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基于时序加权PPI网络的关键蛋白质识别 被引量:3
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作者 胡健 朱海湾 毛伊敏 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2019年第23期150-162,共13页
关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白... 关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白质的动态性和保守性,只考虑网络拓扑结构,忽略了蛋白质的生物特性,并且未能完全解决PPI网络中假阳性和假阴性问题。针对以上问题,构建一种混合动态保守蛋白质的时序加权PPI网络,并提出一种名为JTBC(Joint Topological properties,Biological properties and Complexes information)的关键蛋白质识别算法。利用基因表达数据提取动态蛋白质和保守蛋白质的活性信息,以动态调整静态PPI网络进而构建时序PPI网络,有效降低了PPI网络中的假阴性;设计一种融合双重拓扑特性的点边凝聚度DEcc(node and edge cohesion coefficient),以衡量蛋白质在PPI网络中的拓扑特性,再结合带有生物特性的蛋白质结构域信息和皮尔逊相关系数为时序PPI网络加权,以准确描述蛋白质之间的相互作用,减少了假阳性的影响;根据关键蛋白质的聚集特性和共表达特性,设计一种共表达复合物中心性方法局部评估蛋白质的重要程度。综上考虑,整合权重信息和蛋白质复合物信息来综合衡量蛋白质的关键性。实验结果表明该算法能够从全局和局部特性较准确地识别关键蛋白质。 展开更多
关键词 关键蛋白质 保守蛋白质 混合动态保守蛋白质的时序加权网络 蛋白质结构域 共表达复合物中心性
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柔嫩艾美耳球虫保守蛋白EtCHP35特性和功能初步研究
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作者 张思诗 姚亚文 +5 位作者 朱顺海 赵其平 董辉 于钰 黄兵 韩红玉 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第5期11-21,共11页
鸡球虫病是由几种艾美耳属寄生虫寄生引起的一种家禽肠道疾病。目前,对于该病控制仍然主要依赖于抗球虫药物,但长期广泛地使用药物造成了球虫耐药性的产生。为研究球虫耐药性产生的分子机制,本实验室前期对柔嫩艾美耳球虫盐霉素耐药株... 鸡球虫病是由几种艾美耳属寄生虫寄生引起的一种家禽肠道疾病。目前,对于该病控制仍然主要依赖于抗球虫药物,但长期广泛地使用药物造成了球虫耐药性的产生。为研究球虫耐药性产生的分子机制,本实验室前期对柔嫩艾美耳球虫盐霉素耐药株、地克珠利耐药株、马杜拉霉素耐药株以及敏感株进行了转录组测序并获得了敏感株与耐药株的差异表达基因,发现柔嫩艾美耳球虫保守蛋白35(EtCHP35)在盐霉素耐药株和马杜拉霉素耐药株mRNA转录水平显著上调。本研究以柔嫩艾美耳球虫敏感株孢子化卵囊cDNA第一链为模板,成功克隆了柔嫩艾美耳球虫保守蛋白35(EtCHP35)基因,并在原核表达系统中成功表达了重组蛋白(rEtCHP3)。利用实时荧光定量PCR分析了该基因在柔嫩艾美耳球虫不同发育阶段以及不同虫株(敏感株和耐药株)的mRNA转录水平,结果显示EtCHP35基因在敏感株孢子化卵囊的mRNA转录水平最高;与敏感株相比,EtCHP35的mRNA转录水平在马杜拉霉素耐药株和盐霉素耐药株上调,但在地克珠利耐药株mRNA转录水平无差异,且随着盐霉素耐药株浓度的升高,EtCHP35的mRNA转录水平也升高。间接免疫荧光定位结果表明该蛋白主要分布在子孢子和第二代裂殖子的表面和顶部。因此,推测该蛋白可能参与了虫体在宿主体内的生长发育、对宿主细胞的识别附着、逃避宿主免疫应答以及球虫对离子载体类药耐药性产生的过程。 展开更多
