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Long Non-coding RNAs in the Cytoplasm 被引量:26
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作者 Farooq Rashid Abdullah Shah Ge Shan 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 SCIE CAS CSCD 2016年第2期73-80,共8页
An enormous amount of long non-coding RNAs(lnc RNAs) transcribed from eukaryotic genome are important regulators in different aspects of cellular events. Cytoplasm is the residence and the site of action for many ln... An enormous amount of long non-coding RNAs(lnc RNAs) transcribed from eukaryotic genome are important regulators in different aspects of cellular events. Cytoplasm is the residence and the site of action for many lncRNAs. The cytoplasmic lncRNAs play indispensable roles with multiple molecular mechanisms in animal and human cells. In this review, we mainly talk about functions and the underlying mechanisms of lncRNAs in the cytoplasm. We highlight relatively well-studied examples of cytoplasmic lncRNAs for their roles in modulating mRNA stability,regulating m RNA translation, serving as competing endogenous RNAs, functioning as precursors of microRNAs, and mediating protein modifications. We also elaborate the perspectives of cytoplasmic lncRNA studies. 展开更多
关键词 IncRNA mRNA stability mRNA translation cerna MICRORNA
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补阳还五汤对脑缺血大鼠海马组织circRNA-miRNA-mRNA转录网络的影响 被引量:18
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作者 陈博威 唐荣梅 +2 位作者 易健 龙红萍 刘柏炎 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期143-153,共11页
目的研究补阳还五汤对脑缺血大鼠海马组织环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA转录网络的影响,探讨其治疗脑缺血的作用机制。方法运用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱联用仪(UPLCQ-TOF/MS)分析补阳还五汤... 目的研究补阳还五汤对脑缺血大鼠海马组织环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-mRNA转录网络的影响,探讨其治疗脑缺血的作用机制。方法运用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱联用仪(UPLCQ-TOF/MS)分析补阳还五汤化学成分;SD大鼠随机分为对照组、模型组、补阳还五汤(5 g/kg)组及丁苯酞组(54 mg/kg)组,除对照组外,其余各组采用大脑中动脉栓塞法复制脑缺血模型,给予药物干预7 d后,采用神经行为学评分、苏木素-伊红(HE)染色法及免疫组化法评估补阳还五汤疗效,采用竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)芯片筛选差异表达的circRNAs及mRNAs,通过基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析差异基因参与的主要生物学过程,采用qRT-PCR法验证基因芯片结果,最后构建circRNA-miRNA-mRNA转录网络。结果补阳还五汤中共鉴定出黄芪甲苷Ⅳ、芒柄花素、阿魏酸及芍药内酯苷等21个成分。大鼠脑缺血后出现神经功能障碍及海马神经细胞损伤,补阳还五汤能部分逆转上述损伤并提高海马齿状回区增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)及巢蛋白(Nestin)蛋白表达。ceRNA芯片筛选出大鼠脑缺血后有27个差异表达的circRNAs和767个差异表达的mRNAs,补阳还五汤治疗后有70个差异表达的circRNAs和692个差异表达的mRNAs。构建了由7个circRNAs、9个miRNAs及15个mRNAs组成的三元转录网络。生物信息学分析显示这些靶点可能通过自噬、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol3-kinase,PI3K)-蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)信号通路等发挥作用。结论补阳还五汤可能通过影响脑缺血大鼠海马组织的circRNA-miRNA-mRNA转录网络促进海马神经前体细胞增殖,诱导神经再生,涉及多条通路及多个� 展开更多
