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基于免培养法研究泸州地区浓香型白酒窖泥原核微生物群落结构 被引量：54
1
作者 叶光斌 罗惠波 +3 位作者 杨晓东 李丹宇 王毅 倪斌 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第17期176-181,共6页
通过构建细菌和古菌的16S rRNA基因克隆文库、测序及系统发育树分析,确定浓香型白酒成熟窖泥中细菌和古菌的群落组成。结果表明:窖泥中的细菌多样性丰富,多达34个OTUs。主要分布于14科以及2个科级分类地位未知的梭菌纲和拟杆菌纲类群内... 通过构建细菌和古菌的16S rRNA基因克隆文库、测序及系统发育树分析,确定浓香型白酒成熟窖泥中细菌和古菌的群落组成。结果表明:窖泥中的细菌多样性丰富,多达34个OTUs。主要分布于14科以及2个科级分类地位未知的梭菌纲和拟杆菌纲类群内,且大多属于严格厌氧细菌。其中梭菌纲为窖泥内细菌群落的绝对优势种群(克隆子数比例为68.2%),除此之外还存在一定比例的芽孢杆菌纲(21.6%)、拟杆菌门(8.0%)、柔膜菌门(1.1%)和Synergistetes门(1.1%)的分布。古菌的群落组成较为简单,仅4个OTUs,主要分布于甲烷囊菌属、甲烷八叠球菌属、甲烷杆菌属和Methanomassiliicoccus内,克隆子数的比例分别为58.8%、29.4%、5.9%和5.9%。 展开更多
关键词 浓香型白酒 窖泥 免培养法 细菌 古菌 16S RRNA基因 克隆文库
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大港孔店油田水驱油藏微生物群落的分子分析 被引量：37
2
作者 佘跃惠 张学礼 +2 位作者 张凡 王凌华 赵立平 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期329-334,共6页
通过多聚酶链式反应 温度梯度凝胶电泳(PCR TGGE)和构建16SrRNA基因克隆文库两种方法对比研究了大港油田孔二北断块注水井和采油井的微生物群落结构。16SrDNAV3区PCR扩增产物的TGGE图谱分析表明,这两个油井的微生物群落结构差异很大。... 通过多聚酶链式反应 温度梯度凝胶电泳(PCR TGGE)和构建16SrRNA基因克隆文库两种方法对比研究了大港油田孔二北断块注水井和采油井的微生物群落结构。16SrDNAV3区PCR扩增产物的TGGE图谱分析表明,这两个油井的微生物群落结构差异很大。注水井样品的TGGE图谱中有6条主要条带,而采油井样品中只有一个条带占绝对优势。同时,建立了两个样品的16SrRNA基因克隆文库,从中分别挑选了10 8和5 0个克隆进行限制性酶切片段长度多样性分析(ARDRA)。注水井样品有33个操作分类单元(OTU) ,其中6个OTU是优势类型;而采油井样品只有8个OTU ,有1个OTU在文库中占绝对优势。克隆文库和TGGE的研究结果一致,均表明注水井样品的微生物多样性比采油井丰富很多。每个OTU的代表克隆序列分析结果表明,注水井样品中的细菌主要属于α、β、γ变形菌纲和放线菌纲,尤其是红细菌亚纲( 4 7% )。采油井样品的细菌主要属于α、β、γ变形菌纲,尤其是假单胞菌属( 6 2 % )。 展开更多
关键词 油藏 16S RRNA基因 TGGE 克隆文库 微生物群落 多样性
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城市污水厂活性污泥强化自养反硝化菌研究 被引量：36
3
作者 常玉梅 杨琦 +2 位作者 郝春博 尚海涛 姜体胜 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第4期1210-1216,共7页
采集北京高碑店城市污水厂的反硝化污泥样品,以硫磺作为电子供体进行驯化培养.测定污泥的增长率来确定污泥活性,分别测定NO 3--N、SO42-浓度来确定硝酸盐的去除效率和硫酸盐生成速率.当硝酸盐去除率达到90%以上时,提取污泥中微生物总DNA... 采集北京高碑店城市污水厂的反硝化污泥样品,以硫磺作为电子供体进行驯化培养.测定污泥的增长率来确定污泥活性,分别测定NO 3--N、SO42-浓度来确定硝酸盐的去除效率和硫酸盐生成速率.当硝酸盐去除率达到90%以上时,提取污泥中微生物总DNA,构建16S rRNA基因片段克隆文库来分析细菌群落结构.结果表明,污泥的增长率为0.177 g/(L.d),污泥中硝酸盐浓度与时间的关系符合一级反应.污泥中细菌类群主要为Beta-Proteobacteria、Deta-Proteobacteria、Gamma-Proteobacteria和Unclassified bacteria,其中Beta-Proteobacteria类细菌占主导地位.在成熟的反硝化污泥中,自养反硝化菌Thiobacillusdenitrificans占所占比例高达48.65%.此外,反应器中还存在Denitratisoma sp.、Curvibacter sp.、Thermomonas sp.、Geobacter sp.等细菌.对自养反硝化污泥中细菌多样性的研究有利于优化反应条件,从而提高污泥的硝酸盐去除率. 展开更多
