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DNA条形码识别Ⅰ.DNA条形码研究进展及应用前景 被引量:62
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作者 莫帮辉 屈莉 +3 位作者 韩松 何建伟 赵明 曾晓茂 《四川动物》 CSCD 北大核心 2008年第2期303-306,共4页
DNA条形码(DNA Barcoding)是近年来生物分类学中引人注目的发展热点。本文综述了DNA条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检疫检验领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,将推动传统物种鉴定方法的更... DNA条形码(DNA Barcoding)是近年来生物分类学中引人注目的发展热点。本文综述了DNA条形码的发展历史、识别原理以及公共数据库,并讨论了DNA条形码在检疫检验领域的应用前景。DNA条形码与DNA芯片技术的结合,将推动传统物种鉴定方法的更新,可在检疫检验领域中实现非专家检定,这对进出口口岸生物监测具有重要的理论意义和应用价值。 展开更多
关键词 细胞色素c氧化酶亚单位i(cO i) DNA条形码 DNA芯片
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复合聚合酶链反应鉴别龟甲正品与伪品的特征 被引量:7
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作者 邓莹 李明成 张丽华 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1022-1026,共5页
目的探讨复合聚合酶链反应(PCR)技术鉴别中药材龟甲真伪的分子标记特征。方法采用盐析法提取龟甲正品及其伪品线粒体DNA(MitochondrialDNA,mtDNA)。从GenBank数据库中下载乌龟mtDNA细胞色素b(cytochromeb,Cytb)和细胞色素C氧化... 目的探讨复合聚合酶链反应(PCR)技术鉴别中药材龟甲真伪的分子标记特征。方法采用盐析法提取龟甲正品及其伪品线粒体DNA(MitochondrialDNA,mtDNA)。从GenBank数据库中下载乌龟mtDNA细胞色素b(cytochromeb,Cytb)和细胞色素C氧化酶亚基I(cytochromeoxidasesubunit I,CoD的基因序列,用Premier5.0设计2对特异性引物,建立复合PCR技术对龟甲正品及其伪品进行扩增并测序。结果盐析法提取的龟甲mtDNA的大小均为16.6×10。bp,正品龟甲经复合PCR扩增在300~500bp间有2条明亮分明的条带,而伪品龟甲只出现1条或无条带。结论复合PCR技术鉴别龟甲真伪具有高度特异性、简便、准确、快捷、实用性强,对龟甲类药材的鉴定有很高的应用价值及准确性。, 展开更多
关键词 龟甲 复合PcR 细胞色素c氧化酶亚基i(coi) 细胞色素B
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长江口海域夏季鱼卵、仔稚鱼种类组成及多样性连续观测 被引量:7
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作者 张格 郑连明 +3 位作者 何浩阳 林华 詹肖茜 李克景 《渔业研究》 2020年第1期10-21,共12页
根据2017年7月在长江口L1和L4两个24 h连续站的观测数据,分析鱼卵、仔稚鱼种类组成、丰度与潮汐之间的关系。在近岸站L1站共采得鱼卵19枚,仔稚鱼201尾;远岸站L4站鱼卵17枚,仔稚鱼92尾。获得鱼卵、仔稚鱼的mtCOI基因序列70条,利用DNA条... 根据2017年7月在长江口L1和L4两个24 h连续站的观测数据,分析鱼卵、仔稚鱼种类组成、丰度与潮汐之间的关系。在近岸站L1站共采得鱼卵19枚,仔稚鱼201尾;远岸站L4站鱼卵17枚,仔稚鱼92尾。获得鱼卵、仔稚鱼的mtCOI基因序列70条,利用DNA条形码技术共鉴定出26个分类单元,其中19个鉴定到种的水平,1个鉴定到属的水平,6个鉴定到科的水平;种内平均遗传距离为0.007。L1站鱼卵、仔稚鱼种类共出现14种,L4站共21种;潮汐对于长江口鱼类浮游生物丰度影响较大,对种类数影响较小,L1站与L4站在涨潮时丰度降低;近岸站相比远岸站有更高的丰度,但远岸站有更高的物种丰富度。研究结果表明DNA条形码技术在鱼类浮游生物多样性研究上的可靠性,揭示了潮汐对长江口浮游期鱼类的种类组成及丰度的影响。 展开更多
关键词 长江口 鱼卵 仔稚鱼 DNA条形码 coi 潮汐
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DNA条形码在厦门湾鱼卵和仔稚鱼分类鉴定中的应用 被引量:7
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作者 林君卓 吴昊 +6 位作者 陈凯 杜庆红 黄智伟 黄昆 王鑫煌 陈然 郑连明 《渔业研究》 2018年第5期340-348,共9页
