小鼠胚胎心脏发育过程中组蛋白乙酰化酶亚型p300调控心脏特异转录因子的动态表达 被引量：8

1

作者 杨雪芳 田杰 +4 位作者 陈国珍 孙慧超 钟立霖 吴晓云 朱静 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期961-965,共5页

目的:观察小鼠胚胎心脏发育过程中GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因的动态表达和这些基因的启动子区域组蛋白H3乙酰化修饰状态的变化,以及组蛋白乙酰化酶亚型p300对这些基因启动子的直接调控作用,为进一步研究先天性心脏疾病的发生机制... 目的:观察小鼠胚胎心脏发育过程中GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因的动态表达和这些基因的启动子区域组蛋白H3乙酰化修饰状态的变化,以及组蛋白乙酰化酶亚型p300对这些基因启动子的直接调控作用,为进一步研究先天性心脏疾病的发生机制奠定基础。方法:选取胎龄(Embryoday,E)10.5d和16.5d小鼠正常胚胎心脏,用实时荧光定量PCR(RealTimePCR)的方法观察上述基因mRNA的动态表达;采用染色质免疫沉淀技术(Chromatin immunoprecipitation,ChIP),用ChIP级抗乙酰化H3和抗p300抗体免疫沉淀与其所结合的DNA,采用RealTimePCR扩增抗体所富集的上述基因启动子的DNA量,观察胚胎心脏发育过程中乙酰化组蛋白及组蛋白乙酰化酶亚型p300是否参与调控上述四种心脏特异转录因子的表达。结果:①胎龄E10.5d和E16.5d小鼠胚胎心脏的GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因的mRNA表达水平都有明显差异(P<0.05),其中GATA4和MEF2C mRNA相对β-actin的表达水平,E10.5明显低于E16.5,而Nkx2.5和Tbx5mRNA相对表达水平,E10.5明显高于E16.5;并且ChIP结果显示这些基因启动子的乙酰化水平也随着时间而改变,但差异无统计学意义。②E10.5和E16.5胚胎小鼠心脏中,p300抗体均能免疫沉淀GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因启动子,其沉淀的基因量在这两个小鼠心脏发育的关键时间点有所不同,但差异无统计学意义。结论:小鼠胚胎心脏发育过程中,心脏发育相关基因GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5呈现动态表达,提示这些基因在心脏发育不同阶段具有重要作用。ChIP结果提示p300介导的组蛋白乙酰化修饰可能为调节这些基因动态表达的机制之一。 展开更多

关键词 P300 组蛋白乙酰化 转录因子 心脏发育 染色质免疫沉淀

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核酸-蛋白质互作的生物化学研究方法 被引量：6

2

作者 张金璧 潘增祥 +2 位作者 林飞 马雪山 刘红林 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期325-336,共12页

研究核酸-蛋白质的互作是揭示生命活动机理的基础,文章简要综述了用于研究核酸-蛋白质互作的各种生物化学方法。从体内、体外两个研究角度,针对核酸、蛋白以及复合物3个研究水平,概述了硝化纤维膜过滤实验、足迹法、EMSA、Southwestern... 研究核酸-蛋白质的互作是揭示生命活动机理的基础,文章简要综述了用于研究核酸-蛋白质互作的各种生物化学方法。从体内、体外两个研究角度,针对核酸、蛋白以及复合物3个研究水平,概述了硝化纤维膜过滤实验、足迹法、EMSA、Southwestern杂交等经典分析方法的原理、发展和运用。还着重介绍了最近在表观遗传学领域中广泛运用的nChIP、xChIP等基本染色质免疫沉淀(ChIP)技术及其衍生出的ChIP-on-chip等方法。 展开更多

关键词 核酸 蛋白质 互作 足迹 染色质免疫沉淀

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氢醌对人骨髓单个核细胞TOPO Ⅱα表达的影响及其可能机制 被引量：6

