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烟草拮抗链霉菌FT05W基因组测序与几丁质酶家族基因鉴定
被引量：
9
1
作者
覃可
桑维钧
+2 位作者
陈孝玉龙
李昊熙
杨茂发
《中国生物防治学报》
CSCD
北大核心
2019年第3期463-473,共11页
链霉菌FT05W是一株对烟草黑胫病等土传真菌病害具有良好拮抗作用的生防放线菌。本研究利用Miseq PE300高通量测序平台对链霉菌FT05W基因组进行序列测定,共获得6914188个reads,通过SPAdes软件对序列进行拼接共得1836个contigs,其基因组...
链霉菌FT05W是一株对烟草黑胫病等土传真菌病害具有良好拮抗作用的生防放线菌。本研究利用Miseq PE300高通量测序平台对链霉菌FT05W基因组进行序列测定,共获得6914188个reads,通过SPAdes软件对序列进行拼接共得1836个contigs,其基因组全长为7699129 bp,GC比为71%,其中编码基因序列长度为6037181 bp,预测出7434个蛋白编码基因(GenBank登录号:NZ_QGMR00000000),预测编码7323个蛋白。获得的基因注释信息为今后深入开展其在烟草上的生物防治机理研究奠定了重要的基础,有助于推动烟草生防链霉菌功能基因的挖掘与利用,为烟草生防链霉菌FT05W的进一步开发与应用提供理论依据。利用MEGA 6.06构建链霉菌FT05W的几丁质酶家族基因系统发育树,共鉴定出7个几丁质酶家族基因,其中6个为18家族几丁质酶基因,1个为19家族基因。
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关键词
烟草生防菌
链霉菌
基因组测序
几丁质酶家族基因
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职称材料
家蚕GH18家族几丁质酶的系统进化和BmChi的时期表达分析
被引量：
4
2
作者
高颂
刘立会
+3 位作者
刘仕平
王伟
陆改
夏庆友
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第3期418-423,共6页
昆虫GH18家族几丁质酶主要参与昆虫蜕皮、细胞增殖和免疫等生理过程。为了系统开展家蚕GH18家族基因的研究,通过多物种几丁质酶的系统进化分析鉴定了8个家蚕GH18家族成员,并根据含有糖苷水解酶18(Glyco_18)催化结构域和几丁质结合结构...
昆虫GH18家族几丁质酶主要参与昆虫蜕皮、细胞增殖和免疫等生理过程。为了系统开展家蚕GH18家族基因的研究,通过多物种几丁质酶的系统进化分析鉴定了8个家蚕GH18家族成员,并根据含有糖苷水解酶18(Glyco_18)催化结构域和几丁质结合结构域的不同将其分为6类,其中,各物种的CHT5具有典型几丁质酶结构。家蚕GH18家族成员中,BmChiR-1具有5个Glyco_18催化结构域和6个几丁质结合结构域,其它7个成员均只有1个Glyco_18催化结构域,BmCHT12还有1个ChitnaseA_N端结构域。8个家蚕GH18家族成员的基因分布在7条染色体上。通过半定量RT-PCR调查家蚕CHT5基因Bm-Chi在家蚕各发育时期的转录表达模式,该基因在蜕皮、化蛹、羽化等发育时期均有高水平表达,推测BmChi在蚕体旧表皮几丁质的降解过程中发挥重要作用。
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关键词
家蚕
蜕皮
几丁质酶
GH18家族
系统进化
基因表达
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职称材料
题名
烟草拮抗链霉菌FT05W基因组测序与几丁质酶家族基因鉴定
被引量：
9
1
作者
覃可
桑维钧
陈孝玉龙
李昊熙
杨茂发
机构
贵州大学农学院
贵州大学烟草学院
贵州大学昆虫研究所/贵州省山地农业病虫害重点实验室
出处
《中国生物防治学报》
CSCD
北大核心
2019年第3期463-473,共11页
基金
国家自然科学基金(31701836)
贵州省烟草公司重大科技专项(201603)
+2 种基金
贵州省科技厅基础研究计划(2018-1050)
贵州省烟草公司科技项目(201826)
贵州省黔西南州烟草公司科技项目(201804)
文摘
链霉菌FT05W是一株对烟草黑胫病等土传真菌病害具有良好拮抗作用的生防放线菌。本研究利用Miseq PE300高通量测序平台对链霉菌FT05W基因组进行序列测定,共获得6914188个reads,通过SPAdes软件对序列进行拼接共得1836个contigs,其基因组全长为7699129 bp,GC比为71%,其中编码基因序列长度为6037181 bp,预测出7434个蛋白编码基因(GenBank登录号:NZ_QGMR00000000),预测编码7323个蛋白。获得的基因注释信息为今后深入开展其在烟草上的生物防治机理研究奠定了重要的基础,有助于推动烟草生防链霉菌功能基因的挖掘与利用,为烟草生防链霉菌FT05W的进一步开发与应用提供理论依据。利用MEGA 6.06构建链霉菌FT05W的几丁质酶家族基因系统发育树,共鉴定出7个几丁质酶家族基因,其中6个为18家族几丁质酶基因,1个为19家族基因。
关键词
烟草生防菌
链霉菌
基因组测序
几丁质酶家族基因
Keywords
tobacco
biocontrol
strain
Streptomyces
sp.
genome
sequencing
chitinase
family
gene
分类号
S476 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
家蚕GH18家族几丁质酶的系统进化和BmChi的时期表达分析
被引量：
4
2
作者
高颂
刘立会
刘仕平
王伟
陆改
夏庆友
机构
家蚕基因组生物学国家重点实验室
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第3期418-423,共6页
基金
国家重点基础研究发展计划“973”项目(No.2012CB-114600)
国家高技术研究发展计划“863”项目(No.2011AA-100306)
国家自然科学基金面上项目(No.31071136)
文摘
昆虫GH18家族几丁质酶主要参与昆虫蜕皮、细胞增殖和免疫等生理过程。为了系统开展家蚕GH18家族基因的研究,通过多物种几丁质酶的系统进化分析鉴定了8个家蚕GH18家族成员,并根据含有糖苷水解酶18(Glyco_18)催化结构域和几丁质结合结构域的不同将其分为6类,其中,各物种的CHT5具有典型几丁质酶结构。家蚕GH18家族成员中,BmChiR-1具有5个Glyco_18催化结构域和6个几丁质结合结构域,其它7个成员均只有1个Glyco_18催化结构域,BmCHT12还有1个ChitnaseA_N端结构域。8个家蚕GH18家族成员的基因分布在7条染色体上。通过半定量RT-PCR调查家蚕CHT5基因Bm-Chi在家蚕各发育时期的转录表达模式,该基因在蜕皮、化蛹、羽化等发育时期均有高水平表达,推测BmChi在蚕体旧表皮几丁质的降解过程中发挥重要作用。
关键词
家蚕
蜕皮
几丁质酶
GH18家族
系统进化
基因表达
Keywords
Bombyx
mori
Molting
chitinase
GH18
family
Phylo
gene
tic
analysis
gene
expression
分类号
S881 [农业科学—特种经济动物饲养]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
烟草拮抗链霉菌FT05W基因组测序与几丁质酶家族基因鉴定
覃可
桑维钧
陈孝玉龙
李昊熙
杨茂发
《中国生物防治学报》
CSCD
北大核心
2019
9
下载PDF
职称材料
2
家蚕GH18家族几丁质酶的系统进化和BmChi的时期表达分析
高颂
刘立会
刘仕平
王伟
陆改
夏庆友
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
4
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职称材料
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