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基于mtDNA COⅠ和Cytb基因序列对南中国海不同海域波纹唇鱼群体遗传多样性的研究 被引量:37
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作者 胡静 侯新远 +3 位作者 尹绍武 祝斐 贾一何 王小军 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1008-1016,共9页
研究以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼作为研究对象,通过线粒体DNA的COⅠ和Cytb基因序列分析方法对波纹唇鱼进行了遗传多样性研究。经PCR扩增、克隆与序列测定,分别获得1560 bp COⅠ基因和1141 bp Cytb基因序列... 研究以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼作为研究对象,通过线粒体DNA的COⅠ和Cytb基因序列分析方法对波纹唇鱼进行了遗传多样性研究。经PCR扩增、克隆与序列测定,分别获得1560 bp COⅠ基因和1141 bp Cytb基因序列。两者多态性遗传参数统计显示,101尾个体分别存在23(COⅠ)和30(Cytb)个变异位点,分别检测出20(COⅠ)和27(Cytb)个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)分别为0.629(COⅠ)和0.755(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为1.195(COⅠ)和1.424(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.00077(COⅠ)和0.00126(Cytb)。分子方差分析(AMOVA)结果分别为26.26%(COⅠ)和4.22%(Cytb)的变异来自群体间,73.74%(COⅠ)和95.78%(Cytb)的变异来自群体内。同时,两个基因的单倍型网络图呈星状放射结构,不同地理来源的单倍型无明显分支,呈交错分布,没有体现地理差异性。研究初步认为,波纹唇鱼的遗传多样性处于较低水平,遗传分化存在但不显著,该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。 展开更多
关键词 波纹唇鱼 COⅠ cytb 遗传多样性 遗传分化
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三个鲤品种线粒体基因片段序列保守性 被引量:25
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作者 童金苟 吴清江 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期54-60,共7页
在红鲤、镜鲤和野鲤中进行线粒体 1 6SrRNA和Cytb基因片段的序列测定。结果发现 ,3个鲤品种在多达 859个碱基长度上无变异 ,但是与已报道的鲤全序列中的同源序列则有约 1 5%的趋异。这个结果提示 3个鲤品种可能在起源中是独立的一支 。
关键词 品种 线粒体序列 16SrRNA cytb 保守性 基因
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基于颌骨长度和线粒体Cytb序列变异探讨短颌鲚的分类地位 被引量:25
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作者 许志强 葛家春 +3 位作者 黄成 窦红霞 潘建林 夏爱军 《大连水产学院学报》 CSCD 北大核心 2009年第3期242-246,共5页
鲚属Coilia鱼类外形十分相似,该属刀鲚C.nasus、短颌鲚C.brachygnathus的分类问题一直存在较大争议。通过分析比较长江流域刀鲚、短颌鲚的纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数以及颌骨长度的变异情况,结合线粒体DNA Cyt b序列分析,研究了短颌... 鲚属Coilia鱼类外形十分相似,该属刀鲚C.nasus、短颌鲚C.brachygnathus的分类问题一直存在较大争议。通过分析比较长江流域刀鲚、短颌鲚的纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数以及颌骨长度的变异情况,结合线粒体DNA Cyt b序列分析,研究了短颌鲚的分类地位。结果表明:虽然纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数等特征在刀鲚与短颌鲚的区分上有一定的倾向,但重叠较大,难以截然分开。对110尾刀鲚、40尾短颌鲚以及36尾定居型刀鲚——湖鲚C.nasus taihuensis的上颌骨长度进行测量,与刀鲚的上颌骨长度/头长(1.125±0.091)相比,湖鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长(1.022±0.045、0.981±0.095)均有所降低,其中刀鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长变异系数较大(8.01%和9.77%),而湖鲚的最小(4.55%)。三者的上颌骨长度/头长变异范围存在一定的交叉,表明鲚属鱼类上颌骨长度不是一种稳定的特征,推测其受生态环境、生活习性影响较大,不能作为判定物种有效性的主要依据。用PCR产物直接测序法测定了刀鲚、短颌鲚、湖鲚、凤鲚的mtDNACyt b基因序列,刀鲚与短颌鲚间的平均遗传距离为0.002,刀鲚与湖鲚间的遗传距离为0.003,而湖鲚与短颌鲚之间的遗传距离仅为0.001。以鳀科鳀属的Engraulis encrasicolus和E.japonicus为外群,用NJ法、ML法以及MP法进行系统发生分析,结果表明:凤鲚C.mystus分化较早,推测其在进化上处于比较原始的地位,而刀鲚、短颌鲚与湖鲚之间构成多岐分枝,三者之间不能明确区分。综合颌骨长度变异以及mtDNA Cyt b序列分析,认为短颌鲚和湖鲚一样,属于刀鲚在长江的一个淡水生态型种群,而非一个独立的物种。 展开更多