关键词 柔嫩艾美耳球虫 保守蛋白 免疫逃逸 耐药性
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植物中新生多肽结合复合体研究进展 被引量:2
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作者 王晓静 马忠友 +2 位作者 孙林静 孙玥 刘学军 《山西农业科学》 2016年第7期1041-1045,共5页
新生多肽结合复合体(nascent polypeptide-associated complex,NAC)是由α和β共2个亚基组成的异源二聚体复合物,广泛存在于细胞质中。NAC在古细菌、酵母和动植物中均有分布,且具有保守结构域,说明NAC在生物体生长发育过程中具有重要作... 新生多肽结合复合体(nascent polypeptide-associated complex,NAC)是由α和β共2个亚基组成的异源二聚体复合物,广泛存在于细胞质中。NAC在古细菌、酵母和动植物中均有分布,且具有保守结构域,说明NAC在生物体生长发育过程中具有重要作用。目前,对动物和人中NAC的报道较多,但植物中NAC的生物学功能研究较少。主要介绍了NAC的发现、不同物种中NAC的分类及结构,并且对植物中NAC的生物学功能研究进行了总结归纳。 展开更多
关键词 新生多肽结合复合体 保守蛋白 功能研究
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柔嫩艾美耳球虫保守蛋白基因EtCHP40的分子特性研究 被引量:2
4
作者 姚亚文 赵其平 +6 位作者 朱顺海 黄兵 董辉 黄文浩 刘展 于钰 韩红玉 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期102-110,共9页
鸡球虫病是由几种艾美耳球虫寄生鸡肠道引起的一种危害严重的寄生虫病.目前,球虫病的防治主要依赖于药物,但由于药物长期广泛使用使鸡球虫对药物产生了严重的耐药性.为研究鸡球虫耐药性产生的分子机制,本实验室前期利用RNA-sequence对... 鸡球虫病是由几种艾美耳球虫寄生鸡肠道引起的一种危害严重的寄生虫病.目前,球虫病的防治主要依赖于药物,但由于药物长期广泛使用使鸡球虫对药物产生了严重的耐药性.为研究鸡球虫耐药性产生的分子机制,本实验室前期利用RNA-sequence对柔嫩艾美耳球虫地克珠利耐药株、马杜拉霉素耐药株与敏感株进行了转录组分析,获得敏感株与耐药株的差异表达基因,发现柔嫩艾美耳球虫保守蛋白40(EtCHP40)在马杜拉霉素耐药株表达显著上调.本研究以柔嫩艾美耳球虫敏感株孢子化卵囊cDNA第一链为模板,成功克隆了柔嫩艾美耳球虫保守蛋白40(EtCHP40)基因,并在原核表达系统中成功表达了重组蛋白(rEtCHP40).利用实时荧光定量PCR分析了该基因在柔嫩艾美耳球虫不同发育阶段以及不同虫株(耐药株和敏感株)的mRNA转录水平.结果显示EtCHP40基因在第二代裂殖子的mRNA转录水平最高;与敏感株相比,EtCHP40基因的mRNA转录水平在耐药株上调,且在马杜拉霉素耐药株的转录水平显著高于其他耐药株,另外发现在不同浓度的盐霉素作用下,随着药物浓度的升高,EtCHP40的mRNA转录水平也升高.间接免疫荧光定位结果表明该蛋白主要分布在子孢子的表面和顶端.因此,推测该蛋白可能参与了虫体在宿主细胞内的生长发育和对药物产生耐药性的过程. 展开更多
关键词 柔嫩艾美耳球虫 保守蛋白 生长发育 耐药性
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1株耐热蜡样芽孢杆菌的鉴定及其缓解炎症性肠病的功效评价 被引量:3
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作者 许一凡 盛康亮 王永中 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第2期173-180,共8页
