枳属种质遗传多样性及其与近缘属植物亲缘关系的SSR和cpSSR分析 被引量：30

1

作者 龚桂芝 洪棋斌 +2 位作者 彭祝春 江东 向素琼 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1742-1750,共9页

应用核基因组SSR和叶绿体基因组SSR,分析了枳属28份枳及枳杂种种质的遗传多样性及其与近缘属植物的亲缘关系。核基因组SSR分析表明普通枳的遗传差异明显,22个SSR位点的平均多态性信息含量(PIC)为0.51,平均期望杂合度为0.52,表明中国枳... 应用核基因组SSR和叶绿体基因组SSR,分析了枳属28份枳及枳杂种种质的遗传多样性及其与近缘属植物的亲缘关系。核基因组SSR分析表明普通枳的遗传差异明显,22个SSR位点的平均多态性信息含量(PIC)为0.51,平均期望杂合度为0.52,表明中国枳种质资源具有较丰富的遗传多样性。在遗传距离约0.16时,22份普通枳可以分成4个类型。叶绿体基因组SSR分析则发现普通枳间基本无差异,表明以母系遗传为特征的枳叶绿体基因组相对保守。富民枳与普通枳无论是在核基因组还是在叶绿体基因组上均存在较大差异,支持富民枳种的地位。SSR和cpSSR结合使用可比较准确地鉴定枳杂种。 展开更多

关键词 枳 SSR cpssr 遗传多样性 亲缘关系

原文传递

猕猴桃属植物的cpSSR遗传多样性及其同域分布物种的杂交渐渗与同塑 被引量：30

2

作者 张田 李作洲 +2 位作者 刘亚令 姜正旺 黄宏文 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期1-22,共22页

同域分布的近缘物种常常发生杂交而导致种间基因渐渗,从而对相关物种的自然居群遗传结构产生重要影响,近缘种间的杂交渐渗已成为进化生物学和保护生物学关注的热点。本研究采用8对cpSSR引物对我国西部高原台地向中东部丘陵平原过渡地带... 同域分布的近缘物种常常发生杂交而导致种间基因渐渗,从而对相关物种的自然居群遗传结构产生重要影响,近缘种间的杂交渐渗已成为进化生物学和保护生物学关注的热点。本研究采用8对cpSSR引物对我国西部高原台地向中东部丘陵平原过渡地带同域重叠分布的猕猴桃属(Actinidia)7个物种的自然居群遗传多样性、居群遗传结构和同域分布种间遗传分化进行了检测。结果表明:(1)在6个多态性位点检测到18个等位基因形成的42个单倍型,尽管各单倍型间显示了复杂的网状进化关系,但还是具有明显的物种特异性;(2)各物种有丰富的cpSSR遗传多样性,但种间存在较大差异,绵毛猕猴桃(Actinidia fulvicoma var.lanata)的遗传多样性水平最高(P=62.50%,hT=0.173,HT=0.897),美味猕猴桃(A.deliciosa)的最低(P=37.5%,hT=0.041,HT=0.516);(3)尽管不同物种的居群分化程度存在较大差异,但种内居群间存在明显分化(GST为0.319-0.780,FST为0.401-0.695),居群间的基因流不足(Nm为0.219-0.747<1);其中以美味猕猴桃的居群遗传分化度最高(GST=0.780,FST=0.695);(4)遗传分化系数GST(unordered alleles)与NST(ordered alleles)无显著差异,揭示本研究的大多数猕猴桃属物种不存在系统地理结构,与用Mantel检验得出的居群遗传距离和地理距离不存在显著性相关的结果一致;(5)除了中华/美味猕猴桃复合体(A.chinensis/A.deliciosa complex)的湖北五峰(HW)和广西资源(GZ)两个同域复合居群外,同域分布的物种间遗传分化强烈(FST为0.476-0.990),与UPGMA聚类时多数居群按各自物种聚类的结果一致。进一步分析表明,中华/美味猕猴桃复合体近缘种间存在明显的共祖多态性和杂交渐渗现象,近缘种植株分布的交错程度以及是否存在亚居群结构对杂交渐渗存在着重要影响。亲缘关系较远的物种间杂交渐渗事件稀少,但存在个别同塑事件。本研究结果有助于进一步了解猕猴桃� 展开更多