关键词 补阳还五汤 脑缺血 环状RNA 微小RNA 竞争性内源RNA 基因芯片 神经再生 黄芪甲苷Ⅳ 芒柄花素 阿魏酸 芍药内酯苷
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microRNAs and ceRNAs: RNA networks in pathogenesis of cancer 被引量:14
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作者 Xiangqian Su Jiadi Xing +3 位作者 Zaozao Wang Lei Chen Ming Cui Beihai Jiang 《Chinese Journal of Cancer Research》 SCIE CAS CSCD 2013年第2期235-239,共5页
microRNAs (miRNAs) are a class of endogenous, single-stranded non-coding RNAs of 20- 23 nucleotides in length, functioning as negative regulators of gene expression at the post-transcriptional level. The dysregulati... microRNAs (miRNAs) are a class of endogenous, single-stranded non-coding RNAs of 20- 23 nucleotides in length, functioning as negative regulators of gene expression at the post-transcriptional level. The dysregulation of miRNAs has been demonstrated to play critical roles in tumorigenesis, either through inhibiting tumor suppressor genes or activating oncogenes inappropriately. Besides their promising clinical applications in cancer diagnosis and treatment, recent studies have uncovered that miRNAs could act as a regulatory language, through which messenger RNAs, transcribed pseudogenes, and long noncoding RNAs crosstalk with each other and form a novel regulatory network. RNA transcripts involved in this network have been termed as competing endogenous RNAs (ceRNAs), since they influence each other's level by competing for the same pool of miRNAs through miRNA response elements (MREs) on their target transcripts. The discovery of miRNA-ceRNA network not only provides the possibility of an additional level of post-transcriptional regulation, but also dictates a reassessment of the existing regulatory pathways involved in cancer initiation and progression. 展开更多
关键词 MIRNA cerna CANCER
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ceRNA在肿瘤中的研究进展 被引量:10
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作者 钱傅燕雯 冯凡 许文林 《现代肿瘤医学》 CAS 2019年第7期1237-1240,共4页
竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)是一类能与miRNA结合位点(miRNA response element,MRE)结合从而抑制miRISC形成,并能进一步增加相应mRNA的表达来达到RNA间相互沟通及转录后调控基因表达的一类非编码RNA。ceRNA主要包括... 竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)是一类能与miRNA结合位点(miRNA response element,MRE)结合从而抑制miRISC形成,并能进一步增加相应mRNA的表达来达到RNA间相互沟通及转录后调控基因表达的一类非编码RNA。ceRNA主要包括长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、环状RNA(circular RNA,circRNA)、假基因、人工合成miRNA抑制剂及病毒miRNA抑制剂等。目前越来越多的研究表明ceRNA在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞增殖、凋亡、细胞周期、侵袭和转移等各种生物过程中发挥重要作用。本文从ceRNA分类、调控网络及ceRNA在不同肿瘤中的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 cerna MIRNA lncRNA circRNA 假基因 cerna调控网络 肿瘤 转录后调控
