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蛋白质组学实验技术及其应用 被引量:25
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作者 赵静 王宏伟 +1 位作者 田二杰 周变华 《动物医学进展》 北大核心 2015年第1期116-120,共5页
蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象,从整体、动态和定量的角度去研究基因的功能,是后基因组计划的一个重要组成部分。与基因组学相比,蛋白质组学更能从细胞和生命的整体水平上阐明生命现象的本质和活动规律,因此受到了各国学者的高度重... 蛋白质组学是以蛋白质组为研究对象,从整体、动态和定量的角度去研究基因的功能,是后基因组计划的一个重要组成部分。与基因组学相比,蛋白质组学更能从细胞和生命的整体水平上阐明生命现象的本质和活动规律,因此受到了各国学者的高度重视。蛋白组学的发展离不开其相关实验技术的突飞猛进,这些技术不仅可以进行蛋白质的分离和鉴定,还可以进行目的蛋白的筛选和样品的分析,为生命科学领域相关研究提供了新的思路和解决办法。论文主要综述了包括双向电泳、免疫共沉淀、酵母双杂交、蛋白质芯片及同位素标记相对和绝对定量技术等蛋白质组学实验技术的原理及特点,并概述了这些技术在生命科学中的重要应用。 展开更多
关键词 蛋白质组学 双向电泳 酵母双杂交 免疫共沉淀 蛋白质芯片 同位素标记相对和绝对定量技术
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Coordinated peak expression of MMP-26 and TIMP-4 in preinvasive human prostate tumor 被引量:18
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作者 Seakwoo Lee Kevin K Desai +6 位作者 Kenneth A Iczkowski Robert G Newcomer Kevin J WU Yun-Ge Zhao Winston W Tan Mark D Roycik Qing-Xiang Amy Sang 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2006年第9期750-758,共9页
The identification of novel biomarkers for early prostate cancer diagnosis is highly important because early detection and treatment are critical for the medical management of patients. Disruption in the continuity of... The identification of novel biomarkers for early prostate cancer diagnosis is highly important because early detection and treatment are critical for the medical management of patients. Disruption in the continuity of both the basal cell layer and basement membrane is essential for the progression of high-grade prostatic intraepithelial neoplasia (HGPIN) to invasive adenocarcinoma in human prostate. The molecules involved in the conversion to an invasive phenotype are the subject of intense scrutiny. We have previously reported that matrix metalloproteinase-26 (MMP-26) promotes the invasion of human prostate cancer cells via the cleavage of basement membrane proteins and by activating the zymogen form of MMP-9. Furthermore, we have found that tissue inhibitor of metalloproteinases-4 (TIMP-4) is the most potent endogenous inhibitor of MMP-26. Here we demonstrate higher (p〈0.0001) MMP-26 and TIMP-4 expression in HGPIN and cancer, compared to non-neoplastic acini. Their expression levels are highest