本研究选取2017年4月采集的厦门湾鱼卵、仔稚鱼样品进行DNA条形码分析。获得鱼卵、仔稚鱼的COI基因序列27条,共鉴定种类11种,全部鉴定到种,隶属于4目9科11属。在系统进化树的分析中,同一种类的不同个体都聚在一支,所有物种都分别聚为独... 本研究选取2017年4月采集的厦门湾鱼卵、仔稚鱼样品进行DNA条形码分析。获得鱼卵、仔稚鱼的COI基因序列27条,共鉴定种类11种,全部鉴定到种,隶属于4目9科11属。在系统进化树的分析中,同一种类的不同个体都聚在一支,所有物种都分别聚为独立的一支,这些物种都能有效地区分开来,说明利用COI基因可以进行有效的仔稚鱼物种鉴定。同时获取11种鱼类浮游生物高清图像,并描述其甄别性的形态特征。以上结果表明,线粒体COI基因作为DNA条形码可以实现鱼卵和仔稚鱼的物种鉴定,且较多能鉴定到种的水平。 展开更多
关键词 DNA条形码 MTcoi 鱼类浮游生物 厦门湾
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基于环境DNA宏条形码技术的辽东湾典型围海养殖池塘内水母多样性研究
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作者 李玉龙 鲍相渤 +5 位作者 李轶平 周遵春 付杰 高祥刚 陈百灵 李云峰 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第13期5303-5313,共11页
研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区... 研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从围海养殖池塘7个采样点中获得可检测的采样点数据。结果显示,基于18S rDNA宏条形码检测出8种水母种类,其中钵水母纲大型水母2种、水螅水母总纲小型水母6种;基于COI宏条形码技术共检测出19种水母种类,其中钵水母纲大型水母5种、水螅水母总纲小型水母14种;两种DNA条形码标记都显示养殖种类海蜇(Rhopilema esculentum)为优势种。研究结果表明,环境DNA宏条形码技术作为一种新兴的生物多样性监测手段可用于快速检测水母种类多样性,在水母类物种鉴定、监测及早期预警中有较大的应用潜能。 展开更多
关键词 水母 环境DNA宏条形码 18S rDNA 细胞色素c氧化酶亚基i(coi) 物种检测 早期监测与预警
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生物分类学的新动向——DNA条形编码 被引量:183
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作者 肖金花 肖晖 黄大卫 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第5期852-855,共4页
过去的一年中 ,DNA条形编码 (DNABarcoding)成为生物分类学中引人注目的新方向。DNA条形编码 ,根据对一个统一的目标基因DNA序列的分析 ,达到物种鉴定的目的 ,它操作的简便性和高效性将以我们无法想象的速度加快物种鉴定和进化历史研究... 过去的一年中 ,DNA条形编码 (DNABarcoding)成为生物分类学中引人注目的新方向。DNA条形编码 ,根据对一个统一的目标基因DNA序列的分析 ,达到物种鉴定的目的 ,它操作的简便性和高效性将以我们无法想象的速度加快物种鉴定和进化历史研究的步伐 ,但国际上对此的争论也不少。本文综述了DNA条形编码的原理、操作过程及最新进展 。 展开更多
关键词 生物分类 DNA序列 进化历史 动物学 物种鉴定 操作过程 目标基因 编码 新动向 综述
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基于eDNA技术的舟山近海中国团扇鳐定性与定量分析 被引量:1
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作者 高天翔 张浩博 +1 位作者 王晓艳 陈治 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期116-125,共10页
为探讨环境DNA (environmental DNA, eDNA)技术用于中国团扇鳐监测方面的可行性,同时开展基于eDNA技术的舟山近海中国团扇鳐定性与定量分析。本实验将中国团扇鳐与其同属汤氏团扇鳐COI基因片段序列进行比较分析,使用Primer Express 3.0... 为探讨环境DNA (environmental DNA, eDNA)技术用于中国团扇鳐监测方面的可行性,同时开展基于eDNA技术的舟山近海中国团扇鳐定性与定量分析。本实验将中国团扇鳐与其同属汤氏团扇鳐COI基因片段序列进行比较分析,使用Primer Express 3.0软件设计中国团扇鳐特异性引物与Taq Man探针。在舟山朱家尖近海设计了A、B、C共3个定置网调查站位,定期收集中国团扇鳐样品。于2017年12月19日、2018年4月13日和2018年7月14日分别采集水样(站位A、B1、B2、C1、C2、D),开展eDNA微滴式数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)检测,并将检测结果与水温和采样点进行差异显著性分析。结果显示,不同站位、不同时间的中国团扇鳐eDNA浓度不同,水样采集点对中国团扇鳐eDNA浓度的影响极显著,不同采样点eDNA在不同季节存在极显著差异。研究表明,eDNA检测技术灵敏度高,水温、底质和水深对中国团扇鳐的分布皆有影响。研究结果为其他海域的中国团扇鳐e DNA追踪监测奠定了基础。 展开更多