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lncRNA与miRNA相互调控作用及与心血管疾病的关系 被引量:9
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作者 廖江铨 刘咏梅 王阶 《临床心血管病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期234-237,共4页
近期研究表明,有大量基因序列通过ncRNA形式对生命活动进行调控,ncRNA不但参与细胞的增殖、分化和衰老,在癌症、神经退行性疾病和心血管等疾病中亦发挥重要作用。近年来有关miRNA和lncRNA在心血管疾病的病理及治疗方面的作用成为热点,而... 近期研究表明,有大量基因序列通过ncRNA形式对生命活动进行调控,ncRNA不但参与细胞的增殖、分化和衰老,在癌症、神经退行性疾病和心血管等疾病中亦发挥重要作用。近年来有关miRNA和lncRNA在心血管疾病的病理及治疗方面的作用成为热点,而lncRNA和miRNA之间互相存在一定调控作用,但具体作用机制仍未明确,本文综述了有关lncRNA和miRNA之间相互关系的研究进展、研究方法及其在心血管疾病的作用。 展开更多
关键词 lncRNA MIRNA cerna 心血管疾病
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基于网络药理学与生物信息学探讨《古今录验》续命汤对急性脑梗死的作用机制 被引量:10
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作者 蔡昱哲 彭珣 +4 位作者 李钰佳 彭岚玉 刘艺璇 刘迅 邓奕辉 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2022年第4期13-20,共8页
目的采用网络药理学和生物信息学方法探讨《古今录验》续命汤治疗急性脑梗死的作用机制,为其临床应用提供依据。方法通过TCMSP、中医药整合药理学研究平台v2.0(TCMIP)、PubChem、ChemSpider、SwissTargetPrediction、GEO、miRDB、miRTar... 目的采用网络药理学和生物信息学方法探讨《古今录验》续命汤治疗急性脑梗死的作用机制,为其临床应用提供依据。方法通过TCMSP、中医药整合药理学研究平台v2.0(TCMIP)、PubChem、ChemSpider、SwissTargetPrediction、GEO、miRDB、miRTarBasead、TargetScan数据库获取和挖掘《古今录验》续命汤的活性成分、预测靶点及急性脑梗死的差异表达长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miRNA)、信使RNA(mRNA),利用R软件ggalluvial包绘制竞争性内源RNA(ceRNA)网络。将得到的差异miRNA采用TransmiR v2.0数据库预测转录因子,采用ggplot2包对转录因子与药物作用靶点取交集。使用Cytoscape3.8.0软件及其插件Cytohubba与STRING数据库构建活性成分-关键转录因子网络、蛋白相互作用网络,并进行核心基因筛选。运用R语言Biomanager、ClusterProfiler包进行关键转录因子GO功能及KEGG通路富集分析,最后予以分子对接评估。结果收集并筛选出《古今录验》续命汤活性成分57个,潜在作用靶点816个,急性脑梗死差异lncRNA 48个,构建了由16个关键lncRNAs、16个关键miRNAs和17个关键mRNAs组成的ceRNA转录网络。通过差异miRNA预测出294个转录因子,与《古今录验》续命汤活性成分作用靶点取交集后得到关键转录因子43个。富集分析结果显示,这些靶基因参与了急性脑梗死的自噬、氧化应激、炎症反应、凋亡等病理生理过程,主要通过IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路发挥作用。结论《古今录验》续命汤可能通过调控IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路等,靶向调控急性脑梗死的自噬、氧化应激、炎症反应、凋亡等病理过程。 展开更多
关键词 《古今录验》续命汤 急性脑梗死 竞争性内源RNA 转录因子 分子对接
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Short Tandem Target Mimic:A Long Journey to the Engineered Molecular Landmine for Selective Destruction/Blockage of MicroRNAs in Plants and Animals 被引量:7
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作者 Guiliang Tang Xiaoqing Tang 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2013年第6期291-296,共6页
