鸡体质量性状基因的全基因组关联研究 被引量：11

1

作者 吴丹 刘冉冉 +4 位作者 赵桂苹 郑麦青 张磊 胡耀东 文杰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1887-1896,共10页

旨在利用全基因组关联分析(GWAS)方法挖掘畜禽各种经济性状相关候选基因及分子标记。本试验利用鸡的60KSNP芯片,对北京油鸡初生、28、56、80和100日龄体质量进行GWAS研究。结果表明,共有9个SNPs位点达5%全基因组显著水平,与28或100日龄... 旨在利用全基因组关联分析(GWAS)方法挖掘畜禽各种经济性状相关候选基因及分子标记。本试验利用鸡的60KSNP芯片,对北京油鸡初生、28、56、80和100日龄体质量进行GWAS研究。结果表明,共有9个SNPs位点达5%全基因组显著水平,与28或100日龄体质量显著相关,在这些显著位点附近包括LYRM1、LDB2等基因;还有96个SNPs位点达全基因组潜在显著水平,与检测的各个日龄体质量有潜在相关性。这些候选基因和分子标记的揭示为分子标记辅助选择技术的发展积累了素材。 展开更多

关键词 北京油鸡 体质量性状 全基因组关联分析

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绵羊体重性状全基因组关联分析 被引量：10

2

作者 张莉 刘佳森 +9 位作者 徐凌洋 赵福平 陆健 张世芳 王慧华 张晓宁 魏彩虹 陆国彬 郑友民 杜立新 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第2期194-203,共10页

本研究旨在利用全基因组关联分析方法(genome-wide association studies,GWAS)挖掘影响绵羊体重性状的遗传标记和功能基因。采用Illumina OvineSNP50BeadChip中密度商业化羊芯片,对3个品种(苏尼特羊、德国肉用美利奴羊和杜泊羊)共计329... 本研究旨在利用全基因组关联分析方法(genome-wide association studies,GWAS)挖掘影响绵羊体重性状的遗传标记和功能基因。采用Illumina OvineSNP50BeadChip中密度商业化羊芯片,对3个品种(苏尼特羊、德国肉用美利奴羊和杜泊羊)共计329只绵羊的体重性状(初生重、断奶重、6月龄重、断奶前日增重、断奶后日增重、日增重)进行GWAS分析。统计分析和基因注释基于TASSEL软件、混合线性模型和2012年10月公布的最新版绵羊基因组Ovis_aries_v3.1序列信息。结果表明,有10个SNPs位点在全基因组显著水平上与断奶后日增重相关,部分位点分布在羊注释基因内(MEF2B、RFXANK等);除此之外还检测到22个SNPs在染色体显著水平上与其他体重性状存在相关性,获得一批重要的候选基因。这些基因对绵羊体重性状功能基因的挖掘具有重要的理论意义和参考价值。 展开更多

关键词 绵羊 体重性状 全基因组关联分析

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杜洛克和大约克猪体重和体尺性状间典型相关分析 被引量：9

3

作者 朱荣生 王怀中 张印 《家畜生态学报》 2009年第2期26-28,44,共4页

对杜洛克和大约克猪的体重性状和体尺性状进行典型相关分析,结果表明:杜洛克和大约克猪的体重性状和体尺性状间存在较强的相关,其第一典型相关系数达到极显著相关水平(P<0.01),典型相关系数分别为0.891和0.828,分别占总相关的95.90%... 对杜洛克和大约克猪的体重性状和体尺性状进行典型相关分析,结果表明:杜洛克和大约克猪的体重性状和体尺性状间存在较强的相关,其第一典型相关系数达到极显著相关水平(P<0.01),典型相关系数分别为0.891和0.828,分别占总相关的95.90%和92.11%。杜洛克猪体重与体尺性状间的相关主要是由6月龄体重与6月龄体长和胸围引起,而大约克猪体重与体尺性状间的相关主要来自于6月龄体重与6月龄胸围和腹围,其次为6月龄体长。 展开更多