关键词 中国团扇鳐 环境DNA EDNA 细胞色素c氧化酶亚基i(coi)基因 TAQMAN 微滴式数字PcR
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贵州省蜱种调查及遗传进化分析
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作者 李容庭 李威仪 +2 位作者 刘志豪 唐小敏 吴家红 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第11期72-77,共6页
为了调查贵州省蜱虫的物种多样性及分布特征,阐明不同地理株蜱虫间的遗传进化关系,试验采用动物体表采集法与布旗法采集寄生蜱及游离蜱;使用超景深显微镜对蜱虫进行形态学鉴定。选取不同地域、种类及不能准确识别的蜱虫提取组织DNA,采用... 为了调查贵州省蜱虫的物种多样性及分布特征,阐明不同地理株蜱虫间的遗传进化关系,试验采用动物体表采集法与布旗法采集寄生蜱及游离蜱;使用超景深显微镜对蜱虫进行形态学鉴定。选取不同地域、种类及不能准确识别的蜱虫提取组织DNA,采用PCR法扩增蜱虫16S rDNA和COI基因片段并测序,通过BioEdit 7.0软件进行多序列比对确认蜱虫物种;使用MEGA 11.0软件对序列信息进行分析,构建基于16S rDNA和COI基因的系统进化树,对不同地理株蜱虫进行遗传进化分析。结果表明:在贵州省8个市州23个区县共采集到蜱虫2 420只,其中牛寄生蜱2 193只,羊寄生蜱92只,犬寄生蜱36只,游离蜱99只。形态学和分子生物学方法共鉴定出2种蜱虫,其中微小扇头蜱1 560只,长角血蜱860只。在系统发育进化中,微小扇头蜱、长角血蜱的16S rDNA和COI基因都分别与对应的参考基因序列聚集成一簇,贵州省大部分微小扇头蜱序列总体上聚于一个分支,只有黔东南州QDNZ1株在两个进化树中都形成了独立分支;多数长角血蜱序列也聚于同一分支,仅基于COI基因构建的系统进化树中毕节市BJS1株与其他省地理株聚在另一分支。说明贵州省家畜常见蜱种为微小扇头蜱和长角血蜱;在贵州省黔东南州存在一株微小扇头蜱特有株系,且在毕节市的长角血蜱存在省外输入的情况,这可能会增加蜱媒疾病在贵州省传播的风险。 展开更多
关键词 线粒体16S rDNA基因 细胞色素c氧化酶亚基i(coi)基因 分子鉴定 系统发育分析
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六种蚊虫DNA条形码序列分析 被引量:2
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作者 陈光辉 王孟文 +2 位作者 李焱 刘东 廖凌 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2020年第1期26-36,共11页
传统分类学鉴定需要有完整无残缺的成虫标本,对于非昆虫分类学研究人员应用传统分类学方法鉴定蚊虫较为困难;本研究旨在发掘更多适用于蚊类鉴定的DNA条形码,实现口岸一线蚊类的快速准确鉴定。本文通过提取14个蚊虫样品的基因组DNA,使用... 传统分类学鉴定需要有完整无残缺的成虫标本,对于非昆虫分类学研究人员应用传统分类学方法鉴定蚊虫较为困难;本研究旨在发掘更多适用于蚊类鉴定的DNA条形码,实现口岸一线蚊类的快速准确鉴定。本文通过提取14个蚊虫样品的基因组DNA,使用通用引物PCR扩增ITS1、ITS2、Cytb、COI基因及序列,PCR产物双脱氧法测序,结合NCBI中相关数据分析部分ITS2、Cytb、COI序列的相似性和遗传关系。结果显示:获得了14个蚊虫样品的部分ITS1、ITS2、Cytb、COI序列的非全长碱基序列共计39条;依据种内遗传距离和相似度将14个未知蚊虫分子分类鉴定为6种蚊虫:凶小库蚊、致倦库蚊、尖音库蚊、赫坎按蚊、白纹伊蚊、里海伊蚊;碱基使用率统计表明所测样品的Cytb、COI基因符合昆虫线粒体DNA碱基组成;构建基因ITS2、Cytb、COI系统进化树,符合蚊虫系统发育遗传进化理论。本研究对14个未知蚊虫样品的进行了分子鉴定,为蚊类的快速准确识别鉴定提供基础数据。 展开更多
关键词 蚊类 DNA条形码 内转录间隔子 细胞色素氧化酶b 线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ
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西方蜜蜂的线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基-Ⅰ~细胞色素氧化酶亚基-Ⅱ富含A+T非编码区单倍型类群
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作者 李兴安 牛庆生 薛运波 《中国蜂业》 2016年第10期16-17,20,共3页