关键词 猕猴桃 叶绿体SSR 基因渐渗 遗传多样性 遗传结构 共祖多态性 同塑效应

下载PDF 职称材料

日本落叶松群体的叶绿体SSR分析 被引量：21

3

作者 张新叶 白石进 黄敏仁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期486-490,共5页

利用叶绿体微卫星(cpSSR)分子标记对日本国内的7个日本落叶松(Larixkaempferi)群体遗传结构进行了研究。11对cpSSR引物中筛选出的3对多态性引物,共产生10个长度不同片段,在197个样品中组合出现10个不同的单倍型(haplotype)。各群体的单... 利用叶绿体微卫星(cpSSR)分子标记对日本国内的7个日本落叶松(Larixkaempferi)群体遗传结构进行了研究。11对cpSSR引物中筛选出的3对多态性引物,共产生10个长度不同片段,在197个样品中组合出现10个不同的单倍型(haplotype)。各群体的单倍型差异较大。cpSSR基因座揭示了日本落叶松的遗传变异:平均等位基因数A=3.33,平均有效等位基因数NE=1.20,基因多样度HE=0.17,群体间变异占总群体变异的5.37%,遗传变异主要来自于群体内个体间。 展开更多

关键词 叶绿体微卫星 日本落叶松 单倍型 群体遗传结构

下载PDF 职称材料

应用cpSSR和EST-SSR标记进行柑橘特异种质资源遗传背景研究 被引量：25

4

作者 王福生 江东 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期465-474,共10页

将叶绿体SSR和EST-SSR标记用于揭示柑橘及其近缘属的系统发育关系,并阐明保存在重庆国家果树种质柑橘圃内一些特异种质资源的遗传背景。其中50份材料和44份材料分别用cpSSR和EST-SSR分析。22对cpSSR引物产生146个多态性条带,平均检测到6... 将叶绿体SSR和EST-SSR标记用于揭示柑橘及其近缘属的系统发育关系,并阐明保存在重庆国家果树种质柑橘圃内一些特异种质资源的遗传背景。其中50份材料和44份材料分别用cpSSR和EST-SSR分析。22对cpSSR引物产生146个多态性条带,平均检测到6.64个多态性条带,平均Shannon's多样性指数为0.32;18对EST-SSR引物产生240个多态性条带,平均检测到13.3个多态性条带,平均多态信息含量(PIC)为0.73,平均期望杂合度为0.78。根据cpSSR和EST-SSR分析,结合形态学证据,阐明一些特异柑橘种质资源的遗传背景,同时证明莽山野橘、元橘、宜昌橙有较近的亲缘关系。 展开更多

关键词 柑橘 cpssr EST-SSR 遗传背景

原文传递

叶绿体微卫星分析濒危植物资源冷杉的遗传多样性 被引量：12

5

作者 代文娟 唐绍清 刘燕华 《广西科学》 CAS 2006年第2期151-155,共5页

用叶绿体微卫星(cpSSR)分子标记研究资源冷杉(Abies z iyuanensis)的遗传变异。资源冷杉分别取样于广西资源县和湖南城步县交界的银竹老山、湖南东安和新宁交界处的舜黄山、湖南炎陵县大院的7个居群。样品采用CTAB法进行总DNA的提取,用6... 用叶绿体微卫星(cpSSR)分子标记研究资源冷杉(Abies z iyuanensis)的遗传变异。资源冷杉分别取样于广西资源县和湖南城步县交界的银竹老山、湖南东安和新宁交界处的舜黄山、湖南炎陵县大院的7个居群。样品采用CTAB法进行总DNA的提取,用6对cpSSR引物进行扩增,扩增产物经95℃变性后在6%的变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳,然后应用POPGEN V ersion 1.31软件计算资源冷杉各个居群的N ei's基因多样性指数(H e),Shannon信息多样性指数(I),基因分化系数(G st)以及N ei's遗传距离。用NTSY Spc V ersion 2.10软件进行U PGMA聚类分析,并对地理距离和遗传距离相关性进行M en tal检验。用ARLEQU IN 2.000软件分析地区间、居群间和居群内的遗传变异,统计有效单型模式数量。结果6对cpSSR引物中选出3对多态性引物,共扩增出7个位点。N ei's基因多样度H e为0.2922,信息多样性指数I为0.4428,基因分化系数G st为0.5805。资源冷杉的遗传分化主要存在于居群间,分布在银竹老山和舜黄山的资源冷杉与分布在大院的资源冷杉之间产生了明显的遗传分化,两地资源冷杉之间的遗传变异占总的68.87%。 展开更多

