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精神分裂症患者外周血中差异表达circRNA、miRNA、mRNA筛选及核心竞争性内源RNA网络构建
1
作者 王艺梦 邰旭光 +3 位作者 李小龙 刘鹏 王越 祁冬冬 《山东医药》 CAS 2024年第33期30-34,共5页
目的筛选精神分裂症患者外周血中差异表达的circRNA、miRNA、mRNA,并构建核心竞争性内源RNA(ceRNA)网络,解析精神分裂症发生发展的分子机制。方法精神分裂症患者6例记为精神分裂症组,同期体检健康的人群4例记为健康对照组。采集两组研... 目的筛选精神分裂症患者外周血中差异表达的circRNA、miRNA、mRNA,并构建核心竞争性内源RNA(ceRNA)网络,解析精神分裂症发生发展的分子机制。方法精神分裂症患者6例记为精神分裂症组,同期体检健康的人群4例记为健康对照组。采集两组研究对象的外周血,提取总RNA后构建cDNA文库并进行高通量测序,采用R软件筛选精神分裂症患者外周血中差异表达circRNA、miRNA、mRNA。采用miRanda和qTar数据库共同预测与差异表达miRNA相互作用的circRNA和mRNA,与差异表达的circRNA、mRNA取交集后,采用R软件构建差异表达的ceRNA网络。基于DAVID数据库对精神分裂症患者差异表达ceRNA网络中差异mRNA进行GO和KEGG富集分析。采用string数据库构建精神分裂症患者差异表达ceRNA网络中差异mRNA之间的PPI网络,选用cytoscape软件中cytoHubba插件筛选影响精神分裂症发生发展的核心mRNA,选择与核心mRNA存在相互作用关系的miRNA和circRNA构建精神分裂症患者外周血中差异表达的核心ceRNA网络。结果相比健康对照组,精神分裂症组患者外周血中差异表达circRNA、miRNA、mRNA分别为31、213、2624个。构建了由差异表达的5个circRNA、4个miRNA和57个mRNA组成的ceRNA网络。精神分裂症患者差异表达ceRNA网络中mRNA主要参与化学刺激的感官知觉、多细胞生物生长的负调控等生物过程,涉及泛素-泛素连接酶活性、鸟苷酸结合、酶结合等分子功能,以及细胞质、肌动蛋白细胞骨架、轴突末端等细胞成分,ceRNA网络中mRNA显著富集于NF-κB信号通路、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、泛素介导的蛋白水解等代谢通路。构建的精神分裂症患者差异表达ceRNA网络中mRNA PPI网络共包含23个节点和22条边,筛选获得影响精神分裂症发生发展的2个核心mRNA为BRCA1、GNAS。构建的精神分裂症患者外周血中差异表达的核心ceRNA网络包含5个节点和4条边。5个节点中包� 展开更多
关键词 精神分裂症 circrna-mirna-mrna网络 竞争性内源RNA网络 环状RNA 微小RNA 信使RNA
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冠心病外周血中环状RNA表达谱及分子网络分析 被引量：4
2
作者 李嘉江慧 李永强 +2 位作者 杨德光 王思思 闫宇翔 《中国心血管病研究》 CAS 2018年第11期985-989,共5页
目的采用circRNA微阵列芯片筛选冠心病患者和健康对照外周血中差异表达的circRNA,分析表达谱特征,为冠心病发生机制提供新思路并寻找血液标志物。方法选取6例冠心病患者和6名与之年龄、性别配对的健康对照者,检测circRNA并进行比较分析... 目的采用circRNA微阵列芯片筛选冠心病患者和健康对照外周血中差异表达的circRNA,分析表达谱特征,为冠心病发生机制提供新思路并寻找血液标志物。方法选取6例冠心病患者和6名与之年龄、性别配对的健康对照者,检测circRNA并进行比较分析,火山图显示差异circRNAs的情况。运用miRanda软件预测对应结合的miRNAs;根据文献报道的参与冠心病发病机制的miRNAs对结果进一步筛选,再利用两组之间FC>2,P<0.05,找出显著差异表达的circRNAs;对差异表达基因进行GO功能注释及KEGGpathway分析,利用cytoscape软件对结合冠心病相关miRNA最多的10个circRNA进行分析,建立circRNA-miRNA-mRNA分子调控网络。结果与对照组相比,病例组外周血中表达显著差异的circRNA有793个;其中上调599个,下调194个。GO分析结果显示主要涉及细胞外基质,内皮细胞分化等方面,KEGG涉及Wnt,P13K-Akt信号通路。网络图共纳入10个circRNAs,17个相关microRNAs以及24个mRNAs形象展现它们之间的相互作用。结论circRNA可能作为miRNA分子海绵调控下游基因参与冠心病发病过程并作为潜在的血液生物标志物。 展开更多