关键词 刀鲚 短颌鲚 颌骨长度 cytb
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中药穿山甲的DNA分子鉴定研究 被引量:19
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作者 尹艳 刘逊 +2 位作者 王兵 高琳惠 张夏楠 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2078-2084,共7页
对中药穿山甲及其混伪品进行分子鉴定研究,建立一个稳定、准确的位点特异性PCR鉴别体系。收集整理穿山甲属动物组织样本及NCBI序列,提取基因组总DNA,PCR扩增Cytb和COⅠ序列并测序,通过Bio Edit软件进行序列比对,应用MEGA 6.0构建序列系... 对中药穿山甲及其混伪品进行分子鉴定研究,建立一个稳定、准确的位点特异性PCR鉴别体系。收集整理穿山甲属动物组织样本及NCBI序列,提取基因组总DNA,PCR扩增Cytb和COⅠ序列并测序,通过Bio Edit软件进行序列比对,应用MEGA 6.0构建序列系统聚类树,并根据序列特异位点设计和筛选中华穿山甲特异性鉴别引物,并对PCR反应条件进行退火温度、DNA模板上样量和PCR循环数等条件的适应性考查。结果表明:Cytb和COⅠ序列均能有效对穿山甲正、伪品进行聚类分析;在位点特异性PCR反应体系中,当退火温度为55~60℃,DNA模板量3~100 ng,PCR扩增35个循环时,基于COⅠ序列的引物COⅠ-S10/A5能使中华穿山甲扩增出约400 bp的特异性条带,而其他穿山甲品种扩增结果为阴性。该文基于COⅠ序列的引物COⅠ-S10/A5能实现中华穿山甲与伪品印度穿山甲、马来穿山甲、树穿山甲等的准确、稳定鉴别。 展开更多
关键词 穿山甲 COⅠ cytb 分子鉴定
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太湖新银鱼线粒体D-loop和Cyt b片段序列结构与进化速率比较 被引量:21
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作者 赵亮 谢本贵 +2 位作者 刘志瑾 许木启 李明 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期27-38,共12页
共获得49个太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)全序列和控制区(D-loop)部分序列。所测线粒体D-loop部分序列长度变化范围为648~680bp,识别到位于前端的一个串联重复序列、一个终止相关序列(ETAS),3个中央... 共获得49个太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)全序列和控制区(D-loop)部分序列。所测线粒体D-loop部分序列长度变化范围为648~680bp,识别到位于前端的一个串联重复序列、一个终止相关序列(ETAS),3个中央保守区保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D)及一个保守序列区保守序列(CSB-1),结构与其他鱼类的研究结果类似。太湖新银鱼线粒体Cyt b和D-loop片段的相对进化速率的比较研究结果表明,太湖新银鱼D-loop总的序列多态性位点的比例为0.83%,低于线粒体Cyt b部分总的序列多态性位点的比例(1.31%)。假设太湖新银鱼Cyt b基因平均进化速率相对值为1,贝叶斯(Bayes)MCMC模拟给出Cyt b基因的相对速率区间估计为1.000±0.131,而D-loop基因的相对速率为0.859±0.261,表明太湖新银鱼D-loop基因的进化速率低于Cyt b基因,同时,后验概率分布的变异方差也比较大。说明Cyt b基因比D-loop基因具有相对较高的进化速率,也相对更接近分子钟假设。因此,可以认为Cyt b基因比D-loop基因更适于太湖新银鱼种内及近缘种间相关分子生态及系统地理格局的研究。 展开更多
关键词 太湖新银鱼 D-LOOP cytb 进化速率
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福建近海竹荚鱼线粒体DNA控制区和细胞色素b遗传多态性 被引量:21
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作者 牛素芳 苏永全 +3 位作者 王军 张丽艳 曾华嵩 张曼 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期66-74,共9页
