分子对接技术属于计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)的一种主要方法,近年来,在筛选中药药效物质、寻找药物作用于疾病的靶点以及探索中药的作用机制被广泛运用并取得了一定进展。本文通过文献综述,介绍了分子对接的...分子对接技术属于计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)的一种主要方法,近年来,在筛选中药药效物质、寻找药物作用于疾病的靶点以及探索中药的作用机制被广泛运用并取得了一定进展。本文通过文献综述,介绍了分子对接的原理、分子对接机制以及部分常用的软件,并着重总结了分子对接技术在中药药效物质筛选及作用机制研究中的应用,此外对分子对接存在的问题进行讨论与展望,以期为中药临床研究及新药研发提供更多的理论依据。展开更多
文摘目的利用分子对接和网络药理学的方法预测桂枝芍药知母汤治疗类风湿关节炎的主要活性成分和作用靶点,结合中医方解配伍理论对其多成分-多靶点-多通路的作用进行分析。方法在TCMSP、TCM-Datebase@Taiwan、PubChen Compound数据库收集桂枝芍药知母汤中9味中药(桂枝、芍药、知母、甘草、麻黄、生姜、白术、防风、附子)的主要化学成分。通过DrugBank、TTD数据库查找与类风湿关节炎治疗相关的蛋白靶点,并上传到String在线数据库,构建蛋白互作网络关系。在PDB数据库下载合适的蛋白靶点晶体结构,采用Discovery studio 4.5.0软件进行化合物与靶点的分子对接,利用Cytoscape 3.6.1软件,构建药物-化合物-靶点可视化网络,阐释桂枝芍药知母汤抗类风湿关节炎的主要作用机制。结果分子对接结果显示桂枝芍药知母汤中存在316个潜在的抗关节炎活性成分,作用于26个靶点,其中MAPK1、ZADH2、P38、AKR1C2、DHODH、CA2、MMP3、MMP9、RANKL等蛋白是主要作用靶点。生物功能和通路分析提示,桂枝芍药知母汤的作用机制主要涉及骨吸收(28%)、组蛋白激酶活性(20%)、肽基酪氨酸磷酸化(20%)、前列腺素代谢过程(12%)等生物过程。作用通路主要是破骨细胞的分化(94.12%)。结论采用分子对接结合网络药理学的方法,从多靶点多途径的角度研究桂枝芍药知母汤治疗类风湿关节炎的药效物质基础及分子机制,为更好的临床用药提供参考和依据。
文摘分子对接技术属于计算机辅助药物设计(computer-aided drug design,CADD)的一种主要方法,近年来,在筛选中药药效物质、寻找药物作用于疾病的靶点以及探索中药的作用机制被广泛运用并取得了一定进展。本文通过文献综述,介绍了分子对接的原理、分子对接机制以及部分常用的软件,并着重总结了分子对接技术在中药药效物质筛选及作用机制研究中的应用,此外对分子对接存在的问题进行讨论与展望,以期为中药临床研究及新药研发提供更多的理论依据。
文摘通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究。以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通路相互关系网络。应用DAVID数据库对靶点进行GO(gene ontology)及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,并对KEGG信号通路进行可视化处理,将筛选出的化合物进行分子对接;最后,通过木犀草素、甘草查尔酮A处理人肺癌细胞A549进行核心靶点和通路的初步验证,运用CCK-8(cell counting kit-8)法检测细胞增殖,运用Western blot法检测caspase-3和Bax蛋白的表达。从中药鸡血藤中筛选出23个活性成分,潜在药物靶点170个,共涉及127条通路。分子对接结果表明,甘草查尔酮A、(Z)-3-(4-羟基-3-甲氧基苯基)-N-[2-(4-羟基苯基)乙基]丙烯酰胺、consume close grain与关键靶点EGFR成功对接,3个化合物的结合能小于-5 kcal·mol^(-1)。CCK-8法检测结果表明,木犀草素、甘草查尔酮A、鸡血藤提取物对人肺癌A549细胞有抑制作用。Western blot结果表明木犀草素、甘草查尔酮A、鸡血藤提取物能通过提高促凋亡因子caspase-3和Bax的表达,诱导细胞凋亡。该研究通过网络药理学与分子对接来研究鸡血藤抗肺癌作用,为后续鸡血藤治疗肺癌分子机制提供思路。