关键词 环状RNA 冠状动脉疾病 血液标志物 circrna-mirna-mrna网络
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黔北黑猪骨骼肌中肌纤维类型转化相关circRNAs的筛选
3
作者 赵园园 孟金柱 +2 位作者 宋兴超 安清明 吴震洋 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期71-77,共7页
选取9头6月龄健康黔北黑猪,随机分成3组,采集背最长肌(LDM)和腰大肌(PMM)肌肉组织,通过RNA-seq构建环状RNA(circRNAs)的表达谱,筛选差异表达的circRNAs,在黔北黑猪2种肌肉中共鉴定出63个差异表达circRNAs,其中31个在LDM中表达上调,32个... 选取9头6月龄健康黔北黑猪,随机分成3组,采集背最长肌(LDM)和腰大肌(PMM)肌肉组织,通过RNA-seq构建环状RNA(circRNAs)的表达谱,筛选差异表达的circRNAs,在黔北黑猪2种肌肉中共鉴定出63个差异表达circRNAs,其中31个在LDM中表达上调,32个表达下调;对差异表达circRNAs的源基因进行GO、KEGG富集分析,结果表明,差异表达的circRNAs的源基因主要富集在磷酸酶活性的调控、肌节组织活动、肌球蛋白-轻链-磷酸酶活性的正调控等条目;富集的KEGG通路中与肌纤维类型转化相关的通路包括肌动蛋白细胞骨架的调控、ECM-受体互作、PI3K-Akt信号通路。预测差异表达circRNA的靶miRNAs,并筛选对应的靶mRNAs,构建的circRNA-miRNA-mRNA调控网络显示,circ_0003749-miR-27a-MSTN、circ_0003749-miR-27a-PPARγ、circ_0012316-miR-23a-Myh1/2/4、circ_0007093-miR-214-3p-MEF2C、circ_0010118-miR-132-FoxO1和circ_0010118-miR-374a-5p-FoxO1可能通过ceRNA网络调控肌纤维类型的转化。 展开更多
关键词 黔北黑猪 骨骼肌 肌纤维类型转化 circrna-mirna-mrna网络
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先天性心脏病新生儿血浆circRNAs芯片数据的生物信息学分析 被引量：1
4
作者 潘秋亚 赵静 +7 位作者 崔玥 张雯婷 恽琪 郑爱斌 姚圣连 张伟 陈云 顾猛 《检验医学与临床》 CAS 2022年第15期2063-2067,共5页
目的利用高通量检测技术探讨新生儿先天性心脏病(CHD)的发病机制。方法将CHD新生儿血清与正常健康新生儿血清各3份进行配对分析,用微阵列探针进行环状RNA(circRNAs)检测。结果共检测到1711个circRNAs,其中差异表达的circRNAs 375个,在CH... 目的利用高通量检测技术探讨新生儿先天性心脏病(CHD)的发病机制。方法将CHD新生儿血清与正常健康新生儿血清各3份进行配对分析,用微阵列探针进行环状RNA(circRNAs)检测。结果共检测到1711个circRNAs,其中差异表达的circRNAs 375个,在CHD新生儿血清中表达上调的circRNAs 115个,下调的circRNAs 260个(FDR>2,P<0.05)。通过美国Arraystar公司的微小RNA(miRNA)结合位点预测软件,该研究对每个差异表达的circRNA预测5个高匹配值的miRNA结合位点,375个差异表达的circRNAs预测结合了1546个miRNAs对14个miRNAs的靶基因进行信号通路分析,其中富集总分位于前3位的通路局灶性黏连、肌动蛋白细胞骨架调节、血管平滑肌收缩均与CHD的病理相关。通过hsa_circ_091419/miR-145/mRNA的网络图构建,该研究预测CHD相关的靶基因其34个,包括hsa-miR-145-3p的靶基因ITGB8。结论CHD的发病机制可能与circRNA和miRNA的上调或下调及circRNA-miRNA的共表达密切相关,具体涉及多种途径和多种细胞分子生物学过程的调控。 展开更多
关键词 circrnas 先天性心脏病 GO分析 信号通路 circrna/mirna/mrna网络
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脑神经胶质瘤替莫唑胺耐药circRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建 被引量：6
5
作者 朱琳 《安徽医药》 CAS 2021年第7期1414-1418,共5页