in HGPIN, but decline in invasive cancer (p〈0.001 for each) in the same tissues. Immunohistochemical staining of serial prostate cancer tissue sections suggests colocalization of MMP-26 and TIMP-4. The present study indicates that MMP-26 and TIMP-4 may play an integral role during the conversion of HGPIN to invasive cancer and may also serve as markers for early prostate cancer diagnosis. 展开更多
关键词 matrix metalloproteinase-26 tissue inhibitor of metalloproteinases-4 high-grade prostatic intraepithel ialneoplasia prostate cancer biomarkers early diagnosis IMMUNOHISTOCHEMISTRY co-immunoprecipitation
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黑色素瘤相关抗原MAAT1p15与LRP6的相互作用及其对Wnt信号通路的调控 被引量:10
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作者 韩亮 张新军 +2 位作者 黄世思 翟永功 常智杰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期827-832,共6页
为了深入研究Wnt信号的传导机制 ,利用GAL4酵母双杂交系统 ,以Wnt受体LRP6的胞内区为诱饵蛋白 ,筛选小鼠 11 5d胚胎cDNA文库 ,发现了一个新的LRP6相互作用蛋白 :黑色素瘤相关抗原MAAT1p15 (melanoma associatedantigenrecognizedbycytot... 为了深入研究Wnt信号的传导机制 ,利用GAL4酵母双杂交系统 ,以Wnt受体LRP6的胞内区为诱饵蛋白 ,筛选小鼠 11 5d胚胎cDNA文库 ,发现了一个新的LRP6相互作用蛋白 :黑色素瘤相关抗原MAAT1p15 (melanoma associatedantigenrecognizedbycytotoxicTlymphocytesp15 ) .免疫共沉淀方法证明了LRP6胞内区和MAAT1p15在哺乳动物细胞中也存在相互作用 .荧光素酶报告系统分析实验显示 ,MAAT1p15能够明显增强Wnt1和LRP6响应的下游基因的转录活性 。 展开更多
关键词 WNT RP6 MAAT1 P15 酵母双杂交 免疫共沉淀 荧光素酶报告系统
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低氧预适应小鼠脑海马组织内与cPKCγ相互作用的ERK1/2磷酸化水平降低 被引量:10
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作者 张楠 韩松 李俊发 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2008年第3期209-212,共4页
目的探讨与经典型蛋白激酶Cγ(cPKCγ)相互作用的细胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)的磷酸化水平在小鼠脑低氧预适应形成过程中的变化。方法用成年雄性BalB/c小鼠制备整体低氧预适应模型,将小鼠随机分为正常对照(H0)、早期低氧预适应(H3)... 目的探讨与经典型蛋白激酶Cγ(cPKCγ)相互作用的细胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)的磷酸化水平在小鼠脑低氧预适应形成过程中的变化。方法用成年雄性BalB/c小鼠制备整体低氧预适应模型,将小鼠随机分为正常对照(H0)、早期低氧预适应(H3)和延迟性低氧预适应(H6)3组。应用免疫共沉淀,Western blot等方法检测胞质和膜相关成分中与cPKCγ相互作用的ERK1/2的磷酸化水平。结果小鼠海马组织中ERK1/2能与cPKCγ免疫共沉淀,且与H0组相比,H3及H6组ERK1/2的204位酪氨酸磷酸化水平明显降低(P<0.05)。结论小鼠海马组织中,cPKCγ与ERK1/2存在相互作用,且可能参与了脑低氧预适应的发生和发展。 展开更多
关键词 脑低氧预适应 蛋白激酶C 细胞外信号调节激酶1/2 免疫共沉淀
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从人白细胞cDNA文库筛选凋亡素相互作用蛋白 被引量:7
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作者 孙国敬 童新 +2 位作者 孟祥兵 董燕 孙志贤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第5期695-698,共4页
