期刊文献+
共找到42篇文章
< 1 2 3 >
每页显示 20 50 100
基于最大权值路径算法的DNA多序列比对方法 被引量:8
1
作者 霍红卫 肖智伟 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2007年第2期185-195,共11页
针对生物序列分析中的多序列比对问题,当输入数据量比较大时,人们提出了很多启发式的算法来改善计算速度和比对结果.提出了用于进行全局DNA多序列比对的一种方法:MWPAlign(maximum weighted path alignment).该算法把序列信息用deBruij... 针对生物序列分析中的多序列比对问题,当输入数据量比较大时,人们提出了很多启发式的算法来改善计算速度和比对结果.提出了用于进行全局DNA多序列比对的一种方法:MWPAlign(maximum weighted path alignment).该算法把序列信息用deBruijn图的形式表示,并将输入序列的信息记录在图的边上,这样,就将求调和序列的问题转化为求图的最大权值路径问题,使多序列比对问题的时间复杂度降低到几乎线性.实验结果显示:MWPAlign是可行的多序列比对算法,尤其对于变异率低于5.2%的大量序列数据,相对于CLUSTALW(cluster alignments weight),T-Coffee和HMMT(hidden Markov model training)有较好的比对结果和运算性能. 展开更多
关键词 多序列比对 DE BRUIJN图 调和序列 最大权值路径
下载PDF
一种新的EST聚类方法 被引量:6
2
作者 张利达 袁德军 +2 位作者 张建伟 王石平 张启发 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第2期147-153,共7页
该研究发展了一种EST(expressedsequencetag)聚类方法 (ESTClustering) ,用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据 ,以获得高质量、非重复表达序列。该方法在聚类过程中采用MEGABLAST工具对一致序列进行序列同源比较 ,并用phrap程序对... 该研究发展了一种EST(expressedsequencetag)聚类方法 (ESTClustering) ,用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据 ,以获得高质量、非重复表达序列。该方法在聚类过程中采用MEGABLAST工具对一致序列进行序列同源比较 ,并用phrap程序对每一EST簇进行拼接检验。这一聚类策略能降低测序错误带来的影响 ,有效识别基因家族成员 ,并避免选择性剪接的干扰。与NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)的UniGeneclustering方法相比 ,ESTClustering的聚类结果可以更好地反映表达序列的多样性。用ESTClustering对 112 2 5 6条拟南芥EST聚类测试 ,产生 2 35 81个EST簇 ,其中 135 97个EST簇有对应拟南芥基因组编码序列 ,与该基因组中有EST作为依据的预测基因数目接近。应用该方法对收集的 14 7191条水稻EST序列进行聚类 ,形成 33896个EST簇。 展开更多
关键词 EST聚类方法 一致序列 无冗余cDNA文库 基因测序
下载PDF
SlNPV PK基因的部分序列分析 被引量:6
3
作者 魏永杰 龙綮新 陈尚武 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1998年第5期119-121,共3页
SlNPV基因组DNA的HindⅢ-XbaⅠ片段上含有部分的PK基因.SlNPVPK的氨基酸序列与HaNPV,HzNPV,SpliNPV,AfNPV,AcNPV,LdNPVPK氨基酸序列的同源性分别为45%,44%,... SlNPV基因组DNA的HindⅢ-XbaⅠ片段上含有部分的PK基因.SlNPVPK的氨基酸序列与HaNPV,HzNPV,SpliNPV,AfNPV,AcNPV,LdNPVPK氨基酸序列的同源性分别为45%,44%,89%,37%,38%和37%,其上含有蛋白激酶的特征序列IVHANDVKLEN-VL. 展开更多