关键词 活性污泥 硝酸盐去除 自养反硝化细菌 克隆文库 系统发育分析
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不同短程硝化系统中微生物群落结构的对比分析 被引量：34
4
作者 侯爱月 李军 +4 位作者 卞伟 王盟 郑林雪 张彦灼 赵昕燕 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第2期428-436,共9页
为探讨有机碳源对短程硝化系统中微生物群落结构的影响,采用构建克隆文库的方法对模拟无机城市生活污水和模拟实际城市生活污水短程硝化系统中的微生物群落结构进行对比分析.实验结果表明,变形菌门(Proteobacteria)和未培养菌(unculture... 为探讨有机碳源对短程硝化系统中微生物群落结构的影响,采用构建克隆文库的方法对模拟无机城市生活污水和模拟实际城市生活污水短程硝化系统中的微生物群落结构进行对比分析.实验结果表明,变形菌门(Proteobacteria)和未培养菌(uncultured bacterium)是两系统中的优势菌群.两系统中的菌群结构存在差异,但优势菌群及其所占比例相似.两系统中的主要脱氮菌类群也相似,但由于有机碳源浓度的不同其菌属及比例有所差异.无机短程硝化系统中的脱氮菌群包括亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、硝化螺菌属(Nitrospira)和Denitratisoma,其中自养硝化菌的比例高于其在有机短程硝化系统中的比例,但仍低于异养菌在该系统中的比例.有机短程硝化系统中的脱氮菌群主要包括β-Proteobacteria中的一些反硝化细菌和亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas),其中亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)的含量很少. 展开更多
关键词 有机碳源 短程硝化 克隆文库 微生物群落结构
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利用16S rRNA分析传统四川发酵泡菜中的细菌多样性 被引量：29
5
作者 田伟 张琦 +5 位作者 邓珍珍 刘森 李明元 车振明 马力 向文良 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第17期215-218,共4页
为了解传统四川发酵泡菜中的细菌多样性,采用构建16S rRNA基因文库的方法,对样品进行研究。结果表明:通过16S rRNA基因序列分析,所得到129个克隆子均鉴定为乳酸菌,分布于Lactobacillus和Pediococcus两个属,所占比例分别为88.4%和10.1%。... 为了解传统四川发酵泡菜中的细菌多样性,采用构建16S rRNA基因文库的方法,对样品进行研究。结果表明:通过16S rRNA基因序列分析,所得到129个克隆子均鉴定为乳酸菌,分布于Lactobacillus和Pediococcus两个属,所占比例分别为88.4%和10.1%。L.pentosus、L.plantarum和P.damnosus是其中的优势菌种分别占50.4%、16.3%和10.1%,L.paralimentarius、L.sunkii、L.brevis、L.kisonensis、L.acetotolerans、L.namurensis分别占7.8%、4.7%、3.1%、1.6%、0.8%和0.8%,且P.damnosus、L.paralimentarius、L.sunkii、L.kisonensis和L.acetotolerans均在泡菜中发现。这些结果揭示四川泡菜中的微生物多样性,反映其中的微生物群落结构,展现很多未知的生物信息。 展开更多
关键词 四川泡菜 细菌多样性 16S RRNA基因 克隆文库 系统发育分析
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不同窖龄窖泥细菌的系统发育多样性分析 被引量：29
6
作者 王明跃 张文学 +1 位作者 王海英 刘超兰 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第11期177-181,共5页
提取20、50、150a窖龄窖泥样品总DNA,构建窖泥细菌16S rDNA文库,经过16S rDNA扩增片段的限制性酶切分析(ARDRA)、DNA序列测定和系统发育关系分析,对不同窖龄窖泥细菌群落组成与多样性进行研究。结果表明:398个细菌阳性克隆子分成37个可... 提取20、50、150a窖龄窖泥样品总DNA,构建窖泥细菌16S rDNA文库,经过16S rDNA扩增片段的限制性酶切分析(ARDRA)、DNA序列测定和系统发育关系分析,对不同窖龄窖泥细菌群落组成与多样性进行研究。结果表明:398个细菌阳性克隆子分成37个可操作分类单元(OTUs),系统发育分析归为6个门,优势顺序为:厚壁菌门(Firmicute)65.1%、拟杆菌门(Bacteroidetes)21.4%、绿弯菌门(Chloroflexi)4.8%、放线菌门(Actinobacteria)3.8%、未分类细菌(Unclassified Bacteria)3.9%和变形菌门(Proteobacteria)1.0%,窖泥中的大多数克隆子(73.9%)与未培养细菌亲缘关系近。20a窖泥优势菌是Syntrophomonas、Petrimonas、Proteiniphilum,50a和150a龄窖泥优势菌为Natronoanaerobium和Unclassified Clostrida。随着窖龄的增加,窖泥细菌多样性指数呈增加的趋势,从20～50a之间变化幅度较大,50a和150a窖泥的菌群结构最为相似。本研究初步揭示了不同窖龄窖泥细菌系统发育多样性与窖泥老熟老化的关系。 展开更多