测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt b)序列。获得了长度为861~866 bp的控制区全序列。60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样... 测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt b)序列。获得了长度为861~866 bp的控制区全序列。60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.993,核苷酸多样性(π)为1.093。930 bp的cyt b部分序列共有37个变异位点,从41个样本中得到25个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(h)分别为0.937和0.336。cyt b片段编码330个氨基酸,氨基酸序列无变异位点,仅有1个氨基酸单倍型。竹荚鱼闽南群体mtDNA序列的遗传多样性高于闽东群体。构建的单倍型系统树未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇,群体间的遗传距离(0.01)也较小。分子方差分析(AMOVA)显示,2个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化。中性检验和核苷酸不配对分析显示,福建近海竹荚鱼近期经历过种群扩张。种群扩张、扩散能力和东海环流可能促进闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼群体间频繁的基因交流,并导致群体间较高的遗传同质性。 展开更多
关键词 竹荚鱼 福建近海 控制区 cytb 遗传多样性 遗传结构
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洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)Cytb和COⅠ基因序列多态性分析 被引量:19
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作者 李大命 李康 +6 位作者 张彤晴 唐晟凯 刘燕山 刘小维 穆欢 黄越峰 潘建林 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2017年第6期25-31,共7页
为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列... 为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s F_s中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。 展开更多
关键词 遗传多样性 细胞色素B基因 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因 大银鱼 洪泽湖
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青海高原牦牛mtDNACytb基因和D-loop区遗传多样性及系统进化分析 被引量:16
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作者 王兴东 郭宪 +5 位作者 吴晓云 马启财 张振宇 叶娜 阎萍 潘和平 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期9-17,共9页
为探究青海高原牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析青海高原牦牛155个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:青海高原牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,个体间序列长度无... 为探究青海高原牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析青海高原牦牛155个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明:青海高原牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,个体间序列长度无差异,4种核苷酸T、A、G、C的含量分别为26.26%、31.73%、13.09%、28.920%;发现13个SNP位点,全部为转换,符合Cytb基因保守的特征;核苷酸多样性(Pi)为0.002 88,单倍型数(H)为9,单倍型多样性(Hd)为0.645;D-loop区序列长度在892~895 bp之间,不同个体间存在序列长度差异;4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为28.69%、32.22%、13.75%、25.34%,A+T含量为60.91%,G+C含量为39.09%。在155个个体中共统计出41个SNP位点,其中转换38个,颠换3个,缺失5个,插入3个。其核苷酸多样性(Pi)为0.012 44,分析得到的单倍型数(H)为38,单倍型多样性(Hd)为0.881。在基于Cytb基因的系统进化树中,青海高原牦牛首先与野牦牛和巴州牦牛聚在一起,紧接着与美洲野牛聚在一起;在D-loop区的系统进化分析中,青海高原牦牛首先与西藏牦牛和野牦牛聚在一起,展示出丰富的遗传多样性,同时进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属(Bovidae)的观点。本研究结果为牦牛改良及育种工作提供了科学依据。 展开更多
关键词 青海高原牦牛 cytb D-LOOP 遗传多样性 系统进化
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应用mtDNA Cytb基因全序列分析中国5个马鹿群体的遗传多样性和系统发育 被引量:18