来源于鸡贫血病毒的小分子蛋白 凋亡素 (apoptin)能够选择性诱导肿瘤细胞凋亡 ,为研究其选择性诱导肿瘤细胞凋亡的分子机制 ,利用酵母双杂交系统筛选从人白细胞cDNA文库筛选apoptin相互作用蛋白 ,核酸序列分析及同源性检索表明 ,其中... 来源于鸡贫血病毒的小分子蛋白 凋亡素 (apoptin)能够选择性诱导肿瘤细胞凋亡 ,为研究其选择性诱导肿瘤细胞凋亡的分子机制 ,利用酵母双杂交系统筛选从人白细胞cDNA文库筛选apoptin相互作用蛋白 ,核酸序列分析及同源性检索表明 ,其中一个与ABP2 80 (actin bindingprotein 2 80 )有高度同源性 .细胞免疫共沉淀实验结果显示 :在哺乳动物细胞水平仍能够检测到apoptin与ABP2 80片段的特异的相互作用 .分别构建缺失C端 11个氨基酸、中间 33~ 46位氨基酸和二者均缺失的apoptin的 3个突变体 ,突变体与ABP2 80相互作用研究表明 :apoptin的 33~ 46位氨基酸 (核外运信号 )对于apoptin与ABP2 80的相互作用是必需的 ,而C端核定位信号 /DNA结合序列对于apoptin与ABP2 展开更多
关键词 凋亡素 酵母双杂交 ABP280 免疫共沉淀 人白细胞 CDNA文库 apoptin相互作用蛋白
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SUMO-1共价修饰ataxin-3 被引量:8
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作者 汤建光 沈璐 +7 位作者 唐北沙 张玉虎 江泓 廖书胜 张海南 王春喻 夏昆 潘乾 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1037-1043,共7页
为了探讨ataxin-3的正常生理功能以及脊髓小脑型共济失调Ⅲ型/马查多-约瑟夫病的发病机理,采用酵母双杂交技术,选择polyQ扩展突变型ataxin-3全长构建诱饵质粒,筛选成人脑cDNA文库,寻找与之相互作用的蛋白质,筛选到互作蛋白smallubiquiti... 为了探讨ataxin-3的正常生理功能以及脊髓小脑型共济失调Ⅲ型/马查多-约瑟夫病的发病机理,采用酵母双杂交技术,选择polyQ扩展突变型ataxin-3全长构建诱饵质粒,筛选成人脑cDNA文库,寻找与之相互作用的蛋白质,筛选到互作蛋白smallubiquitin-likemodifier1(SUMO-1).进一步运用免疫共沉淀技术证实,SUMO-1在哺乳动物细胞中共价修饰野生型和polyQ扩展突变型ataxin-3.免疫荧光共定位实验发现,polyQ扩展突变型ataxin-3形成的核内蛋白聚合体与SUMO-1共定位.研究提示,ataxin-3的正常生理功能可能受SUMO-1的调节,SUMO-1可能参与了脊髓小脑型共济失调Ⅲ型/马查多-约瑟夫病的发病机制. 展开更多
关键词 脊髓小脑型共济失调Ⅲ型/马查多-约瑟夫病 ATAXIN-3 SUMO-1 酵母双杂交 免疫共沉淀 免疫荧光
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NOK通过JAK2依赖性方式激活STAT3信号通路(英文) 被引量:8
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作者 李颖华 戎煜 +1 位作者 常智杰 刘力 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第2期143-150,共8页
NOK能激活包含JAK-STAT信号通路在内的多种促细胞有丝分裂信号通路.研究发现,在人胚肾细胞(HEK293T)中,NOK与STAT3具有直接的相互作用.进一步的实验表明,NOK能同STAT3蛋白除螺旋结构域及C端结构域外的其他4个结构域发生相互作用,而NOK... NOK能激活包含JAK-STAT信号通路在内的多种促细胞有丝分裂信号通路.研究发现,在人胚肾细胞(HEK293T)中,NOK与STAT3具有直接的相互作用.进一步的实验表明,NOK能同STAT3蛋白除螺旋结构域及C端结构域外的其他4个结构域发生相互作用,而NOK的胞内区则介导了NOK同STAT3的相互作用.同时,免疫共沉淀实验显示,NOK能与JAK2发生相互作用.重要的是,共同表达NOK与JAK2蛋白对STAT3信号通路能产生一种非常显著的协同激活作用,但当共同表达NOK和JAK2的激酶活性缺失突变体时,并不产生这种协同激活效应.综上,实验结果显示,NOK可能同STAT3和JAK2形成一个复合物,通过JAK2依赖性方式激活STAT3信号通路. 展开更多
关键词 NOK JAK2 STAT3 协同效应 免疫共沉淀 信号激活
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帕金森病相关蛋白Parkin与PINK1的相互作用研究 被引量:8
8
作者 王雪晶 郭纪锋 +2 位作者 江泓 沈璐 唐北沙 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第9期983-987,共5页
