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基于GEO和TCGA数据库分析促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4在结直肠癌中表达 被引量：6
1
作者 王倩 袁莉莉 范文涛 《中国应用生理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期279-282,共4页
目的:通过分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集,寻找差异基因,并在TCGA数据库和GEO数据库进行验证,为结直肠癌的早期诊断寻找标志物。方法:分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集GSE21510、GSE25071、GSE32323。分别分析差异基因,采用文恩图软... 目的:通过分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集,寻找差异基因,并在TCGA数据库和GEO数据库进行验证,为结直肠癌的早期诊断寻找标志物。方法:分析GEO数据库结直肠癌相关芯片集GSE21510、GSE25071、GSE32323。分别分析差异基因,采用文恩图软件查找共同差异基因。进一步在TCGA数据库查找差异基因在结直肠癌中的表达及生存曲线。最后通过GEO数据库GSE24514验证差异基因的表达。结果:GSE21510,包含104例样本,共筛选出251个差异基因,其中上调基因146个,下调基因105个。GSE25071,包含50例样本,共筛选出669个差异基因,其中上调基因312个,下调基因357个。GSE32323,包含10例样本,共筛选出353个差异基因,其中上调基因115个,下调基因238个。在样本中上调基因为促癌基因,下调基因为抑癌基因。经文恩图分析,3个基因集交集共有15个基因,其中上调基因3个,下调基因12个。在TCGA数据库中查找差异基因的表达量和生存曲线,生存曲线选择结肠癌数据集,选取279个样本进行分析。根据差异基因的表达和生存曲线,最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4为结直肠癌的标志物。最后在GSE24514芯片集验证差异基因的表达。结论:通过GEO和TCGA数据库筛选及验证,发现在结直肠癌组织中INHBA基因明显上调,CLCA4、CA4基因明显下调。最终确定促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4可作为结直肠癌早期诊断的标志物。 展开更多
关键词 结直肠癌 GEO数据库 TCGA数据库 差异基因表达 早期诊断的标志物
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脓毒症患者血清miRNA-21和PCT动态表达及其临床意义 被引量：11
2
作者 周巧 马渝 +1 位作者 肖玲 周发春 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期907-912,共6页
目的:观察血清miRNA-21和炎症因子PCT在脓毒症病程中的动态表达,并探讨与脓毒症病情以及预后的关系。方法:收集脓毒症患者58例、健康对照24例,其中一般脓毒症32例,脓毒性休克26例,按28 d病死率分为生存组48例和死亡组10例。检测研究对... 目的:观察血清miRNA-21和炎症因子PCT在脓毒症病程中的动态表达,并探讨与脓毒症病情以及预后的关系。方法:收集脓毒症患者58例、健康对照24例,其中一般脓毒症32例,脓毒性休克26例,按28 d病死率分为生存组48例和死亡组10例。检测研究对象在入组第1、3、5天血清miRNA-21表达量以及炎症因子PCT水平,并记录患者的临床信息。结果:(1)与健康对照组比较,脓毒症患者入组第1天血清miRNA-21表达量明显升高(Z=-7.061,P=0.000),做ROC曲线分析得出血清miRNA-21诊断脓毒症的曲线下面积为0.997(95%CI=0.991~1.000,P=0.000),且以miRNA-21≥0.875为截断点,其诊断脓毒症的特异度和灵敏度分别为91.7%、100%。(2)在脓毒症5 d病程中,不同时间点的miRNA-21表达差异具有统计学意义(F=67.778,P=0.000),且不同时间点两两比较均有统计学差异(P=0.000,P=0.000,P=0.000),入组第1天血清miRNA-21表达量(1.974±0.886)ng/μL高于第3天miRNA-21表达量(1.015±0.709)ng/μL,第3天血清miRNA-21表达量高于第5天miR NA-21表达量(0.531±0.312)ng/μL。(3)在脓毒症5 d病程中,不同时间点的PCT表达差异具有统计学意义(F=34.304,P=0.000),且不同时间点两两比较均有统计学差异(P=0.000,P=0.000,P=0.000),入组第1天PCT表达量(14.164±13.939)μg/L高于第3天PCT表达量(4.224±4.039)μg/L,第3天PCT表达量高于第5天PCT表达量(1.614±3.438)μg/L。(4)脓毒性休克组入组第1天,血清miRNA-21表达量、PCT水平及APACHEⅡ评分均高于一般脓毒症组(Z=-6.510,P=0.000;Z=-4.457,P=0.000;Z=-6.517,P=0.000),且miRNA-21表达量与APACHEⅡ评分成正相关(r=0.993,P=0.000)。(5)血清miRNA-21在死亡组中高表达,且在各个观测时间点两组表达量均具有统计学差异(Z=-2.823,P=0.005;Z=-3.664,P=0.000;Z=-4.942,P=0.000)。结论:血清miRNA-21在脓毒症中表达明显升高,可能为脓毒症潜在的早期诊断标记物。血清miRNA-21在脓毒症病程中的动态表达可能与机体炎症反应紧密相关, 展开更多
关键词 脓毒症 血清miRNA-21 PCT 早期诊断标记物 炎症反应 严重程度 预后
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