3

作者 施益芬 俞康 +3 位作者 陈怡 任行洲 毕来喜 钱红兰 《温州医学院学报》 CAS 2010年第2期164-167,共4页

目的:观察苯代谢物氢醌(hydroquinone,HQ)对人骨髓单个核细胞拓扑异构酶Ⅱα(TOPOⅡα)表达的影响,探讨TOPOⅡα在HQ所致造血毒性中的作用及其调控机制。方法:50μmol/L HQ培养10h的正常人骨髓单个核细胞设为实验组,等体积灭菌蒸馏水培... 目的:观察苯代谢物氢醌(hydroquinone,HQ)对人骨髓单个核细胞拓扑异构酶Ⅱα(TOPOⅡα)表达的影响,探讨TOPOⅡα在HQ所致造血毒性中的作用及其调控机制。方法:50μmol/L HQ培养10h的正常人骨髓单个核细胞设为实验组,等体积灭菌蒸馏水培养10h为对照组。Western blot测定TOPOⅡα含量的变化,RT-PCR测定TOPOⅡαmRNA表达水平的改变,ChIP技术观察HQ对骨髓单个核细胞TOPOⅡα启动子组蛋白乙酰化、甲基化水平的影响。结果:①与对照组相比,人骨髓单个核细胞50μmol/L HQ处理10h后,TOPOⅡα含量、TOPOⅡαmRNA水平明显下降,差异有显著性(P<0.01);②TOPOⅡα含量降低伴随着TOPOⅡα启动子组蛋白H4乙酰化、组蛋白H3K4甲基化水平的明显降低(P<0.01)、组蛋白H3K9甲基化水平升高(P<0.05),不伴有组蛋白H3乙酰化水平的改变(P>0.05)。结论:HQ能抑制造血细胞TOPOⅡα的表达;组蛋白化学修饰可能在苯代谢物所致的造血毒性中发挥一定的作用。 展开更多

关键词 氢醌类 拓扑异构酶Ⅱα 组蛋白乙酰化 组蛋白甲基化 染色质免疫沉淀分析

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全反式维甲酸调控K562细胞红系分化的表观遗传机制

4

作者 刘春亚 贾炳豪 +2 位作者 唐琴 孙元田 任立成 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1441-1452,共12页

全反式维甲酸(ATRA)是早幼粒细胞分化的有效诱导剂,其对红系分化过程的作用尚不完全清楚。为研究ATRA在红系分化进程中的作用及其表观遗传调控机制,本文以诱导白血病细胞K562向红系分化为模型,对ATRA干扰红系分化过程的调控机制进行研... 全反式维甲酸(ATRA)是早幼粒细胞分化的有效诱导剂,其对红系分化过程的作用尚不完全清楚。为研究ATRA在红系分化进程中的作用及其表观遗传调控机制,本文以诱导白血病细胞K562向红系分化为模型,对ATRA干扰红系分化过程的调控机制进行研究。首先利用血红素(he-min)诱导K562细胞向红系分化;流式细胞术结果显示,ATRA影响细胞向红系分化过程中的谱系变化,阻滞细胞分化进程;ATRA处理分化中的细胞后,红系分化相关基因表达水平降低;而通过3C、FAIRE和ChIP技术对其中的表观遗传机制进行探究发现,ATRA处理细胞后,β-珠蛋白家族基因座位内的染色质可及性降低,LCR与其靶基因启动子之间的相互作用频率降低;而基因座位染色质可及性降低导致了红系相关转录因子GATA1、LDB1、LMO2和TAL1在LCR及珠蛋白家族基因座位的启动子区的富集频率降低。上述结果表明,ATRA处理分化中的细胞导致红系分化相关基因的染色质可及性降低,更加封闭的染色质结构阻碍了LCR招募转录因子与基因启动子区的结合,进而抑制β-珠蛋白家族基因表达,这种动态的变化过程阐明了ATRA调控红系分化的表观遗传机制。 展开更多

关键词 全反式维甲酸 红系分化 染色质构象捕获 染色质免疫沉淀 基因表达调控

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湖羊lncRNA-269的鉴定及转录调控分析

5

作者 舒嘉傲 曹少先 +6 位作者 孟春花 钱勇 张俊 张建丽 丁强 李隐侠 李齐发 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期174-182,共9页