帕金森病(Parkinson's disease,PD)是常见的神经系统变性疾病.分子遗传学研究发现,突变的Parkin蛋白及PINK1蛋白均参与了帕金森病的致病过程,但二者之间是否存在相互作用以及是否能够相互调节仍不十分清楚.为明确生理状态下Parkin... 帕金森病(Parkinson's disease,PD)是常见的神经系统变性疾病.分子遗传学研究发现,突变的Parkin蛋白及PINK1蛋白均参与了帕金森病的致病过程,但二者之间是否存在相互作用以及是否能够相互调节仍不十分清楚.为明确生理状态下Parkin蛋白与PINK1蛋白之间的相互作用,首先运用蛋白体外结合实验(GST pull-down)技术及免疫共沉淀技术证实了Parkin与PINK1在体外及体内均可相互结合.进一步构建PINK1的不同截短型,运用GST pull-down技术验证了PINK1与Parkin相互结合的区段为PINK1的蛋白激酶结构域.免疫细胞化学实验也证实Parkin与PINK1蛋白在细胞中存在共定位.进一步运用免疫共沉淀技术证实Parkin可减少PINK1通过泛素蛋白酶体系统(ubiquitin proteasome system,UPS)的降解,从而稳定PINK1.PINK1可增加Parkin通过UPS的降解,从而减少Parkin的水平,降低其稳定性.这些结果提示,帕金森病相关蛋白Parkin与PINK1能够直接结合,二者通过泛素蛋白酶体降解系统相互调节,可能协同作用参与了帕金森病的致病过程. 展开更多
关键词 PINKl PARKIN 泛素蛋白酶体系统 免疫共沉淀
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免疫共沉淀技术的应用研究 被引量:7
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作者 樊同涛 樊小农 +2 位作者 麻聪聪 王晓光 常女子 《中华针灸电子杂志》 2014年第4期13-16,共4页
免疫共沉淀技术是研究蛋白质.蛋白质之间相互作用的重要方法之一,可以确定在生理状态下细胞内相互作用的蛋白质。在蛋白复合物的研究中,不仅可以用于验证其存在,还可以发现新的蛋白复合物。近来,中医药科研工作者应用此技术来揭示中医... 免疫共沉淀技术是研究蛋白质.蛋白质之间相互作用的重要方法之一,可以确定在生理状态下细胞内相互作用的蛋白质。在蛋白复合物的研究中,不仅可以用于验证其存在,还可以发现新的蛋白复合物。近来,中医药科研工作者应用此技术来揭示中医药的作用机制,取得了一些成绩。就近几年免疫共沉淀技术的应用研究做文献综述。 展开更多
关键词 分子生物学 多蛋白复合物 热休克蛋白质类 免疫共沉淀
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宫颈癌HeLa细胞内SKP2结合蛋白的筛选和功能预测 被引量:7
10
作者 贾静 方健飞 +2 位作者 任娟 贾振宇 王孝举 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期258-262,共5页
目的:通过免疫共沉淀与质谱分析技术从宫颈癌HeLa细胞中获取与S期激酶相关蛋白2(S-phase kinase-associated protein 2,SKP2)结合的蛋白质群体并预测其生物功能。方法:以免疫共沉淀与Western blotting技术建立SKP2免疫共沉淀体系,以SDS-... 目的:通过免疫共沉淀与质谱分析技术从宫颈癌HeLa细胞中获取与S期激酶相关蛋白2(S-phase kinase-associated protein 2,SKP2)结合的蛋白质群体并预测其生物功能。方法:以免疫共沉淀与Western blotting技术建立SKP2免疫共沉淀体系,以SDS-PAGE和银染技术获得SKP2结合蛋白的特异条带,通过质谱分析技术获得可能与SKP2结合的蛋白群体,应用生物信息学技术对筛选得到的蛋白进行GO分析与KEGG分析。结果:HeLa细胞内存在一定水平的SKP2蛋白表达,可进行免疫共沉淀反应;成功建立了SKP2免疫共沉淀体系,并获得SKP2结合蛋白样品;针对差异的凝胶条带进行质谱分析,共鉴定出SKP2结合蛋白563个;设定筛选条件后,获得可信度较高的SKP2蛋白270个,进行GO分析与KEGG分析后初步预测了结合蛋白参与的细胞功能和信号通路。结论:从宫颈癌HeLa细胞中成功筛选获取SKP2结合蛋白,为后续筛选靶标结合蛋白和寻找细胞靶向药物奠定了基础。 展开更多
关键词 细胞S期激酶相关蛋白2 免疫共沉淀 宫颈癌 结合蛋白
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蛋白质相互作用研究的常用方法进展及比较 被引量:7
11
作者 涂占晗 林旭 《中国当代医药》 2012年第14期18-20,共3页
如今蛋白质间的相互作用已成为生命科学领域研究的重点,而各种蛋白质间相互作用的研究方法的飞速发展成为蛋白质研究的重点。本综述中将着眼于酵母双杂交方法新进发展与Sos系统、噬菌体展示、GST-pull down、免疫共沉淀、串联亲和纯化... 如今蛋白质间的相互作用已成为生命科学领域研究的重点,而各种蛋白质间相互作用的研究方法的飞速发展成为蛋白质研究的重点。本综述中将着眼于酵母双杂交方法新进发展与Sos系统、噬菌体展示、GST-pull down、免疫共沉淀、串联亲和纯化等蛋白质相互作用研究方法做一比较分析。以便在未来的研究中,根据不同方法的优缺点选择合适的研究技术。 展开更多