MicroRNAs(miRNAs) are a population of highly conserved specific small ribo-regulators that negatively regulate gene expressions in both plants and animals.They play a key role in post-transcriptional gene regulation... MicroRNAs(miRNAs) are a population of highly conserved specific small ribo-regulators that negatively regulate gene expressions in both plants and animals.They play a key role in post-transcriptional gene regulation by destabilizing the target gene transcripts or blocking protein translation from them.Interestingly,these negative regulators are largely compromised by an upstream layer of negative regulators "target mimics" found in plants or "endogenous competing RNAs" revealed recently in animals.These endogenous regulatory mechanisms of "double negatives making a positive" have now been developed into a key strategy in the study of small RNA functions. This review presents some reflections on the long journey to the short tandem target mimic(STTM) for selective destruction/blockage of specific miRNAs in plants and animals,and the potential applications of STTM are discussed. 展开更多
关键词 Small RNA miRNA Short tandem target mimic(STTM) Target mimic(TM) miRNA sponge cerna
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ceRNA调控miR-145-5p介导肿瘤发生发展的研究进展 被引量:7
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作者 张雨薇 张馨月 +2 位作者 白立川 王岩 肖庆桓 《现代肿瘤医学》 CAS 2020年第10期1766-1769,共4页
miR-145-5p是一种微小RNA分子,基因定位于染色体5q32.1,参与恶性肿瘤的发生发展。竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)与mRNA竞争结合miRNA结合位点,进而调控miRNA的作用,可能参与调控肿瘤的生物学特性。因此,本文就ceRNA靶... miR-145-5p是一种微小RNA分子,基因定位于染色体5q32.1,参与恶性肿瘤的发生发展。竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)与mRNA竞争结合miRNA结合位点,进而调控miRNA的作用,可能参与调控肿瘤的生物学特性。因此,本文就ceRNA靶向调控miRNA-145-5p与肿瘤的发生发展作一综述。 展开更多
关键词 cerna miR-145-5p 肿瘤 竞争结合 信号转导
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MicroRNA参与肿瘤发生发展的调控机制 被引量:9
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作者 赵然 周鸣 +3 位作者 王贺冉 熊炜 李小玲 李桂源 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1282-1288,共7页
MicroRNAs(miRNAs)具有瘤基因或抑瘤基因的功能,其表达异常影响细胞增殖、凋亡、侵袭和转移等肿瘤恶性表型,从而参与肿瘤的发生发展及其转录调控网络。转录因子与miRNA,miRNA与靶基因之间一对多及多对一的调控关系,增加了miRNA调控的复... MicroRNAs(miRNAs)具有瘤基因或抑瘤基因的功能,其表达异常影响细胞增殖、凋亡、侵袭和转移等肿瘤恶性表型,从而参与肿瘤的发生发展及其转录调控网络。转录因子与miRNA,miRNA与靶基因之间一对多及多对一的调控关系,增加了miRNA调控的复杂性,从而影响肿瘤的生物学特征;miRNA加工过程中,Drosha和Dicer的表达和活性影响成熟miRNA的加工合成;竞争性內源RNA(ceRNA)与miRNA的靶基因竞争相同的miRNA,从而作为miRNA的拮抗子影响miRNA功能的发挥,ceRNA表达和结构异常是肿瘤发生发展的又一重要分子机制。这种多维调控模式构成了miRNA调控的复杂网络,参与肿瘤发生发展的精细调控,从而为肿瘤诊断和治疗提供了新的靶点。 展开更多
关键词 MICRORNA 肿瘤 转录因子 靶基因 竞争性内源RNA 网络调控
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广西麻鸡卵巢组织中差异lncRNA筛选及ceRNA网络构建
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作者 张珂 张敏 +3 位作者 李添宝 张杰 卢晟盛 江明生 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2739-2750,共12页