目的筛选脑神经胶质瘤替莫唑胺耐药细胞株U87/TR与亲本细胞株U87的环状RNA(circRNA)差异表达谱以及构建关键环状RNA(circRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络。方法2020年1—6月,应用circRNAs芯片检测神经胶质瘤替莫唑胺耐药细胞... 目的筛选脑神经胶质瘤替莫唑胺耐药细胞株U87/TR与亲本细胞株U87的环状RNA(circRNA)差异表达谱以及构建关键环状RNA(circRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络。方法2020年1—6月,应用circRNAs芯片检测神经胶质瘤替莫唑胺耐药细胞circRNAs差异表达谱,并进行RT-PCR验证。用miRanda数据库预测circRNA-miRNA靶向结合关系,通过miRanda v5、TargetScan、miBase数据库预测靶基因,Cytoscape软件构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果circRNA芯片结果显示,与U87细胞比较,U87/TR细胞有313个差异有统计学意义表达的circRNAs(P<0.05),其中145个显著上调,168个明显下调;RT-qPCR验证结果与芯片结果相符。miRNA靶位点预测结果显示,关键上调人环状RNAhsa_circRNA_009054,hsa_circRNA_104338(n=3,t=12.09、9.52,P=0.007、0.011)以及下调hsa_circRNA_016459,hsa_circRNA_101975(n=3,t=13.86、7.75,P=0.005、0.016)可与hsa-miR-33a-5p,hsa-miR-15b-3p以及hsa-miR-193b-5p,hsa-miR-23a-5p等多个miRNAs靶向结合,关键circRNA-miRNA-mRNA调控网络包括4个关键circRNAs,20个关键miRNAs,以及278个关键mRNAs。结论circRNA在脑神经胶质瘤替莫唑胺耐药细胞中异常表达,hsa_circRNA_009054,hsa_circRNA_104338以及hsa_circRNA_016459,hsa_circRNA_101975等关键circRNA可能通过circRNA-miRNA-mRNA调控网络参与脑神经胶质瘤替莫唑胺的耐药过程。 展开更多
关键词 神经胶质瘤 替莫唑胺 抗药性 肿瘤 circrna差异表达谱 circrna-mirna-mrna调控网络
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APP/PS1转基因小鼠脑组织环状RNA的差异表达谱及相关ceRNA构建
6
作者 马琳秋 侯明亮 +5 位作者 李金平 杨红岩 廖旗荣 李小雄 洪文娟 周华东 《蚌埠医学院学报》 CAS 2024年第1期1-6,共6页
目的:探讨阿尔茨海默病(AD)模型小鼠脑组织中环状RNA(circRNA)的差异表达谱,构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络,明确circRNA在AD发生中的调控机制。方法:采用基因芯片技术检测APP/PS1转基因AD模型小鼠大脑中circRNA的差异表达,对差异circ... 目的:探讨阿尔茨海默病(AD)模型小鼠脑组织中环状RNA(circRNA)的差异表达谱,构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络,明确circRNA在AD发生中的调控机制。方法:采用基因芯片技术检测APP/PS1转基因AD模型小鼠大脑中circRNA的差异表达,对差异circRNA进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,采用实时定量聚合酶链反应验证随机选取的5个差异表达的circRNA,构建circRNA-miRNA-mRNA,进行AD靶基因功能预测分析。结果:共筛选出52个差异表达的circRNA,其中28个上调,24个下调。GO和KEGG的富集分析结果显示,差异表达的circRNA的亲本基因主要参与神经系统发育、蛋白质结合、RNA运输、调控干细胞多能性的信号通路和Hippo信号通路。生物学信息分析成功构建circRNA-miRNA-mRNA的竞争性内源(ceRNA)网络,显示这些靶基因富集的功能可能通过小分子结合、浆膜、cAMP信号通路和Rap1信号通路发挥作用。结论:AD模型小鼠大脑中存在多种差异表达的circRNA,这些差异基因可能通过circRNA-miRNA-mRNA调节网络参与AD发生的分子调控。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 环状RNA 微小RNA circrna-mirna-mrna调节网络
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