关键词 酵母双杂交 Sos系统 噬菌体展示 GST pull-down 免疫共沉淀 串联亲和纯化
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Co-IP联合质谱分析筛选中华蜜蜂气味受体OR1和OR2的互作蛋白
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作者 郭丽娜 申红英 +3 位作者 王珏 于点点 张旭凤 郭媛 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期7-16,共10页
【目的】中华蜜蜂(Apis cerana cerana)是我国特有的蜜蜂品种,其高度灵敏的嗅觉系统能在复杂气味环境中识别群体内化学信号以及区分食物源散发的特异性气味分子,气味受体(Odorant receptors,ORs)在中蜂识别气味分子的行为过程中起到了... 【目的】中华蜜蜂(Apis cerana cerana)是我国特有的蜜蜂品种,其高度灵敏的嗅觉系统能在复杂气味环境中识别群体内化学信号以及区分食物源散发的特异性气味分子,气味受体(Odorant receptors,ORs)在中蜂识别气味分子的行为过程中起到了重要而又关键的作用。通过分析筛选OR1和OR2的互作蛋白,为深入探究OR1和OR2蛋白在蜜蜂嗅觉系统中的功能提供理论依据。【方法】通过构建OR1和OR2基因的真核表达载体pFastBac-OR1和pFastBac-OR2载体,转染Sf9细胞,提取细胞总蛋白,利用免疫共沉淀(Co-IP)联合质谱分析技术筛选鉴定与OR1和OR2互作的细胞蛋白,并对这些互作蛋白进行GO功能注释、KEGG信号通路和蛋白互作网络分析。【结果】IP组和IgG组重组蛋白在细胞内得到正确表达,利用Co-IP联合质谱分析技术共筛选到273个与OR1互作的细胞蛋白和204个与OR2互作的细胞蛋白,主要为微管蛋白、热休克蛋白、核糖体蛋白等。对这些蛋白进行GO功能富积分析,发现这些蛋白质涉及多种生物学功能,包括RNA剪接、核糖体和能量运输有关。KEGG信号通路分析结果表明互作蛋白参与调节了多条细胞内的重要通路,包括核糖体、剪接体、RNA转运等与核糖体相关的通路,丙酮酸代谢、硫胺素新陈代谢、脂肪酸生物合成、淀粉和蔗糖代谢、FoxO信号通路,Hedgehog信号通路等。【结论】OR1和OR2可能通过与多种蛋白直接或间接的相互作用调控并影响其嗅觉感受。 展开更多
关键词 中华蜜蜂 气味受体 免疫共沉淀 蛋白互作
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MEF2C基因调节猪骨骼肌肌纤维的发育表达 被引量:6
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作者 朱弘焱 沈芷伊 +3 位作者 张宇婷 许晶 田玉民 苏玉虹 《解剖科学进展》 2018年第4期350-353,共4页
目的研究肌细胞增强因子2C(MEF2C)基因对骨骼肌肌纤维发育表达的调节情况,并探明二者的相关关系。方法实验采集猪骨骼肌,提取组织总RNA,采用实时荧光定量PCR技术检测基因在猪生后七个不同时间点的表达情况;提取猪骨骼肌总蛋白,利用免疫... 目的研究肌细胞增强因子2C(MEF2C)基因对骨骼肌肌纤维发育表达的调节情况,并探明二者的相关关系。方法实验采集猪骨骼肌,提取组织总RNA,采用实时荧光定量PCR技术检测基因在猪生后七个不同时间点的表达情况;提取猪骨骼肌总蛋白,利用免疫共沉淀,用特异抗体沉淀MEF2C及其相互作用蛋白复合物,经SDS-PAGE分离,洗脱蛋白复合物并酶解,电喷雾质谱技术分析及数据库比对,并通过Western blotting验证蛋白的相互作用。结果猪MEF2C基因在刚出生及生后90d时的表达量高于其他时间点,其发育表达规律与肌纤维相关基因(My HCslow、My HC2a、My HC2x、My HC2b)的表达趋势类似,成功筛选并鉴定出与转录因子MEF2C相互作用的蛋白为MDHM。结论 MEF2C基因可能参与骨骼肌肌纤维形成与表达,且促进慢肌纤维的表达。 展开更多
关键词 MEF2C 肌纤维 免疫共沉淀 质谱
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肝细胞癌中UBE2S互作蛋白的筛选及预后模型构建
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作者 王小燕 张豪 +2 位作者 郭泽皓 曹骏 莫之婧 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期168-177,共10页