西方蜜蜂(Apis砌ZZ澹ra)的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素氧化酶亚基-I(cytochrome C oxidase subunit I,COI)~细胞色素氧化酶亚基-II(COII)富含A+T非编码区(AT-rich noncoding region,NC)属于高变异DNA序... 西方蜜蜂(Apis砌ZZ澹ra)的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素氧化酶亚基-I(cytochrome C oxidase subunit I,COI)~细胞色素氧化酶亚基-II(COII)富含A+T非编码区(AT-rich noncoding region,NC)属于高变异DNA序列,既呈现mtDNA长度变异又呈现mtDNA序列变异,它作为mtDNA多态性标记广泛地应用于A.m.地理亚种的DraI酶限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, DraI RFLP)分析和单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphism, SNP)分析。在本文中,A.m.非洲世系mtDNA的28种DraI RFLP谱图被归纳为3种COI—COIINC单倍型类群,即P0、Q元件组成类群,P1、Q元件组成类群以及P2、Q元件组成类群;A.m.西部欧洲世系mtDNA的90种DraI RFLP谱图被归纳为1种COI—COIINC单倍型类群,即P、Q元件组成类群;A.砚东部欧洲世系mtDNA的25种SNP谱图被归纳为1种COI—COIINC单倍型类群,即Q元件组成类群;A.m.亚洲世系mtDNA的29种DraIRFLP谱图被归纳为3种COI—COIINC单倍型类群,即P0、Q元件组成类群,P0’、Q元件组成类群以及P1',Q元件组成类群。本文综述了这个研究进展。 展开更多
关键词 西方蜜蜂 细胞色素氧化酶亚基-i~细胞色素氧化酶亚基-ii非编码区 线粒体DNA单倍型类群
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基于线粒体16S rRNA与COI基因序列的刻肋海胆属系统发育研究 被引量:8
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作者 曾晓起 张文峰 高天翔 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期47-51,共5页
本研究以16SrRNA和细胞色素氧化酶I(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因片段序列为标记,以杂色角孔海胆(Salmacis sphaeroides)为外群,基于距离法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)分别构建分子系统树,对刻肋海胆属(Temnopleur... 本研究以16SrRNA和细胞色素氧化酶I(Cytochrome oxidase subunit I,COI)基因片段序列为标记,以杂色角孔海胆(Salmacis sphaeroides)为外群,基于距离法(NJ)、最大简约法(MP)和最大似然法(ML)分别构建分子系统树,对刻肋海胆属(Temnopleurus)进行了系统发育学研究。结果表明,哈氏刻肋海胆、细雕刻肋海胆、T.alexandri三者亲缘关系较近,芮氏刻肋海胆和T.michaelseni亲缘关系较近。两个基因片段的核苷酸替代速率顺序为COI>16S rRNA。以3.49%/百万年的核苷酸分歧速率应用于5种海胆的COI基因片段,推断5种海胆分化事件主要发生在约500~590万年前,为中新世晚期(Late Miocene)或上新世早期(Early Pliocene)。 展开更多
关键词 刻肋海胆属 细胞色素氧化酶Ⅰ(coi) 16S RRNA 系统发育
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DNA条形码技术及其在保护生物学中的应用 被引量:7
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作者 杨帆 雷光春 张爱兵 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期58-63,共6页
物质文明及生活水平的提升为人类带来诸多好处的同时,也使人们越来越清晰地意识到保护生物多样性及生态系统稳定性的重大意义。DNA条形码技术作为现今生物分类学中重要的分子技术,可以快速准确地鉴定物种。多国科学家都在致力于对DNA条... 物质文明及生活水平的提升为人类带来诸多好处的同时,也使人们越来越清晰地意识到保护生物多样性及生态系统稳定性的重大意义。DNA条形码技术作为现今生物分类学中重要的分子技术,可以快速准确地鉴定物种。多国科学家都在致力于对DNA条形码的研究,以便能共同组建数据库。将现有物种正确分类并期望用于发现新种,为生物的保护及生态系统的维护作出巨大贡献。细胞色素C氧化酶亚单位I(COI)是现在动物种类鉴定中最常用的基因之一。综述DNA条形编码技术的产生、原理、发展概况与操作及其在保护动物分类中的应用。阐明该技术在保护生物学中应用的意义与可行性,并讨论DNA条形编码在生物分类应用中可能存在的问题。 展开更多
关键词 DNA条形码 细胞色素 c氧化酶亚单位i(coi) DNA分类 物种保护 物种多样性
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Molecular Identification of Hyalomma anatolicum,Hyalomma asiaticum and Hyalomma detritum