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作者 张丽 滚双宝 +3 位作者 雷天云 刘丽霞 秦大伟 赵世峰 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期12-16,共5页
为了在分子水平上探讨马鹿的遗传多样性和系统发育,对我国5个马鹿群体43头马鹿mtDNA Cytb基因全序列进行了分析。结果表明:5个马鹿群体mtDNA Cytb基因全序列中A、T、G、C含量没有明显差别;多态位点占分析位点的7.63%,天山马鹿和塔里木... 为了在分子水平上探讨马鹿的遗传多样性和系统发育,对我国5个马鹿群体43头马鹿mtDNA Cytb基因全序列进行了分析。结果表明:5个马鹿群体mtDNA Cytb基因全序列中A、T、G、C含量没有明显差别;多态位点占分析位点的7.63%,天山马鹿和塔里木马鹿的单倍型比例分别为100%,50%,单倍型多样度(Hd)分别为(1.000±0.218),(0.700±0.096),核苷酸多样度(Pi)分别为0.00333,0.00544,平均核苷酸差异数值(K)分别为3.800,6.200,其遗传多样性较丰富。对13个马鹿单倍型序列的系统发生分析表明,我国马鹿有2个母系起源。从GenBank获得33个马鹿Cytb基因全序列与本研究的马鹿Cytb基因的单倍型进行网络关系分析,发现塔里木马鹿与西方马鹿群体具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 MTDNA cytb 起源 遗传多样性 系统发育 马鹿
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几种腹蛇12SrRNA和Cyt b基因片段序列的初步研究 被引量:12
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作者 沈曦 周开亚 王义权 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第1期18-21,共4页
首次对我国几种腹属蛇类的 1 2SrRNA和Cytb基因的部分序列进行了测定。 1 2SrRNA基因片段序列结果揭示 :中介蝮有较大的种下分化。本文为蝮属蛇类的分子系统学研究提供了一些资料。
关键词 蝮蛇 12SrRNA cytb 序列分析 分子系统学
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广东地区宽鳍鱲种群遗传变异和亲缘地理 被引量:15
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作者 梁晓旭 庆宁 +3 位作者 杨柯林 万彩霞 赵俊 陈湘粦 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期806-814,共9页
通过分析88尾采自广东境内9条水系的宽鳍鱲(Zacco platypus)线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因全序列,初步研究其种群遗传变异和地理格局。所测定的Cytb基因全序列长1140bp,其中变异位点98个,简约信息位点75个。共检测到33个单倍型,... 通过分析88尾采自广东境内9条水系的宽鳍鱲(Zacco platypus)线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因全序列,初步研究其种群遗传变异和地理格局。所测定的Cytb基因全序列长1140bp,其中变异位点98个,简约信息位点75个。共检测到33个单倍型,除鉴江种群只有1个单倍型外,其余8条水系均有多个单倍型。北江、流溪河、鉴江、北流河和罗定江等5个种群有共享单倍型Hap11,罗定江和北流河之间共享了单倍型Hap4,东江与流溪河共享Hap6,而韩江和榕江共享单倍型Hap29。种群单倍型多样性的平均值(h)为0.908,核苷酸多样性的平均值(π)为0.01961,表现出较高的遗传多样性。系统发育分析(NJ树)显示,宽鳍鱲种群33个单倍型可分为2个分支,其中来自珠江水系(北江、东江、流溪河、罗定江和北流河)和广东西部独立入海水系(鉴江和漠阳江)的宽鳍鱲种群聚为一支(分支A),广东东部独立入海水系(韩江和榕江)种群聚为另外一支(分支B)。2分支间的遗传距离和碱基差异率均较高(0.0517—0.0549,5.35%—6.49%),明显大于分支A内(0.0012—0.0099,0.26%—2.11%)和分支B内的值(0.0027,1.58%),但远小于宽鳍鱲与外类群间的遗传距离和碱基差异率(0.0945—0.1912,8.77%—17.11%)。这表明分支A与B之间已有明显的遗传分化,但分化程度未达到物种级水平。韩江和榕江的种群相对独立,推测可能与莲花山脉的阻隔有关。根据单倍型网络图推测,流溪河可能是广东中西部地区宽鳍鱲的扩散中心,分别向珠江水系的西江、北江和东江扩散,再向鉴江和漠阳江扩散;另外由扩散中心经东江到榕江再向韩江扩散。分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占38.50%,种群内的遗传变异占66.24%。中性检验和歧点分布分析皆表明广东境内9条水系的宽鳍鱲在整个种群上保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。 展开更多
关键词 宽鳍鱲 cytb 种群变异 亲缘地理
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基于CO I和Cytb DNA条形码在鲌属鱼类物种鉴定中的应用 被引量:15
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作者 王利华 罗相忠 +4 位作者 王丹 李伟 李忠 邹桂伟 梁宏伟 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2019年第4期22-28,共7页