关键词 资源冷杉 遗传变异 叶绿体SSR

下载PDF 职称材料

凉水国家自然保护区天然红松种群遗传多样性在时间尺度上变化的cpSSR分析 被引量：15

6

作者 邵丹 裴赢 张恒庆 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期473-477,共5页

应用叶绿体微卫星(cpSSR)技术对凉水国家自然保护区天然红松种群的遗传多样性在时间尺度上的变化进行了遗传分析。共选择121个树龄在1581～1900年间的红松个体,连续分为6个龄级。从6对叶绿体SSR引物筛选出两对引物,共检测到7个位点,其... 应用叶绿体微卫星(cpSSR)技术对凉水国家自然保护区天然红松种群的遗传多样性在时间尺度上的变化进行了遗传分析。共选择121个树龄在1581～1900年间的红松个体,连续分为6个龄级。从6对叶绿体SSR引物筛选出两对引物,共检测到7个位点,其中多态位点5个,多态位点比率为71.43%。利用POPGENE分析软件计算了红松各龄级内的遗传多样性指数,分析了遗传多样性在红松各龄级间的变化。研究结果表明,凉水保护区内的红松遗传多样性在这320年间没有发生太大的波动,龄级间遗传多样性分化不明显,红松遗传多样性主要存在于龄级内。 展开更多

关键词 红松 叶绿体微卫星 遗传多样性 时间尺度

下载PDF 职称材料

5种松树的遗传多样性和遗传分化研究 被引量：11

7

作者 刘占林 杨雪 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期2385-2392,共8页

利用cpSSR和AFLP标记,比较了巴山松、黄山松、油松、马尾松以及云南松的遗传多样性与遗传分化结果.发现5种松树都表现出较高水平的遗传多样性与种间分化,但cpSSR比AFLP标记提供了更多的种内种间分化,而展示的遗传多样性相对要少.在对不... 利用cpSSR和AFLP标记,比较了巴山松、黄山松、油松、马尾松以及云南松的遗传多样性与遗传分化结果.发现5种松树都表现出较高水平的遗传多样性与种间分化,但cpSSR比AFLP标记提供了更多的种内种间分化,而展示的遗传多样性相对要少.在对不同方法指标的对比研究后,认为将cpSSR的单倍体关系考虑在内,能够更有效地分析植物居群遗传分化造成的地理结构.对于显性标记AFLP,传统的平方根法会低估遗传参数,而Lynch和Milligen的方法因样本量的限制也可能高估遗传多样性,Bayesian法被认为是最精确的方法,提供了与分子方差分析(AMOVA)近似的遗传分化值. 展开更多