[目的]本文旨在研究湖羊长链非编码RNA-269(long no-coding RNA-269,lncRNA-269)序列特征、表达模式和转录调控,为后续开展lncRNA-269的功能研究提供理论基础。[方法]以湖羊为研究对象,采用5′/3′RACE结合PCR扩增方法获得其序列全长,利... [目的]本文旨在研究湖羊长链非编码RNA-269(long no-coding RNA-269,lncRNA-269)序列特征、表达模式和转录调控,为后续开展lncRNA-269的功能研究提供理论基础。[方法]以湖羊为研究对象,采用5′/3′RACE结合PCR扩增方法获得其序列全长,利用RT-qPCR方法鉴定其在湖羊组织中的表达模式,并利用PCR方法扩增其启动子区,鉴定其启动子区特征,分析其转录调控情况。[结果]湖羊lncRNA-269全长3 146 bp,组织表达谱显示其在湖羊各组织中广泛表达,且在健康卵泡中显著高表达,其表达水平与NR5A1 mRNA水平和血清中雌二醇(E_(2))水平呈正相关。荧光素酶活性分析发现在lncRNA-269启动子区的-359~-17 nt有1个转录激活基序,在-1 485~-942 nt有1个转录抑制基序。JASPAR软件预测发现在lncRNA-269转录抑制启动子区域存在FOXO3、PDX1等转录因子结合位点,在转录激活区域有SMAD4、YY1等转录因子结合位点。过表达SMAD4可显著提升lncRNA-269启动子区荧光素酶活性,染色质免疫沉淀(ChIP)-PCR试验进一步确认了SMAD4特异性与lncRNA-269启动子区结合。[结论]湖羊lncRNA-269在健康卵泡中显著高表达,其启动子区存在一个转录激活区域和一个转录抑制区域,转录因子SMAD4可通过与lncRNA-269启动子区结合显著上调lncRNA-269的启动子活性。 展开更多

关键词 湖羊 卵巢卵泡 lncRNA-269 5′/3′RACE 染色质免疫沉淀(chip)

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肉质相关基因TCAP启动子与转录因子MyoD结合的ChIP分析 被引量：4

6

作者 吴俊静 梅书棋 +3 位作者 彭先文 乔木 武华玉 刘贵生 《湖北农业科学》 北大核心 2013年第22期5612-5614,5617,共4页

为了检测肉质相关基因TCAP(Titin-cap,Telethonin)启动子与转录因子MyoD(Myogenic differentiation antigen)的体内结合情况,采用染色质免疫共沉淀(Chromatin immunoprecipitation,ChIP)结合PCR技术分析TCAP启动子与转录因子MyoD的结合... 为了检测肉质相关基因TCAP(Titin-cap,Telethonin)启动子与转录因子MyoD(Myogenic differentiation antigen)的体内结合情况,采用染色质免疫共沉淀(Chromatin immunoprecipitation,ChIP)结合PCR技术分析TCAP启动子与转录因子MyoD的结合。结果表明,以MyoD抗体免疫沉淀的DNA片段为模板,PCR扩增获得了TCAP基因启动区121 bp的片段,实现了转录因子MyoD与TCAP启动子DNA序列结合。试验证实TCAP基因是MyoD调控的下游基因,在肌肉发育过程中发挥重要作用。 展开更多

关键词 染色质免疫共沉淀 TCAP基因 MyoD转录因子

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低氧诱导人视网膜微血管内皮细胞核中乙酰肝素酶对血管内皮生长因子基因转录调控研究 被引量：2

