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利用实时荧光定量PCR和数字PCR检测鉴定水稻细菌性条斑病菌 被引量:3
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作者 张健男 王依名 +5 位作者 张洁净 陈磊 罗金燕 易建平 李斌 安千里 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期55-64,共10页
白叶枯病和条斑病是水稻重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo... 白叶枯病和条斑病是水稻重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo和Xoc中的铁-红酵母酸/铁-粪生素受体基因fhuE在进化过程中因不同程度地缺失而成为假基因。针对Xoc中有而Xoo中缺失的fhuE部分序列设计引物,筛选出Xoc特异引物XocFhuE-F(5’-ATCGAACGATGTCACCAGGG-3’)和XocFhuE-R(5’-AGAAACGTGCGGCCAGATAA-3’)。用XocFhuE-F/XocFhuE-R能只从Xoc菌株中仅扩增出159 bp片段,并结合荧光染料建立了SYBR Green实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)和EvaGreen微滴数字PCR(digital PCR,dPCR)方法来检测鉴定Xoc。在20μL反应体系中加1μL模板,qPCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10^(4)CFU/mL,检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10^(3)CFU/粒;d PCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10^(3)CFU/mL,检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10^(2)CFU/粒。综上所述,基于Xoc特异引物XocFhuE-F/XocFhuE-R建立的SYBR Green qPCR和EvaGreen dPCR为检疫Xoc和监测预警水稻条斑病提供了高效的检测方法。 展开更多
关键词 水稻条斑病 水稻白叶枯病 水稻黄单胞菌 保守标志蛋白 铁-粪生素受体
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基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌 被引量:3
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作者 吴秀芹 罗金燕 +3 位作者 孙国昌 易建平 李斌 安千里 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期688-698,共11页
甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本... 甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本研究对Dickeya属菌株的全基因组序列进行比较基因组学分析,筛选到D. dadantii特有的标志基因,针对标志基因设计引物,其中针对编码登录号为WP077245517未知蛋白基因的1对引物Dad1-F(5’-CATATCAACCAGACCAGCCGTT-3’)和Dad1-R(5’-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA-3’)能只从D. dadantii扩增到167 bp目的片段。由此建立了特异灵敏的常规PCR和实时荧光定量PCR检测D. dadantii的方法,为鉴定检疫甘薯茎腐病病原菌和田间监测病害提供了有效方法。 展开更多
关键词 软腐病 甘薯茎腐病 狄克氏菌 保守标志蛋白 种特异基因
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