关键词 cpssr AFLP 遗传分化 遗传多样性 松属

下载PDF 职称材料

榧树居群遗传多样性的cpSSR分析 被引量：11

8

作者 易官美 邱迎君 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期583-588,753,共7页

【目的】探讨全球气候变化和人类活动干扰对榧树遗传多样性的影响。【方法】采用叶绿体基因组SSR分子标记的方法,对榧树自然分布区10个居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究。【结果】5个cpSSR多态性位点共检测到17个等位基因,可组成2... 【目的】探讨全球气候变化和人类活动干扰对榧树遗传多样性的影响。【方法】采用叶绿体基因组SSR分子标记的方法,对榧树自然分布区10个居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究。【结果】5个cpSSR多态性位点共检测到17个等位基因,可组成28个单倍型。单倍型H3和H13是所有居群共有的单倍型。榧树叶绿体基因组的遗传多样性HE为0.157(0.098~0.211),明显低于其他针叶树种叶绿体基因组的遗传多样性(0.370)。榧树的遗传多样性主要分布于居群内(97.95%),居群间的遗传分化GST为0.020 3,低于其他37种针叶树种的遗传分化(0.165)。【结论】榧树居群经历了历史瓶颈效应。武夷山、黄山、会稽山和天目山等山区可能是榧树在第4纪气候振荡期的孑遗地。瓶颈效应和遗传漂变是形成榧树单倍型分布式样的重要原因。 展开更多

关键词 榧树 遗传多样性 遗传结构 cpssr 孑遗地

下载PDF 职称材料

拟南芥叶绿体SSR引物在甘蓝上的应用 被引量：13

9

作者 张扬勇 方智远 +4 位作者 王庆彪 刘玉梅 杨丽梅 庄木 孙培田 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期549-555,共7页

根据拟南芥的叶绿体全基因组序列,搜索获得89个叶绿体基因组SSRs(cpSSRs),平均每1.736kb出现1个SSR。针对这些SSR设计cpSSR引物58对,其中32对能在甘蓝上应用。5对引物在甘蓝C300、C322和波里马油菜N478、N479间有多态性,这些片段均位于... 根据拟南芥的叶绿体全基因组序列,搜索获得89个叶绿体基因组SSRs(cpSSRs),平均每1.736kb出现1个SSR。针对这些SSR设计cpSSR引物58对,其中32对能在甘蓝上应用。5对引物在甘蓝C300、C322和波里马油菜N478、N479间有多态性,这些片段均位于基因内含子区或基因间隔区。测序结果显示单核苷酸A/T重复数从8个到13个不等。同源性比较表明C300、N479之间的同源性大于两者与拟南芥之间的同源性。 展开更多

关键词 甘蓝 叶绿体SSR 波里马油菜 多态性

原文传递

两类SSR对苜蓿属种质遗传多样性和亲缘关系的比较研究 被引量：9

10

作者 杨占花 魏臻武 +1 位作者 雷艳芳 张丽芳 《草地学报》 CAS CSCD 2008年第6期559-565,共7页

利用33对细胞核SSR标记和28对叶绿体SSR标记对38份苜蓿属种质进行了遗传多样性和亲缘关系分析。在38份苜蓿属种质中,叶绿体SSR标记的平均等位变异数高于细胞核SSR标记,而遗传多样性指数则相反;分别用细胞核SSR、叶绿体SSR和61对SSR标记... 利用33对细胞核SSR标记和28对叶绿体SSR标记对38份苜蓿属种质进行了遗传多样性和亲缘关系分析。在38份苜蓿属种质中,叶绿体SSR标记的平均等位变异数高于细胞核SSR标记,而遗传多样性指数则相反;分别用细胞核SSR、叶绿体SSR和61对SSR标记对38份苜蓿属种质进行聚类,结果显示:3次聚类都把38份苜蓿属种质划分为一年生和多年生苜蓿两个大类群;以相似系数0.8为准,3次聚类结果的差异主要显示在一年生苜蓿内部尤其是蒺藜苜蓿种质内的品种(系)划分上。 展开更多

关键词 多年生苜蓿 一年生苜蓿 nuSSR cpssr 遗传多样性

下载PDF 职称材料

梅花品种资源叶绿体基因组SSR研究 被引量：4

11

作者 吕英民 殷婧 +1 位作者 杨果 张启翔 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第S1期48-53,共6页