7

作者 王敬伟 胡洁 +3 位作者 宋新 冷炫 田景毅 吕林 《中国实用眼科杂志》 CSCD 北大核心 2013年第9期1195-1199,共5页

目的通过观察低氧诱导人视网膜血管内皮细胞（HRECs）胞核中乙酰肝素酶（HPA）和RNA聚合酶II（Pol Ⅱ）的表达分布、两者相互结合及其与血管内皮生长因子（VEGF）基因启动子的作用，探讨在低氧诱导视网膜新生血管形成中HPA对VEGF基因转... 目的通过观察低氧诱导人视网膜血管内皮细胞（HRECs）胞核中乙酰肝素酶（HPA）和RNA聚合酶II（Pol Ⅱ）的表达分布、两者相互结合及其与血管内皮生长因子（VEGF）基因启动子的作用，探讨在低氧诱导视网膜新生血管形成中HPA对VEGF基因转录调控的作用。方法用低氧模型模拟剂Cocl2建立低氧模型（含Cocl2100μmol／L的培养液培养48h）。免疫荧光染色法观察HPA与PolⅡ的表达；免疫沉淀法半定量分析HPA及PolⅡ的相互结合作用；染色质免疫沉淀（ChIP）联合实时定量PCR分析两组细胞中HPA与VEGF基因启动子之间的相互作用。结果（1）免疫荧光染色结果显示低氧诱导组HRECs胞核内HPA荧光和PolII荧光均较正常对照组增强，且低氧诱导组胞核内HPA分布与PolⅡ相吻合。（2）免疫沉淀结果表明在低氧诱导HRECs中HPA及PolⅡ相互结合共同作用，而对照组中HPA及PolⅡ则无结合。（3）ChIP联合实时定量PCR实验结果显示HPA及PolⅡ与VEGF启动子结合的高发生区段主要位于VEGF启动子序列-1165与-984之间，低氧诱导HRECs细胞核内HPA及PolII结合VEGF基因启动子水平均较正常组升高（t=-13．591，P=0．001；t=-3．188，P=0．049）。结论在低氧诱导的HRECs中，核内HPA与VEGF基因启动子直接结合，并参与了VEGF基因转录活性的调控。 展开更多

关键词 人视网膜血管内皮细胞（Human retinal MICROVASCULAR ENDOTHELIAL cells HRECs） 乙酰肝素酶（Heparanase HPA） 血管内皮生长因子（Vascular ENDOTHELIAL growth factor VEGF） 染色质免疫沉淀法（chromatin immunoprecipitation chip）

原文传递

S100A6对胃癌细胞侵袭转移的调控机制研究 被引量：3

8

作者 李军 王晓红 +6 位作者 李子禹 步召德 武爱文 张连海 吴晓江 宗祥龙 季加孚 《中华胃肠外科杂志》 CAS CSCD 2013年第11期1096-1101,共6页

目的探讨S100A6过表达对胃癌细胞侵袭转移的调控机制。方法收集1995年1月至2001年12月间经病理确诊的166例胃癌标本及其对应的癌旁组织、肝转移组织和淋巴结转移组织标本，采用免疫组织化学染色法检测标本中S100A6蛋白的表达情况及其与... 目的探讨S100A6过表达对胃癌细胞侵袭转移的调控机制。方法收集1995年1月至2001年12月间经病理确诊的166例胃癌标本及其对应的癌旁组织、肝转移组织和淋巴结转移组织标本，采用免疫组织化学染色法检测标本中S100A6蛋白的表达情况及其与临床病理因素的关系：通过ChIP—Chip方法检测胃癌细胞株KAT03中S100A6可能调控的下游因子；将S100A6基因转染入胃癌细胞株AGS，通过细胞侵袭实验、RTQ—PCR方法分别检测转染组、阴性对照组和空白对照组中细胞的侵袭能力和侵袭转移相关因子CDK5和FLJ12438的mRNA表达。结果S100A6蛋白在癌旁组织细胞质中偶有低表达；而在胃癌、肝及淋巴结转移灶组织的肿瘤细胞质和（或）细胞核中均有高表达，且在侵袭边缘的肿瘤细胞的细胞核中表达较高，其高表达率为分别为67．5％（112／166）、92．9％（26／28）和100％（30／30）。S100A6表达与肿瘤浸润深度、淋巴结转移、脉管癌栓、远处转移及TNM分期有关（均P〈0．05）。S100A6可能作用于26个细胞侵袭转移有关基因的启动子部位。SIOOA6转染组的过膜细胞数为31．3±5．5，多于阴性对照组的7．7±1．5和空白对照组的9.3±2．1，差异有统计学意义（均P〈0．05）。CDK5mRNA在转染组中的表达水平显著高于阴性对照组和空白对照组（均P〈0．05），而FLJ1243mRNA在转染组中的表达水平与另外两组的差异则无统计学意义（均P〉0．05）。结论S100A6可能通过调控下游侵袭相关因子如CDK5的表达，进而影响胃癌细胞的侵袭转移等恶性生物学行为。 展开更多