关键词 窖泥 16S RDNA序列 克隆文库 系统发育 多样性
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新型生态浮岛在改善水质中的作用及生物膜载体微生物特征研究 被引量：28
7
作者 马强 高明瑜 +2 位作者 谭伟 谢慧君 王文兴 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第6期1596-1601,共6页
设计了一种新型生态浮岛(IEFI),并对浮岛生物膜载体上的微生物进行了研究.结果表明,生物膜载体上的微生物对改善水质起到重要的作用,新型生态浮岛对COD、TN、TP的去除效果明显高于普通浮岛(CFI)(p<0.05).COD、TN、TP的最高去除率分... 设计了一种新型生态浮岛(IEFI),并对浮岛生物膜载体上的微生物进行了研究.结果表明,生物膜载体上的微生物对改善水质起到重要的作用,新型生态浮岛对COD、TN、TP的去除效果明显高于普通浮岛(CFI)(p<0.05).COD、TN、TP的最高去除率分别出现在9月、5月和11月.构建了生物膜载体上微生物的克隆文库,结果表明,该生物膜中的微生物群落结构与其他种类生物膜不太相同,其中变形菌门占细菌比例超过了67%,其次是拟杆菌门.在变形菌门中,Beta-变形菌最多,其次是Alpha-变形菌和Delta-变形菌.在Alpha-变形菌中,超过60%为红杆菌属.Beta-变形菌中绝大多数为伯克氏菌门,黄杆菌门占拟杆菌门中的75%.酸杆菌,Delta-变形菌和放线菌的作用尚不清楚,需要进一步研究.硅藻类同样在该生物膜载体上被监测到. 展开更多
关键词 生态浮岛 生物膜载体 微生物群落 克隆文库 16SrRNA
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沉水植物生态修复对西湖细菌多样性及群落结构的影响 被引量：28
8
作者 李琳琳 汤祥明 +4 位作者 高光 邵克强 龚志军 陈丹 张云华 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第2期188-198,共11页
沉水植物的重建是湖泊富营养化修复的关键措施之一.本研究利用在杭州西湖进行的沉水植物生态修复工程,应用基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)及分子克隆等手段,研究种植菹草和苦草对水体中细菌多样性及群落结构的影响.未... 沉水植物的重建是湖泊富营养化修复的关键措施之一.本研究利用在杭州西湖进行的沉水植物生态修复工程,应用基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)及分子克隆等手段,研究种植菹草和苦草对水体中细菌多样性及群落结构的影响.未进行沉水植物生态修复的湖区细菌以Bacteroidetes(42.9%)、Betaproteobacteria(30.8%)和Verru-comicrobia(14.3%)为主.而种植菹草和苦草后,Bacteroidetes所占的比例分别减少到12.7%和5.3%;Betaproteobacteria则分别提高到52.4%和59.5%;Alphaproteobacteria由4.4%分别提高到19.0%和12.8%.种植菹草后Verrucomicrobia所占比例大幅降低,而种植苦草对Verrucomicrobia的影响不大.沉水植物修复不仅可以改善水质,同时也可以显著提高水体中细菌的多样性,改变细菌的群落结构. 展开更多
关键词 沉水植物 生态修复 细菌多样性 变性梯度凝胶电泳 克隆文库 西湖
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烤烟轮作与连作土壤细菌群落多样性比较 被引量：23
9
作者 段玉琪 晋艳 +3 位作者 陈泽斌 夏振远 杨宇虹 徐照丽 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期53-59,共7页
为了解烤烟轮作和连作对土壤细菌群落多样性的影响,分别提取轮作和连作土壤总DNA,用细菌16S rDNA特异引物扩增出细菌16S rDNA,建立克隆文库。用限制性内切酶Hae III和Afa I进行PCR-RFLP分析,分别得到177和147个酶切类型,采用多样性指数... 为了解烤烟轮作和连作对土壤细菌群落多样性的影响,分别提取轮作和连作土壤总DNA,用细菌16S rDNA特异引物扩增出细菌16S rDNA,建立克隆文库。用限制性内切酶Hae III和Afa I进行PCR-RFLP分析,分别得到177和147个酶切类型,采用多样性指数对试验结果进行分析统计表明,香农多样性指数和丰富度指数均表现为轮作大于连作。通过构建两克隆文库的系统发育树,并分析主要种群的组成表明:连作文库的优势种群主要集中在酸杆菌门,轮作文库的优势种群主要分布在酸杆菌门、γ-变形菌门、α-变形菌门。说明轮作方式可提高植烟土壤细菌群落的多样性,而连作使植烟土壤细菌群落结构趋于简单,从而导致微生物群落功能失调,可能是引发连作障碍的原因之一。 展开更多