该研究利用筛选出的一对来自烟草的叶绿体DNA(cpDNA)SSR引物(NTCP9)扩增48份梅花材料的基因组DNA,进行叶绿体DNASSR标记试验。以这48个梅花品种的cpSSR指纹数据为基础,采用NTSYSpc2·11软件计算Nei’s(1972)遗传距离系数、简单匹配... 该研究利用筛选出的一对来自烟草的叶绿体DNA(cpDNA)SSR引物(NTCP9)扩增48份梅花材料的基因组DNA,进行叶绿体DNASSR标记试验。以这48个梅花品种的cpSSR指纹数据为基础,采用NTSYSpc2·11软件计算Nei’s(1972)遗传距离系数、简单匹配系数(SM)、Jaccard匹配系数和Dice匹配系数,并分别进行聚类、排序分析。从新的角度分析讨论基于cpDNA分化揭示的梅花品种间的系统演化关系。 展开更多

关键词 梅花 cpssr 指纹图谱

下载PDF 职称材料

三七叶绿体分子标记的开发与应用研究 被引量：8

12

作者 孙嘉苓 韩岩 +1 位作者 崔秀明 刘源 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1342-1349,共8页

该研究采用三七叶绿体全基因组开发分子标记(cpSSR,cpSNP,cpIndel),对来源于云南省9个主要三七产地,共计89份三七个体进行实验验证,以期为后续三七种质资源的评价与筛选提供理论支撑。该研究使用的4个三七叶绿体全基因组下载自NCBI数据... 该研究采用三七叶绿体全基因组开发分子标记(cpSSR,cpSNP,cpIndel),对来源于云南省9个主要三七产地,共计89份三七个体进行实验验证,以期为后续三七种质资源的评价与筛选提供理论支撑。该研究使用的4个三七叶绿体全基因组下载自NCBI数据库,GenBank编号分别为KJ566590,KP036468,KR021381,KT001509。通过序列比对分析,确定多态性位点(SNP与Indel)30个,其中cpSNP 16个,cpIndel 14个;并且cpSNP与cpIndel在基因间区的占比远超基因区。开发的cpSSR 87~89个,重复单元以三碱基为主,占比70%~71%,二碱基最少,占比7%。根据比对分析结果,开发cpDNA分子标记18个,其中cpSSR引物7个,cpIndel引物6个,cpSNP引物5个。该研究采用MatK与ycf1基因为对照。根据DNA凝胶电泳条带分析结果确认引物cpSSR-5,pgcpir019,pncp08可用于区分9个不同三七栽培居群。通过比较分析序列长度、群体π和平均核苷酸差异数等指标表明cpSSR-5与pgcpir019可用于区分人参属不同物种,但pncp08仅可用于区分三七不同栽培居群。此外,引物pncp-M(基于MatK基因)区分三七栽培居群效果弱于cpSSR-5,pgcpir019,pncp08。 展开更多

关键词 三七 cpIndel cpSNP cpssr

原文传递

濒危植物对节白蜡遗传多样性的cpSSR分析 被引量：8

13

作者 郑鹏丽 程建如 周明芹 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第7期1399-1403,共5页

【目的】为探讨对节白蜡自然资源的濒危机制,为其野生资源的保护提供依据。【方法】利用cpSSR分子标记,对我国特有的珍稀濒危保护植物对节白蜡10个自然居群196个个体进行遗传多样性研究,并构建其UPGMA聚类图。【结果】6对cpSSR引物扩增... 【目的】为探讨对节白蜡自然资源的濒危机制,为其野生资源的保护提供依据。【方法】利用cpSSR分子标记,对我国特有的珍稀濒危保护植物对节白蜡10个自然居群196个个体进行遗传多样性研究,并构建其UPGMA聚类图。【结果】6对cpSSR引物扩增出了30条多态性带,居群的遗传多样性(多态性位点百分率:PPL=25.75%,Nei’s基因多样性指数:h=0.0974,香农信息指数:I=0.1440,等位基因数:Na=1.2575,有效等位基因数:Ne=1.1712)低于其在物种水平上的多样性(PPL=75.00%,h=0.1720,I=0.22732,Na=1.7500,Ne=1.2756)。居群间遗传分化系数(Gst)为0.4187,基因流(Nm)为0.6942,遗传距离范围0.0329~0.1569,根据遗传一致度(0.8548~0.9676),10个自然居群聚成4个大类。【结论】对节白蜡总遗传多样性处于中等水平,遗传变异主要发生在居群内(58.11%),因此,保护对节白蜡天然种群应重点保护遗传多样性丰富的居群。 展开更多