关键词 SlNPV PK基因 共有序列 斜纹夜蛾 生物防治
下载PDF
基于近邻量测认知信息的多传感器融合估计 被引量:7
4
作者 张鹏 张建业 +1 位作者 王占磊 谢文俊 《计算机工程》 CAS CSCD 2012年第8期1-3,共3页
在构建传感器模糊量测认知偏差的基础上,提出一种新的多传感器融合估计方法。运用相邻量测样本均值和协方差度量传感器可靠性,确保融合权重分配的客观性和灵敏性。实验结果表明,与基于均值融合算法和支持度融合算法相比,使用该方法得到... 在构建传感器模糊量测认知偏差的基础上,提出一种新的多传感器融合估计方法。运用相邻量测样本均值和协方差度量传感器可靠性,确保融合权重分配的客观性和灵敏性。实验结果表明,与基于均值融合算法和支持度融合算法相比,使用该方法得到的融合权值分配方式更加合理,可进一步提高估计精度。 展开更多
关键词 多传感器融合 一致性序列 量测认知偏差 近邻信息 可靠性度量 权重分配
下载PDF
中国HIV CRF01AE亚型及其相关重组亚型包膜糖蛋白分子进化及共识序列研究(2015—2021年)
5
作者 胡兆会 张娟 +1 位作者 陈凤 索家乐 《国际流行病学传染病学杂志》 CAS 2024年第2期93-98,共6页
目的了解我国HIV CRF01AE亚型及其相关重组亚型的包膜糖蛋白(envelope glycoprotein, ENV)分子流行情况, 建立ENV共识序列以了解氨基酸突变及蛋白质三级结构。方法收集Los Alamos数据库中2015—2021年我国HIV-1 CRF01AE亚型及其相关重... 目的了解我国HIV CRF01AE亚型及其相关重组亚型的包膜糖蛋白(envelope glycoprotein, ENV)分子流行情况, 建立ENV共识序列以了解氨基酸突变及蛋白质三级结构。方法收集Los Alamos数据库中2015—2021年我国HIV-1 CRF01AE亚型及其相关重组亚型的完整ENV基因序列, 构建系统发育进化树并建立ENV共识序列, 使用Protscale及PROVEAN对ENV共识序列广谱中和抗体表位中的氨基酸亲疏水性变化及有害性突变进行预测, 同时分析氨基酸突变对ENV三级结构的影响。结果系统发育分析结果显示, 有70.0%(14/20)的CRF01AE亚型序列属于进化簇4, 在ENV共识序列的广谱中和抗体表位V1/V2及Loop D中分别存在4个和1个的氨基酸突变使亲疏水性发生变化, PROVEAN预测结果显示V1/V2位点的G152D及β23/V5/β24表位的M476I为有害突变。ENV共识序列的蛋白质三级结构pLDDT值为86.2, 在V1/V2表位存在由于有害突变所产生的新α螺旋。结论我国HIV-1 CRF01AE亚型基因谱系众多, 加剧了重组病毒的形成。在ENV共识序列V1/V2结构域中由于氨基酸突变使其蛋白空间结构发生改变, 这种改变可能会对后续广谱中和抗体的诱导产生影响。 展开更多
关键词 HIV CRF01AE 共识序列 广谱中和抗体 分子进化 系统发育分析
原文传递
基于偏序图生成共识序列的改进星比对算法
6
作者 胡振铎 刘宇暄 朱晓 《长江信息通信》 2023年第1期1-4,共4页
多序列比对是生物信息学中十分常用的序列分析方法,主要用于分析分子进化关系、基因组分析、找出DNA序列之间的共同结构特征,从而准确判断序列结构和功能之间的具体联系。现今广泛使用的多序列比对方法主要分为渐进式比对和迭代式比对... 多序列比对是生物信息学中十分常用的序列分析方法,主要用于分析分子进化关系、基因组分析、找出DNA序列之间的共同结构特征,从而准确判断序列结构和功能之间的具体联系。现今广泛使用的多序列比对方法主要分为渐进式比对和迭代式比对两种方式,但这两种方式在进行多序列比对时的时间开销相对较大,且比对结果准确性和复杂度受限于待比对序列的质量和相似度。相对来说,星比对算法的时间复杂度更低,常用于高相似度序列之间的比对。但对低相似度序列进行比对时,其结果精度还有待提高。针对星比对算法在低相似度序列中精度较差问题,文章提出了利用偏序图生成的共识序列对星比对算法进行了优化,结合SIMD并行策略加快共识序列的产生,从而扩大了算法的应用范围,提高了比对结果准确度,该研究最后通过实验证明了算法优化的有效性。 展开更多
关键词 多序列比对 星比对算法 偏序图 共识序列 SIMD
