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川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发
被引量：
20
1
作者
袁灿
彭芳
+8 位作者
杨泽茂
钟文娟
牟方生
龚一耘
戢沛城
蒲德强
黄海燕
杨晓
张超
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第17期3332-3340,共9页
该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序...
该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中。利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好。利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCo A分析与UPGMA聚类结果类似。该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义。
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关键词
川芎
EST-SSR
功能注释
标记开发
遗传多样性
原文传递
RNA-Seq在药用植物研究中的应用
被引量：
8
2
作者
刘厚伯
上官艳妮
+3 位作者
潘胤池
赵梓岐
李林
徐德林
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第21期5346-5354,共9页
转录组测序技术(RNA-Seq)是近10年新崛起的一种在组学水平剖析基因功能和互作关系的研究方法,广泛应用于分子生物学等前沿领域。近年来,该技术在药用植物研究中得到广泛应用,相关报道也日渐增多。对相关文献进行系统整理,归纳RNA-Seq技...
转录组测序技术(RNA-Seq)是近10年新崛起的一种在组学水平剖析基因功能和互作关系的研究方法,广泛应用于分子生物学等前沿领域。近年来,该技术在药用植物研究中得到广泛应用,相关报道也日渐增多。对相关文献进行系统整理,归纳RNA-Seq技术在药用植物功能基因发掘、基因网络分析、遗传机制揭示、分子标记开发等领域中的应用。同时,依据RNA-Seq的技术特点和药用植物研究的发展需求,对该技术在中药材中的进一步应用进行展望,以期为RNA-Seq技术应用于中药系统基因组学的研究提供参考。
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关键词
转录组测序技术
药用植物
系统基因组学
功能基因挖掘
基因网络分析
分子标记开发
原文传递
题名
川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发
被引量：
20
1
作者
袁灿
彭芳
杨泽茂
钟文娟
牟方生
龚一耘
戢沛城
蒲德强
黄海燕
杨晓
张超
机构
四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所
中国农业科学院麻类研究所
出处
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第17期3332-3340,共9页
基金
四川省育种攻关项目(2016NYZ0036)
四川省财政创新能力提升工程项目(2016TSCY-001)
文摘
该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到4 073个SSR位点。对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中。利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好。利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCo A分析与UPGMA聚类结果类似。该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义。
关键词
川芎
EST-SSR
功能注释
标记开发
遗传多样性
Keywords
Ligusticum
chuanxiong
EST-SSR
functional
annotation
development
of
molecular
marker
genetic
diversity
分类号
S567.79 [农业科学—中草药栽培]
原文传递
题名
RNA-Seq在药用植物研究中的应用
被引量：
8
2
作者
刘厚伯
上官艳妮
潘胤池
赵梓岐
李林
徐德林
机构
遵义医学院细胞生物学教研室
出处
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第21期5346-5354,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31560079)
国家自然科学基金项目(31560087)
+5 种基金
中医药管理局中医药、民族医药科学技术研究课题(QZYY-2019-060)
贵州省中药现代化科技产业研究开发专项项目(黔科合ZY字[2013]3002号)
遵义市2014年度“15851”人才工程项目(201424)
贵州省科技厅人才成长项目(KY[2017]194)
遵义医学院博士启动基金资助项目(F-809)
贵州省优秀青年科技人才项目(黔科合平台人才[2019]5657)
文摘
转录组测序技术(RNA-Seq)是近10年新崛起的一种在组学水平剖析基因功能和互作关系的研究方法,广泛应用于分子生物学等前沿领域。近年来,该技术在药用植物研究中得到广泛应用,相关报道也日渐增多。对相关文献进行系统整理,归纳RNA-Seq技术在药用植物功能基因发掘、基因网络分析、遗传机制揭示、分子标记开发等领域中的应用。同时,依据RNA-Seq的技术特点和药用植物研究的发展需求,对该技术在中药材中的进一步应用进行展望,以期为RNA-Seq技术应用于中药系统基因组学的研究提供参考。
关键词
转录组测序技术
药用植物
系统基因组学
功能基因挖掘
基因网络分析
分子标记开发
Keywords
RNA-Seq
medicinal
plant
phylogenomics
functional
gene
discovery
gene
network
analysis
development
of
molecular
marker
分类号
R282.1 [医药卫生—中药学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发
袁灿
彭芳
杨泽茂
钟文娟
牟方生
龚一耘
戢沛城
蒲德强
黄海燕
杨晓
张超
《中国中药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017
20
原文传递
2
RNA-Seq在药用植物研究中的应用
刘厚伯
上官艳妮
潘胤池
赵梓岐
李林
徐德林
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2019
8
原文传递
已选择
0
条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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