关键词 对节白蜡 cpssr 天然居群 遗传多样性 UPGMA

下载PDF 职称材料

桃叶绿体全序列微卫星分布规律研究 被引量：10

14

作者 魏潇 章秋平 +1 位作者 刘威生 杨巍 《辽宁农业科学》 2013年第2期5-8,共4页

对桃叶绿体基因组全序列中微卫星的分布规律进行了全面分析。结果发现,cpSSR主要分布在大单拷贝区和小单拷贝区,以完全重复为主。单碱基重复最多,占总数的75.68%,二碱基重复占21.62%,单碱基重复主要以(A)n和(T)n为主,二者共占总数的67.5... 对桃叶绿体基因组全序列中微卫星的分布规律进行了全面分析。结果发现,cpSSR主要分布在大单拷贝区和小单拷贝区,以完全重复为主。单碱基重复最多,占总数的75.68%,二碱基重复占21.62%,单碱基重复主要以(A)n和(T)n为主,二者共占总数的67.57%,二碱基重复主要是(AT)n或(TA)n,占总数的20.47%。单碱基重复(A)n和(T)n的重复次数分别以11次和10次最多,而二碱基重复(AT)n、(TA)n和(TC)n的重复次数均为5～6次。研究结果为开发桃李属植物叶绿体通用引物提供了理论依据。 展开更多

关键词 桃 叶绿体DNA 微卫星

下载PDF 职称材料

栗属植物cpSSR标记技术的建立与体系优化 被引量：7

15

作者 甄贞 曹庆芹 +3 位作者 杨凯 沈元月 冯永庆 秦岭 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期557-560,共4页

叶绿体微卫星标记是一种新的分子标记技术。用1对来源于拟南芥的cpSSR引物研究栗属资源,对栗属植物cpSSR反应体系的主要影响因子进行了优化筛选。结果表明,20μL反应体系各组分的最适浓度分别为:2.5mmol/LMg2+,0.5U Taq DNA聚合酶,0.25m... 叶绿体微卫星标记是一种新的分子标记技术。用1对来源于拟南芥的cpSSR引物研究栗属资源,对栗属植物cpSSR反应体系的主要影响因子进行了优化筛选。结果表明,20μL反应体系各组分的最适浓度分别为:2.5mmol/LMg2+,0.5U Taq DNA聚合酶,0.25mmol/L dNTP,10mg/L的DNA模板,正向引物和反向引物都为0.1μmol/L,NTCP40最适退火温度为56℃。该体系已成功应用于栗属资源的遗传多样性研究中。 展开更多

关键词 栗属植物 cpssr 体系优化

下载PDF 职称材料

山茶属叶绿体全基因组微卫星特征分析及标记开发 被引量：9

16

作者 殷鑫 温强 +3 位作者 王建文 李田 叶金山 徐立安 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第20期6761-6769,共9页

以山茶属9个组9个物种的叶绿体基因组(chloroplast genome DNA, cpDNA)全序列为研究对象,统计分析其简单重复序列(chloroplast simple sequence repeat, cpSSR)或称微卫星分布特征。结果表明山茶属各物种cpSSR数量及组成相对一致,不同... 以山茶属9个组9个物种的叶绿体基因组(chloroplast genome DNA, cpDNA)全序列为研究对象,统计分析其简单重复序列(chloroplast simple sequence repeat, cpSSR)或称微卫星分布特征。结果表明山茶属各物种cpSSR数量及组成相对一致,不同微卫星重复基序中以三核苷酸基序为主,平均约占70%,随后是单核苷酸及二核苷酸基序。各物种单核苷酸和三核苷酸重复碱基类型较为一致,分别为A/T和AAG/TTC。比较叶绿体基因组的不同结构位置,各物种总的表现规律为小单拷贝区(small single copy, SSC) cpSSR分布比例最高,而反向重复区(inverted repeat, IR)最低;同时比较叶绿体基因组的不同功能区域,山茶属各物种的cpSSR主要分布于非编码区。cpSSR种间变异分析表明,cpSSR在山茶属内各组物种间差异较小,整体保持一个较高的一致性,说明山茶属是一个亲缘关系较近的属。对重复基序类型来说,单核苷酸重复基序cpSSR的变异率最高;在各结构域中,cpSSR在大单拷贝区(large single copy, LSC)的变异最大,变异比例占63.46%;而对功能区域来说,非编码区分布的cpSSR的变异率则高于编码区。研究同时建立了山茶属cpSSR分子标记体系,初步筛选出在种间具有较好多态性的cpSSR标记。本研究为今后山茶属多态性的cpSSR标记开发及应用提供重要的理论依据与物质基础。 展开更多