关键词 连作 轮作 克隆文库 RFLP分析
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不同窖龄窖泥古菌的系统发育多样性分析 被引量：22
10
作者 王明跃 张文学 +1 位作者 王海英 刘超兰 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1043-1048,共6页
为探索不同窖龄窖泥古菌类群与演替规律，分别提取20、50和150年窖龄窖泥样品总DNA，应用PCR—ARDRA和16SrDNA克隆测序技术对不同窖龄窖泥古菌群落结构进行研究．结果表明：191个克隆子分成22个可操作分类单元（OTUs），系统发育分析归... 为探索不同窖龄窖泥古菌类群与演替规律，分别提取20、50和150年窖龄窖泥样品总DNA，应用PCR—ARDRA和16SrDNA克隆测序技术对不同窖龄窖泥古菌群落结构进行研究．结果表明：191个克隆子分成22个可操作分类单元（OTUs），系统发育分析归为6个类群，分别属于甲烷八叠球菌属（Methanosarcina）、甲烷杆菌属（Methanobacterium）、甲烷袋状菌属（Methanoculleus）、甲烷粒菌属（Methanocorpuseulum）、甲烷鬃菌属（Methanosaeta）和甲烷螺菌属（Methanospirillum）．不同窖龄窖泥的优势古菌类群有明显差异，20年窖泥优势古茵类群以乙酸利用型Methanosarcina、Methanosaeta为主，50年、150年龄窖泥优势古菌类群以氢气营养型Methanocorpusculum、Methanobacterium为主；随着窖龄的增加，窖泥古菌Shannon．Wiener多样性指数（日）和Berger-Parker优势度指数（D）呈增加的趋势，Pielou均匀度指数（，）呈降低趋势；不同窖龄窖池古菌的相似性系数为0．429～0．677，50年和150年窖泥的菌群结构最为相似．本研究揭示了不同窖龄窖泥古菌系统发育多样性的差异与窖泥老熟的关系． 展开更多
关键词 窖泥 古菌类群 16S RDNA序列 克隆文库 系统发育 多样性
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玉米青贮中细菌多样性分析 被引量：22
11
作者 杨文琦 龙宣杞 崔卫东 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1424-1433,共10页
【目的】揭示玉米青贮过程中细菌的多样性,为玉米青贮菌剂的优化和有害菌的抑制提供理论参考。【方法】构建细菌16S rDNA克隆文库,ARDRA(核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析)等方法。【结果】采用ARDRA方法将289个阳性克隆子归类为35个O... 【目的】揭示玉米青贮过程中细菌的多样性,为玉米青贮菌剂的优化和有害菌的抑制提供理论参考。【方法】构建细菌16S rDNA克隆文库,ARDRA(核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析)等方法。【结果】采用ARDRA方法将289个阳性克隆子归类为35个OTU,克隆文库覆盖率达到98.62%,其中细菌有11个属,包括明串珠菌属(肠膜明串珠菌Leuconostoc mesenteroides ATCC 8293、假肠膜明串珠菌Leuconostoc pseudomesenteroides R-31687)、魏斯氏菌属(Weissella sp.MVP03)、片球菌属(Pediococcus pentosaceus MY-800)、乳杆菌属(Lactobacillus plantarum IMAU70023)、乳球菌属(Lactococcus lactis HDDMM12、Lactococcus lactis KLDS、Lactococcus lactis SL3、Lactococcus lactis subsp.lactis MR17)、拉恩氏菌属(Rahnella sp.N2-2)、埃希氏菌属(Escherichia coli strain NBRI1707)、克雷伯氏菌属(Klebsiella pneumoniae strain K30)、葡萄球菌属(Staphylococcus kloosii strain Iv8)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas maltophilia IdR)、芽孢杆菌属(Bacillus licheniformis)。其中明串珠菌属所占比例最高26.6%,其次是乳球菌属23.5%,再者是克雷伯氏菌属22.5%,乳杆菌属8.6%,片球菌属4.2%,拉恩氏菌属2.4%,葡萄球菌属2.0%,芽孢杆菌属2%,魏斯氏菌属1.7%,寡养单胞菌属1.7%,埃希氏菌属0.3%,除此之外还有4.1%的不可培养细菌。【结论】建立的青贮玉米细菌文库中70%的转化子属于乳酸菌类,但在文库中同时也有一定比例的致病或有害菌,因此开展发酵助剂或者有害菌抑制剂的研究及应用研究尤为重要。 展开更多