下载PDF
共识序列改造提高南极假丝酵母脂肪酶B的热稳定性
7
作者 王亚婵 李阳阳 刘松 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第24期29-36,共8页
南极假丝酵母脂肪酶B(Candida antarctic lipase B,CALB)对水溶性和非水溶性底物均有良好的催化效率,广泛应用于各种工业领域,例如,生物柴油、对映体酮洛芬、甘油碳酸酯等的合成。为提高CALB热稳定性,将CALB与48条不同来源的脂肪酶序列... 南极假丝酵母脂肪酶B(Candida antarctic lipase B,CALB)对水溶性和非水溶性底物均有良好的催化效率,广泛应用于各种工业领域,例如,生物柴油、对映体酮洛芬、甘油碳酸酯等的合成。为提高CALB热稳定性,将CALB与48条不同来源的脂肪酶序列进行比对获得共识序列,并初步确定了可显著提升CALB保守性的14个突变位点。随后,通过定点突变获得热稳定性显著提升的组合突变体G114A/A284 N(CALBm)。结果显示,与CALB相比,CALBm在50℃下的半衰期(t_(1/2))提高了74.7%,达到14.5 min,但比酶活(16.1 U/mg)和k_(cat)/K_(m)[5932.3 mmol/(L·min)]分别下降了36.3%和23%。分子动力学模拟表明,增加的疏水相互作用(G114 vs M83,G114 vs V84,G114 vs I121)和氢键(A284 vs G41,A284 vs A281)提升了CALBm蛋白分子的整体刚性和稳定性。分子对接分析显示,CALBm与底物分子之间作用力的减少可能是其活性降低的主要原因。研究结果将有助于提升CALB高温条件下的应用效果。 展开更多
关键词 脂肪酶B 共识序列 热稳定性 酶学性质 分子动力学模拟 分子对接
下载PDF
重庆地区乙型肝炎病毒B/adw2和C/adrq+亚型PreS/S基因参照序列的初步建立 被引量:4
8
作者 许红梅 任红 +2 位作者 卿玉玲 彭明利 凌宁 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第10期913-916,共4页
目的 建立重庆地区不同亚型乙型肝炎病毒 (HBV)流行株PreS S基因参照序列。方法 扩增 18例HBV慢性无症状携带者的PreS S基因 ,应用同源性分析和对齐比较等方法确定基因型 血清型 ,并选同HBV亚型的PreS S拟定参照序列。结果  9株基因... 目的 建立重庆地区不同亚型乙型肝炎病毒 (HBV)流行株PreS S基因参照序列。方法 扩增 18例HBV慢性无症状携带者的PreS S基因 ,应用同源性分析和对齐比较等方法确定基因型 血清型 ,并选同HBV亚型的PreS S拟定参照序列。结果  9株基因型B 血清型adw2、6株基因型C 血清型adrq +、3株基因型B 血清型ayw 1;建立的重庆地区基因型B 血清型adw 2、基因型C 血清型adrq +HBV流行株PreS S参照序列 ,与华东华南、东北华南地区同亚型的参照序列比较分别有6个、13个核苷酸差异 ,均可引起 4个氨基酸差异。结论 初步建立了重庆地区HBV基因型B 血清型adw2、基因型C 血清型adrq +HBV流行株PreS 展开更多
关键词 重庆 乙型肝炎病毒 亚型 基因型C 血清型adw2 基因型B 血清型adrq+ PreS/S基因
原文传递
大数量序列的PCR保守引物设计实践 被引量:2
9
作者 邵西群 邵群 +2 位作者 闫喜军 章秀婷 罗国良 《生物信息学》 2007年第4期171-173,192,共4页
引物设计前的序列的全面检索,未注释序列的归类,经多序列比对求带有模糊碱基代码标识(IUPAC ambiguity codes)的共有序列,对设计高质量的引物至关重要,是引物设计过程的难点。目前,综合性核酸序列分析软件,单功能应用软件,在解决上述问... 引物设计前的序列的全面检索,未注释序列的归类,经多序列比对求带有模糊碱基代码标识(IUPAC ambiguity codes)的共有序列,对设计高质量的引物至关重要,是引物设计过程的难点。目前,综合性核酸序列分析软件,单功能应用软件,在解决上述问题时均显不足。应用互联网提供的在线生物应用程序实践了一种多程序组合使用设计大数量序列的保守引物的方法,探讨了实现大数量序列的保守引物设计的一般流程。 展开更多