目的:筛选泛素结合酶E2S (UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析UIPM评估HCC患者预后的价值。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶... 目的:筛选泛素结合酶E2S (UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析UIPM评估HCC患者预后的价值。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDSPAGE)和Western blotting法验证后,采用液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)分析鉴定UBE2S互作蛋白,并对互作蛋白进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用R软件survival包筛选癌症基因组图谱(TGGA)中HCC预后相关蛋白与UBE2S互作蛋白取交集,通过LASSO回归分析从交集蛋白中获取关键蛋白构建UIPM,并建立预后模型风险评分公式,按照风险评分的中位值将TGGA中HCC患者分为高风险组和低风险组,通过受试者工作特征曲线(ROC)评估UIPM的预测准确性,并采用国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库对UIPM预测准确性进行再次验证。采用单因素和多因素Cox回归分析评估UIPM风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并进一步构建列线图模型。结果:Co-IP联合LC-MS分析得到97个UBE2S互作蛋白。GO功能和KEGG信号通路富集分析,互作蛋白主要与半胱氨酸型内肽酶活性、氧化应激和细胞死亡有密切关联。TCGA筛选出5 163个HCC预后相关蛋白,与UBE2S互作蛋白取交集,获得40个预后相关互作蛋白,LASSO回归分析得到7个关键蛋白,包括UBE2S、热休克蛋白家族A成员8(HSPA8)、异质性胞核核糖核蛋白H1(HNRNPH1)、含TCP1伴侣蛋白亚基3 (CCT3)、真核翻译起始因子2亚基1 (EIF2S1)、活化蛋白C激酶1受体(RACK1)和肌动蛋白相关蛋白2/3复合体亚基4(ARPC4),并构建了UIPM,高和低风险组HCC患者生存率存比较差异有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线,UIPM预测HCC患者1、2和3年UIPM风险评分的ROC曲线下面积(AUC)值均大于0.7,表明预测模型准确度较高。ICGC数据库数据也证实UIPM预测准确度较高。单因� 展开更多
关键词 泛素结合酶E2S 肝细胞癌 免疫共沉淀 液相色谱-质谱联用仪 预后分析
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阿尔茨海默病中BACE1相互作用蛋白筛选及功能分析
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作者 刘聪聪 王亚琦 王培昌 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1904-1919,共16页
目的β淀粉样蛋白前体蛋白裂解酶1(β-site APP cleaving enzyme 1,BACE1)是阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)中淀粉样斑块形成的限速酶,其表达水平与活性在AD发生发展中起到关键作用。BACE1的相互作用蛋白可以通过直接结合、间... 目的β淀粉样蛋白前体蛋白裂解酶1(β-site APP cleaving enzyme 1,BACE1)是阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)中淀粉样斑块形成的限速酶,其表达水平与活性在AD发生发展中起到关键作用。BACE1的相互作用蛋白可以通过直接结合、间接结合、参与各种细胞信号转导通路等方式,直接或间接在BACE1的转录、翻译、修饰、胞内运输等各个环节对BACE1进行调节,从而参与AD的发生与疾病的进程。本研究拟筛选并验证BACE1的相互作用蛋白,为进一步深入阐明淀粉样斑块形成的机制提供新的依据。方法采用免疫共沉淀(co-immunoprecipitation,Co-IP)与质谱联合应用的技术富集并鉴定AD模型小鼠海马组织中BACE1的相互作用蛋白,通过生物信息学分析筛选与BACE1有潜在相互作用的蛋白质,采用Co-IP实验及免疫荧光共聚焦技术进行初步验证,并探究BACE1相互作用蛋白在AD细胞模型中蛋白质表达水平变化。结果本研究在AD组中共鉴定到与BACE1相互作用的差异表达蛋白614个。基因本体(GO)富集分析显示,AD组BACE1相互作用蛋白主要参与细胞内信号转导、靶向高尔基体囊泡的转运、浦肯野细胞层发育等生物学过程;京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示,AD中BACE1相互作用蛋白主要参与了PI3K-Akt信号通路、mTOR信号通路等神经退行性疾病相关通路。通过构建BACE1相互作用蛋白网络,筛选了12个可信度较高的相互作用蛋白,其中NSF、NUMB、HSP90aa1、SNAP91为首次发现的BACE1相互作用蛋白。经进一步验证,发现NSF与BACE1存在相互作用,并且在AD细胞模型中NSF表达水平上调。结论BACE1相互作用蛋白参与多种AD相关生物途径及信号通路,NSF为新鉴定到的BACE1相互作用蛋白,与BACE1存在相互作用。NSF在AD细胞模型中表达水平上调,预测NSF与BACE1蛋白间相互作用参与调节AD疾病的进程,为疾病的机制研究提供新的靶点和方向。 展开更多
