一步研究IBV致病机理和变异机制等奠定了基础。 展开更多

关键词 鸡传染性支气管炎病毒 全基因组 序列测定

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基于二代测序技术建立覆盖我国主要流行亚型的HIV-1近全长基因组测序方法 被引量：2

12

作者 张瑞凤 刘静 +6 位作者 刘佩 张鑫 王宇 丁梦君 丁海锋 姚均 金聪 《中国艾滋病性病》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期509-516,共8页

目的 基于二代测序技术建立一种适合我国主要流行亚型的HIV-1近全长基因组扩增和测序方法,并优化建立标准检测流程,为HIV-1的全基因组序列鉴定和相关系统进化分析等应用提供重要技术手段。方法 基于我国HIV-1主要流行亚型设计扩增引物,... 目的 基于二代测序技术建立一种适合我国主要流行亚型的HIV-1近全长基因组扩增和测序方法,并优化建立标准检测流程,为HIV-1的全基因组序列鉴定和相关系统进化分析等应用提供重要技术手段。方法 基于我国HIV-1主要流行亚型设计扩增引物,通过扩增两段交叉重叠的基因序列获得HIV-1近全长基因组。并通过使用不同反转录试剂与扩增试剂以及尝试不同反应体系和反应条件,分析对HIV-1近全长基因组扩增的效果以及进行二代测序所获序列质量的影响。结果 本研究基于二代测序技术建立的HIV-1近全长基因组扩增和测序方法可成功扩增我国主要HIV-1流行亚型CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B、CRF55_01B,进行二代测序所获基因组序列的平均比对率为95.18%(89.74%~99.16%),平均覆盖率为94.96%(83.58%~99.98%),平均测序深度为5323.10×(3026.68×~6790.57×)。进一步分析不同亚型毒株每个基因位点的测序深度覆盖图,发现CRF08_BC亚型与CRF105_0108亚型的毒株测序深度分布均匀,均高于6000×,其他亚型的毒株样本在6672~8196 bp之间有部分基因位点的测序深度较低。优化和建立的标准检测流程可成功扩增病毒载量大于104copies/mL的样本并获得准确的近全长基因组序列。结论 本研究基于二代测序技术建立了一种HIV-1近全长基因组扩增与测序方法,该方法可成功扩增我国主要流行亚型毒株,为我国应用HIV-1基因组序列开展艾滋病精准防控工作提供了重要技术支撑。 展开更多

关键词 艾滋病病毒 近全长基因组扩增 二代测序

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猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1R株全基因组序列测定及遗传变异分析 被引量：4

13

作者 石文达 刘永刚 +5 位作者 王洪峰 王淑杰 马平 徐敏 武佳斌 蔡雪辉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期512-516,共5页

为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒(PRRSV)株在基因组水平上的变异和分子遗传特征,本研究对致弱毒株CH-1R株进行了全基因组序列的测定。结果表明,CH-1R株基因组序列全长15424nt,具有典型的动脉炎病毒基因组结构。通过与亲本株CH-1a株序列... 为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒(PRRSV)株在基因组水平上的变异和分子遗传特征,本研究对致弱毒株CH-1R株进行了全基因组序列的测定。结果表明,CH-1R株基因组序列全长15424nt,具有典型的动脉炎病毒基因组结构。通过与亲本株CH-1a株序列进行比对,发现其基因组内碱基的缺失和突变主要分布在ORF1a基因的第2191位～2193位、ORF5基因的第439位、ORF6基因的第49位和ORF7基因的第28位和第139位。其中PRRSVCH-1R株的Nsp2蛋白和结构蛋白的变异相对较大,尤其是Nsp2蛋白的变异,同CH-la株相比,CH-1R株的Nsp2蛋白存在多处核苷酸的突变,其中包括连续3个核苷酸发生缺失;由结构蛋白基因推导的氨基酸序列共有17处变异,在各结构蛋白中以GP3和GP5蛋白变异较大,而高度保守的M蛋白和N蛋白,同样发生了变异,由此预测了Nsp2蛋白的R631E、GP5蛋白的L146Q、M蛋白的Q16L和N蛋白的K46N处毒力相关的氨基酸位点,推测其在毒株致弱过程中起到了重要的作用。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 全基因组序列分析

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