目的:使用多种鉴定方法联合鉴定1株实验室未知菌株,并利用葡聚糖硫酸钠诱导的实验性小鼠结肠炎模型,评价其缓解炎症性肠病的功效。方法:利用16S rRNA和保守蛋白编码基因gyrA及gyrB进行初步鉴定,通过毒力基因nheA、nheB、nheC、hblA、hbl... 目的:使用多种鉴定方法联合鉴定1株实验室未知菌株,并利用葡聚糖硫酸钠诱导的实验性小鼠结肠炎模型,评价其缓解炎症性肠病的功效。方法:利用16S rRNA和保守蛋白编码基因gyrA及gyrB进行初步鉴定,通过毒力基因nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、becT、cytK、entFM及其生化反应特性确定种属,并测定分离菌在不同温度、pH值以及人工胃肠液的耐受特性。进一步建立实验性结肠炎小鼠模型,探究其缓解炎症性肠病的潜在功效。结果:分子及生理生化鉴定结果显示分离菌为蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus),并命名为HMPM18123。生长特性测定结果还显示,该菌株具有良好的耐高温和胃液肠液耐受特性。此外,该菌株具有改善实验性小鼠结肠炎的功效,具体表现为缓解小鼠结肠炎导致的体质量减低、结肠缩短、疾病活动指数评分升高、组织病变和炎症因子的表达水平上调。 展开更多
关键词 蜡样芽孢杆菌 保守蛋白编码基因 毒力基因 生长特性 炎症性肠病
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双翅目昆虫(黑腹果蝇和冈比亚按蚊)内含子丢失的比较分析 被引量:2
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作者 金珊 胡广安 +1 位作者 张菁 曾庆韬 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期373-380,共8页
内含子插入和丢失的进化动力及机制尚存在许多疑问。通过对真核生物的105个同源基因的蛋白质高度保守区域内含子-外显子结构的研究,对人Homosapiens、小鼠Musmusculus、大鼠Rattusnorvegicus、黑腹果蝇Drosophilamelanogaster、冈比亚按... 内含子插入和丢失的进化动力及机制尚存在许多疑问。通过对真核生物的105个同源基因的蛋白质高度保守区域内含子-外显子结构的研究,对人Homosapiens、小鼠Musmusculus、大鼠Rattusnorvegicus、黑腹果蝇Drosophilamelanogaster、冈比亚按蚊Anophelesgambiae和秀丽隐杆线虫Caenorhabditiselegans的3574个内含子、1001个的内含子保守位点进行分析,推断出不同系统中内含子的变化途径。发现在进化早期,脊椎动物、双翅目昆虫和线虫的共同祖先中含有大量内含子,在进化过程中,双翅目昆虫和线虫发生了大量的内含子丢失,甚至在双翅目昆虫中内含子丢失较线虫更严重。线虫获得的内含子略多于丢失的内含子,而在双翅目昆虫中则显示出内含子的丢失明显多于内含子的获得。该结果合理地解释了内含子在脊椎动物、线虫及昆虫中数量的分布呈下降趋势。 展开更多
关键词 双翅目昆虫 脊椎动物 线虫 进化 内含子丢失 蛋白质高度保守区域
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日本血吸虫BBC1基因的克隆、表达及鉴定 被引量:1
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作者 万志刚 肖建华 +1 位作者 曾桥 张愉快 《中国寄生虫病防治杂志》 CSCD 2005年第4期282-284,共3页
目的克隆和表达日本血吸虫BBC1(SjBBC1)基因,为寻找新的抗日本血吸虫感染候选抗原分子提供实验基础。方法用PRIMER5.0引物设计软件自行设计引物,PCR扩增SjBBC1基因,将PCR产物纯化后与pUCm-T载体连接,经蓝白筛选、双酶切分析和PCR鉴定后... 目的克隆和表达日本血吸虫BBC1(SjBBC1)基因,为寻找新的抗日本血吸虫感染候选抗原分子提供实验基础。方法用PRIMER5.0引物设计软件自行设计引物,PCR扩增SjBBC1基因,将PCR产物纯化后与pUCm-T载体连接,经蓝白筛选、双酶切分析和PCR鉴定后,亚克隆入pQE30原核表达载体中。对原核表达产物进行SDS-PAGE和Western-blot鉴定。结果PCR扩增产物约为650bp,与预期大小相符。将该基因克隆入原核表达载体pQE30,表达蛋白分子质量单位约为23.6ku,并能被日本血吸虫感染兔血清识别。结论构建了pQE30/SjBBC1原核表达重组体载体,表达了具有抗原性的BBC1抗原。 展开更多