关键词 山茶属 叶绿体基因组 叶绿体微卫星 标记开发

原文传递

铁线莲属植物叶绿体微卫星引物开发及其遗传分析 被引量：9

17

作者 陈文超 苏琬涵 +1 位作者 刘志高 季梦成 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第12期2023-2031,共9页

对Gene Bank数据库中Clematis fusca var.coreana叶绿体全基因组进行了分析,以此为基础设计出11对叶绿体SSR引物,并进一步研究了11对叶绿体SSR引物在铁线莲属其他野生种类和栽培品种中的通用性。结果表明,C.fusca var.coreana叶绿体基... 对Gene Bank数据库中Clematis fusca var.coreana叶绿体全基因组进行了分析,以此为基础设计出11对叶绿体SSR引物,并进一步研究了11对叶绿体SSR引物在铁线莲属其他野生种类和栽培品种中的通用性。结果表明,C.fusca var.coreana叶绿体基因组内共有67个SSR位点,主要分布于1 088~41 445 bp和50 135~127 217 bp,以A/T单碱基重复为主;设计所得11对cpSSR引物在铁线莲野生种类和栽培品种中均表现出良好的通用性,在55个铁线莲样本中扩增等位基因数(Na)平均为10.91,有效等位基因数(Ne)平均为5.40,主等位基因频率(MAF)平均为0.31,多态信息含量(PIC)平均为0.79。另外,基于cpSSR数据,对55个样本的UPGMA聚类结果进行了初步讨论。 展开更多

关键词 铁线莲属 叶绿体微卫星 引物开发 等位基因

下载PDF 职称材料

果梅nSSR、cpSSR引物在李属果树上的通用性分析 被引量：6

18

作者 韩键 王化坤 +3 位作者 练春兰 周杰 高志红 章镇 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期830-835,共6页

用来自果梅的17对nSSR引物和13对cpSSR引物,对李属果树桃、李、梅、杏、樱桃5个树种的24个基因型进行了扩增,以分析其在李属不同果树上的通用性。结果显示,有13对nSSR引物和13对cpSSR引物得到多态性扩增,分别占所用引物的76.5%和100%,平... 用来自果梅的17对nSSR引物和13对cpSSR引物,对李属果树桃、李、梅、杏、樱桃5个树种的24个基因型进行了扩增,以分析其在李属不同果树上的通用性。结果显示,有13对nSSR引物和13对cpSSR引物得到多态性扩增,分别占所用引物的76.5%和100%,平均PIC值分别为0.591和0.654。其中,9对nSSR引物和11对cpSSR引物具有高多态性信息含量,可用于李属果树基因组学和遗传育种方面的研究,显示出果梅SSR引物在李属类果树中具有很好的通用性。 展开更多

关键词 果梅 nSSR cpssr 核果类 通用性

下载PDF 职称材料

基于叶绿体SSR单倍型分析普通杏演化关系 被引量：8

19

作者 魏潇 章秋平 +6 位作者 刘威生 刘宁 张玉萍 徐铭 刘硕 张玉君 马小雪 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期705-712,共8页