关键词 玉米青贮 细菌多样性 克隆文库 ARDRA
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东北虎粪细菌区系的16S rRNA基因序列分析 被引量：15
12
作者 图雅 朱伟云 陆承平 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期671-674,共4页
为研究东北虎粪微生物区系建立了东北虎粪细菌的16S rDNA文库.通过EcoRⅠ和HindⅢ分别对阳性克隆进行酶切分析,从东北虎的16S rDNA文库中分别获得了15个具有酶切差异的克隆.BLAST分析结果显示,在15个克隆中,10个克隆与梭菌属成员有97%... 为研究东北虎粪微生物区系建立了东北虎粪细菌的16S rDNA文库.通过EcoRⅠ和HindⅢ分别对阳性克隆进行酶切分析,从东北虎的16S rDNA文库中分别获得了15个具有酶切差异的克隆.BLAST分析结果显示,在15个克隆中,10个克隆与梭菌属成员有97%以上的同源性,其中有6个序列与诺维梭菌A型(Clostridium novyi type A)有99%的同源性,为诺维梭菌A型;4个序列与猪粪细菌RT-18B(Swine manure bacterium RT-18B)有97%的同源性,为消化链球菌属(Peptostreptococcus)成员.其它序列与GenBank中登录的序列同源性低于97%,为5种未培养细菌,其中4种16S rRNA基因序列分别与Clostridium pascui 、破伤风梭菌E88(Clostridium tetani E88)、梭菌(Clostridium sp.)14505及产气荚膜梭菌(Clostridiumperfringens)有94%～95%的相似性.第5种与肉杆菌(Carnobacterium sp.)R-7279株有94%的同源性. 展开更多
关键词 虎粪微生物区系 16S rDNA基因序列 克隆文库 系统进化树
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冻融循环对青藏高原腹地不同生态系统土壤细菌群落结构的影响 被引量：21
13
作者 张宝贵 张威 +7 位作者 刘光琇 陈拓 王鹭 章高森 伍修锟 台喜生 龙昊知 毛文梁 《冰川冻土》 CSCD 北大核心 2012年第6期1499-1507,共9页
通过构建16SrRNA基因克隆文库,研究了冻融循环对青藏高原腹地北麓河的高寒沼泽草甸和高寒沙化草原两种不同生态系统土壤细菌群落结构的影响.结果表明:α-、β-、γ-和δ-变形菌门(α-、β-、γ-和δ-Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobac... 通过构建16SrRNA基因克隆文库,研究了冻融循环对青藏高原腹地北麓河的高寒沼泽草甸和高寒沙化草原两种不同生态系统土壤细菌群落结构的影响.结果表明:α-、β-、γ-和δ-变形菌门(α-、β-、γ-和δ-Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacte-roidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes)为两个生态系统土壤共有的细菌类群,其中,变形菌门、酸杆菌门及浮霉菌门细菌为研究区域优势菌,而厚壁菌门(Firmicutes)为高寒沼泽草甸土壤所特有,疣微菌门(Verrucomicrobia)和绿弯菌门(Chloroflexi)细菌是高寒沙化草原土壤特有的细菌类群,表明青藏高原腹地两种生态系统土壤具有丰富的细菌多样性.冻融循环会降低区域土壤的细菌多样性,随冻融循环,高寒沼泽草甸和高寒沙化草原生态系统土壤放线菌门丰度均呈现下降趋势,但大部分细菌随冻融循环的变化在两种生态类型中呈现不同的变化规律,结果说明冻融循环对于不同生态系统土壤细菌群落结构的影响既存在相似性,也存在着较大的差异. 展开更多
关键词 青藏高原 高寒沼泽草甸 高寒沙化草原 冻融循环 克隆文库
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典型对虾养殖水体中参与硝化与反硝化过程的微生物群落结构 被引量：20
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作者 李敬源 林炜铁 +1 位作者 罗剑飞 田国梁 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期478-488,共11页
