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题名农作物钾离子通道基因的生物信息学分析
被引量：4
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作者
鲁黎明
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机构
四川农业大学农学院
植物生理学与生物化学国家重点实验室
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出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第12期2385-2390,共6页
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基金
国家植物生理生化重点实验室开放课题(PPB08008)
四川省教育厅青年基金(07ZA073)
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文摘
以AtAKT1所编码的氨基酸序列为检索序列,通过对GenBank NR数据库以及EMBL、DDBJ、PDB数据库进行检索,发现水稻、小麦、大麦、玉米、烟草等作物中具有cds全长的34个疑似K+通道基因。其中:水稻7个,玉米6个,烟草4个,马铃薯、胡萝卜、大麦各3个,葡萄、番茄各2个,蚕豆、小麦、油菜、甜瓜等各1个;有25个基因经过功能验证确定为K+通道基因。利用比较基因组学,将剩余的9个基因确定为K+通道基因。对34个K+基因进化关系的分析表明,与AtAKT1的同源性较高的K+通道基因为马铃薯的SKT1(相似性71%)、番茄的LKT1(相似性71%)、胡萝卜的DKT1(相似性69%)、烟草的NKT1(相似性62%)。
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关键词
农作物
钾离子通道
同源性分析
比较基因组
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Keywords
crops potassium channel phylogenetic analysis comparative genome analysis
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分类号
Q811.4
[生物学—生物工程]
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