【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支... 【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支持。【方法】根据广西麻鸡从开产到41周龄的产蛋情况筛选出高产和低产的广西麻鸡各3只,并以其卵巢组织为材料,进行转录组测序,使用edgeR和DEseq2软件从测序得到的数据中筛选出差异表达的lncRNA、mRNA以及miRNA,利用miRanda软件和lncRNA的顺式作用分别预测miRNA和lncRNA的靶基因,对差异lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后,利用Cytoscape(v 3.8.2)软件构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络图。利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】本研究共获得广西麻鸡卵巢组织中438个差异表达的lncRNAs、18个差异表达的miRNAs以及301个差异表达的mRNAs。对上述差异表达的lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后发现,其显著富集于激素分泌调节、中胚层形成、中胚层发育以及中胚层形态发生等与产蛋有关的生物过程,以及MARK、甘露糖O-聚糖的生物合成、卵母细胞减数分裂、孕激素介导的卵母细胞成熟以及促性腺激素释放激素等信号通路。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得6个与产蛋性状相关的lncRNAs,分别是TCONS_00091814、TCONS_00051866、XR_006939520.1、XR_005839807.1、TCONS_00088588、TCONS_00037324。根据测序结果成功构建出包含9个miRNAs、60个lncRNAs和3个mRNAs的ceRNA网络图,且网络中所有的基因均在低、高产组中差异表达。所选差异表达基因实时荧光定量PCR结果与转录组测序的基因表达水平一致,说明转录组测序结果可靠。【结论】通过RNA测序技术从广西麻鸡卵巢中筛选到了一系列差异表达的lncRNA,并筛选出了6个可能与产蛋性状相关联的lncRNAs,为进一步提高鸡的产蛋性 展开更多
关键词 广西麻鸡 lncRNA 差异表达 产蛋性状 cerna
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LINC02535/miR-30b/CCNA2轴通过抑制细胞凋亡和促进增殖参与肺腺癌的发生和发展
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作者 顾一航 缪健 +2 位作者 王琳 殷泉忠 王兰 《徐州医科大学学报》 CAS 2024年第2期87-94,共8页
目的旨在探究LINC02535/miR-30b/CCNA2轴在肺腺癌(lungadenocarcinoma,LUAD)发生和发展中的作用机制,通过分析基因表达情况发现相关分子标志物和信号通路,并验证其作用。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中获取LUAD的lncRNA、miRNA和mRNA的... 目的旨在探究LINC02535/miR-30b/CCNA2轴在肺腺癌(lungadenocarcinoma,LUAD)发生和发展中的作用机制,通过分析基因表达情况发现相关分子标志物和信号通路,并验证其作用。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中获取LUAD的lncRNA、miRNA和mRNA的表达谱数据和临床数据,利用R3.6.0软件的“edgeR”差异分析数据包筛选差异表达基因,进一步利用R3.6.0软件的“WGCNA”数据包进行加权基因共表达网络分析,得到构成ceRNA的基因共表达网络图。同时,对2种人LUAD细胞系A549、H1299和1种标准支气管上皮细胞系BEAS-2B进行细胞培养和转染,使用qRT-PCR、CCK-8、EdU分析和细胞周期分析等方法评估细胞增殖。结果从TCGA数据库中获取了高表达的lncRNA、低表达的miRNA和高表达的mRNA,通过加权基因共表达网络分析筛选出20个生存分析预后显著差异的lncRNA。其中,LINC02535与miR-30b呈负相关,并且存在结合靶点。进一步研究发现,LINC02535在LUAD组织和细胞系中显著过表达,而miR-30b则显著低表达。通过降低LINC02535的表达水平,发现其对细胞增殖有抑制作用。此外,降低LINC02535的表达水平还发现其对细胞凋亡和G1向S期转变有抑制作用。同时,LINC02535下调导致miR-30b的表达升高,使得CCNA2的表达下降。结论LINC02535/miR-30b/CCNA2轴通过抑制细胞凋亡和促进增殖参与了LUAD的发生和发展,可能成为潜在治疗LUAD的分子靶点。 展开更多
关键词 肺腺癌 lncRNA LINC02535 cerna 增殖 细胞周期
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长链非编码RNA在骨关节炎中的发病机制及中药干预
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作者 黄柯琪 李加根 +1 位作者 陈尚桐 容向宾 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第34期5571-5576,共6页
背景:骨关节炎的病因多样且发病机制复杂,具体的发病机制至今仍未完全明确。随着生物信息领域近年的不断深入,越来越多研究发现可能是关节骨组织中长链非编码RNA(lncRNA)和微小核糖核酸(miRNA)异常表达介导下游相关信号通路参与骨关节... 背景:骨关节炎的病因多样且发病机制复杂,具体的发病机制至今仍未完全明确。随着生物信息领域近年的不断深入,越来越多研究发现可能是关节骨组织中长链非编码RNA(lncRNA)和微小核糖核酸(miRNA)异常表达介导下游相关信号通路参与骨关节炎的发展。目的:综述lncRNA在骨关节炎发展过程中的作用机制,以及中药单体和复方有效成分调控lncRNA及下游信号通路对骨关节炎的治疗作用。方法:以“lncRNA,膝骨关节炎,miRNA,软骨细胞,信号通路,中药”为中文检索词检索中国知网、万方、维普数据库;以“long non-coding RNA,knee osteoarthritis,miRNA,chondrocytes,signal pathway,traditional chinese medicine”为英文检索词检索PubMed数据库,检索各数据库建库至2023年3月的相关文献,根据纳入及排除标准最终纳入61篇文献。结果与结论:(1)骨关节炎的发病机制涉及复杂的分子调控网络,其中包括软骨组织中lncRNA、miRNA的异常表达,这些异常表达可能导致软骨细胞凋亡、软骨细胞外基质降解及促炎细胞因子的大量生成,这些变化相互作用,导致关节软骨的退变和关节炎的进展,因此需要进一步深入的研究来揭示分子调控网络的精细机制;(2)中药治疗骨关节炎的作用机制主要集中在调节lncRNA、miRNA的表达进而减轻软骨细胞凋亡、细胞外基质降解及促进细胞增殖,延缓骨关节炎的发生发展。 展开更多