【目的】本研究旨在分析典型虾塘养殖水体中参与氮循环关键过程的菌群多样性,为指导实际对虾养殖水体中NH 4+和NO 2-的微生物降解、水体氮素污染控制以及虾塘养殖氮素循环的有效管理提供科学依据。【方法】使用聚合酶链式反应及变性梯... 【目的】本研究旨在分析典型虾塘养殖水体中参与氮循环关键过程的菌群多样性,为指导实际对虾养殖水体中NH 4+和NO 2-的微生物降解、水体氮素污染控制以及虾塘养殖氮素循环的有效管理提供科学依据。【方法】使用聚合酶链式反应及变性梯度凝胶电泳技术(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient GelElectrophoresis,PCR-DGGE)从8个不同地点的虾塘水样中确定代表性水样,以此为典型水样进行研究,构建了氨单加氧酶基因(amoA)、亚硝酸盐氧化还原酶基因(nxrA)、亚硝酸盐还原酶基因(nirS)的克隆文库。利用限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)技术将克隆文库进行酶切分析。【结果】通过序列多态性分析,表明amoA基因克隆文库中所有序列都属于变形杆菌门β亚纲(β-Proteobacteria),分别为亚硝化单细胞菌属(Nitrosomonas)(81%)和亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira)(19%)2个属。nxrA基因克隆文库检测到α-Proteobacteria和δ-Proteobacteria两个亚纲,其中硝化杆菌属(Nitrobacter)是优势菌群,占整个文库的92%,仅有一个类群属于δ亚纲的脱硫杆菌科(Desulfobacteraceae)(8%)。nirS基因文库群落结构相对于amoA和nxrA基因文库较复杂,分别为α-Proteobacteria、β-Proteobacteria亚纲和Actinobacteria,序列分析表明,25%的类群为固氮弧菌属(Azoarcus),25%的类群为(Polymorphum),20%的类群为需氧去氮菌属(Thauera),10%的类群为(Sophophora),10%的的类群为链霉菌属(Streptomyces),5%的类群为(Brachymonas),5%的类群为(Ruegeria)。【结论】典型虾塘养殖水环境中氮素循环关键过程的菌群多样性丰富,其中亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)和硝化杆菌属(Nitrobacter)分别是此环境中主要的氨氧化作用推动者和亚硝酸盐氧化作用推动者,而在反硝化重要环节中,固氮弧菌属等多种菌群都起着推动作用。 展开更多
关键词 PCR-DGGE 氨单加氧酶基因(amoA) 亚硝酸盐氧化还原酶基因(nxrA) 亚硝酸盐还原酶基因 (nirS) 克隆文库 系统发育树
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末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)在微生物群体分析上的应用与技术优化 被引量：16
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作者 李献梅 王小芬 崔宗均 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期1-9,共9页
末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)是以荧光标记引物PCR为基础,根据末端限制性片段长度区分出微生物群体组成的一种微生物群体图谱法。本文综述了该方法在群体微生物分析上的应用及DNA提取、PCR扩增、酶切和数据分析等步骤的技巧与... 末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)是以荧光标记引物PCR为基础,根据末端限制性片段长度区分出微生物群体组成的一种微生物群体图谱法。本文综述了该方法在群体微生物分析上的应用及DNA提取、PCR扩增、酶切和数据分析等步骤的技巧与优化,总结了科学应用该技术的要求以及和多重PCR、gyrB基因等相结合的观点。 展开更多
关键词 T-RFLP 微生物群体 图谱分析 PCR 克隆
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健康香蕉(Musa paradisiaca)植株与枯萎病患病植株根区土壤细菌多样性的比较研究 被引量：18
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作者 邓晓 李勤奋 +2 位作者 武春媛 李怡 刘景坤 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期402-408,共7页