关键词 胃肿瘤 S100A6 侵袭 染色质免疫共沉淀-芯片

原文传递

乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰分析 被引量：1

9

作者 马田 王玉婧 +2 位作者 程爽 张小华 刘向勇 《河南农业科学》 北大核心 2022年第1期71-78,共8页

为探究酵母乙酸耐受性的表观遗传调控新机制,采用染色质免疫共沉淀-芯片(Chromatin immunoprecipitation-chip,ChIP-chip)技术,分析乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰的变化。结果表明,酵母细胞经乙酸胁迫... 为探究酵母乙酸耐受性的表观遗传调控新机制,采用染色质免疫共沉淀-芯片(Chromatin immunoprecipitation-chip,ChIP-chip)技术,分析乙酸胁迫条件下酿酒酵母全基因组启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰的变化。结果表明,酵母细胞经乙酸胁迫处理(60 mmol/L、30 min)后,与对照组(添加等体积无菌水)相比,73个酵母基因的启动子区域组蛋白H4 K16位点乙酰化修饰发生了改变,乙酰化修饰上升基因19个,主要分布在2、4、5、7、13、15、16号染色体上;乙酰化修饰下降基因54个,主要分布在1、2、4、5、6、7、8、10、11、12、13、14、15、16号染色体上。基因功能分析结果表明,按生物学过程分类乙酰化修饰改变基因主要富集在碱基切除修复、细胞骨架组装、细胞周期进程和含蛋白质的复合物组装;按细胞组分分类乙酰化修饰改变基因主要富集在液泡质子转运V-型ATP酶、DNA聚合酶复合体、质子转运双扇区ATP酶复合物/质子转运域、有丝分裂纺锤体和核染色体;按分子功能分类乙酰化修饰改变基因主要富集在单链DNA 3′—5′外脱氧核糖核酸酶活性、蛋白酶体结合、ATP酶活性/耦联离子跨膜运动。随机选取3个启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰发生差异变化的基因(ATP12、VPS55、DLT1)进行染色质免疫沉淀-实时定量PCR检测,结果与ChIP-chip分析结果一致,验证了ChIP-chip试验的准确性。综上,酿酒酵母基因启动子区组蛋白H4 K16乙酰化修饰与乙酸耐受性密切相关。 展开更多

关键词 酿酒酵母 乙酸胁迫 组蛋白H4 乙酰化 染色质免疫共沉淀-芯片

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ESPRG3多克隆抗体制备及初步功能研究

10

作者 张前军 卢光琇 《生命科学研究》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期307-313,323,共8页

ESPRG3基因是一个与干细胞功能相关的基因,mESPRG3和hESPRG3基因被构建到原核及真核表达载体进行表达,原核表达蛋白用于制备多克隆抗体开展ESPRG3基因功能研究.真核表达载体EGFP被用于亚细胞定位.构建的mESPRG3基因原核及hESPRG3真核表... ESPRG3基因是一个与干细胞功能相关的基因,mESPRG3和hESPRG3基因被构建到原核及真核表达载体进行表达,原核表达蛋白用于制备多克隆抗体开展ESPRG3基因功能研究.真核表达载体EGFP被用于亚细胞定位.构建的mESPRG3基因原核及hESPRG3真核表达载体,成功进行了表达.利用IPTG诱导表达ESPRG3蛋白制备了多克隆抗体,免疫印迹和免疫组化结果表明制备的抗体具有特异性;表达的蛋白检测到体外具有结合DNA的能力.染色质免疫沉淀联合芯片技术检测到ESPRG3可以特异性结合到染色体上,且这些结合位点与Alu、及绝缘子序列具有关联性,可能通过这些位点调控胚胎干细胞的功能. 展开更多

关键词 ESPRG3 胚胎干细胞 多克隆抗体 染色质免疫沉淀(chip)

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雄激素通过雄激素受体途径调控垂体肿瘤转化基因(PTTG1)的表达

11

作者 黄盛权 陈艺成 +2 位作者 牛晓华 毛泽斌 辛殿祺 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期556-560,共5页