关键词 骨关节炎 lncRNA cerna 中药 治疗进展 综述 组织工程
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基于络病理论探究lncRNA-miRNA-mRNA调控网络中医药防治特发性肺纤维化
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作者 李英杰 庞立健 +7 位作者 吕晓东 王誉儒 王亚勤 王佳然 臧凝子 刘勇明 王靖宇 王琳琳 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2024年第4期148-152,共5页
特发性肺纤维化(IPF)是一种致命的间质性肺疾病。最近的研究已经确定IPF中失调的上皮细胞、间充质、免疫和内皮细胞之间与非编码RNA存在着某种联系。文章总结lncRNA、miRNA和mRNA之间的相互影响,通过“ceRNA”机制,形成了lncRNA-miRNA-m... 特发性肺纤维化(IPF)是一种致命的间质性肺疾病。最近的研究已经确定IPF中失调的上皮细胞、间充质、免疫和内皮细胞之间与非编码RNA存在着某种联系。文章总结lncRNA、miRNA和mRNA之间的相互影响,通过“ceRNA”机制,形成了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,并在肺纤维化中作用显著。近年来,随着络病理论的不断发展,作者基于肺络构效理论,探析在IPF进程中“肺虚络瘀”与lncRNA-miRNA-mRNA调控网络的相关性,并为IPF的发病机制和治疗提供新的理论。 展开更多
关键词 络病理论 特发性肺纤维化 肺虚络瘀 中医药 lncRNA-miRNA-mRNA cerna
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基于微小核糖核酸筛选和竞争性内源核糖核酸网络构建的尿酸盐肾沉积机制研究
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作者 安笑叶 毛秋月 +4 位作者 刘泽宇 鲁程锦 张冰 林志健 王雨 《世界中医药》 CAS 北大核心 2024年第13期1896-1901,共6页
目的:构建竞争性内源核糖核酸(ceRNA)以揭示尿酸盐肾沉积分子调控机制。方法:复制尿酸盐肾沉积大鼠模型,采用高通量核糖核酸(RNA)测序技术分析尿酸盐肾沉积大鼠肾组织中微小核糖核酸(miRNA)的表达,并筛选出差异表达的miRNA。利用TargetS... 目的:构建竞争性内源核糖核酸(ceRNA)以揭示尿酸盐肾沉积分子调控机制。方法:复制尿酸盐肾沉积大鼠模型,采用高通量核糖核酸(RNA)测序技术分析尿酸盐肾沉积大鼠肾组织中微小核糖核酸(miRNA)的表达,并筛选出差异表达的miRNA。利用TargetScan、StarBase、miRDB、miRWalk 4个数据库预测miRNA的靶基因,通过DAVID和Metascape数据库对靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用Cytoscape构建主要信号通路的ceRNA调控网络。结果:测序共检测到14个差异miRNA(均为上调),该差异miRNA的靶基因主要富集在细胞衰老和癌症相关信号通路;构建获得的ceRNA调控网络含47个长链非编码RNA(lncRNA)节点、10个miRNA节点、27个信使RNA(mRNA)节点,该调控网络中miR-155-5p、miR-132-3p、miR-503-5p、miR-146b-5p和miR-212-5p为排名前5的HUB基因。结论:本研究通过筛选尿酸盐肾沉积差异miRNA,构建了尿酸盐肾沉积ceRNA网络,为尿酸盐肾沉积机制探讨提供了新思路。 展开更多
关键词 尿酸盐肾沉积 miRNA测序 miRNA lncRNA cerna 生信预测 作用机制 细胞衰老
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膀胱癌ceRNA网络的构建和相关lncRNAs的筛选
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作者 田虹 陈颖 +1 位作者 唐力 顾昊 《中国科技论文在线精品论文》 2024年第2期213-223,共11页
目的:探讨膀胱癌差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)之间的相互作用机制,筛选潜在的lncRNA生物标志物。方法:使用生物信息学方法对多... 目的:探讨膀胱癌差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)之间的相互作用机制,筛选潜在的lncRNA生物标志物。方法:使用生物信息学方法对多种数据库进行数据挖掘,得到膀胱癌差异表达的lncRNAs、miRNAs和mRNAs,并构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络。为了分析ceRNA网络行使的生物学功能,对ceRNA网络中的mRNAs进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析并构建蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPI)网络。对ceRNA网络中的lncRNAs进行Kaplan-Meier生存曲线分析,筛选出与膀胱癌患者预后存在显著相关性的lncRNAs。结果:ceRNA网络中包括了17个lncRNAs、32个miRNAs和78个mRNAs。GO功能分析发现相关失调基因主要集中在蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶途径、酪氨酸激酶途径等方面。KEGG通路富集分析结果显示这些基因集中在MAPK信号途径、脂质和动脉粥样硬化通路等方面。PPI网络中可以看出核心蛋白质主要围绕在MAPK1、HSPA8和HNRNPD等方面。通过Kaplan-Meier生存曲线分析发现共有6个lncRNAs与膀胱癌患者预后存在显著相关性,分别为C3orf35、ZBTB20-AS1、LINC00112、ARHGAP5-AS1、ARAP1-AS2和CYB561D2。结论:不同的lncRNAs参与了膀胱癌的发病机制;构建的ceRNA调控网络有助于增加对膀胱癌发病分子机制的认识;筛选的lncRNAs为后续的实验研究提供了基础。 展开更多
