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利用实时荧光定量PCR和数字PCR检测鉴定水稻细菌性条斑病菌
被引量:
3
1
作者
张健男
王依名
+5 位作者
张洁净
陈磊
罗金燕
易建平
李斌
安千里
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期55-64,共10页
白叶枯病和条斑病是水稻重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo...
白叶枯病和条斑病是水稻重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo和Xoc中的铁-红酵母酸/铁-粪生素受体基因fhuE在进化过程中因不同程度地缺失而成为假基因。针对Xoc中有而Xoo中缺失的fhuE部分序列设计引物,筛选出Xoc特异引物XocFhuE-F(5’-ATCGAACGATGTCACCAGGG-3’)和XocFhuE-R(5’-AGAAACGTGCGGCCAGATAA-3’)。用XocFhuE-F/XocFhuE-R能只从Xoc菌株中仅扩增出159 bp片段,并结合荧光染料建立了SYBR Green实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)和EvaGreen微滴数字PCR(digital PCR,dPCR)方法来检测鉴定Xoc。在20μL反应体系中加1μL模板,qPCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10^(4)CFU/mL,检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10^(3)CFU/粒;d PCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10^(3)CFU/mL,检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10^(2)CFU/粒。综上所述,基于Xoc特异引物XocFhuE-F/XocFhuE-R建立的SYBR Green qPCR和EvaGreen dPCR为检疫Xoc和监测预警水稻条斑病提供了高效的检测方法。
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关键词
水稻条斑病
水稻白叶枯病
水稻黄单胞菌
保守标志蛋白
铁-粪生素受体
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职称材料
基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌
被引量:
3
2
作者
吴秀芹
罗金燕
+3 位作者
孙国昌
易建平
李斌
安千里
《植物病理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期688-698,共11页
甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本...
甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本研究对Dickeya属菌株的全基因组序列进行比较基因组学分析,筛选到D. dadantii特有的标志基因,针对标志基因设计引物,其中针对编码登录号为WP077245517未知蛋白基因的1对引物Dad1-F(5’-CATATCAACCAGACCAGCCGTT-3’)和Dad1-R(5’-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA-3’)能只从D. dadantii扩增到167 bp目的片段。由此建立了特异灵敏的常规PCR和实时荧光定量PCR检测D. dadantii的方法,为鉴定检疫甘薯茎腐病病原菌和田间监测病害提供了有效方法。
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关键词
软腐病
甘薯茎腐病
狄克氏菌
保守标志蛋白
种特异基因
原文传递
题名
利用实时荧光定量PCR和数字PCR检测鉴定水稻细菌性条斑病菌
被引量:
3
1
作者
张健男
王依名
张洁净
陈磊
罗金燕
易建平
李斌
安千里
机构
水稻生物学国家重点实验室/农业农村部作物病虫分子生物学重点实验室/浙江省作物病虫生物学重点实验室/浙江大学农业与生物技术学院
上海市农业技术推广服务中心
上海海关动植物与食品检验检疫技术中心
出处
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期55-64,共10页
基金
上海市科技兴农项目(2019-02-08-00-08-F01150)
浙江省重点研发计划项目(2019C02006)。
文摘
白叶枯病和条斑病是水稻重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo和Xoc中的铁-红酵母酸/铁-粪生素受体基因fhuE在进化过程中因不同程度地缺失而成为假基因。针对Xoc中有而Xoo中缺失的fhuE部分序列设计引物,筛选出Xoc特异引物XocFhuE-F(5’-ATCGAACGATGTCACCAGGG-3’)和XocFhuE-R(5’-AGAAACGTGCGGCCAGATAA-3’)。用XocFhuE-F/XocFhuE-R能只从Xoc菌株中仅扩增出159 bp片段,并结合荧光染料建立了SYBR Green实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)和EvaGreen微滴数字PCR(digital PCR,dPCR)方法来检测鉴定Xoc。在20μL反应体系中加1μL模板,qPCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10^(4)CFU/mL,检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10^(3)CFU/粒;d PCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10^(3)CFU/mL,检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10^(2)CFU/粒。综上所述,基于Xoc特异引物XocFhuE-F/XocFhuE-R建立的SYBR Green qPCR和EvaGreen dPCR为检疫Xoc和监测预警水稻条斑病提供了高效的检测方法。
关键词
水稻条斑病
水稻白叶枯病
水稻黄单胞菌
保守标志蛋白
铁-粪生素受体
Keywords
bacterial
leaf
streak
of
rice
bacterial
leaf
blight
of
rice
Xanthomonas
oryzae
conserved
signature
protein
ferric-coprogen
receptor
分类号
S41-30 [农业科学—植物保护]
下载PDF
职称材料
题名
基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌
被引量:
3
2
作者
吴秀芹
罗金燕
孙国昌
易建平
李斌
安千里
机构
浙江大学生物技术研究所
上海市农业技术推广服务中心
浙江省农业科学院植物保护与微生物研究所
上海出入境检验检疫局
出处
《植物病理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期688-698,共11页
基金
浙江省重点研发项目(2017C02002)
浙江省自然科学基金(LY19C010007)
上海市农业基础性研究项目[沪农科攻字(2014)第7-3-1号、沪农科攻字(2015)第4-4号]
文摘
甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本研究对Dickeya属菌株的全基因组序列进行比较基因组学分析,筛选到D. dadantii特有的标志基因,针对标志基因设计引物,其中针对编码登录号为WP077245517未知蛋白基因的1对引物Dad1-F(5’-CATATCAACCAGACCAGCCGTT-3’)和Dad1-R(5’-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA-3’)能只从D. dadantii扩增到167 bp目的片段。由此建立了特异灵敏的常规PCR和实时荧光定量PCR检测D. dadantii的方法,为鉴定检疫甘薯茎腐病病原菌和田间监测病害提供了有效方法。
关键词
软腐病
甘薯茎腐病
狄克氏菌
保守标志蛋白
种特异基因
Keywords
soft
rot
disease
stem
and
root
rot
of
sweet
potato
Dickeya
conserved
signature
protein
species-specific
gene
分类号
S435.311 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用实时荧光定量PCR和数字PCR检测鉴定水稻细菌性条斑病菌
张健男
王依名
张洁净
陈磊
罗金燕
易建平
李斌
安千里
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2023
3
下载PDF
职称材料
2
基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌
吴秀芹
罗金燕
孙国昌
易建平
李斌
安千里
《植物病理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
3
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