雄激素能上调大鼠前列腺中垂体肿瘤转化基因1(PTTG1)的表达,在前列腺癌标本中,发现PTTG1的表达明显高于正常组织.因此,用雄激素依赖的前列腺癌细胞LNCaP来研究雄激素调控PTTG1表达的分子机制.在LNCaP细胞中,通过雄激素刺激后,PTTG1的表... 雄激素能上调大鼠前列腺中垂体肿瘤转化基因1(PTTG1)的表达,在前列腺癌标本中,发现PTTG1的表达明显高于正常组织.因此,用雄激素依赖的前列腺癌细胞LNCaP来研究雄激素调控PTTG1表达的分子机制.在LNCaP细胞中,通过雄激素刺激后,PTTG1的表达明显升高.根据序列分析以及5-缺失体实验(deletion)和突变实验(mutation),发现PTTG1的启动子上游-950到-933的序列上有1个雄激素受体反应元件(ARE),染色体免疫共沉淀实验(CHIP)也证实了雄激素能促进雄激素受体与PTTG1启动子上ARE结合,从而在转录水平调控PTTG1的表达. 展开更多

关键词 垂体肿瘤转化基因1 转录调控 染色体免疫共沉淀

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血管生成素基因组结合序列的筛选与鉴定

12

作者 盛静浩 许正平 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1294-1301,共8页

血管生成素(angiogenin,ANG)调控细胞增殖、迁移、分化等生物学过程,但其作用的分子机制尚未完全明了.目前认为,ANG可结合到r DNA区域促进r RNA转录,也可能与m RNA有结合.为全面鉴定细胞内可结合ANG的基因组序列,我们利用染色质免疫共... 血管生成素(angiogenin,ANG)调控细胞增殖、迁移、分化等生物学过程,但其作用的分子机制尚未完全明了.目前认为,ANG可结合到r DNA区域促进r RNA转录,也可能与m RNA有结合.为全面鉴定细胞内可结合ANG的基因组序列,我们利用染色质免疫共沉淀结合DNA芯片技术(Ch IP-chip)对He La细胞的基因组DNA进行了筛选,共获得了1 248个结合片段.我们进一步分析了这些结合片段附近分布的基因,发现有699个可能受ANG结合调控的基因.基因注释和聚类分析显示,这些可能受ANG调控的基因主要与肿瘤发生发展有关(特别是结直肠癌和前列腺癌),并且与TGF-β和Wnt信号通路相关.最后,我们验证了ANG不仅与WNT6、CCNE1、APC2、FZD8和EGFR基因的启动子区域有直接结合,而且调控其表达.以上研究结果为深入研究ANG的功能机制提供了线索. 展开更多

关键词 血管生成素 染色质免疫共沉淀 DNA芯片 转录调控 细胞核转位

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表观遗传学研究方法进展 被引量：7

13

作者 郑小国 陈亮 +1 位作者 楼巧君 罗利军 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期63-71,共9页

表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正... 表观遗传调控是基因表达调控的重要组成部分,已成为当前研究的热点。目前其研究主要集中在DNA甲基化和组蛋白修饰。针对这两种表观修饰,其研究方法也取得了较大进展,一方面方法的灵敏度和特异性都在不断提高;另一方面表观修饰的检测正在逐步从定性检测向定量分析方向发展,从个别位点向高通量检测发展。此外,新一代测序技术的应用将大大推动表观遗传研究的发展,包括单分子实时测序法、单分子纳米孔测序法等。综述目前常用的DNA甲基化、组蛋白修饰研究方法以及最新的单分子测序技术,并对它们在表观遗传修饰检测中的应用作了简要对比分析。 展开更多

关键词 表观遗传学 DNA甲基化 组蛋白修饰 限制性内切酶酶切法 重亚硫酸盐法 染色质免疫共沉淀 单分子实时测序 单分子纳米孔测序

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酵母组蛋白乙酰转移酶Elp3多克隆抗体的制备、鉴定及应用 被引量：5

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作者 李芬 田树娟 +2 位作者 张帅 孔艳 王艳芳 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1261-1266,共6页

