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MSTN^(-/-)牛肌肉miRNA测序及生物信息学分析
1
作者 王桥梦 强明威 +6 位作者 陈星宇 胡德宝 张林林 李新 丁向彬 郭宏 郭益文 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第14期49-55,124,125,共9页
为了探寻参与调控动物骨骼肌生长发育的肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的相关miRNA,试验活体采集了5头MSTN基因敲除(MSTN^(-/-))鲁西黄牛(试验组)和5头野生型鲁西黄牛(对照组)的腿臀肌肉,提取肌肉总RNA进行miRNA测序,筛选两组鲁西... 为了探寻参与调控动物骨骼肌生长发育的肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的相关miRNA,试验活体采集了5头MSTN基因敲除(MSTN^(-/-))鲁西黄牛(试验组)和5头野生型鲁西黄牛(对照组)的腿臀肌肉,提取肌肉总RNA进行miRNA测序,筛选两组鲁西黄牛肌肉样品间差异表达的miRNA,分析miRNA序列的碱基偏好性,并预测显著差异表达miRNA的靶基因,然后对靶基因进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,最后利用实时荧光定量PCR在MSTN基因干扰牛骨骼肌卫星细胞模型上验证miRNA测序数据的准确性。结果表明:miRNA序列第一位碱基的偏好性因长度不同而不同,且不同位置碱基具有偏好性;试验组和对照组样品共鉴定到761个差异表达miRNA,其中有12个显著差异表达miRNA(miR-2285l、miR-496、miR-12006、miR-6533、miR-450b、miR-6524、miR-410、miR-335、miR-2447、miR-147、miR-33a、miR-654),其中试验组有9个较对照组高表达的miRNA(miR-2285l、miR-12006、miR-6533、miR-450b、miR-410、miR-335、miR-147、miR-33a、miR-654)和3个低表达miRNA(miR-496、miR-6524、miR-2447);预测到5969个显著差异表达miRNA的靶基因和9280个靶位点;靶基因主要富集在细胞内部、膜结合细胞器、蛋白结合、生物过程的正向调节等相关功能和卡波氏肉瘤病毒感染、胞吞作用、MAPK信号通路等代谢通路;验证试验中的6个miRNA(miR-6533、miR-450b、miR-2285l、miR-654、miR-12006、miR-496)的表达量变化均与测序结果的变化趋势一致。说明12个显著差异表达miRNA可能参与了MSTN基因调控牛骨骼肌生长发育过程。 展开更多
关键词 肌肉生长抑制素(MSTN) 牛 差异表达mirna 靶基因 定量分析
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羊传染性脓疱病毒感染山羊皮肤成纤维上皮细胞差异表达miRNA分析
2
作者 张大俊 侯景 +6 位作者 申超超 徐国伟 孔汉金 成伟伟 郑海学 刘湘涛 张克山 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1932-1938,共7页
旨在研究羊传染性脓疱病毒(orf virus,orfv)感染山羊皮肤成纤维细胞(goat skin fibroblasts cell,GSF)对GSF细胞microRNA(miRNA)表达谱影响,探究miRNA在orfv感染过程中的作用及调控机制。分别提取感染和未感染orfv的GSF细胞总RNA,构建mi... 旨在研究羊传染性脓疱病毒(orf virus,orfv)感染山羊皮肤成纤维细胞(goat skin fibroblasts cell,GSF)对GSF细胞microRNA(miRNA)表达谱影响,探究miRNA在orfv感染过程中的作用及调控机制。分别提取感染和未感染orfv的GSF细胞总RNA,构建miRNA文库,利用高通量测序技术进行miRNA差异表达分析,对差异表达miRNA靶基因进行预测,并进行GO和KEGG分析,随机选取10个差异miRNA进行RT-qPCR验证。结果显示,orfv感染组和未感染GSF细胞组相比共有678个显著差异表达的miRNA(fold change≥1.5),其中,上调表达miRNA有509个,下调表达miRNA有169个,uniq_miRNA的Venn图分析显示,感染组和对照组共有的miRNA仅占8.21%;GO和KEGG分析显示,差异表达miRNA主要参与脂质代谢、受体及细胞因子信号转导等细胞生物学过程,RT-qPCR验证结果与高通量测序结果一致。本研究结果表明,orfv感染GSF细胞对其编码的miRNA有显著影响,获得大量GSF细胞编码的与orfv感染相关的差异miRNA,为进一步从宿主miRNA层面揭示orfv感染和致病机制提供了参考依据。 展开更多
关键词 羊传染性脓疱病毒 山羊皮肤成纤维细胞 病毒感染 差异表达mirna
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