关键词 肿瘤学 膀胱癌 cerna lncRNAs 生物标志物
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冠心病血清外泌体介导的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络研究及潜在靶向中药预测及实验验证
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作者 马露 杨雷 +8 位作者 丁煌 李菀榆 谭维 李艳玲 张燕燕 刘晓丹 曾昭文 邓常清 张伟 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1153-1164,共12页
目的本研究采用生物信息学相关方法对冠心病(coronary heart disease,CHD)患者和正常人的血清外泌体测序数据分析,构建出竞争性内源性lncRNA-miRNA-mRNA(ceRNA)调控网络,并挖掘预测潜在的中药,并对ceRNA网络涉及的生物学过程和核心中药... 目的本研究采用生物信息学相关方法对冠心病(coronary heart disease,CHD)患者和正常人的血清外泌体测序数据分析,构建出竞争性内源性lncRNA-miRNA-mRNA(ceRNA)调控网络,并挖掘预测潜在的中药,并对ceRNA网络涉及的生物学过程和核心中药进行初步验证。方法利用exoRbase数据库获得差异基因的表达矩阵,结合生信方法构建ceRNA网络,并对网络中的差异的mRNA进行GO分析和KEGG分析,利用COREMINE数据库对ceRNA网络涉及的生物学过程及核心靶基因进行预测,筛选具有潜在治疗作用的中药;体外构建AVECs氧化损伤细胞模型,检测细胞骨架、成管功能、细胞增殖、LDH漏出率、ROS水平以及p-AKT、AKT、p-PI3K、PI3K蛋白表达情况,验证核心中药丹参治疗CHD的作用通路及靶点。结果与正常人比,CHD血清外泌体存在395个mRNA,80个miRNA,60个lncRNA差异基因,预测出80个miRNA,所构建ceRNA子网络,主要由21个lncRNA、80个miRNA、82个mRNA组成;AKT1、VEGFA、IL-1β等基因在网络中处于核心地位,异常表达的mRNA涉及细胞的氧化应激反应等生物学过程和PI3K/Akt等信号通路,丹参、川芎、三七等与CHD外泌体介导的生物学过程和核心基因最为密切;药物主要归属于补虚类、清热类和活血化瘀类,五味大多数归属于苦、甘和辛类,归经多集聚于心、肝、肾经;核心中药丹参的有效成分丹参酮IIA可以促进血管内皮细胞增殖、成管、骨架形成及修复,降低细胞LDH漏出率及ROS水平,促进p-AKT、p-PI3K蛋白的表达。结论CHD血清外泌体存在复杂的ceRNA调控网络转导,中药可通过多靶点干预治疗,丹参、川芎、三七等有望成为候选中药来源,其中丹参有效成分丹参酮IIA激活PI3K/Akt信号通路发挥对氧化应激损伤细胞的保护作用,治疗CHD。 展开更多
关键词 冠心病 血清外泌体 cerna lncRNA MIRNA MRNA 丹参酮IIA
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lncRNA-miRNA-mRNA轴在脓毒症炎症免疫机制中的研究进展 被引量:2
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作者 钱镭元 修光辉 +1 位作者 孙洁 凌斌 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期117-122,共6页
脓毒症是由宿主对感染的反应失调引起的危及生命的器官功能障碍,lncRNAs是转录长度超过200 nt但缺乏蛋白质编码能力的RNA分子,miRNA是一种在物种中高度保守的非编码RNA。lncRNA与miRNA、mRNA存在相互调节关系,形成了lncRNA-miRNA-mRNA... 脓毒症是由宿主对感染的反应失调引起的危及生命的器官功能障碍,lncRNAs是转录长度超过200 nt但缺乏蛋白质编码能力的RNA分子,miRNA是一种在物种中高度保守的非编码RNA。lncRNA与miRNA、mRNA存在相互调节关系,形成了lncRNA-miRNA-mRNA相互调控网络。该网络主要通过“ceRNA”机制,参与了脓毒症的炎症反应及免疫信号通路的调控,并在其中发挥了重要功能。该文总结了lncRNA-miRNA-mRNA轴在炎症反应调控、重要免疫细胞调控中的研究,探讨lncRNA-miRNA-mRNA在炎症进展、免疫反应中的重要作用,为临床脓毒症诊治提供新的思路。 展开更多
关键词 lncRNA MIRNA cerna 脓毒症 炎症反应 免疫反应
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miR-21-5p ceRNA lncRNA MEG3抑制食管鳞癌TE11细胞的增殖和侵袭
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作者 李醒 黄俊星 《中南医学科学杂志》 CAS 2024年第4期549-553,共5页