关键词 杜洛克 大约克 体重性状 体尺性状 典型相关分析

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20月龄尖紫蛤壳形态性状对体质量的影响 被引量：9

4

作者 陈亭君 何旭盟 +1 位作者 申玉春 栗志民 《广东海洋大学学报》 CAS 2019年第6期23-29,共7页

【目的】了解尖紫蛤(Soletellina acuta)壳形态性状对体质量的影响。【方法】随机测量120个20月龄人工养殖的尖紫蛤,以壳形态性状壳长X1、壳高X2、壳宽X3为自变量,体质量性状活体质量mL和软体质量mM为因变量建立壳形态性状对体质量影响... 【目的】了解尖紫蛤(Soletellina acuta)壳形态性状对体质量的影响。【方法】随机测量120个20月龄人工养殖的尖紫蛤,以壳形态性状壳长X1、壳高X2、壳宽X3为自变量,体质量性状活体质量mL和软体质量mM为因变量建立壳形态性状对体质量影响的最优回归方程。【结果】壳形态性状与活体、软体质量的相关系数都达到了极显著性水平(P<0.01),壳长和壳宽是决定尖紫蛤活体质量的主要因素,而壳长和壳高是决定尖紫蛤软体质量的主要因素。采用逐步回归方法得到最优回归方程:mL=-62.105+0.647 X1+0.726 X2+0.779 X3、mM=-26.116+0.240 X1+0.439 X2+0.322 X3,回归关系达到极显著水平(P<0.01)。【结论】20月龄尖紫蛤壳壳长是和壳宽、壳长和壳高分别是决定尖紫蛤活体质量、软体质量的主要因素,为尖紫蛤的选择育种提供形态学证据,可首选壳长。 展开更多

关键词 尖紫蛤 形态性状 体质量性状 回归方程

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京海黄鸡体重性状全基因组关联分析 被引量：5

5

作者 张涛 王文浩 +3 位作者 张跟喜 王金玉 薛倩 顾玉萍 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期811-820,共10页

体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，S... 体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，SLAF—seq）对京海黄鸡体重性状进行全基因组关联研究（Genome—wideassociationstndy，GWAS），筛选与京海黄鸡体重性状相关的SNPs位点。结果共检测到100个与京海黄鸡体重相关的SNPs位点，其中15个位点效应达到全基因组显著水平（P〈1．87E-06），85个位点效应达到全基因组潜在显著水平（P〈3．73E-05）。通过筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因，共找到9个可能的候选基因，其中FAMl24A（Familywithsequencesimilarity124A）、QDPR（Quinoiddihydropteridinereductase）、WDRI（WDrepeatdomain1）和SLC2A9（Solutecarrierfamily2（facilitatedglucosetransporter），member9）4个基因可能是影响体重性状的重要候选基因。同时还发现，4号染色体75．6～80．7Mb区域集中了大部分与京海黄鸡中后期体重性状显著相关的SNPs位点，该区域可能是影响京海黄鸡中后期生长体重的重要候选区域。 展开更多

关键词 京海黄鸡 全基因组关联分析 体重性状 简化基因组测序

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湖羊瘦素基因内含子2多态性及其与体重性状的相关性分析 被引量：5

6

作者 吴丽丽 赵晓枫 +4 位作者 陈哲 张立凡 蒋晓玲 吕尊周 徐宁迎 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第2期114-117,共4页

利用测序和PCR-RFLP技术对85只湖羊个体瘦素(leptin)基因第2内含子进行多态性分析,检测到A99G和C150T两个SNPs,两座位的优势基因型均为野生基因型,基因型频率分别为0.7882和0.8000,突变纯合型均未检测到;卡方检验结果表明,两座位的基因... 利用测序和PCR-RFLP技术对85只湖羊个体瘦素(leptin)基因第2内含子进行多态性分析,检测到A99G和C150T两个SNPs,两座位的优势基因型均为野生基因型,基因型频率分别为0.7882和0.8000,突变纯合型均未检测到;卡方检验结果表明,两座位的基因型频率处于哈代—温伯格平衡(P>0.05);统计分析结果表明,A99G和C150T座位的不同基因型与初生重、3月龄体重、6月龄体重之间的相关关系不显著(P>0.05)。 展开更多

