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伪狂犬病病毒感染小鼠的背根神经节后天然免疫相关转录组测序及分析
被引量：
3
1
作者
王冰
吴红霞
+4 位作者
李淼
高莹
袁梦淇
仇华吉
孙元
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期591-597,共7页
伪狂犬病病毒(PRV)的天然宿主是猪,但是能够感染多种哺乳动物。PRV是一种嗜神经性α疱疹病毒,小鼠感染PRV后会产生严重的神经症状和神经炎症。为了探究小鼠感染PRV后其背根神经节(DRG)的天然免疫应答情况,本研究将PRV TJ株以10^(6)pfu...
伪狂犬病病毒(PRV)的天然宿主是猪,但是能够感染多种哺乳动物。PRV是一种嗜神经性α疱疹病毒,小鼠感染PRV后会产生严重的神经症状和神经炎症。为了探究小鼠感染PRV后其背根神经节(DRG)的天然免疫应答情况,本研究将PRV TJ株以10^(6)pfu剂量接种小鼠,在濒死期剖杀小鼠,取其DRG进行转录组测序,并使用DESeq2软件对测序结果分析,结果显示,与对照组相比,PRV感染小鼠的DRG内共有6 502条基因的转录水平发生改变,其中转录水平升高的基因有3 703条,降低的基因有2 799条(差异倍数>2,且P≤0.05)。利用clusterProfiler R软件对发生差异转录的基因进行了KEGG分析,结果显示,转录水平发生差异的基因参与细胞内20种信号通路途径,其中12条信号通路与天然免疫反应有关,提示PRV感染小鼠后会激活DRG内广泛的天然免疫反应。差异转录基因数量最多的5条天然免疫信号通路分别是丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域样受体(NLR)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、细胞凋亡(Apoptosis)信号通路和信号转导及转录激活因子(JAK-STAT)信号通路,上述天然免疫反应通路可能在PRV诱导的神经炎症方面有重要作用。本研究随机选择了10条转录水平存在差异的基因,采用荧光定量PCR验证,结果显示其变化趋势均与转录组测序数据一致。本研究首次分析了PRV感染小鼠DRG内转录组的变化,为研究PRV感染后诱导宿主的天然免疫反应相关信号通路提供了参考,并为PRV致病机制等相关研究奠定了基础。
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关键词
伪狂犬病病毒
小鼠
背根神经节
转录组测序
差异转录基因
下载PDF
职称材料
基于转录组分析大肠杆菌响应亚碲酸盐的机制
被引量：
1
2
作者
胡苏姝
彭万里
+2 位作者
林双君
邓子新
梁如冰
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期2702-2718,共17页
亚碲酸盐对绝大多数微生物有高毒性,可用作抗菌剂;但其具体毒性机制仍不清楚。【目的】理解亚碲酸盐的毒性机制,揭示亚碲酸盐处理导致的代谢变化。【方法】本研究通过比较转录组分析与挖掘差异转录基因,探讨了大肠杆菌响应亚碲酸盐胁迫...
亚碲酸盐对绝大多数微生物有高毒性,可用作抗菌剂;但其具体毒性机制仍不清楚。【目的】理解亚碲酸盐的毒性机制,揭示亚碲酸盐处理导致的代谢变化。【方法】本研究通过比较转录组分析与挖掘差异转录基因,探讨了大肠杆菌响应亚碲酸盐胁迫的机制。【结果】Escherichia coli MG1655在10μg/mL亚碲酸盐处理1 h后,比较和分析了亚碲酸盐处理组与对照组的转录水平差异,发现细胞呈现一种明显的适应性变化,许多参与重要代谢途径的基因转录水平改变。其中,与核糖体代谢和鞭毛组装相关基因的转录水平发生显著变化,表明这两条途径很可能是亚碲酸盐作用的主要途径。与细胞能动性、金属离子代谢、细胞膜功能相关的基因的转录水平也发生了明显变化,可能是由于其参与了抵抗亚碲酸盐毒性的细胞代谢调节和损伤修复。【结论】本项工作有助于推动亚碲酸盐毒性机理的研究,促进亚碲酸盐的临床应用。
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关键词
亚碲酸盐
比较转录组
差异转录基因
核糖体代谢
鞭毛组装
原文传递
题名
伪狂犬病病毒感染小鼠的背根神经节后天然免疫相关转录组测序及分析
被引量：
3
1
作者
王冰
吴红霞
李淼
高莹
袁梦淇
仇华吉
孙元
机构
中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期591-597,共7页
基金
国家自然科学基金面上项目(31870152)
黑龙江省自然科学基金面上项目(C2018067)。
文摘