目的探讨lncRNA MEG3能否作为miR-21-5p的竞争性内源RNA(ceRNA)抑制食管鳞癌(ESCC)TE11细胞增殖和侵袭。方法收集食管癌手术患者癌组织及配对的癌旁组织。qRT-PCR法检测lncRNA MEG3和miR-21-5p在配对ESCC组织和癌旁组织中的表达。qRT-PC... 目的探讨lncRNA MEG3能否作为miR-21-5p的竞争性内源RNA(ceRNA)抑制食管鳞癌(ESCC)TE11细胞增殖和侵袭。方法收集食管癌手术患者癌组织及配对的癌旁组织。qRT-PCR法检测lncRNA MEG3和miR-21-5p在配对ESCC组织和癌旁组织中的表达。qRT-PCR法检测lncRNA MEG3和miR-21-5p在各个细胞系中的表达情况。构建过表达MEG3基因的稳定转染细胞株。CCK-8和Transwell小室实验检测lncRNA MEG3对ESCC细胞的增殖和侵袭能力的影响。双荧光素酶检测分析lncRNA MEG3和miR-21-5p是否有靶向关系。采用抗AgO 2 RNA结合蛋白免疫沉淀(RIP)实验验证MEG3和miR-21-5p能否在免疫沉淀物中富集。结果lncRNA MEG3在ESCC组织中的表达低于癌旁组织(P<0.05);miR-21-5p在ESCC组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05);二者的表达呈负相关(P<0.05)。ESCC患者MEG3的表达与肿瘤大小、分化程度、临床分期、淋巴结转移有关。过表达MEG3可降低miR-21-5p的表达,且MEG3能抑制TE11细胞的增殖和侵袭能力(P<0.05)。在过表达MEG3的TE11细胞中过表达miR-21-5p,削弱了过表达MEG3对细胞增殖和侵袭的抑制作用(P<0.05)。双荧光素酶实验结果显示,转染miR-21-5p可降低转染MEG3野生型细胞的荧光素酶相对活性(P<0.05)。RIP实验证实lncRNA MEG3和miR-21-5p在AgO 2免疫沉淀物中显著富集(P<0.05)。结论lncRNA MEG3是一种ESCC抑癌基因,作为miR-21-5p的ceRNA抑制了食管鳞癌TE11细胞的增殖和侵袭。 展开更多
关键词 食管鳞癌 lncRNA MEG3 cerna 增殖 侵袭
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马岗鹅早期发育阶段腿肌lncRNA-miRNA-mRNA网络构建与分析
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作者 洪龙胜 许丹宁 +5 位作者 李婉雁 曹楠 付新亮 田允波 李玉谷 李冰心 《中国家禽》 北大核心 2024年第9期34-45,共12页
为探究非编码RNA对鹅骨骼肌生长发育的调控机制,试验以20胚龄和孵化后3日龄马岗鹅的腿部肌肉作为研究对象,通过HE染色观察不同阶段腿肌组织结构差异,并通过RNA测序探讨可能影响腿肌生长发育的RNAs。3日龄马岗鹅腿肌相较于20胚龄显示出... 为探究非编码RNA对鹅骨骼肌生长发育的调控机制,试验以20胚龄和孵化后3日龄马岗鹅的腿部肌肉作为研究对象,通过HE染色观察不同阶段腿肌组织结构差异,并通过RNA测序探讨可能影响腿肌生长发育的RNAs。3日龄马岗鹅腿肌相较于20胚龄显示出了完整的肌纤维结构,肌纤维轮廓清晰;两阶段内共有2289个差异表达mRNAs,17个差异表达miRNAs和192个差异表达lncRNAs;差异表达基因在骨骼肌生长和发育相关的通路中显著富集,如细胞周期、FoxO信号通路和MAPK通路等;研究通过预测差异表达的mRNA和lncRNA与miRNA的靶向关系,成功构建一个与骨骼肌生长发育密切相关的ceRNA网络,其中36个lncRNAs、10个miRNAs被预测可以调控CCNB2、SHC4、ANGPT2、NRK、SLC25A4、WHAMM、FREM1、HMMR、PHKG1、DUSP1和COL1A2等与腿肌生长发育相关的基因。研究结果揭示了lncRNA和miRNA在鹅腿肌生长和发育中的潜在功能和机制,为进一步的研究提供了参考。 展开更多
关键词 马岗鹅 全转录组分析 cerna 腿肌
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细胞质lncRNA在ceRNA网络中对肝癌的预后作用
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作者 盖智敏 陈颖丽 +1 位作者 刘姝含 杨佳宏 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期54-64,共11页
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达对肝癌(HCC)的发生和发展起着至关重要的作用,并且lncRNA的特定功能与其细胞内定位是密切相关的。lncRNA广泛存在于细胞质和细胞核中,而竞争性内源RNA(ceRNA)主要在细胞质中发挥作... 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达对肝癌(HCC)的发生和发展起着至关重要的作用,并且lncRNA的特定功能与其细胞内定位是密切相关的。lncRNA广泛存在于细胞质和细胞核中,而竞争性内源RNA(ceRNA)主要在细胞质中发挥作用,因而挑选出位于细胞质中的lncRNA进行研究。从癌症基因组图谱(TCGA)中获得了374例HCC组织和50例正常组织中lncRNA、microRNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)的表达谱,并鉴定出差异表达基因。构建了一个HCC相关的ceRNA网络,随后通过建立LASSO Cox模型和多因素Cox回归分析,构建了基于5个lncRNA基因的预后模型,将肝癌样本分为高、低风险组,KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现,该模型可能是预测肝癌患者的独立因素。研究结论显示,找到了一些参与HCC进展的潜在预后细胞质lncRNA。 展开更多
关键词 cerna 肝细胞癌 lncRNA 总生存率 风险评分
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