为了研究普通杏的起源和不同品种群间的演化关系,以梅为组外对照,利用9对叶绿体SSR引物检测了来自不同品种群或野生类型的58份普通杏种质资源单倍型变化,并对单倍型网络演化进行了分析。共检测到22个等位基因,组成15个单倍型。普通杏以... 为了研究普通杏的起源和不同品种群间的演化关系,以梅为组外对照,利用9对叶绿体SSR引物检测了来自不同品种群或野生类型的58份普通杏种质资源单倍型变化,并对单倍型网络演化进行了分析。共检测到22个等位基因,组成15个单倍型。普通杏以单倍型H01、H02和H03为优势单倍型,出现的频率分别为41.38%、17.24%和15.52%。除华南品种群外,其他品种群的栽培杏均以优势单倍型为主;西北地区的普通杏仅有单倍型H01、H02和H03,而新疆伊犁河谷的野生普通杏仅有2种单倍型H01和H02。同时,在东北品种群、华南品种群和西南地方品种中检测的单倍型数目均多于主栽产区。进一步对这些单倍型进行系统进化分析和网络图分析,发现所有单倍型可分为以H02为中心和以H01、H03为中心的2支,单倍型H01、H02位于网络图的中心。普通杏的叶绿体基因组进化较为保守,仅在较少部位产生了序列变异。在普通杏扩散过程中,边缘地区的种质资源不仅在基因组上存在着较多的基因渗透现象,而且其本身的基因组序列也产生了较多的适应性变异。 展开更多

关键词 叶绿体SSR 单倍型 普通杏 系统进化

下载PDF 职称材料

利用分子标记对14份枸橼种质进行多样性分析 被引量：5

20

作者 徐静 谭李梅 +5 位作者 符红艳 朱志媚 龙栎冰 胡哲 马先锋 邓子牛 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第14期4726-4737,共12页

目前枸橼C-05(Citrus medica L.)是已鉴定的抗溃疡病唯一柑橘属种质,但由于枸橼种质存在多样性,枸橼种质间对柑橘溃疡病的抗病性可能存在差异,且其抗病性与枸橼种质间的亲缘关系是否相关尚不清楚。通过分析枸橼C-05与其他枸橼种质的亲... 目前枸橼C-05(Citrus medica L.)是已鉴定的抗溃疡病唯一柑橘属种质,但由于枸橼种质存在多样性,枸橼种质间对柑橘溃疡病的抗病性可能存在差异,且其抗病性与枸橼种质间的亲缘关系是否相关尚不清楚。通过分析枸橼C-05与其他枸橼种质的亲缘关系,期待对进一步解析枸橼C-05对柑橘溃疡病的抗性机理提供参考。本研究利用筛选的14对SRAP引物、16对SSR引物和1对cpSSR引物trnH-trnK,对14份枸橼种质和4份柑橘属非枸橼参照种质(沙田柚,冰糖橙,酸橙和椪柑)进行遗传多样性分析。结果表明:(1)枸橼与非枸橼种质遗传相似度很低,可以聚在不同的两大类;枸橼种质可以聚在7个亚类,除木里香橼和印度大果外的12个枸橼种质遗传相似度高,相互之间的相似系数均在0.8以上;与枸橼C-05亲缘关系最近的是美国枸橼,二者遗传相似系数为0.97;与枸橼C-05亲缘关系最远的枸橼种质是木里香橼,二者遗传相似系数为0.76。(2)在SRAP和SSR标记中筛选出65个种质特异性标记,除爪哇柠檬外,所有枸橼种质有1~8个特异性标记,可以把它们全部鉴别出来;爪哇柠檬没有特异标记,但其与丹娜香橼有1个二者共有的特异标记,结合丹娜香橼的特异标记,也可以把爪哇柠檬鉴别出来。(3)结合三种分子标记可以初步确定,木里香橼可能为杂种起源,父本为枸橼,母本为与柠檬(C.limon(L.)Burm.f)血缘相近的酸橙(C.aurantium L.);印度大果也可能为杂种起源,父本为枸橼,母本为大翼橙亚属小花橙(C.micrantha Wester)或近缘种的杂种起源。综上所述,通过分子标记,14份枸橼种质亲缘关系基本明晰,为探明不同枸橼种质与枸橼C-05亲缘关系提供了理论基础。 展开更多

关键词 枸橼种质 SRAP SSR cpssr 遗传多样性

原文传递