关键词 湖羊 LEPTIN基因 SNP 体重性状 相关分析

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海南特种野猪体重和体尺性状间的典型相关分析 被引量：4

7

作者 陈元壮 羊宣科 吴科榜 《湖北农业科学》 2015年第5期1144-1145,1149,共3页

对海南特种野猪体重和体尺性状进行典型相关分析。结果表明,海南特种野猪的体重和体尺性状间存在较强的相关,其第一、第二、第三典型相关系数均达到显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01),典型相关系数分别为0.946 8、0.777 0和0.364... 对海南特种野猪体重和体尺性状进行典型相关分析。结果表明,海南特种野猪的体重和体尺性状间存在较强的相关,其第一、第二、第三典型相关系数均达到显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01),典型相关系数分别为0.946 8、0.777 0和0.364 7,占总相关的99.86%;海南特种野猪体重与体尺性状间的相关主要由初生体重、2月龄体重和6月龄体重与6月龄胸围、6月龄管围引起;在达到显著或极显著水平的3对典型变量中,体重性状的3个典型变量对6月龄体长、胸围和管围的预测能力较强,体尺性状的3个典型变量对4月龄体重和6月龄体重的预测能力较强。 展开更多

关键词 特种野猪 体重性状 体尺性状 典型相关分析

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不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析 被引量：3

8

作者 周胜花 赵园园 +9 位作者 王媛媛 王鹤洁 秦本源 张宁芳 乐宝玉 成志敏 高鹏飞 郭晓红 李步高 曹果清 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第12期3497-3504,共8页

本研究旨在检测猪脂联素(adiponectin,ADIPOQ)基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性... 本研究旨在检测猪脂联素(adiponectin,ADIPOQ)基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸(Val)向异亮氨酸(Ile)的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型:AA、AB、BB,2个等位基因:A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率(0.52)略高于B等位基因(0.48);在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异(P>0.05),杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著(P>0.05),而长白猪和大白猪间差异显著(P<0.05),任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平(P<0.01)。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型(P<0.05),AA和AB基因型间无显著差异(P>0.05),但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。 展开更多

关键词 猪 脂联素(ADIPOQ)基因 多态性 体重性状 体尺性状

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偏顶蛤壳尺寸与体质量性状的相关与回归分析 被引量：3

9

作者 宁军号 常亚青 +5 位作者 宋坚 庞振国 庞云龙 张伟杰 何舟 程龙 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期68-72,共5页

采用相关性分析、共线性分析、多元回归分析和通径分析方法研究了偏顶蛤Modiolus modiolus壳尺寸性状与体质量性状间的关系。随机选取100个大连海域偏顶蛤野生个体并测量了其多个经济性状。结果表明:所测偏顶蛤各性状间均呈极显著的相关... 采用相关性分析、共线性分析、多元回归分析和通径分析方法研究了偏顶蛤Modiolus modiolus壳尺寸性状与体质量性状间的关系。随机选取100个大连海域偏顶蛤野生个体并测量了其多个经济性状。结果表明:所测偏顶蛤各性状间均呈极显著的相关性(P<0.01);共线性分析显示,壳尺寸性状间不存在共线性或共线性程度很低;通径分析显示,壳长、壳高和壳宽是影响活体湿体质量、体积和软体湿质量的重点性状,壳前至壳缘长对活体湿体质量也有直接影响,其中壳长、壳宽对这些性状的直接影响最大,而壳顶至壳后长和壳高对软体湿质量、闭壳肌湿质量和闭壳肌干质量均有直接影响,且壳顶至壳后长对这些体质量性状的直接影响均最大;经多元回归分析,剔除不显著因子,分别建立了以壳尺寸性状和测量性状为自变量,以体积和体质量性状为依变量的最优回归方程。本研究结果可为偏顶蛤增养殖和选择育种提供理论依据。 展开更多