为探究线粒体CO I和Cyt b基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C.recurviceps)、尖头鲌(C.oxycephalus)、蒙古鲌(C.mongolicus)、拟尖头鲌(C.oxycephaloides)和翘嘴鲌(C.alburnus)六种鲌... 为探究线粒体CO I和Cyt b基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C.recurviceps)、尖头鲌(C.oxycephalus)、蒙古鲌(C.mongolicus)、拟尖头鲌(C.oxycephaloides)和翘嘴鲌(C.alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的CO I基因片段中,A、T、G、C4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cyt b序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cyt b基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于CO I基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cyt b基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cyt b作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。 展开更多
关键词 鲌属 COI cytb 物种鉴定 系统进化
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罗非鱼选育群体Cytb与D-loop序列变异信息对比分析 被引量:12
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作者 颉晓勇 李思发 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期982-985,共4页
对罗非鱼选育群体mtDNA Cytb和D-loop序列遗传变异开展对比研究,根据2种方法得到的多态位点比率平均为0.776 74单倍型多样度比率平均为0.919 45核苷酸多样性指数比率平均为0.769 77平均核苷酸差异数比率均值为0.936 19Cytb序列碱基转换... 对罗非鱼选育群体mtDNA Cytb和D-loop序列遗传变异开展对比研究,根据2种方法得到的多态位点比率平均为0.776 74单倍型多样度比率平均为0.919 45核苷酸多样性指数比率平均为0.769 77平均核苷酸差异数比率均值为0.936 19Cytb序列碱基转换率平均0.042 67Cytb碱基颠换率平均0.004 10D-loop序列碱基转换率平均0.037 25D-loop碱基颠换率平均0.022 84。该结果对比揭示了Cytb和D-loop序列分析中的差异。 展开更多
关键词 罗非鱼 cytb D-LOOP 序列变异 对比分析
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以Cytb基因探讨家马的母系起源 被引量:11
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作者 陈建兴 乌尼尔夫 +2 位作者 杨丽华 赵一萍 芒来 《内蒙古农业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2011年第4期1-5,共5页
本研究通过对目前GenBank中登录的所有家马Cytb基因的850nt(核苷酸)的同源序列进行比较分析,应用系统发育分析方法从分子水平探讨家马的母系起源及其驯化过程,以期为家马遗传资源的评价、保护与利用提供分子生物学依据。结果发现家马在... 本研究通过对目前GenBank中登录的所有家马Cytb基因的850nt(核苷酸)的同源序列进行比较分析,应用系统发育分析方法从分子水平探讨家马的母系起源及其驯化过程,以期为家马遗传资源的评价、保护与利用提供分子生物学依据。结果发现家马在该基因区域内存在丰富的多态现象,尤以蒙古马的变异最为丰富。系统发育分析结果发现,所有家马的该基因的同源序列聚为了A~G 7个分支。蒙古马具有多重母系起源,而韩国Jeju马的母系来源较单一。另外,普氏野马与蒙古马亲缘关系较近。 展开更多
关键词 cytb 系统发育分析 母系起源
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利用COⅠ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构 被引量:14
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作者 孙鹏 彭士明 +1 位作者 尹飞 施兆鸿 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2011年第4期398-404,共7页