关键词 血吸虫 日本 BBC1基因 基因克隆 表达
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利用实时荧光定量PCR和数字PCR检测鉴定水稻细菌性条斑病菌 被引量:3
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作者 张健男 王依名 +5 位作者 张洁净 陈磊 罗金燕 易建平 李斌 安千里 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期55-64,共10页
白叶枯病和条斑病是水稻重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo... 白叶枯病和条斑病是水稻重要的细菌性病害。水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)属于同种下的2个致病变种。鉴别Xoo和Xoc对检疫和防控这2种病害至关重要。Xoo和Xoc中的铁-红酵母酸/铁-粪生素受体基因fhuE在进化过程中因不同程度地缺失而成为假基因。针对Xoc中有而Xoo中缺失的fhuE部分序列设计引物,筛选出Xoc特异引物XocFhuE-F(5’-ATCGAACGATGTCACCAGGG-3’)和XocFhuE-R(5’-AGAAACGTGCGGCCAGATAA-3’)。用XocFhuE-F/XocFhuE-R能只从Xoc菌株中仅扩增出159 bp片段,并结合荧光染料建立了SYBR Green实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)和EvaGreen微滴数字PCR(digital PCR,dPCR)方法来检测鉴定Xoc。在20μL反应体系中加1μL模板,qPCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10^(4)CFU/mL,检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10^(3)CFU/粒;d PCR检测菌悬液中Xoc的下限是1.6×10^(3)CFU/mL,检测带菌种子中Xoc的下限是1.2×10^(2)CFU/粒。综上所述,基于Xoc特异引物XocFhuE-F/XocFhuE-R建立的SYBR Green qPCR和EvaGreen dPCR为检疫Xoc和监测预警水稻条斑病提供了高效的检测方法。 展开更多
关键词 水稻条斑病 水稻白叶枯病 水稻黄单胞菌 保守标志蛋白 铁-粪生素受体
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基于Dickeya dadantii特有标志基因检测甘薯茎腐病菌 被引量:3
9
作者 吴秀芹 罗金燕 +3 位作者 孙国昌 易建平 李斌 安千里 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期688-698,共11页
甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本... 甘薯细菌性茎腐病是由达旦提狄克氏菌(Dickeya dadantii)引起的一种检疫性病害,近年来在我国多地发生,严重威胁我国甘薯产业的发展。建立特异灵敏的检测D. dadantii的方法对于鉴定检疫病原菌、田间监测病原菌和防控病害有重要意义。本研究对Dickeya属菌株的全基因组序列进行比较基因组学分析,筛选到D. dadantii特有的标志基因,针对标志基因设计引物,其中针对编码登录号为WP077245517未知蛋白基因的1对引物Dad1-F(5’-CATATCAACCAGACCAGCCGTT-3’)和Dad1-R(5’-CGGCCTGCTTTTAAACAACGTATTA-3’)能只从D. dadantii扩增到167 bp目的片段。由此建立了特异灵敏的常规PCR和实时荧光定量PCR检测D. dadantii的方法,为鉴定检疫甘薯茎腐病病原菌和田间监测病害提供了有效方法。 展开更多