关键词 β淀粉样蛋白前体蛋白裂解酶1 免疫共沉淀 质谱法 神经退行性疾病 阿尔茨海默病
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Cx43、β-catenin、Smo在第二生心区的表达规律及意义
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作者 丁泽原 闫玉楠 +3 位作者 谢建山 师亮 景雅 杨艳萍 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第19期3042-3048,共7页
背景:第二生心区对于胚胎心脏发育具有重要意义,其发育异常会导致多种心脏畸形,Cx43基因敲除后第二生心区细胞的形成和增殖减少,但具体原因尚未明确。目的:①明确β-catenin、Smo以及Cx43在内胚层与第二生心区的表达模式,观察其有无共表... 背景:第二生心区对于胚胎心脏发育具有重要意义,其发育异常会导致多种心脏畸形,Cx43基因敲除后第二生心区细胞的形成和增殖减少,但具体原因尚未明确。目的:①明确β-catenin、Smo以及Cx43在内胚层与第二生心区的表达模式,观察其有无共表达;②探究Cx43与Wnt/β-catenin通路或Shh通路之间是否存在相互作用,共同参与第二生心区的发育。方法:选取胚龄10-12 d的ICR小鼠胚胎石蜡包埋连续切片,进行免疫组织化学染色、苏木精-伊红染色、免疫荧光染色;剥离胚龄11 d小鼠胚胎的原始消化管用于蛋白印迹实验和免疫共沉淀。结果与结论:①胚龄10-12 d,Cx43与Isl1在前肠腹侧和心包腔背侧壁的部分间充质细胞呈共表达,Isl1阳性细胞增多的同时Cx43阳性细胞也增多;②胚龄10-12 d,Cx43与β-catenin在内胚层腹侧共表达;③胚龄10-12 d,Cx43与Smo在内胚层上共表达;④免疫共沉淀结果表明Cx43与β-catenin之间存在相互作用,共同参与第二生心区的发育。 展开更多
关键词 小鼠胚胎 第二生心区 流出道 WNT/Β-CATENIN通路 Shh通路 CX43 免疫共沉淀
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早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白相互作用的生物信息学分析与验证
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作者 成佳聪 李智慧 +4 位作者 刘鳐 李成 黄鑫 田颖鑫 沈富兵 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期179-186,共8页
目的通过生物信息学方法预测早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白的相互作用,并通过免疫共沉淀方法进行实验验证。方法使用Rosetta软件,采用比较建模的方法,构建TAB1蛋白的三维模型;在PDB数据库中检索PML蛋白二级结构,并解析其晶体结构... 目的通过生物信息学方法预测早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白的相互作用,并通过免疫共沉淀方法进行实验验证。方法使用Rosetta软件,采用比较建模的方法,构建TAB1蛋白的三维模型;在PDB数据库中检索PML蛋白二级结构,并解析其晶体结构和三维结构。Zdock3.0.2软件进行PML与TAB1的蛋白-蛋白对接,并提取最佳构象进行对接模型的分子结构分析。α-MMC处理的M1炎性巨噬细胞,利用免疫共沉淀技术检测两种蛋白的相互作用。结果以PML的6IMQ为对接部位时,PML蛋白与TAB1蛋白能形成3个盐桥、6个氢键和6个疏水作用;以PML的5YUF为对接部位时,PML蛋白与TAB1蛋白能形成1个氢键、3个静电相互作用和9个疏水作用,两种对接模式皆能形成良好的分子对接和相互作用;在α-MMC处理4h后,其PML-IP组的细胞裂解沉淀液中分别能检测到显著的PML和TAB1阳性蛋白条带。结论PML蛋白与TAB1蛋白能发生较强的相互作用。 展开更多
关键词 TAB1蛋白 PML蛋白 生物信息学 蛋白-蛋白对接 免疫共沉淀
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免疫共沉淀联合质谱技术筛选蓝舌病病毒NS4蛋白的互作蛋白
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作者 马鲜平 陈玉娟 +8 位作者 罗世美 卓晓静 杨义彬 刘祎毅 蔡旭研 唐艺匀 陈畅昶 魏小蓉 易华山 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期779-789,共11页