伪狂犬病病毒(PRV)的天然宿主是猪,但是能够感染多种哺乳动物。PRV是一种嗜神经性α疱疹病毒,小鼠感染PRV后会产生严重的神经症状和神经炎症。为了探究小鼠感染PRV后其背根神经节(DRG)的天然免疫应答情况,本研究将PRV TJ株以10^(6)pfu剂量接种小鼠,在濒死期剖杀小鼠,取其DRG进行转录组测序,并使用DESeq2软件对测序结果分析,结果显示,与对照组相比,PRV感染小鼠的DRG内共有6 502条基因的转录水平发生改变,其中转录水平升高的基因有3 703条,降低的基因有2 799条(差异倍数>2,且P≤0.05)。利用clusterProfiler R软件对发生差异转录的基因进行了KEGG分析,结果显示,转录水平发生差异的基因参与细胞内20种信号通路途径,其中12条信号通路与天然免疫反应有关,提示PRV感染小鼠后会激活DRG内广泛的天然免疫反应。差异转录基因数量最多的5条天然免疫信号通路分别是丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域样受体(NLR)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、细胞凋亡(Apoptosis)信号通路和信号转导及转录激活因子(JAK-STAT)信号通路,上述天然免疫反应通路可能在PRV诱导的神经炎症方面有重要作用。本研究随机选择了10条转录水平存在差异的基因,采用荧光定量PCR验证,结果显示其变化趋势均与转录组测序数据一致。本研究首次分析了PRV感染小鼠DRG内转录组的变化,为研究PRV感染后诱导宿主的天然免疫反应相关信号通路提供了参考,并为PRV致病机制等相关研究奠定了基础。
关键词
伪狂犬病病毒
小鼠
背根神经节
转录组测序
差异转录基因
Keywords
pseudorabies
virus
mice
dorsal
root
ganglia
transcriptome
sequencing
differentially
transcribed
genes
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
下载PDF
职称材料
题名
基于转录组分析大肠杆菌响应亚碲酸盐的机制
被引量：
1
2
作者
胡苏姝
彭万里
林双君
邓子新
梁如冰
机构
上海交通大学生命科学技术学院
出处
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期2702-2718,共17页
基金
上海自然科学基金(19ZR1475500)。
文摘
亚碲酸盐对绝大多数微生物有高毒性,可用作抗菌剂;但其具体毒性机制仍不清楚。【目的】理解亚碲酸盐的毒性机制,揭示亚碲酸盐处理导致的代谢变化。【方法】本研究通过比较转录组分析与挖掘差异转录基因,探讨了大肠杆菌响应亚碲酸盐胁迫的机制。【结果】Escherichia coli MG1655在10μg/mL亚碲酸盐处理1 h后,比较和分析了亚碲酸盐处理组与对照组的转录水平差异,发现细胞呈现一种明显的适应性变化,许多参与重要代谢途径的基因转录水平改变。其中,与核糖体代谢和鞭毛组装相关基因的转录水平发生显著变化,表明这两条途径很可能是亚碲酸盐作用的主要途径。与细胞能动性、金属离子代谢、细胞膜功能相关的基因的转录水平也发生了明显变化,可能是由于其参与了抵抗亚碲酸盐毒性的细胞代谢调节和损伤修复。【结论】本项工作有助于推动亚碲酸盐毒性机理的研究,促进亚碲酸盐的临床应用。
关键词
亚碲酸盐
比较转录组
差异转录基因
核糖体代谢
鞭毛组装
Keywords
tellurite
comparative
transcriptome
differentially
transcribed
genes
ribosome
metabolism
flagellar
assembly
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
X172 [环境科学与工程—环境科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
伪狂犬病病毒感染小鼠的背根神经节后天然免疫相关转录组测序及分析
王冰
吴红霞
李淼
高莹
袁梦淇
仇华吉
孙元
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
下载PDF
职称材料
2
基于转录组分析大肠杆菌响应亚碲酸盐的机制
胡苏姝
彭万里
林双君
邓子新
梁如冰
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
原文传递
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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