关键词 软腐病 甘薯茎腐病 狄克氏菌 保守标志蛋白 种特异基因
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淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因PR-XP1cDNA的克隆与序列分析 被引量:2
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作者 段晓雷 温雪梅 刘虎岐 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2011年第11期194-200,共7页
【目的】克隆淡色库蚊一个全新的氯菊酯抗性相关基因PR-XP1的全长序列,分析、预测其编码蛋白的结构与功能,为阐明该基因的抗性机制及研制新型卫生杀虫剂奠定基础。【方法】依据抗性与敏感品系库蚊差异表达的EST片段(GenBank号:EC093826.... 【目的】克隆淡色库蚊一个全新的氯菊酯抗性相关基因PR-XP1的全长序列,分析、预测其编码蛋白的结构与功能,为阐明该基因的抗性机制及研制新型卫生杀虫剂奠定基础。【方法】依据抗性与敏感品系库蚊差异表达的EST片段(GenBank号:EC093826.1),设计特异性PCR引物,采用RACE技术,克隆淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因PR-XP1的全长cDNA序列,运用生物信息学软件对其同源性与系统进化进行分析,并对PR-XP1编码蛋白的结构与功能进行预测。【结果】获得了全长为2 004bp的淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因PR-XP1,该基因具有完整的CDS区,编码249个氨基酸。同源性比对与系统进化分析表明,PR-XP1基因核苷酸序列与致倦库蚊(GenBank号:XM_001862469.1)、埃及伊蚊(GenBank号:XM_001658032.1)和冈比亚按蚊(GenBank号:BX021208.1)相关基因的同源性分别为95%,83%和70%;其编码蛋白的氨基酸序列与致倦库蚊、埃及伊蚊、西方蜜蜂、入侵红火蚁、佛罗里达弓背蚁、印度跳蚁等昆虫中"假设性蛋白"的氨基酸序列同源性均达46%以上。结构分析显示,PR-XP1基因编码蛋白可能为具有2个跨膜螺旋的膜蛋白,跨膜区形成了一个特异性的"U"形结构;该基因还具有1个微弱的信号肽位点和24个磷酸化位点。【结论】克隆得到了一个全新的淡色库蚊氯菊酯抗性相关的"保守性假设蛋白"基因PR-XP1,推测其功能与氯菊酯抗性相关。 展开更多
关键词 淡色库蚊 氯菊酯抗性 保守性假设蛋白 生物信息学分析
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大鼠肝大部切除后热休克处理对热休克蛋白和磷酸酶的影响 被引量:2
11
作者 夏民 卢爱灵 +3 位作者 李效阳 赵绪永 李永辉 徐存拴 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期238-245,I009,共9页
目的 研究热休克蛋白 (Hsc70 /Hsp6 8)、酸性磷酸酶 (ACP)、碱性磷酸酶 (AKP)在肝再生过程中的生物学作用 ,检测这些大分子在大鼠肝大部切除后热休克处理下的动态变化。 方法 用组织化学、免疫组织化学、Western印迹、酶的原位复性... 目的 研究热休克蛋白 (Hsc70 /Hsp6 8)、酸性磷酸酶 (ACP)、碱性磷酸酶 (AKP)在肝再生过程中的生物学作用 ,检测这些大分子在大鼠肝大部切除后热休克处理下的动态变化。 方法 用组织化学、免疫组织化学、Western印迹、酶的原位复性电泳、体视学分析、比色分析等方法。 结果 肝切除和热休克联合处理 (PH - HS)后的0~ 144 h恢复期间 ,ACP有 3个高活性期 (12、36和 96 h) ,AKP有 2个高活性期 (12和 36 h) ,Hsc70 /Hsp6 8有 2个高表达期 (16和 48h) ;PH- HS后 ACP和 AKP活性增强与 140~ 180 k D的酶活性增加有关。