关键词 PCR引物设计 共有序列 求解路线
下载PDF
重庆地区HBV流行株PreS/S、EnhⅡ/CP/PreC基因标准参照序列的初步建立 被引量:1
10
作者 许红梅 任红 +2 位作者 凌宁 彭明利 卿玉玲 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 2003年第1期39-42,共4页
目的:建立重庆地区HBV流行株PreS/S、EnhII/CP/PreC基因标准参照序列,为HBV变异的研究奠定基础。方法:测定15例无症状携带者HBV的PreS/S、EnhII/CP/PreC序列,应用同源性分析和对齐比较等方法确定基因型/血清型,并拟定标准参照序列。结... 目的:建立重庆地区HBV流行株PreS/S、EnhII/CP/PreC基因标准参照序列,为HBV变异的研究奠定基础。方法:测定15例无症状携带者HBV的PreS/S、EnhII/CP/PreC序列,应用同源性分析和对齐比较等方法确定基因型/血清型,并拟定标准参照序列。结果:9株基因型B/血清型;adw2、3株基因型B/M清型ayw1、3株基因型C/血清型adrq+;建立的重庆地区HBV流行株(基因型B/血清型adw2)PreS/S、EnhII/CP/PreC标准参照序列与华东华南地区同亚型的标准参照序列比较分别有6个、1个核苷酸差异。结论:初步建立了重庆地区HBV流行株PreS/S、EnhIICP/PreC基因标准参照序列。 展开更多
关键词 重庆 HBV 流行株 PreS/S EnhII/CP/PreC 基因 乙型肝炎病毒
下载PDF
禽流感病毒M2e、NP多表位嵌合肽抗原的构建及免疫原性 被引量:2
11
作者 徐海 侯红岩 +2 位作者 邓碧华 郑其升 侯继波 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期807-812,共6页
【目的】为了克服传统禽流感疫苗各亚型之间无交叉保护的缺陷,研制抗禽流感通用型疫苗。【方法】以禽流感病毒M2e、NP表位为基础串联T细胞表位构建4个原核表达载体:pET-3M2e、pET-3M2e-NP1,2-Fc、pET-3M2e-NP1,2、pET-TCE-3M2e-NP1,2。... 【目的】为了克服传统禽流感疫苗各亚型之间无交叉保护的缺陷,研制抗禽流感通用型疫苗。【方法】以禽流感病毒M2e、NP表位为基础串联T细胞表位构建4个原核表达载体:pET-3M2e、pET-3M2e-NP1,2-Fc、pET-3M2e-NP1,2、pET-TCE-3M2e-NP1,2。纯化重组蛋白并与弗氏佐剂混合制成疫苗,胸部肌肉注射免疫20日龄非免鸡(150μg/只),4个融合蛋白分为四组,每组十只。ELISA方法检测血清中M2e抗体水平;在MDCK细胞上检测血清与H9N2亚型禽流感病毒的结合能力,在鸡胚上检测其中和能力;以流式细胞仪测定CD4+、CD8+T淋巴细胞的变化。【结果】研究发现,各免疫组均能检测到高水平的ELISA抗体,免疫荧光显示抗血清均能跟病毒特异性结合,中和试验表明抗血清不能中和病毒但能抑制病毒的复制。流式细胞仪检测显示外周血CD4+、CD8+T淋巴细胞所占比例在免疫后均有明显升高(P<0.05),TCE-3M2e-NP1,2组CD4+、CD8+T淋巴细胞所占比例分别达到47.23%和36.77%,具有细胞免疫的特征。【结论】构建的嵌合肽抗原具有较好的免疫原性,能刺激机体产生体液和细胞免疫,为进一步研制抗禽流感通用型疫苗做出有益的探索。 展开更多
关键词 禽流感病毒 原核表达 抗原表位 保守序列
原文传递
新型G/11家族木聚糖酶的设计及生物学分析 被引量:2
12
作者 石敢当 张光亚 方柏山 《华侨大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2008年第4期559-562,共4页
运用Bioedit软件,从已知耐热性能较好的G/11木聚糖酶蛋白序列出发,构建调和序列,获得新型木聚糖酶.首先运用InterProScan得出该序列为G/11家族,再运用MotifScan确定其活性部位,对比G/11木聚糖酶的特征序列确定该酶为木聚糖酶.通过SWISS-... 运用Bioedit软件,从已知耐热性能较好的G/11木聚糖酶蛋白序列出发,构建调和序列,获得新型木聚糖酶.首先运用InterProScan得出该序列为G/11家族,再运用MotifScan确定其活性部位,对比G/11木聚糖酶的特征序列确定该酶为木聚糖酶.通过SWISS-MODEL对其三级结构进行预测,了解信号肽长度为27个.运用Protparam Tool对其部分理化性质进行预测,得出其理论等电点为6.82,最适温度为81.72℃,高于调和前的任何一条序列.最后,通过选择宿主菌最优密码子获得其基因序列. 展开更多
