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基于混合策略的de novo序列拼接算法构造
1
作者
肖存威
石海鹤
+1 位作者
王岚
程柏良
《江西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022年第3期300-307,共8页
在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点;再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略...
在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点;再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略的算法(OLC_assembly_1,OLC_assembly_2)及1个基于DBG策略的算法(DBG_assembly),进一步组装出在(OLC+DBG)→OLC混合模式下的算法(简称ODO算法);最后,从GenBank中选取了3个实验样本,从N50、Contigs number、Coverage等角度,比较了在3个单一策略下的算法和ODO构造算法的拼接结果,分析了coverage depth和k值的变化对拼接结果的影响.实验结果表明:该文实现的ODO算法比单一策略在序列拼接时所产生的结果在N50和Coverage等参数上均有一定的优势.
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关键词
de
novo
序列拼接
混合策略
领域特征建模
产生式编程
形式化方法
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职称材料
题名
基于混合策略的de novo序列拼接算法构造
1
作者
肖存威
石海鹤
王岚
程柏良
机构
江西师范大学计算机信息工程学院
出处
《江西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022年第3期300-307,共8页
基金
国家自然科学基金(62062039,61662035)
江西省自然科学基金(20202BAB202024,20212BAB202017)资助项目.
文摘
在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点;再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略的算法(OLC_assembly_1,OLC_assembly_2)及1个基于DBG策略的算法(DBG_assembly),进一步组装出在(OLC+DBG)→OLC混合模式下的算法(简称ODO算法);最后,从GenBank中选取了3个实验样本,从N50、Contigs number、Coverage等角度,比较了在3个单一策略下的算法和ODO构造算法的拼接结果,分析了coverage depth和k值的变化对拼接结果的影响.实验结果表明:该文实现的ODO算法比单一策略在序列拼接时所产生的结果在N50和Coverage等参数上均有一定的优势.
关键词
de
novo
序列拼接
混合策略
领域特征建模
产生式编程
形式化方法
Keywords
de
novo
sequences
assembly
mixed
strategy
domain
feature
mo
de
ling
generative
programming
formal
method
分类号
Q344 [生物学—遗传学]
TP312 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于混合策略的de novo序列拼接算法构造
肖存威
石海鹤
王岚
程柏良
《江西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2022
0
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职称材料
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参考文献
引证文献
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