香蕉枯萎病(Fusarium oysporum f.cubense)是当前严重威胁香蕉产业的重要土传病害,目前尚未找到有效的防治措施。本研究利用3个典型香蕉枯萎病患病样地的健康植株根区土壤(WB土)和患病植株根区土壤(FB土)分别直接提取土壤总DNA构建16S r... 香蕉枯萎病(Fusarium oysporum f.cubense)是当前严重威胁香蕉产业的重要土传病害,目前尚未找到有效的防治措施。本研究利用3个典型香蕉枯萎病患病样地的健康植株根区土壤(WB土)和患病植株根区土壤(FB土)分别直接提取土壤总DNA构建16S r RNA基因克隆文库,分析土壤细菌遗传基因多样性。旨在阐明香蕉枯萎病发病对植株根区土壤细菌多样性的影响,从微生物生态学的角度解释香蕉枯萎病的发生原因并为其防控提供理论依据。结果如下,(1)患病植株根区土壤细菌的基因型数(OTUs)比健康植株减少了18个,香农指数(H')比健康植株降低了0.66,物种多样性指数(Schao1)比健康植株减少了26。(2)WB文库63个OTUs分属于9个细菌类群和4个尚未确定分类地位基因型,FB文库45个OTUs分属于8个细菌类群和2个尚未确定分类地位的基因型。其中厚壁菌(Firmicutes)、变形菌(Proteobacteria)、放线菌(Actinobacteria)、酸杆菌(Acidobacteria)、芽单胞菌(Gemmatimonadetes)和浮霉菌(Planctomycetes)6个门为健康和患病香蕉植株根区土壤中共有的细菌类群。此外,蓝细菌和Bacteria intertae sedis仅存在于WB土中,而硝化螺旋菌仅存在于FB土中。(3)香蕉枯萎病发病对厚壁菌数量分布的影响极大,FB土比WB土总体增加了11%。其中对芽孢杆菌(Bacillus)数量分布的影响极大,FB土中芽孢杆菌数量比WB土增加了15%。上述结果表明,香蕉植株根区土壤细菌遗传基因多样性降低及其群落结构改变是香蕉枯萎病患病的重要特征,其中芽孢杆菌(Bacillus)数量增加是香蕉枯萎病患病的最主要特征。 展开更多
关键词 香蕉枯萎病 土壤 细菌多样性 16S RRNA基因 克隆文库
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不同原料四川发酵泡菜的细菌多样性分析 被引量：18
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作者 裴乐乐 罗青春 +3 位作者 孟霞 梁会朋 陈功 张文学 《中国调味品》 CAS 北大核心 2016年第2期39-43,共5页
四川泡菜是一种风味独特的发酵蔬菜制品,为了解其细菌多样性,采用构建16SrRNA基因文库及ARDRA分型分析,对榨菜、萝卜、豇豆和青菜4种不同原料泡菜样品进行研究。结果表明:所得到的657个阳性克隆子分布于28个属,榨菜、萝卜、豇豆和青菜... 四川泡菜是一种风味独特的发酵蔬菜制品,为了解其细菌多样性,采用构建16SrRNA基因文库及ARDRA分型分析,对榨菜、萝卜、豇豆和青菜4种不同原料泡菜样品进行研究。结果表明:所得到的657个阳性克隆子分布于28个属,榨菜、萝卜、豇豆和青菜的主要优势菌分别为Lactobacillus和Halomonas;Lactobacillus,Halanaerobium和Halomonas;Unclassified Rhodobacteracea,Lactobacillus,Halomonas,Chromohalobacter和Halanaerobium;Unclassified Rhodobacteraceae,Halomonas,Marinobacter和Salegentibacter。研究结果揭示了四川泡菜的细菌多样性,反映了不同原料四川泡菜的微生物群落结构及其差异性,为进一步探究泡菜风味成分的形成机制以及工业化生产提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 泡菜 细菌 克隆文库 ARDRA
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石油污染地下水中细菌多样性研究 被引量：17
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作者 郝春博 王广才 +2 位作者 董健楠 张倩 蔡五田 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第8期2464-2472,共9页
采集了某废弃炼油厂的石油污染地下水样品,提取水中微生物总DNA,构建细菌16S rDNA克隆文库,并通过16S rDNA序列的系统发育分析,对样品中的细菌种群多样性以及群落结构进行了研究.结果表明,文库中阳性克隆的16S rDNA序列分属10个细菌类群... 采集了某废弃炼油厂的石油污染地下水样品,提取水中微生物总DNA,构建细菌16S rDNA克隆文库,并通过16S rDNA序列的系统发育分析,对样品中的细菌种群多样性以及群落结构进行了研究.结果表明,文库中阳性克隆的16S rDNA序列分属10个细菌类群,分别为γ-Proteobacteria(49.1%)、α-Proteobacteria(12.9%)、β-Proteobacteria(11.1%)、Bacteroidetes(9.2%)、Verrucomicrobia(6.7%)、Acidobacteria(2.5%)、δ-Proteobacteria(1.2%)、Actinobacteria(1.2%)、Planctomycetes(0.6%)、Unidentifiedbacteria(5.5%).在这一生态系统中,γ-Proteobacteria类细菌占据主导地位,接近50%,尤其是假单胞菌属(Pseudomonas)微生物在文库中的比例达35.6%.该石油污染地下水样品中细菌与许多其它已知的降解菌亲缘关系较近,如鞘胺醇单胞菌(Sphingomonas)、红球菌(Rhodococcus)和短波单胞菌(Brevundimonas)等.此外,文库中克隆的16S rDNA序列与许多类似的污染场地中发现的环境克隆相似性很高,如氯代烃污染的土壤及地下水、多环芳烃污染的土壤及地下水、多氯联苯污染的土壤、抗生素生产废水及活性污泥等,证明该石油污染地下水中有大量降解菌群的存在. 展开更多