与只进行热休克 (HS) (44℃ ,30 min)处理或与只进行 2 /3肝切除 (PH)后恢复期间 Hsc70 /Hsp6 8含量和磷酸酶活性动态变化的比较表明 ,PH- HS对 Hsc70 /Hsp6 8含量和磷酸酶活性的影响可持续 12 0 h;PH- HS中的 PH能略微降低 ACP和 AKP活性 ,减少 HS诱导肝细胞合成 Hsc70 /Hsp6 8的量 ;PH- HS中的 HS处理能抑制 PH诱导的 Hsc70 /Hsp6 8表达和推迟 ACP活性高峰出现的时间。 结论  ACP、AKP和 Hsc70 /Hsp6 8均在肝细胞的 HS反应和肝再生中起作用 ,其中 ,ACP可能在启动肝再生中起重要作用 ,AKP和 Hsc70 /Hsp6 8可能在 展开更多
关键词 肝再生 热休克 热休克蛋白 磷酸酶 大鼠
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肝大部切除前后热休克处理对热休克蛋白、酸性磷酸酶和碱性磷酸酶活性影响的分析
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作者 徐存拴 夏民 +3 位作者 卢爱灵 李效阳 李永辉 赵绪永 《河北大学学报(自然科学版)》 CAS 1999年第2期154-158,共5页
综合了磷酸酶的原位复性电泳、体视学分析、比色分析等方法分析①切除大白鼠大部分肝后的肝再生期间,②热休克处理大白鼠(46℃、30min)恢复8h,再切除大部分肝后的肝再生期间,③切除大部分肝恢复4h,再热休克处理(46... 综合了磷酸酶的原位复性电泳、体视学分析、比色分析等方法分析①切除大白鼠大部分肝后的肝再生期间,②热休克处理大白鼠(46℃、30min)恢复8h,再切除大部分肝后的肝再生期间,③切除大部分肝恢复4h,再热休克处理(46℃、30min)后的肝再生期间热休克蛋白(HSC70/HSP68)、酸性磷酸酶(ACP)和碱性磷酸酶(AKP)动态变化的资料,从6个方面比较分析了HSC70/HSP68。 展开更多
关键词 肝大部切除 热休克蛋白 碱性 磷酸酶 热休克处理
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鲑鱼甲病毒E1基因高保守区融合表达及免疫特性的分析
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作者 蒋烨 杜航 +7 位作者 唐丽杰 乔薪瑗 王丽 管雪婷 姜艳平 崔文 李一经 刘敏 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2016年第4期49-53,共5页
根据Gen Bank中公布的鲑鱼甲病毒(salmonid alphavirus,SAV)SAV 1、SAV 2和SAV3三个基因型中E1基因,选择高保守序列702 bp(436-1137)合成基因,命名为SAV E1,将其克隆到原核表达载体p Cold TF中构建重组质粒。然后将重组质粒转化到大肠... 根据Gen Bank中公布的鲑鱼甲病毒(salmonid alphavirus,SAV)SAV 1、SAV 2和SAV3三个基因型中E1基因,选择高保守序列702 bp(436-1137)合成基因,命名为SAV E1,将其克隆到原核表达载体p Cold TF中构建重组质粒。然后将重组质粒转化到大肠杆菌感受态细胞BL21中,经终浓度为1.0 mmol/L的IPTG诱导表达,SDSPAGE和Western blot鉴定,重组蛋白均获得了表达,表达E1重组蛋白约95 k D。用镍离子亲和层析柱纯化重组蛋白,制备抗血清。间接ELISA结果显示,鼠抗重组蛋白E1血清效价为1∶25 600;间接免疫荧光结果显示,鼠抗重组E1蛋白血清可与SAV发生特异反应,由此表明表达的E1重组蛋白具有良好的免疫原性和免疫反应性,为SAV检测方法的建立提供理论依据。 展开更多
关键词 鲑鱼甲病毒(salmonid alphavirus SAV) E1高保守蛋白 原核表达 免疫特性
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