酵母Elp3（Yeast elongation protein 3,yElp3）是组蛋白乙酰转移酶复合物Elongator的催化亚基,通过组蛋白乙酰化参与基因转录延伸。近来证实胞质中也存在的Elp3还参与胞外分泌、tRNA修饰等重要生物学过程。为深入研究Elp3的复杂功能,PC... 酵母Elp3（Yeast elongation protein 3,yElp3）是组蛋白乙酰转移酶复合物Elongator的催化亚基,通过组蛋白乙酰化参与基因转录延伸。近来证实胞质中也存在的Elp3还参与胞外分泌、tRNA修饰等重要生物学过程。为深入研究Elp3的复杂功能,PCR法克隆pYES2-yElp3质粒中编码yElp3N末端亲水区段（22~94aa）,构建原核表达载体pMXB10-yElp3-219,经IPTG诱导表达和几丁质柱纯化后免疫兔制备多克隆抗体。ELISA检测显示该抗体有较高的效价（不低于1：2500）,免疫印迹结果表明该抗体可特异性识别表达纯化及酵母细胞中的Elp3蛋白,运用该抗体进行的染色质免疫沉淀揭示转入elp3？菌株的酵母/人融合的yhElp3之所以可补偿突变株的基因表达延迟缺陷,是因其直接参与SSA3基因的转录延伸。 展开更多

关键词 ELP3 原核表达 多克隆抗体 染色质免疫沉淀实验

原文传递

Alpha 1抗胰蛋白酶核基质附着区增强RNA聚合酶Ⅱ依赖的转录

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作者 李志艳 张涌 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期39-43,共5页

核基质附着区是一种真核生物的DNA元件,能调控染色体结构和活性。为研究体内MAR相关的染色质准入和转录调控,从人基因组中克隆了Alpha1抗胰蛋白酶核基质附着区(α1-ATMAR)并将其连入pEGFP-C1载体。分别以空载体和携带MAR的载体通过脂质... 核基质附着区是一种真核生物的DNA元件,能调控染色体结构和活性。为研究体内MAR相关的染色质准入和转录调控,从人基因组中克隆了Alpha1抗胰蛋白酶核基质附着区(α1-ATMAR)并将其连入pEGFP-C1载体。分别以空载体和携带MAR的载体通过脂质体法转染人胚肾293细胞系。经G418筛选20天的细胞池用作实验分析。半定量RT-PCR及荧光显微镜观察显示此MAR能够增强临近基因的表达。进一步用染色质免疫共沉淀(ChIP)共定位CMV启动子和RNA聚合酶Ⅱ(RNAPⅡ),PCR结果显示存在MAR元件时,更多的RNA聚合酶Ⅱ被富集到启动子区。ChIP方法可用于证实MAR介导的转录激活,在实时检测方面比RT-PCR提供了更多动力学信息。这项技术为进一步研究基因表达调控提供了技术平台。 展开更多

关键词 核基质附着区 染色质免疫共沉淀 转录调控 RNA聚合酶Ⅱ

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染色质免疫沉淀技术在研究DNA与蛋白质相互作用中的应用 被引量：5

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作者 王春雨 石建党 +1 位作者 朱彦 张琚 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期801-807,共7页

在后基因组时代,DNA-蛋白质的相互作用是研究基因表达调控的一个重要领域。与其他方法相比,染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是一种在体内研究DNA-蛋白质相互作用的理想的方法。近年来这种方法与DNA芯片... 在后基因组时代,DNA-蛋白质的相互作用是研究基因表达调控的一个重要领域。与其他方法相比,染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是一种在体内研究DNA-蛋白质相互作用的理想的方法。近年来这种方法与DNA芯片和分子克隆技术相结合,可用于高通量的筛选已知蛋白因子的未知DNA靶点和研究反式作用因子在整个基因组上的分布情况,这将有助于深入理解DNA-蛋白质相互作用的调控网络。总结了染色质免疫沉淀技术的方法,特别介绍了使用这些方法取得的最新进展。 展开更多

关键词 DNA-蛋白质相互作用 染色质免疫沉淀技术(chip) DNA芯片 chip-克隆

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一种微小染色质免疫共沉淀方法的建立

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作者 唐华容 谭倩 +3 位作者 陈方平 谭三勤 张帆 柳林欣 《激光生物学报》 CAS CSCD 2009年第4期550-555,共6页