关键词 石油污染 地下水 16S RDNA 克隆文库 细菌多样性
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胜利油藏不同时间细菌群落结构的比较 被引量：17
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作者 任红燕 宋志勇 +3 位作者 李霏霁 汪卫东 张晓君 赵立平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期561-568,共8页
利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和构建16S rRNA基因克隆文库2种方法,对孤岛油田两口井(注水井G和采油井L)在相距9个月的2个时间点(A和B)所采集样品的细菌群落结构进行了比较。DGGE图谱聚类分析表明注水井在2个时间点的... 利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和构建16S rRNA基因克隆文库2种方法,对孤岛油田两口井(注水井G和采油井L)在相距9个月的2个时间点(A和B)所采集样品的细菌群落结构进行了比较。DGGE图谱聚类分析表明注水井在2个时间点的微生物群落结构相似性为48.1%,而采油井的相似性只有28.7%。16S rRNA基因克隆文库结果表明,A时间点样品G中的优势菌群为Betaproteobacteria、Gammaproteobacteria,还有Deferribacteres、Firmicutes、Bacteroidetes等;而样品L中,Gammaproteobacteria中的Moraxellaceae含量达到97%。B时间点G中除了优势菌Betaproteobacteria之外,Deferribacteres的数量显著增加,成为优势菌;而L在B时间点优势菌除Gammaproteobacteria外,还有Betaproteobacteria和Firmicutes。采油井中的微生物群落结构随时间发生了显著改变,而注水井变化不显著。这一结果部分揭示了微生物采油过程中地层微生物群落的变化规律,有助于进一步阐明微生物驱油的机理。 展开更多
关键词 油藏 16SRRNA基因 细菌多样性 DGGE 克隆文库
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太原北齐徐显秀墓壁画真菌群落组成与菌害成因 被引量：17
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作者 武发思 武光文 +7 位作者 刘岩 田恬 张国彬 贺东鹏 徐瑞红 赵林毅 冯虎元 汪万福 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期479-487,共9页
【目的】确定壁画病害真菌群落组成,解析影响病菌发生的关键环境因子,为墓室壁画的科学保护提供依据。【方法】利用无菌解剖刀分别采集白色霉变与无明显霉变壁画样品;使用扫描电子显微镜(SEM)分析病害真菌微观形态特征;通过提取样品基... 【目的】确定壁画病害真菌群落组成,解析影响病菌发生的关键环境因子,为墓室壁画的科学保护提供依据。【方法】利用无菌解剖刀分别采集白色霉变与无明显霉变壁画样品;使用扫描电子显微镜(SEM)分析病害真菌微观形态特征;通过提取样品基因组总DNA、扩增真菌ITS区、构建克隆文库、测序和系统发生关系分析等技术研究壁画真菌群落组成与结构特点;结合温度与相对湿度监测,分析诱发壁画霉变的环境成因。【结果】霉变壁画表面有大量菌丝体,分生孢子大小为(1.5-2.0)μm×(1.0-1.5)μm。霉变壁画克隆文库序列分别与NCBI数据库中白色侧齿霉属(Engyodontium)和支顶孢属(Acremonium)真菌具有较高的相似度,白色侧齿霉菌(Engyodontium album)为优势病害菌(98.1%);无明显霉变壁画克隆文库序列分别与青霉属(Penicillium)、曲霉属(Aspergillus)、链格孢属(Alternaria)、假丝酵母属(Candida)、毛壳菌属(Chaetomium)和白色侧齿霉属真菌高度相似,无绒毛青霉菌(Penicillium laeve)为优势菌(77.4%);所有文库序列均属于子囊菌门(Ascomycota)。监测期墓道下部环境温度在-0.3-17.6°C之间波动,相对湿度长期在80%-100%之间变化。【结论】霉变与无明显霉变壁画中真菌群落组成差异较大;白色侧齿霉菌是引起墓道壁画霉变的主要病害菌;墓道下部相对湿度常年较高是诱发壁画霉变的关键环境因子;有必要开展壁画菌害区域的抢救性防护,并实施一定的环境控制措施以保护该考古遗址古代壁画。 展开更多
关键词 墓室壁画 霉变 克隆文库 群落结构 环境监测
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