通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176... 通过对COⅠ和Cytb序列的分析,研究了银鲳(Pampus argenteus)、灰鲳(P.cinereus)和翎鲳(P.punctatissimus)3种东海区重要鲳属鱼类群体的种群遗传结构。在62个鲳属鱼类样本中分别检出COⅠ和Cytb单倍型21个和27个,发现变异位点125个和176个。东海区的3种鲳属鱼类种群中,翎鲳的单倍型多样性(h)与核苷酸多样性(Pi)水平均为最高(在COⅠ序列中分别为0.779和0.003 25,在Cytb序列中分别为0.847和0.003 33),而银鲳和灰鲳的h和Pi水平较低。FU’S FS中性检验和歧点分布分析结果显示,3种鲳属鱼类种群均经历了种群扩张现象。结果表明,3种鲳属鱼类均经历过种群瓶颈效应,处于瓶颈效应后的增长期,遗传多样性水平较低,应采取一些有效的保护措施,以避免其遗传多样性水平的进一步丧失。本研究结果可以为鲳属鱼类资源的合理开发利用和保护提供必要的参考。 展开更多
关键词 鲳属鱼类 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ) 细胞色素B 种群遗传结构
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鹿血的PCR-RFLP鉴定研究 被引量:14
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作者 王凤霞 陈媛媛 +1 位作者 任贵奇 王春民 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1914-1918,共5页
目的建立鹿血聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)种间及种内鉴定方法并确定检测限度。方法根据梅花鹿、马鹿、猪、牛、羊、鸭的细胞色素b(cytb)基因序列的差异,设计并选取DNA限制性内切酶Eco RV和Mse I分别作为区分鹿和非鹿... 目的建立鹿血聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)种间及种内鉴定方法并确定检测限度。方法根据梅花鹿、马鹿、猪、牛、羊、鸭的细胞色素b(cytb)基因序列的差异,设计并选取DNA限制性内切酶Eco RV和Mse I分别作为区分鹿和非鹿,梅花鹿和马鹿的工具。采用试剂盒法提取样品基因组DNA,经PCR扩增cytb片段后,分别进行RFLP分析;在梅花鹿血基因组DNA中分别加入不同比例非鹿类动物血基因组DNA或马鹿血基因组DNA,PCR产物用限制性内切酶Eco RV和Mse I进行切割,确定检测限。结果经PCR-RFLP分析,Eco RV切割鹿和非鹿cytb片段,前者得到2个片段(287、185 bp),后者未被切割;Mse I切割梅花鹿与马鹿cytb片段,前者被切成2个片段(281、191 bp),后者被切成3个片段(281、126、65 bp),191 bp的片段作为梅花鹿血的特征片段,126 bp的片段作为马鹿血的特征片段。梅花鹿血中加入非鹿类动物血基因组DNA的检测限为3%,加入马鹿血基因组DNA的检测限为6%。结论建立的PCR-RFLP方法可以快速鉴定鹿血及相关伪品或掺伪品,也可区分鉴定梅花鹿源的鹿血或马鹿源的鹿血,为鹿血相关产品的质量控制提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 鹿血 梅花鹿 马鹿 细胞色素B 限制性内切酶 PCR-RFLP
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基于线粒体基因COX1、Cytb和ND4的鲑科鱼类的系统发育 被引量:11
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作者 孙毅 《畜牧与饲料科学》 2015年第9期9-17 61,61,共10页
研究基于生物信息学的方法以36种鲑科鱼类的线粒体基因COX1、Cytb和ND4为材料对其系统发育信息效率进行分析。用Clustal W软件进行对比,然后用MEGA 6.06软件分析DNA序列差异,并生成系统发育树。选择胡瓜鱼(Osmerus mordax)、香鱼(Plecog... 研究基于生物信息学的方法以36种鲑科鱼类的线粒体基因COX1、Cytb和ND4为材料对其系统发育信息效率进行分析。用Clustal W软件进行对比,然后用MEGA 6.06软件分析DNA序列差异,并生成系统发育树。选择胡瓜鱼(Osmerus mordax)、香鱼(Plecoglossus altivelis)作为外群,用邻接法(neighbor-joining method,NJ法)和最大似然法(maximum likelihood,ML法)重建系统发育树,随后,统计节点支持率并进行分析。脊椎动物线粒体DNA的不同区域的进化速率不同,线粒体各个基因的系统发育信息表现也有所不同。系统发育树表明,最早分化的一枝是白鲑亚科(Coregonidaeinae),处于祖先位置,鲑亚科(Salmoninae)和茴鱼亚科(Thymallinae)互为姐妹群。在鲑亚科中,形成单系群的有聚集在一起的鲑属(Salmo),组成姐妹群的有红点鲑属(Salvelinus)和大麻哈鱼属(Oncorhynchus)。细鳞鲑、多瑙哲罗鲑、哲罗鲑等淡水鱼种类处于系统发育树的基部位置,与距离方法——NJ法构建的系统进化树进行对比,发现系统发育树的拓扑结构完全一致,但是利用ML法构建的系统发育树的节点支持率都有不同程度的下降,尤其是在茴鱼属(Thymallus)和白鲑属(Coregonus)、柱白鲑属(Prosopium)、北鲑属(Stenodus)的部分节点,支持率从100~79下降到41,但与NJ法构建的系统发育树比较,属、种亲缘关系程度没有明显变化。 展开更多
关键词 COX1 cytb ND4 鲑科 系统发育 近缘关系
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兰州大尾羊mtDNA D-loop和Cytb区序列分析与多态性研究 被引量:11