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作者 Lv Jizhou Wu Shaoqiang +6 位作者 Zhang Yongning Wang Zhenbao Feng Chunyan Wang Caixia Deng Junhua Yuan Xiangfen Lin Xiangmei 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2014年第3期118-122,共5页
Hyalomma anatolicum, Hyalomma asiaticum and Hyalomma detritum are wide-spread tick vectors in China. They could transmit a great variety of serious animal and human pathogens, which are great threats to the health of ... Hyalomma anatolicum, Hyalomma asiaticum and Hyalomma detritum are wide-spread tick vectors in China. They could transmit a great variety of serious animal and human pathogens, which are great threats to the health of human beings and the safety of stockbreeding. Most of them are distributed in Xinjiang and Inner Mongolia, and they share similar morphologies. This study is to establish a method for identifying H. anatolicum, H. asiaticum and H. detritum with molecular markers and to revealing the phylogenetic relationship of these ticks. Ticks were collected from domestic animals in Xinjiang and Inner Mongolia autonomous regions and classified by morphological characters. 16S rRNA and mitachondrial cytochrome oxidase subunit I gone (CO1) of ticks were amplified by PCR and subsequently sequenced. Phylogenetic trees were constructed by MEGA 5.0 and Mrbayes 3.2. On the 16S rRNA-based phylogenetic tree, H. anatolicum and H. aisaticum were clustered together with their respective classes. H. detritum was clustered with their respective class and the H. anatolicum, H. asiaticum formed distinct branches on the phylogenetic trees based on the COL The method based on morphology that combined with molecular 16S rRNA and COl seemed a simple and accurate method for species identification of H. anatolicum, H. asiaticum and H. detritum. n 展开更多
关键词 cytochrome oxidase subunit i gone coi 16S rRNA Hyalomma anatolicum Hyalomma asiaticum Hyalomma detritum Molecular identificatio
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女贞瓢跳甲生活史及系统发育分析
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作者 刘鹏 钟苗 +3 位作者 徐家生 郭青云 廖承清 戴小华 《北方园艺》 CAS 北大核心 2018年第5期59-63,共5页
女贞瓢跳甲(Argopistes tsekooni Chen)是木犀科园艺植物一种爆发性潜叶害虫。该试验以女贞瓢跳甲为研究对象,对其在赣州地区的发生规律进行了系统观察,并提取了女贞瓢跳甲总DNA,扩增了线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因,利用Mega 7.... 女贞瓢跳甲(Argopistes tsekooni Chen)是木犀科园艺植物一种爆发性潜叶害虫。该试验以女贞瓢跳甲为研究对象,对其在赣州地区的发生规律进行了系统观察,并提取了女贞瓢跳甲总DNA,扩增了线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因,利用Mega 7.0软件建立了系统发育树。结果表明:女贞瓢跳甲在赣州地区一年发生5代,与国内其他地区相比,该地区女贞瓢跳甲的寄主更多样、发生代数也更多。邻接树(NJ树)和最大似然树(ML树)结果均表明女贞瓢跳甲隶属于叶甲科跳甲亚科。 展开更多