关键词 偏顶蛤 壳尺寸 体质量性状 相关分析 回归分析

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福建福宁湾尖刀蛏体尺与体重性状及其相关性 被引量：1

10

作者 王灵平 《渔业研究》 2020年第3期216-222,共7页

通过测量福建省福宁湾1~2龄尖刀蛏(Cultellum scalprum)的重量性状(活体重量、软体部湿重和干重、贝壳湿重和干重)、体尺性状(壳长、壳高、壳宽)和肥满度等指标,并作相关与回归分析、通径分析,以阐述尖刀蛏表型性状间的相关性、表型性... 通过测量福建省福宁湾1~2龄尖刀蛏(Cultellum scalprum)的重量性状(活体重量、软体部湿重和干重、贝壳湿重和干重)、体尺性状(壳长、壳高、壳宽)和肥满度等指标,并作相关与回归分析、通径分析,以阐述尖刀蛏表型性状间的相关性、表型性状生长特点、体尺性状与体重性状的相互关系等。结果表明,1~2龄尖刀蛏体重性状的变异系数(CV)在28.09%~43.10%之间,体尺性状变异系数CV≤15%,重量性状变异系数大于体尺性状。尖刀蛏体尺与体重性状间的相关系数均达到了极显著水平(P<0.01),其性状间的回归关系均可用幂函数方程表示;该区域1~2龄尖刀蛏活体重量相对壳长、壳高和壳宽均呈现正异速生长(b>1.0,P<0.01),壳宽与壳长呈等速生长(b=1.0,P<0.01),壳高与壳长、壳宽与壳高分别呈负异速生长(b<1.0,P<0.01);尖刀蛏体重性状与体尺性状(壳长X 1、壳高X 2和壳宽X 3)间的多元回归方程为:活体重量(BW)=-2.5351+0.0460 X 1+0.0604X 2+0.2958X 3。通径分析结果显示,尖刀蛏的体尺指标壳宽的数值变化对其活体重量、软体部湿重和软体部干重等体重指标的变化直接影响最大,壳长对活体重量、壳高对软体部湿重和软体部干重等的直接影响次之;壳高通过影响壳宽进而对活体重量、软体部湿重和软体部干重等体重指标的间接影响最大。 展开更多

关键词 尖刀蛏(Cultellum scalprum) 体尺性状 体重性状

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罗氏沼虾转录组SSR标记筛选及其与体质量相关性分析

11

作者 陈雪峰 王春琳 +4 位作者 李荣华 顾志敏 徐宾朋 程海华 彭菲 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1150-1159,共10页

研究通过转录组测序对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)SSR标记进行了发掘,获得SSR位点18592个。随机选取了63个SSR位点设计引物并利用10个个体进行多态性位点筛选,共获得31个具有多态的SSR标记,利用其中19个SSR标记对全同胞家系群(... 研究通过转录组测序对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)SSR标记进行了发掘,获得SSR位点18592个。随机选取了63个SSR位点设计引物并利用10个个体进行多态性位点筛选,共获得31个具有多态的SSR标记,利用其中19个SSR标记对全同胞家系群(FS)119尾虾及孟加拉F3代野生群(MJL)199尾虾的群体遗传多样性进行分析,并对SSR位点与体质量性状进行关联性分析。结果表明:FS群体共检测到40个等位基因,平均等位基因数为2.1053,平均观测杂合度0.4525,平均期望杂合度0.3804,平均多态信息含量0.3076,处于中度遗传多态水平;MJL群体共检测到65个等位基因,平均等位基因数为3.4211,平均观测杂合度0.4105,平均期望杂合度0.4496,平均多态信息含量0.3882,处于中度遗传多态水平。19个SSR位点与FS群体体质量没有相关性(P>0.05),而在MJL群体中, 4个SSR位点与体质量显著相关(P<0.05)。对差异显著的位点进行不同基因型体质量性状的多重比较, MR28位点277/285基因型体质量均值极显著高于277/289和285/285基因型(P<0.01),显著高于285/289、273/289、270/273和285/293基因型(P<0.05);MR32位点266/266和266/270基因型体质量均值显著高于270/270基因型(P<0.05);MR34位点210/214基因型体质量均值显著高于210/210和214/214基因型(P<0.05);MR45位点174/190基因型体质量均值显著高于182/182和182/190基因型(P<0.05)。研究结果为罗氏沼虾分子标记辅助育种奠定了基础。 展开更多