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作者 李栋元 李景云 +4 位作者 杨具田 臧荣鑫 李贞子 严建鹏 武春丽 《中兽医医药杂志》 2011年第5期14-17,共4页
利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A+T为61.3%,G+C为38.7%,G+C含量明显低于A+T。通... 利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A+T为61.3%,G+C为38.7%,G+C含量明显低于A+T。通过对兰州大尾羊线粒体DNA D-loop区的碱基突变和同源性比较分析得出兰州大尾羊D-loop区核苷酸多样度(Nucleotide diversity)Pi为0.037 85,7只兰州大尾羊来自3个不同母本。兰州大尾羊mtDNA Cytb区序列长度为1 580 bp,其中A、T、G、C碱基含量分别为27.2%、33.7%、26.7%、12.4%;A+T为60.9%,G+C为39.1%,G+C含量明显低于A+T。应用计算机软件DNAsp4.10进行单倍型分析,17个兰州大尾羊个体mtDNA Cytb区序列共发现了12个单倍型(Haplotype),其中第1号和第10号、第2号和第5号共用一种单倍型,单倍型比例在兰州大尾羊群体中较高,遗传多态性较低。 展开更多
关键词 兰州大尾羊 线粒体DNA D-LOOP 线粒体DNA cytb 多态性
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怒江三种裂腹鱼属鱼类种群遗传结构 被引量:13
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作者 岳兴建 汪登强 +4 位作者 刘绍平 袁希平 张耀光 段辛斌 陈大庆 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第23期6418-6429,共12页
2007年4月到2008年8月,在怒江收集116尾光唇裂腹鱼,76尾保山裂腹鱼,35尾贡山裂腹鱼,测定其线粒体cytb基因序列以评估其遗传多样性。结果显示,光唇裂腹鱼116个cytb序列中定义了9个单倍型,14个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.8399... 2007年4月到2008年8月,在怒江收集116尾光唇裂腹鱼,76尾保山裂腹鱼,35尾贡山裂腹鱼,测定其线粒体cytb基因序列以评估其遗传多样性。结果显示,光唇裂腹鱼116个cytb序列中定义了9个单倍型,14个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.8399±0.0124,核苷酸多样性pi=0.0025±0.0015。保山裂腹鱼76个cytb序列中定义3个单倍型,23个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.5544±0.0449,核苷酸多样性pi=0.0080±0.0041。35尾贡山裂腹鱼样本的cytb序列中定义8个单倍型,13个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.7664±0.0556,核苷酸多样性pi=0.0017±0.0011。由于近期的环境污染、水工建设、捕捞压力等使3种鱼各自在怒江下游形成隔离的、遗传结构简单的小种群。光唇裂腹鱼和贡山裂腹鱼历史上都经历过种群扩张,近期种群萎缩。约在(1.11±0.22)MaBP,保山裂腹鱼的烂渣河和保山东河2个种群分离,因此应当做2个进化显著单元进行管理。 展开更多
关键词 怒江 光唇裂腹鱼 保山裂腹鱼 贡山裂腹鱼 cytb 遗传结构
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玉米象Sitophilus zeamais DNA条形码研究 被引量:10
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作者 陈光辉 李焱 +3 位作者 刘东 李凤姐 阿依努尔·阿卜杜艾尼 胡红英 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期454-463,共10页
【目的】玉米象Sitophilus zeamais(Motschulsky)为世界性分布仓储物害虫,食性极广,在我国多数省(区)均有分布。由于该虫与米象Sitophilus oryzae(Linnaeus)形态极似,很难区别;目前唯一可靠的鉴别特征是雌、雄外生殖器,且要实现准确鉴... 【目的】玉米象Sitophilus zeamais(Motschulsky)为世界性分布仓储物害虫,食性极广,在我国多数省(区)均有分布。由于该虫与米象Sitophilus oryzae(Linnaeus)形态极似,很难区别;目前唯一可靠的鉴别特征是雌、雄外生殖器,且要实现准确鉴定必须要有成虫标本,还要经过一系列的繁琐操作,鉴定难度较大,因此需要探索更加便捷高效的鉴定技术。【方法】利用分子生物学手段,通过提取玉米象的基因组DNA,使用通用引物PCR扩增ITS1、ITS2、Cytb、COⅠ、COⅡ基因并测序,通过基因序列相似性来实现快速鉴定,进而获得用于快速鉴定的DNA条形码。【结果】通过形态特征,初步确定玉米象所属大致类群;通过分子生物学手段,获得了多个基因的碱基序列作为玉米象的DNA条形码。【结论】获得多条序列用来鉴定玉米象的DNA条形码,实现玉米象快速准确鉴定,为玉米象的识别鉴定提供基础数据。 展开更多
关键词 玉米象 DNA条形码 快速鉴定 ITS1 ITS2 cytb COⅠ COⅡ基因
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