关键词 女贞瓢跳甲 细胞色素氧化酶亚基i(coi) 系统发育树 生活史
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基于线粒体COI基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类 被引量:16
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作者 于亚男 宋超 +2 位作者 侯俊利 王妤 庄平 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2014年第5期3-8,共6页
对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的... 对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的含量要高于G+C的含量,与多种鱼类的COI基因的碱基特点相似。运用MEGA5.0计算13种虾虎鱼的种间遗传距离,表明拉氏狼牙虾虎鱼(Oxyurichthy tentacularis)与孔虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)归属于近盲虾虎鱼亚科,根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,触角沟虾虎鱼和矛尾虾虎鱼可能具有共同的起源。 展开更多
关键词 虾虎鱼科 线粒体细胞c亚基(coi) 分子系统分类
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渤海湾7种虾虎鱼科鱼类COI基因序列特征及分子分类研究
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作者 房恩军 郭彪 +3 位作者 郑德斌 张雪 王硕 王宇 《天津农业科学》 CAS 2023年第9期32-37,共6页
为获得渤海湾天津海域常见虾虎鱼线粒体条形码序列及系统分类信息,采集渤海湾7种虾虎鱼样本,通过形态初步鉴定物种,并提取DNA进行线粒体COI基因部分序列扩增测序,用系统进化分析及分子鉴定软件MEGA对渤海湾常见12种虾虎鱼COI基因部分片... 为获得渤海湾天津海域常见虾虎鱼线粒体条形码序列及系统分类信息,采集渤海湾7种虾虎鱼样本,通过形态初步鉴定物种,并提取DNA进行线粒体COI基因部分序列扩增测序,用系统进化分析及分子鉴定软件MEGA对渤海湾常见12种虾虎鱼COI基因部分片断进行序列特征分析及分子分类分析。扩增得到7种虾虎鱼COI基因片断,分析得到其平均GC含量低于AT含量,碱基在密码子位置分布中具有偏向性,且GC含量最高为第2位碱基,与多种鱼类COI基因碱基特点相似。基因密码子碱基变异率为19.4%,转换颠换比为1.3。遗传距离分析及系统进化树分析理清了渤海湾天津海域12种主要虾虎鱼的系统分类及进化关系。遗传距离显示,矛尾刺虾虎鱼(Amblychaeturichthys hexanema)和斑尾复虾虎鱼(Synechogobius ommaturus)为同种鱼。虾虎鱼COI编码基因密码子高变异率可能与其良好的环境适应性有关。 展开更多
关键词 渤海湾虾虎鱼 线粒体细胞色素c氧化酶亚基(coi) 系统进化
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基于COI和D-Loop序列豫北虾虎鱼分子系统分析 被引量:3
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作者 张毅 周传江 +4 位作者 顾钱洪 孟晓林 聂国兴 李学军 孔祥会 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2016年第5期94-100,共7页
虾虎鱼在河南省北部广泛分布,但其系统分类和多样性未有报道.从豫北原阳黄寺、安阳小南海、淇县淇河、长垣孙东闸、林州弓上水库等地采集虾虎鱼样本共计23尾,成都岷江样本6尾,分别扩增了线粒体COI基因和D-Loop序列.联合GenBank下载虾虎... 虾虎鱼在河南省北部广泛分布,但其系统分类和多样性未有报道.从豫北原阳黄寺、安阳小南海、淇县淇河、长垣孙东闸、林州弓上水库等地采集虾虎鱼样本共计23尾,成都岷江样本6尾,分别扩增了线粒体COI基因和D-Loop序列.联合GenBank下载虾虎鱼的COI序列和D-Loop序列,构建了虾虎鱼的系统进化树.结果显示,采自黄寺、小南海、淇县、岷江地区的子陵吻虾虎鱼(Rhinogobius giurinus)聚为一个分支,而采自孙东闸和弓上水库的褐吻虾虎鱼(Rhinogobius brunneus)聚为一个单系群;这两种虾虎鱼遗传分化主要来自群体间.系统发育结果支持子陵吻虾虎鱼的韩国群体与中国群体构成姐妹群关系,中国不同地理种群间则相互交叉. 展开更多
关键词 吻虾虎鱼 细胞色素c氧化酶亚基 D-环区 系统分类分析
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