关键词 木聚糖酶 调和序列 三级结构 理化性质 合成生物学
下载PDF
临床常见产AmpC β-内酰胺酶菌株中染色质ampC共同序列的研究 被引量:1
13
作者 赵虎 王寅 +2 位作者 涂婉 方毅 庞立峰 《检验医学》 CAS 北大核心 2010年第6期456-460,共5页
目的分析临床常见AmpC β-内酰胺酶(简称AmpC酶)产酶菌株中染色质ampC的基因序列,从而为AmpC酶的分子生物学检测以及其调控机制研究提供理论依据。方法 57株临床常见AmpC酶产酶菌株分离自医院感染患者样本,抽提细菌染色质DNA,聚合酶链反... 目的分析临床常见AmpC β-内酰胺酶(简称AmpC酶)产酶菌株中染色质ampC的基因序列,从而为AmpC酶的分子生物学检测以及其调控机制研究提供理论依据。方法 57株临床常见AmpC酶产酶菌株分离自医院感染患者样本,抽提细菌染色质DNA,聚合酶链反应(PCR)扩增ampC基因并连接入pMD19-T载体,双链测序后比对同种细菌之间和不同种细菌之间染色质ampC基因的同源性和共同序列。根据共同序列设计引物,进一步利用该引物检测染色质ampC。结果 57株细菌的基因组中,使用PCR扩增出染色质ampC基因41株,并成功测定了其ampC基因的序列。比对后发现大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌和产气肠杆菌的染色质ampC菌种内有很高的同源性,但细菌之间的同源性较低。根据共同序列设计出菌种特异性PCR引物,能够有效的鉴定出染色质ampC基因。结论大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌和产气肠杆菌各自染色质ampC具有高度同源性,其菌种特异性的ampC引物可用来检测其染色质ampC的存在。 展开更多
关键词 AMPC Β-内酰胺酶 染色质ampC 共同序列
下载PDF
评价全血DNA二代测序共有序列在人类免疫缺陷病毒优势准种研究中的准确性 被引量:1
14
作者 张媛媛 殷倩倩 +4 位作者 杜鹏程 丁奕博 韩俊燕 林倩茹 马丽英 《中华实验和临床感染病杂志(电子版)》 CAS 2021年第1期22-28,共7页
目的评价二代测序共有序列对人类免疫缺陷病毒(HIV)优势准种分析的代表性和准确性。方法共收集29个HIV感染病例的32份全血样本,其中3个病例在随访期间发生耐药,分别采集治疗前和耐药后的两份样本。提取样本DNA,分别用二代测序和一代测... 目的评价二代测序共有序列对人类免疫缺陷病毒(HIV)优势准种分析的代表性和准确性。方法共收集29个HIV感染病例的32份全血样本,其中3个病例在随访期间发生耐药,分别采集治疗前和耐药后的两份样本。提取样本DNA,分别用二代测序和一代测序方法测定HIV pol区扩增产物序列。利用软件Sequencher(4.10.1)和Bowtie 2(v2.2.5)处理一代和二代测序数据,并利用自建分析脚本确定二代测序共有序列,利用Mega软件进行聚类分析,比较二代测序共有序列与一代测序序列的差异。结果聚类分析结果表明,90.6%(29/32)来自于同一样本的序列被聚类在同一分支上,平均可信度为95.5%;与一代测序序列结果相比,二代测序平均每个碱基准确率为99.6%,完全不一致位点中碱基转换占81.6%(155/190),数量最多的为鸟嘌呤(G):腺嘌呤(A),共74个(占39.0%、74/190)。结论二代测序共有序列与一代测序序列具有较高的一致性,二代测序共有序列可用于HIV优势准种分析,具有较好的代表性和准确性。 展开更多
关键词 一代测序 二代测序 人类免疫缺陷病毒 共有序列 优势准种
原文传递
基于API函数序列的勒索病毒家族同源性研究 被引量:1
15
作者 岳婷 蔡满春 芦天亮 《中国人民公安大学学报(自然科学版)》 2020年第2期53-60,共8页