关键词 转录组测序 SSR标记 关联分析 体质量 罗氏沼虾

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天目多胎羊羔羊期体重性状遗传分析

12

作者 李雪 洪巍 +7 位作者 刘桂芬 魏晨 何军敏 张文静 龙丽 杨存明 田可川 黄锡霞 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期220-229,共10页

为进一步提高天目多胎羊的生长性能和育种效率,收集2013-2022年天目多胎羊18 534条断奶前体重数据,分析影响天目多胎羊羔羊期体重性状的非遗传因素,利用DMU软件估计遗传参数和育种值,分析其遗传趋势和表型趋势。结果表明:1)性别、出生... 为进一步提高天目多胎羊的生长性能和育种效率,收集2013-2022年天目多胎羊18 534条断奶前体重数据,分析影响天目多胎羊羔羊期体重性状的非遗传因素,利用DMU软件估计遗传参数和育种值,分析其遗传趋势和表型趋势。结果表明:1)性别、出生年份和出生季节对天目多胎羊羔羊期体重性状均影响极显著(P<0.01);出生类型对断奶前克莱伯比率具有显著(P<0.05)影响,对其他性状具有极显著影响。2)初生重为中等遗传力性状,直接遗传力为0.18±0.03,母体遗传力为0.13±0.02;断奶重、断奶前平均日增重和断奶前克莱伯比率属于低遗传力性状,直接遗传力分别为0.06±0.02、0.06±0.02和0.02±0.01,母体遗传力估计值分别为0.07±0.01、0.07±0.01和0.09±0.01。3)除初生重与断奶前克莱伯比率之间为负的遗传相关与表型相关外,其余各性状间均为正遗传与表型相关。4)初生重的平均育种值整体呈现下降趋势,平均表型值呈先上升后下降的趋势;断奶重的平均育种值与平均表型值均先下降后上升;断奶前平均日增重和断奶前克莱伯比率的平均育种值先下降后上升又下降终上升,平均表型值先下降后上升。5)初生重、断奶重、断奶前日增重和断奶前克莱伯比率的遗传进展分别为-0.013 kg/a、-0.005 kg/a、-0.001 g/(d·a)和0.005;表型进展分别为0.066 kg/a、0.218 kg/a、3.388 g/天/a和0.092。综上,本研究可对天目多胎羊当前育种方案进行优化调整,进一步稳定其优良遗传性能,提高育种效率,节约饲养成本,为天目多胎羊的科学早期选育、提高生长性能和群体遗传稳定性提供理论依据。 展开更多

关键词 天目多胎羊 羔羊期体重性状 遗传参数 育种值 遗传趋势

原文传递

ZFY专门化品系猪主要选育性状典型相关分析 被引量：4

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作者 呼红梅 张印 +4 位作者 武英 郭建凤 王怀中 王继英 王诚 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期55-59,共5页

对ZFY专门化品系猪的主要选育性状进行典型相关分析。结果表明:体质量性状、体尺性状、100 kg体质量校正日龄和背膘厚3组性状间均存在较强相关性。体质量与体尺性状间、体质量性状与100 kg体质量校正日龄和背膘厚间的第一典型相关系数... 对ZFY专门化品系猪的主要选育性状进行典型相关分析。结果表明:体质量性状、体尺性状、100 kg体质量校正日龄和背膘厚3组性状间均存在较强相关性。体质量与体尺性状间、体质量性状与100 kg体质量校正日龄和背膘厚间的第一典型相关系数均达极显著相关水平(P<0.01),分别为0.828和0.85,占总相关的92.11%和97.80%;体尺性状与100 kg体质量校正日龄和背膘厚间的第一、二典型相关系数达显著相关(P<0.05),第一典型相关系数为0.607,占总相关的78.52%。分析表明,12项选育性状中6月龄体质量、胸围、腹围、100 kg体质量校正日龄和背膘厚起主要作用。 展开更多

关键词 ZFY专门化品系 体质量性状 体尺性状 典型相关分析

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MC4R基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关研究 被引量：31

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作者 霍明东 王守志 李辉 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2006年第2期184-189,共6页

