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黄瓜MTP基因家族分析及重金属胁迫下表达特征 被引量：3
1
作者 朱雄萌 蒋昕晨 +3 位作者 席克勇 杨静 尹军良 朱永兴 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期933-943,共11页
该研究以模式物种(拟南芥、水稻、玉米)的MTP序列作为种子序列,对黄瓜MTP基因家族(CsMTP)成员进行了系统鉴定和分析;并以Zn^(2+)、Cd^(2+)、Mn^(2+)、Cu^(2+)、Fe^(2+)和Mo^(2+)处理后的黄瓜叶片和根系为材料,对CsMTP响应金属离子的表... 该研究以模式物种(拟南芥、水稻、玉米)的MTP序列作为种子序列,对黄瓜MTP基因家族(CsMTP)成员进行了系统鉴定和分析;并以Zn^(2+)、Cd^(2+)、Mn^(2+)、Cu^(2+)、Fe^(2+)和Mo^(2+)处理后的黄瓜叶片和根系为材料,对CsMTP响应金属离子的表达模式进行了研究,为探究该基因家族对黄瓜重金属胁迫调控机制提供理论依据。结果表明:(1)黄瓜含有10个CsMTP,可进一步分为Fe/Zn-CDF(2个)、Mn-CDF(3个)和Zn-CDF(5个)三个亚家族,Mn-CDF成员含有保守基序DxxxD,Zn-CDF和Fe/Zn-CDFs成员含有保守基序HxxxD,大部分CsMTP成员含有6个跨膜结构域。(2)RNA-seq数据分析表明,CsMTP具备组织特异性表达和响应不同处理的特征,CsMTP11、CsMTP3和CsMTP7在不同组织和处理下普遍高水平表达,且外源化学试剂处理可诱导同一基因的不同表达模式。(3)RT-PCR分析表明,CsMTPs可被不同重金属离子诱导差异表达,包括不是MTP家族潜在底物的重金属。 展开更多
关键词 黄瓜 重金属胁迫 CDF家族 生物信息学 表达模式分析
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空心莲子草MTP基因家族的鉴定、特征及表达分析 被引量：5
2
作者 杨蕾 蒋昕晨 +5 位作者 杨杰 夏雨晨 陈中义 马东方 朱永兴 尹军良 《草业科学》 CAS CSCD 2020年第8期1516-1527,共12页
金属耐受蛋白(MTP)是阳离子转运蛋白家族(cation transporter family,CDF)的重要成员,在植物重金属转运及解毒中发挥关键作用。为系统鉴定和分析空心莲子草MTP基因家族(ApMTP),本研究以模式物种MTP序列作为种子序列,BLASTP比对空心莲子... 金属耐受蛋白(MTP)是阳离子转运蛋白家族(cation transporter family,CDF)的重要成员,在植物重金属转运及解毒中发挥关键作用。为系统鉴定和分析空心莲子草MTP基因家族(ApMTP),本研究以模式物种MTP序列作为种子序列,BLASTP比对空心莲子草氨基酸序列数据库,成功鉴定到40个ApMTP候选,随后对它们进行了系统发育、保守结构域、基因结构等生物信息学分析。结果表明:鉴定到的40个ApMTP中,大部分成员含有2~6个跨膜结构域(transmembrane domain,TMD);系统发育分析将40个ApMTP分为Fe/Zn-CDF(7)、Mn-CDF(20)和Zn-CDF(13) 3个亚家族;在Zn-CDF和Zn/Fe-CDF亚家族ApMTP的TMD-Ⅱ和TMD-Ⅴ上或附近识别到保守基序HXXXD,在Mn-CDFs亚家族的TMD-Ⅱ和TMD-Ⅴ上识别到保守基序DXXXD。表达模式分析发现,ApMTP具有组织特异性表达和响应根部低钾等不同处理的特征。 展开更多
关键词 生物信息学分析 重金属 CDF家族 锌转运蛋白
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