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题名紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较
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作者
陈体强
徐晓兰
石林春
应正河
钟礼义
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机构
福建省农业科学院食用菌研究所
福建农林大学动物科学院(蜂学院)中药资源与蜂产品系
中国医学科学院药用植物研究所
福建武平县食用菌技术推广服务站
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出处
《菌物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期330-343,共14页
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基金
福建省农业科学院创新团队建设项目(CXTD2021014-2)
福建省公益类科研院所竞争性项目(2023R11030073)。
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文摘
紫芝栽培品种‘紫芝S2’(武芝2号)的ITS序列与NCBI数据库中5个紫芝菌株/分离株相似度高达99.79%-100%,在系统进化树上相聚成一类。本研究预测‘紫芝S2’基因组与参考基因组中的rRNA基因簇,分析rDNA结构及各构件序列间的多态性。从高质量‘紫芝S2’基因组中挖掘得到完整rDNA,序列全长40.377kb,由4组串联重复的(18S、5.8S、28S、5S)rRNA基因簇组成,并含有完整的基因内间隔区(ITS1、ITS2)和基因间间隔区(IGS1、IGS2)。在紫芝S2的rDNA中,高度保守的28S rRNA基因间出现3个SNP和2个插入(1 bp,10 bp)位点;虽然第4条ITS2中有1个SNP位点,但紫芝S2的4条ITS2在二级结构上的分子形态高度一致,与ITS2数据库中其他紫芝菌株仅存在螺旋区间夹角的微小差异。由‘紫芝S2’基因组rDNA的ITS2生成的DNA条形码与二维码,可以作为该栽培品种鉴定与同源物种其他菌株鉴别的分子标记。
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关键词
基因组
完整rdna
基因内间隔区
ITS2二级结构
紫芝
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Keywords
genome
contiguous ribosomal dna
intragenic spaces
ITS2 secondary structure
Ganoderma sinense
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分类号
S567.31
[农业科学—中草药栽培]
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