[目的]筛选蓝舌病病毒(Bluetongue virus, BTV)NS4蛋白颉颃干扰素(interferon, IFN)信号通路的内源性互作蛋白,以便进一步研究NS4抑制IFN信号转导的作用机制。[方法]在前期仙台病毒(Sendai virus, SeV)诱导IFN信号通路基因表达研究基础... [目的]筛选蓝舌病病毒(Bluetongue virus, BTV)NS4蛋白颉颃干扰素(interferon, IFN)信号通路的内源性互作蛋白,以便进一步研究NS4抑制IFN信号转导的作用机制。[方法]在前期仙台病毒(Sendai virus, SeV)诱导IFN信号通路基因表达研究基础上,利用免疫共沉淀方法从转染NS4融合eGFP标签表达载体pcDNA3.1-NS4-eGFP和pcDNA3.1-eGFP空载体的HEK-293T细胞中钓取NS4互作蛋白,对免疫沉淀物进行SDS-PAGE分析,免疫共沉淀洗脱液进行质谱鉴定及生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR检测候选蛋白的编码基因表达特征。[结果]通过免疫共沉淀及质谱鉴定分析和数据库比对,共获得189个差异表达蛋白。生物信息学分析结果显示,候选蛋白主要参与蛋白转录、翻译、病毒感染及免疫调控。亚细胞定位分析结果显示,差异表达蛋白主要定位于细胞核、细胞质以及胞质-胞核,筛选出4个与BTV NS4蛋白存在互作的候选蛋白:多聚嘧啶束结合蛋白1(PTBP1)、细胞周期依赖性蛋白激酶9(CDK9)、N-端豆蔻酰化酶1(NMT1)和Y盒结合蛋白1(YBX1)。实时荧光定量PCR结果显示,与对照组相比,SeV刺激72 h后,试验组PTBP1、NMT1、YBX1、CDK9基因mRNA表达量均显著或极显著上调(P<0.05;P<0.01)。[结论]BTV NS4蛋白颉颃IFN信号通路与PTBP1、NMT1、YBX1、CDK9蛋白表达上调有关,本试验结果为进一步研究BTV NS4蛋白颉颃宿主天然免疫应答的分子机制提供靶标参考。 展开更多
关键词 蓝舌病病毒(BTV) 免疫共沉淀 质谱分析 NS4蛋白
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乙型脑炎病毒非结构蛋白的表达及与hnRNP K的相互作用
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作者 郝悦 徐胜奎 阮文科 《北京农学院学报》 2024年第1期37-42,共6页
【目的】为探明JEV病毒复制与宿主蛋白的关系。【方法】首先构建非结构蛋白质粒,然后将构建成功的非结构蛋白的质粒转染至Vero细胞中,24 h在荧光显微镜下观察蛋白表达情况,再分别与pCMV-MYC-hnRNP K质粒同时转染至Vero细胞中,培养24 h,... 【目的】为探明JEV病毒复制与宿主蛋白的关系。【方法】首先构建非结构蛋白质粒,然后将构建成功的非结构蛋白的质粒转染至Vero细胞中,24 h在荧光显微镜下观察蛋白表达情况,再分别与pCMV-MYC-hnRNP K质粒同时转染至Vero细胞中,培养24 h,收取细胞蛋白样,进行Co-IP试验相关步骤,用Western-blot实验进行结果呈现,得出试验结果。【结果】构建的非结构蛋白质粒在Vero细胞中可以表达,通过与表达hnRNP K蛋白的质粒共转染,通过Co-IP试验经Western-blot结果分析能够得出JEV的NS1与hnRNP K之间存在相互作用,JEV的NS2a、NS3、NS5与宿主hnRNP K之间不存在相互作用。【结论】JEV的NS1蛋白与宿主蛋白hnRNP K存在相互作用,为JEV非结构蛋白的研究进一步拓宽了思路,同时为JEV病毒在宿主细胞中的生命活动周期的研究提供了基础,为深入研究JEV病毒复制提供了新方向。 展开更多
关键词 乙型脑炎 非结构蛋白 hnRNP K 免疫共沉淀 蛋白互作
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睾丸酮丛毛单胞菌激素降解关键酶3,17β-HSD蛋白质相互作用研究
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作者 于璇 史翔予 +2 位作者 赵艳阳 高乐 张昊 《长春理工大学学报(自然科学版)》 2024年第2期84-91,共8页
为研究睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas Testosteroni,C.T.)ATCC11996降解甾体类激素过程中关键蛋白质的相互作用关系,本文利用基因同源重组及移码突变原理构建睾丸酮降解关键酶3,17β-HSD基因敲除突变株,在回收率95%条件下高效液相检测野... 为研究睾丸酮丛毛单胞菌(Comamonas Testosteroni,C.T.)ATCC11996降解甾体类激素过程中关键蛋白质的相互作用关系,本文利用基因同源重组及移码突变原理构建睾丸酮降解关键酶3,17β-HSD基因敲除突变株,在回收率95%条件下高效液相检测野生株与突变株睾丸酮降解率,突变株对睾丸酮降解能力明显低于野生株;原核表达3,17β-HSD获得浓度2.4 mg/mL纯化蛋白,制备特异性鼠源多克隆抗体,ELISA检测抗体效价1∶320000;将多克隆抗体与经睾丸酮诱导的野生型C.T.细胞裂解液蛋白质复合物进行免疫共沉淀,质谱测定蛋白质相互作用组,结果表明短链脱氢酶SDRy(WP_003078287.1)为睾丸酮降解过程中关键酶3,17β-HSD的主要相互作用蛋白。 展开更多
关键词 睾丸酮丛毛单胞菌 甾体类激素降解 3 17β-HSD 免疫共沉淀 蛋白质相互作用
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