近年来,勒索病毒数量的增长多为已知家族衍生的变种,鲜有出现新型勒索病毒家族。通过对勒索病毒动态提取的API函数序列进行研究,在原有基于序列比对分析勒索病毒家族同源性的方法上作出了改进。使用Cuckoo Sandbox监测勒索病毒的动态行... 近年来,勒索病毒数量的增长多为已知家族衍生的变种,鲜有出现新型勒索病毒家族。通过对勒索病毒动态提取的API函数序列进行研究,在原有基于序列比对分析勒索病毒家族同源性的方法上作出了改进。使用Cuckoo Sandbox监测勒索病毒的动态行为特征,提取病毒进程对应的API函数调用类别序列并对序列进行规范化处理,去除所有重复子序列后,对同一家族的勒索病毒样本序列使用Multalin、Clustal Omega、T-coffee 3种不同的多序列比对方法并分别设置不同的共性水平提取共性序列,结合局部比对算法计算同家族和家族间的相似性,以确定最佳共性序列并将其作为家族图谱序列。在验证该方案有效性时,设置了以家族样本代表序列和最佳共性序列分别作为家族图谱序列进行对比实验,实验结果表明,使用家族最佳共性序列作为家族图谱序列和局部比对方法计算相似性可以更好地区分勒索病毒家族。 展开更多
关键词 勒索病毒 序列比对 共性序列 同源
下载PDF
扶绥县肝癌高发区HBV流行株基因参照序列建立
16
作者 高煜欣 李曦亮 +3 位作者 黄天壬 邓伟 郑丹 李召发 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期687-690,共4页
目的建立广西扶绥县乙型肝炎病毒(HBV)流行株Pre-S、S、Pre-C/BCP基因参照序列。方法选取2013年扶绥县乙肝慢性携带者(As C)89例,测定其Pre-S、S、Pre-C/BCP基因,采用同源性分析等方法确定基因型,并按基因型在MEGA软件中进行序列比对,... 目的建立广西扶绥县乙型肝炎病毒(HBV)流行株Pre-S、S、Pre-C/BCP基因参照序列。方法选取2013年扶绥县乙肝慢性携带者(As C)89例,测定其Pre-S、S、Pre-C/BCP基因,采用同源性分析等方法确定基因型,并按基因型在MEGA软件中进行序列比对,建立参照序列。结果扶绥县参照序列与Gen Bank收录的中国其他地区同基因型HBV序列(CDQ448627、EU439006)相比差异较大,最高可达2.07%;扶绥县不同基因型间参照序列的差异程度大于不同地区同基因型序列间的差异,最小为2.87%,最大者可达9.65%。结论初步建立扶绥县HBV流行株Pre-S、S、Pre-C/BCP基因参照序列,为扶绥县HBV基因突变的研究奠定基础。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 Pre—S基因 S基因 Pre—C/BCP基因 参照序列
原文传递
一种调和序列生成及其在故障定位中的应用
17
作者 叶俊民 谢茜 +2 位作者 姜丽 李嵩嵩 许磊 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2011年第3期162-165,共4页
为了提高软件的可靠性,在软件运行发生故障时,快速、准确地定位故障点成为非常有意义的研究课题。与以往方法不同,在将故障运行序列和最邻近运行序列进行差异对比前,为了避免选取第一条最近成功路径时引起的"盲区"使得后期搜... 为了提高软件的可靠性,在软件运行发生故障时,快速、准确地定位故障点成为非常有意义的研究课题。与以往方法不同,在将故障运行序列和最邻近运行序列进行差异对比前,为了避免选取第一条最近成功路径时引起的"盲区"使得后期搜索空间加大,引入了生物学基因序列比对原理,对最邻近运行序列不是通过编辑距离比较进行选取,而是通过一条调和序列进行处理。实验表明,方法的故障定位效果较好。 展开更多
关键词 故障定位 序列比对 运行序列 调和序列
下载PDF
重庆地区C/adrq+亚型HBV流行株PreS/S、EnhII/CP/PreC标准参照序列的初步建立
18
作者 许红梅 凌宁 +2 位作者 彭明利 卿玉玲 任红 《重庆医学》 CAS CSCD 2003年第4期466-468,共3页
