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双重数字PCR在转基因大豆检测中的应用 被引量:12
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作者 刘晓 朱鹏宇 +4 位作者 景小艳 李志红 张永江 李想 付伟 《生物技术进展》 2020年第1期60-66,共7页
利用微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)平台建立针对MON87705、MON87769、DP356043三种转基因大豆中外源基因的双重PCR检测方法。利用双重数字PCR方法检测特异性、定量范围等参数,优化所用引物探针组合及实验体系程序,检测外... 利用微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)平台建立针对MON87705、MON87769、DP356043三种转基因大豆中外源基因的双重PCR检测方法。利用双重数字PCR方法检测特异性、定量范围等参数,优化所用引物探针组合及实验体系程序,检测外源基因与内标准基因的拷贝数。结果表明,所用引物探针组合在数字PCR方法中仅对目标大豆品系有荧光信号,具有特异性,可用于转基因大豆品系的筛选与鉴别。检测了大豆的转基因成分含量,结果与材料标准品参数基本一致,并根据结果设定定量检测限为0.5%,定性检测限为0.05%,可满足低纯度样品检测的需求。双重数字PCR体系能够准确且稳定的满足实际检测需要,在实际应用上具有良好的发展前景。 展开更多
关键词 双重数字pcr 转基因大豆 定量检测
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基于双重数字PCR检测副溶血弧菌和鼠伤寒沙门氏菌 被引量:6
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作者 王一萍 段林洁 +2 位作者 曾杰生 刘华敏 王哲 《现代食品》 2021年第15期176-181,185,共7页
本研究利用非特异性核酸染料Eva Green,建立检测副溶血弧菌Tlh基因和鼠伤寒沙门氏菌InvA基因的双重数字PCR方法,并分析该检测方法的特异性、灵敏度及重复性。结果显示,所建立的方法对副溶血弧菌和鼠伤寒沙门氏菌的检测具有较高的特异性... 本研究利用非特异性核酸染料Eva Green,建立检测副溶血弧菌Tlh基因和鼠伤寒沙门氏菌InvA基因的双重数字PCR方法,并分析该检测方法的特异性、灵敏度及重复性。结果显示,所建立的方法对副溶血弧菌和鼠伤寒沙门氏菌的检测具有较高的特异性和灵敏度,检测DNA最低浓度为10 fg·μL^(-1),tlh最低检测限为16.8 copies/20μL,invA最低检测限为8.6 copies/20μL,该方法特异性强、灵敏度高且重复性好,可用于食品中副溶血弧菌和鼠伤寒沙门氏菌的检测。 展开更多
关键词 双重数字pcr 副溶血弧菌 鼠伤寒沙门氏菌 定量检测
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转基因玉米MON87427/zSSIIb二重微滴数字PCR方法建立及应用 被引量:5
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作者 肖芳 张秀杰 +7 位作者 李俊 王颢潜 李允静 单露英 翟杉杉 高鸿飞 吴刚 武玉花 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期90-98,共9页
实施转基因产品定量标识制度需要建立准确可靠的定量检测技术和方法。数字PCR(dPCR)不依赖标准物质,实现对DNA分子的绝对定量,已成功用于转基因含量检测和标准物质定值。为建立可靠的dPCR方法,获得准确测量结果,本研究以耐除草剂玉米MON... 实施转基因产品定量标识制度需要建立准确可靠的定量检测技术和方法。数字PCR(dPCR)不依赖标准物质,实现对DNA分子的绝对定量,已成功用于转基因含量检测和标准物质定值。为建立可靠的dPCR方法,获得准确测量结果,本研究以耐除草剂玉米MON87427为材料,探索建立二重微滴数字PCR(ddPCR)的策略。以构建的聚合MON87427转化体和5个玉米内标基因的重组质粒pUC57-M为质控样品,将5个不同的玉米内标基因分别与MON87427组合,通过优化退火温度,根据阳性微滴与阴性微滴分辨率、中等信号强度雨滴数量及测量值与理论值的一致性等,确定了二重ddPCR组合为MON87427/zSSIIb,最适退火温度为58.4℃。MON87427/zSSIIb二重ddPCR的动力学范围为10~60000拷贝。对盲样进行定量检测,二重ddPCR的定量结果与荧光定量PCR有良好的可比性,表明MON87427/zSSIIb二重ddPCR可取代qPCR方法进行转基因玉米MON87427的定量检测及标准物质定值。 展开更多
关键词 转基因玉米MON87427 二重微滴数字pcr 荧光定量pcr 内标基因
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转基因玉米NK603转化体/zSSIIb内标基因二重微滴数字PCR方法的建立及应用 被引量:1
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作者 肖芳 李俊 +7 位作者 王颢潜 翟杉杉 陈子言 高鸿飞 李允静 吴刚 张秀杰 武玉花 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第22期4728-4739,共12页
