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乳腺癌中靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA预测和验证的研究 被引量：1
1
作者 庄莹 樊伟平 +2 位作者 赵小芳 凌存保 杜欣娜 《重庆医学》 CAS 2020年第1期137-142,共6页
目的预测并初步验证乳腺癌中靶向抑制8号染色体开放阅读框33(C8orf33)基因表达的微小RNA(miRNA)。方法使用癌症基因组图谱(TCGA)高通量数据进行泛癌症分析,首次发现包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中C8orf33基因较正常组织高表达,使用该... 目的预测并初步验证乳腺癌中靶向抑制8号染色体开放阅读框33(C8orf33)基因表达的微小RNA(miRNA)。方法使用癌症基因组图谱(TCGA)高通量数据进行泛癌症分析,首次发现包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中C8orf33基因较正常组织高表达,使用该数据库进一步分析发现C8orf33基因在不同肿瘤组织中表达也有差异性。使用Oncomine对上述结果进行验证,Oncomine分析结果与TCGA高通量数据分析结果相一致。进一步通过starBase V2.0中PITA、clipExpNum和miRmap 3种软件预测可靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA,分析结果取交集。使用TCGA RNAseq数据库对分析交集结果进行验证,进一步确定miRNA与C8orf33基因表达的相关性。结果TCGA数据分析结果发现C8orf33基因在膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌和肺鳞癌组织中表达水平均高于正常组织。Oncomine验证结果发现C8orf33基因在包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中表达水平与正常组织不同,且在多种肿瘤组织中表达水平有差异。PITA、clipExpNum和miRmap软件进行预测并取交集获得9个miRNA,分别为:hsa-miR-370、hsa-miR-501、hsa-miR-502、hsa-miR-6131、hsa-miR-1294、hsa-miR-206、hsa-miR-328、hsa-miR-1321和hsa-miR-1-2。使用LinkedOmics网站访问TCGA数据库,分别验证预测所得的9个miRNA在乳腺癌组织中与C8orf33基因表达的相关性。分析结果发现hsa-miR-370与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.124,P=0.026)、hsa-miR-1294与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.116,P=0.001)、hsa-miR-1-2与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.108,P=0.003),其余miRNA与C8orf33基因表达均无相关性。结论乳腺癌中hsa-miR-370、hsa-miR-1294和hsa-miR-1-2具有潜在靶向抑制C8orf33基因表达的功能,可为乳腺癌诊断治疗提供新思路。 展开更多
关键词 高通量数据 8号染色体开放阅读框33 微小RNA 乳腺肿瘤
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