目的 建立重庆地区基因型C/血清型adrq +HBV流行株PreS/S、EnhII/CP/PreC基因标准参照序列 ,为HBV变异的研究奠定基础。方法 测定 18例无症状携带者HBV的PreS/S、EnhII/CP/PreC序列 ,应用同源性分析和对齐比较等方法确定HBV亚型 ,并... 目的 建立重庆地区基因型C/血清型adrq +HBV流行株PreS/S、EnhII/CP/PreC基因标准参照序列 ,为HBV变异的研究奠定基础。方法 测定 18例无症状携带者HBV的PreS/S、EnhII/CP/PreC序列 ,应用同源性分析和对齐比较等方法确定HBV亚型 ,并拟定基因型C/血清型adrq +HBV的PreS/S、EnhII/CP/PreC标准参照序列。结果  9株基因型B/血清型adw2、6株基因型C/血清型adrq + ,3株基因型B/血清型ayw1;建立的重庆地区HBV基因型C/血清型adrq+HBV流行株PreS/S、EnhI I/CP/PreC标准参照序列与东北华南地区同亚型的标准参照序列比较分别有 13个、2个核苷酸差异 ,可引起 4个、1个氨基酸差异。结论 初步建立了重庆地区基因型C/血清型adrq +HBV流行株PreS/S。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 PreS/S EnhII/CP/PreC 标准参照序列
下载PDF
登革病毒共有序列候选DNA疫苗的免疫原性和保护性研究
19
作者 杨馥嘉 王然 +2 位作者 范东瀛 陈辉 安静 《微生物学免疫学进展》 2020年第1期1-7,共7页
目的研究登革病毒(Dengue virus,DENV)共有序列候选DNA疫苗pVAX1-cE80在小鼠体内的免疫原性及其保护作用。方法首先利用pVAX1-cE80 DNA免疫BALB/c小鼠,通过ELISA和噬斑减少中和试验(plaque reduction neutralization test,PRNT)分别检... 目的研究登革病毒(Dengue virus,DENV)共有序列候选DNA疫苗pVAX1-cE80在小鼠体内的免疫原性及其保护作用。方法首先利用pVAX1-cE80 DNA免疫BALB/c小鼠,通过ELISA和噬斑减少中和试验(plaque reduction neutralization test,PRNT)分别检测免疫后小鼠血清中抗登革病毒的4种血清型(dengue virus serotype 1-4,DENV1-4)IgG抗体和中和抗体(neutralizing antibody,nAb)效价;利用酶联免疫斑点试验(enzyme-linked immunospot assay,ELISPOT)检测小鼠脾细胞分泌DENV1-4特异性Th1/Th2型细胞因子的能力;通过攻毒试验评价疫苗对DENV1-4感染的保护作用。结果接种疫苗的小鼠可产生针对DENV1-4的四价抗体,其中抗DENV2抗体水平最高,IgG抗体和nAb效价分别为1∶1086和1∶120;免疫后小鼠脾细胞在DENV1-4抗原刺激下均可分泌较高水平的IFN-γ和IL-4;疫苗免疫可为小鼠提供针对DENV1-4的部分保护作用。结论单一共有序列登革病毒候选DNA疫苗可诱导小鼠产生四价体液免疫反应和细胞免疫反应,并为小鼠提供部分保护作用,为登革病毒共有序列疫苗的研发奠定了基础。 展开更多
关键词 登革病毒 共有序列 包膜蛋白 DNA疫苗 保护作用
原文传递
σ^(38)识别的启动子-35区核酸序列特征研究
20
作者 丁清泉 戴顺英 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 1999年第1期32-35,共4页
依据部分资料假定大肠杆菌RNA聚合酶的σ38亚单位在特异启动子的-35区识别的保守序列是-TCTCCC-,合成用其它碱基分别取代这一区域每一个碱基的引物,以osmY基因片段为模板,通过PCR扩增成-35区含不同碱基序... 依据部分资料假定大肠杆菌RNA聚合酶的σ38亚单位在特异启动子的-35区识别的保守序列是-TCTCCC-,合成用其它碱基分别取代这一区域每一个碱基的引物,以osmY基因片段为模板,通过PCR扩增成-35区含不同碱基序列的转录模板,用体外重组的由σ38和核心酶(E)组成的全酶(Eσ38)对这些启动子进行体外转录.结果显示含-TCTCCC-序列的启动子的转录水平既低于原始的osmY启动子,又低于经PCR扩增的其它序列.综合研究结果推测,这一区域的保守序列是-TCTCTC-. 展开更多
关键词 体外转录 RNA聚合酶 Σ因子 启动子保守序列
下载PDF
上一页 1 2 3 下一页 到第
使用帮助 返回顶部