【目的】批准进口的转基因玉米NK603是中国转基因生物安全监管的主要对象。转基因安全监管需要标准物质和标准检测方法,建立转基因玉米NK603的数字PCR(dPCR)方法将为转基因玉米NK603的定量检测和标准物质研制提供精准测量技术。【方法... 【目的】批准进口的转基因玉米NK603是中国转基因生物安全监管的主要对象。转基因安全监管需要标准物质和标准检测方法,建立转基因玉米NK603的数字PCR(dPCR)方法将为转基因玉米NK603的定量检测和标准物质研制提供精准测量技术。【方法】采用人工合成技术构建标准质粒分子pUC57-NK603;将NK603转化体与不同的玉米内标基因引物/探针一一组合,遴选与NK603转化体特异性PCR具有相同扩增能力的玉米内标基因PCR方法;设置二重微滴数字PCR(ddPCR)的退火温度梯度和引物/探针浓度梯度,优化二重ddPCR的反应体系和反应条件;用梯度稀释的标准质粒溶液作模板,考察二重ddPCR的检测极限、定量极限和动力学范围;将转基因玉米NK603种子粉末和非转基因玉米种子粉末混合,配制质量分数分别为100%、10%和6%的盲样,考察二重ddPCR的定量准确性。【结果】用标准质粒分子pUC57-NK603作为二重ddPCR的质控对照,通过考察二重ddPCR反应热图的微滴信号强度、阳性微滴与阴性微滴分辨率、雨滴数量、NK603转化体与内标基因拷贝数比值测量值与预期值的一致性,确定将NK603转化体特异性PCR方法与内标基因zSSIIb PCR方法组合,建立NK603/zSSIIb二重ddPCR方法。二重ddPCR反应体系中NK603转化体和zSSIIb内标基因的引物/探针浓度相同,均为400 nmol·L^(-1)/200 nmol·L^(-1),在60℃退火延伸。NK603/zSSIIb二重ddPCR的检测极限是2 copies DNA模板,定量极限是48 copies DNA模板,动力学范围是10—60000 copies DNA。应用NK603/zSSIIb二重ddPCR方法可准确定量玉米盲样中的NK603转化体含量,定值结果变异系数小于25%;dPCR定量结果与荧光定量PCR(qPCR)定量结果无显著差异,且具有更高的精确性。【结论】内标基因的选择会影响dPCR定量结果的准确性,在建立dPCR方法的过程中,要用具有准确量值的样品作为质控对照,评估内标准基因的适用性。以人工合成� 展开更多
关键词 转基因玉米NK603 二重数字pcr 标准质粒分子 内标基因 定量
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二重微滴式数字PCR定量检测禽呼肠孤病毒和鸡滑液囊支原体方法的建立
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作者 谢志勤 谢芝勋 +14 位作者 张艳芳 李小凤 范晴 谢丽基 万丽军 罗思思 李孟 张民秀 曾婷婷 黄娇玲 王盛 李丹 韦悠 任红玉 阮志华 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1232-1241,共10页
为绝对定量检测禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)和鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS),本研究建立了二重微滴式数字PCR(ddPCR)。根据已发表的ARV S1基因和MS的VlhA基因序列保守序列,分别设计了针对S1和VlhA基因的特异引物和探针... 为绝对定量检测禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)和鸡滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS),本研究建立了二重微滴式数字PCR(ddPCR)。根据已发表的ARV S1基因和MS的VlhA基因序列保守序列,分别设计了针对S1和VlhA基因的特异引物和探针,通过优化引物和探针的浓度及反应条件后,建立了二重ddPCR定量检测ARV和MS方法,并对建立方法的特异性、敏感性和重复性进行测试。结果显示,优化后最佳的引物和探针浓度分别为1.2和0.35μmol/L,最佳退火温度为55℃。特异性检测结果只检出ARV和MS,没有检出其他对照的禽病病原。敏感性检测结果显示,该方法检测ARV及MS重组质粒DNA的检出限分别为微滴数6.3和5.4 copies/μL,检测方法的检出限与单重ddPCR最低检出限相同,敏感性比荧光定量PCR方法高10倍。对3个连续稀释的ARV和MS重组质粒DNA检测结果的变异系数均小于5%,重复性好。对92份病鸡关节囊、喉拭子及肺样品进行检测,二重ddPCR方法检出12份样品呈ARV阳性,9份样品呈MS阳性,其中2份样品呈ARV和MS阳性,ARV阳性检出率为13.0%(12/92),MS阳性检出率为9.8%(9/92),混合感染阳性率为2.2%(2/92)。结果表明,本研究建立的二重ddPCR方法在定量检测ARV及MS时特异性强、敏感性高、重复性好,为绝对定量检测ARV及MS提供了更敏感的检测技术手段。 展开更多
关键词 二重微滴式数字pcr 定量检测 禽呼肠孤病毒 鸡滑液囊支原体
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