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新鲜、玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化模式初探 被引量:4
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作者 赵亚涵 郝海生 +6 位作者 杜卫华 庞云渭 闫长亮 刘岩 赵善江 赵学明 朱化彬 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1179-1188,共10页
旨在初步分析新鲜及玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化模式。本研究采用单细胞全基因组甲基化测序技术(scWGMS)检测新鲜、玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化水平和差异甲基化区域(DMR),探讨两者之间DNA甲... 旨在初步分析新鲜及玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化模式。本研究采用单细胞全基因组甲基化测序技术(scWGMS)检测新鲜、玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚全基因组甲基化水平和差异甲基化区域(DMR),探讨两者之间DNA甲基化水平上的差异。结果表明,新鲜卵母细胞体外受精囊胚的整体甲基化水平显著高于玻璃化冷冻卵母细胞体外受精囊胚的整体甲基化水平(P<0.05)。采用基因本体分析(GO)和相关信号通路(KEGG)对143个DMRs分析,发现生物学过程主要显著富集在新陈代谢、生长发育、细胞定位、细胞刺激反应等,通路主要富集在生长发育、核酸结合及组蛋白乙酰化上,并筛选出几个与之相关的候选基因(FARP2、PI4KA、FAM3D、NCOR2、ZNF827等)。本研究初步发现,玻璃化冷冻牛卵母细胞体外受精囊胚的全基因组甲基化水平显著降低,且DMR区域主要集中在ATP结合、生长发育及组蛋白乙酰化,为提高玻璃化冷冻卵母细胞体外受精囊胚质量提供信息参考。 展开更多
关键词 玻璃化冷冻 囊胚 全基因组 甲基化 差异甲基化区域
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哈尔滨和湛江雄性褐家鼠Gsk3β差异甲基化区域DNA序列多态性分析与调控功能鉴定
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作者 周钰芳 李夕萱 +6 位作者 田林 宋铭晶 马晓慧 王大伟 李宁 宋英 刘晓辉 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期316-323,共8页
糖原合成酶激酶-3β(glycogen synthase kinase-3β,Gsk3β)基因能够参与多条细胞周期信号传导通路,从而通过调控细胞分裂过程,影响组织与器官的发育。本实验室前期研究发现,与湛江褐家鼠种群相比,哈尔滨褐家鼠种群在秋冬季存在睾丸发... 糖原合成酶激酶-3β(glycogen synthase kinase-3β,Gsk3β)基因能够参与多条细胞周期信号传导通路,从而通过调控细胞分裂过程,影响组织与器官的发育。本实验室前期研究发现,与湛江褐家鼠种群相比,哈尔滨褐家鼠种群在秋冬季存在睾丸发育受抑制的现象,并通过基因组与甲基化组联合分析,在Gsk3β基因内含子区域筛选到1个差异甲基化区域(differentially methylated region, DMR)。为分析该DMR的DNA序列多态性及其在Gsk3β基因表达调控中的可能作用,本研究选取了哈尔滨(n=52)和湛江(n=39)共91个性成熟褐家鼠睾丸样品。采用PCR测序方法在群体水平上分析了该DMR的DNA序列多态性,在2个褐家鼠亚种的分化特征,并选取2个群体中具有代表性的单倍型,通过荧光素酶基因报告系统在293T细胞中检测该DMR不同单倍型的调控活性。结果表明,该DMR存在2个SNP位点,共组成3个单倍型、6个基因型。卡方检验表明,其频率在2个群体间发生显著分化(单倍型,P=1.13E-29;基因型,P=1.15E-14)。Gsk3β基因的-2 218/+238 bp区具有明显启动子活性(P<0.05);哈尔滨和湛江2个单倍型都显示显著的沉默子活性(P<0.05),同时表现显著的调控活性差异(P<0.05),表明这2个单倍型可以在293T细胞中作为沉默子抑制Gsk3β基因的启动子活性。2个单倍型调控活性差异,可能与SNP导致的转录因子结合位点的获得/丢失,以及2个单倍型在不同种群中甲基化状态差异有关。本研究结果表明,该DMR可能通过调控褐家鼠Gsk3β基因表达,在睾丸发育过程中发挥作用。2个种群主要单倍型的调控活性差异,及其甲基化状态差异可能是2个种群睾丸发育表型差异的重要调控因素之一。 展开更多
关键词 糖原合成酶激酶-3β(Gsk3β):差异甲基化区域 群体遗传 荧光素酶报告系统
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