染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是目前研究蛋白与DNA相互作用的强有力的技术之一。然而传统的ChIP实验方法的最大缺陷是要求大量的细胞数,这限制了它应用于少量细胞数的样品。在传统ChIP实验的基础上综合... 染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是目前研究蛋白与DNA相互作用的强有力的技术之一。然而传统的ChIP实验方法的最大缺陷是要求大量的细胞数,这限制了它应用于少量细胞数的样品。在传统ChIP实验的基础上综合国外文献建立了一种能在少量细胞样品中进行的染色质免疫共沉淀实验,称之为微小染色质免疫共沉淀(miniChIP)。并通过对诱导前后的MEL细胞中表达的β珠蛋白基因簇组蛋白H4乙酰化(acH4)的研究,证实了其可靠性和特异性。结果显示:高敏位点HS2和活跃基因β-maj的启动子区域存在一定的组蛋白H4乙酰化水平,DMSO诱导后显著增加,而不活跃基因Ey的启动子区域则检测到极低水平的组蛋白H4乙酰化,且诱导后无明显变化。 展开更多

关键词 染色质免疫共沉淀(chip) 微小染色质免疫共沉淀(minichip) 组蛋白H4乙酰化 MEL细胞

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染色质免疫沉淀技术研究进展 被引量：1

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作者 肖颜玉 张莉萍 《国际遗传学杂志》 CAS 2007年第6期424-426,共3页

DNA与蛋白质之间的相互作用是研究染色质水平上基因表达调控机制的重要领域。染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是研究体内DNA-蛋白质相互作用的较为理想的分析手段。该文介绍了染色质免疫沉淀技术的原理... DNA与蛋白质之间的相互作用是研究染色质水平上基因表达调控机制的重要领域。染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,ChIP)是研究体内DNA-蛋白质相互作用的较为理想的分析手段。该文介绍了染色质免疫沉淀技术的原理、应用以及最新研究进展。 展开更多

关键词 染色质免疫沉淀技术(chip) DNA-蛋白质相互作用 转录调节

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染色质免疫沉淀试验中基因组DNA超声破碎条件优化策略 被引量：5

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作者 李敏俐 关善辉 陆祖宏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期121-125,140,共6页

染色质免疫沉淀试验中对共价交联的基因组染色质进行超声处理以获得适当大小的DNA片段是ChIPSeq和ChIP-chip成功的前提。影响基因组DNA破碎的因素很多,细胞浓度、细胞裂解方式、超声体积、探头深度、超声环境、超声时间和超声功率等都... 染色质免疫沉淀试验中对共价交联的基因组染色质进行超声处理以获得适当大小的DNA片段是ChIPSeq和ChIP-chip成功的前提。影响基因组DNA破碎的因素很多,细胞浓度、细胞裂解方式、超声体积、探头深度、超声环境、超声时间和超声功率等都会对超声效果产生影响。如何获得各个可变参数的优化组合是一个需要多次摸索的过程,借鉴其它研究者已经建立的优化条件进行探索是一条比较省时简便的途径。本研究针对超声时间、细胞裂解方式、超声环境和超声功率等因素进行优化;利用优化的条件超声,得到适合大小的DNA片段;对这些片段进行染色质免疫沉淀试验,获得已知靶基因的特异性富集;证明超声优化条件是成功的。本研究提出的超声优化策略及获得的优化条件为后续ChIPSeq试验创造了前提条件,也对其他研究者具有借鉴意义。 展开更多

关键词 超声 染色质免疫沉淀 基因组DNA chipSeq chip—chip

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Reverse ChIP:研究DNA-蛋白质相互作用的新方法 被引量：3

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作者 赵明明 齐锦生 栗彦宁 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期407-410,共4页

反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DN... 反向染色质免疫共沉淀技术(reverse chromatin immunoprecipitation assay,Reverse ChIP)是一种在体内状态下分析DNA-蛋白质相互作用的新方法.它用特异的核酸探针捕获靶DNA片段及与其相结合的蛋白质,蛋白质用质谱仪检测,以达到确定靶DNA位点全部相关蛋白质的目的.其可对靶DNA位点相关蛋白质进行全面、系统地鉴定,特别是寻找已知DNA元件相应的调节蛋白.在发现、鉴定靶DNA位点相关蛋白质和研究DNA-蛋白质相互作用中有重要应用价值. 展开更多

关键词 反向染色质免疫共沉淀技术(Reverse chip) DNA-蛋白质相互作用 靶DNA位点相关蛋白质

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