黑素皮质素受体4(melanocortin4receptor,MC4R)是G蛋白偶联受体(GProteincoupledreceptors,GPCRs)超家族的一个成员,在人和鼠的体重、能量稳态和采食量的调控中具有重要作用。实验以东北农业大学建立的高低脂双向选择肉鸡品系为研究材料... 黑素皮质素受体4(melanocortin4receptor,MC4R)是G蛋白偶联受体(GProteincoupledreceptors,GPCRs)超家族的一个成员,在人和鼠的体重、能量稳态和采食量的调控中具有重要作用。实验以东北农业大学建立的高低脂双向选择肉鸡品系为研究材料,采用PCR-SSCP和测序方法检测MC4R基因编码区的SNPs,结果在编码区发现1个G315T的突变。最小二乘分析表明,该位点基因型在高低脂系6世代中与7周龄体重、屠体重呈显著相关(P<0.05),多重比较显示,AA型个体的7周龄体重、屠体重显著高于AB型的个体(P<0.05);在高低脂系8世代中基因型与1、5、7周龄体重、屠体重、胸肌重、胸肌率显著相关(P<0.05),多重比较结果表明,AA型个体的5、7周龄体重、屠体重、胸肌重显著高于AB型和BB型个体(P<0.05)。由结果可初步推测MC4R基因可能是影响鸡早期生长和肌肉性状的主效基因或与主效基因相连锁。 展开更多

关键词 MC4R基因 SNPS 体重和脂肪性状 鸡

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狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺全基因组关联分析

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作者 黄红艳 张力允 +8 位作者 黄智荣 伍仲平 张续勐 欧阳宏佳 陈俊鹏 林桢平 田允波 李秀金 黄运茂 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期3914-3924,共11页

旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多... 旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只),进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×),对测序数据进行SNPs位点检测,计算狮头鹅群体遗传多样性指标,利用单标记回归混合模型开展SNPs与体重体尺性状的关联分析。本试验采用Bonferroni法校正,即全基因组水平阈值(0.05/总SNPs)和染色体水平阈值(0.05/染色体SNP数目),确定显著性SNPs位点,并对染色体水平显著性SNPs位点上、下游50 kb进行基因注释。经过质控,共计获得7577552个有效SNPs用于进一步分析。群体多样性分析显示,历史有效群体含量、最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度、期望杂合度和近交系数分别为234、0.25、0.34、0.26、0.34和0.22。共检测出6164个连续纯合片段,长度在1.0~2.0 Mb的纯合片段占比最多(74.4%)。体重体尺性状的全基因组关联分析发现38个染色体水平显著性SNPs,涉及90个基因。其中影响生长发育相关的基因有7个,即D 2HDH、THAP4、ESPNL、EPT1、TNPO3、MCF 2L、AIP 1。本研究利用二代基因组测序数据发现,狮头鹅群体存在一定程度近交现象,挖掘出与狮头鹅体重和体尺性状相关的7个候选基因,可为后续狮头鹅群体保种、功能基因研究和分子育种开展提供重要参考。 展开更多

关键词 狮头鹅 群体多样性 体重体尺性状 全基因组关联分析

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二代基因组测序鉴别狮头鹅拷贝数变异及其与体重体尺关联

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作者 张力允 黄智荣 +8 位作者 杨柳 陈俊鹏 林祯平 黄红艳 伍仲平 张续勐 田允波 黄运茂 李秀金 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第14期2889-2900,I0014-I0018,共17页

【背景】许多研究报道拷贝数变异(copy number variation,CNV)是一种长度在50 bp至5 Mb之间的缺失或插入,可以影响基因的表达,从而影响动物的生长发育特征,与畜禽重要经济性状有紧密的关联,是一种重要分子遗传标记之一。狮头鹅是世界体... 【背景】许多研究报道拷贝数变异(copy number variation,CNV)是一种长度在50 bp至5 Mb之间的缺失或插入,可以影响基因的表达,从而影响动物的生长发育特征,与畜禽重要经济性状有紧密的关联,是一种重要分子遗传标记之一。狮头鹅是世界体型最大鹅种之一,原产地为广东饶平,为广东卤鹅的原材料。但是,至今还没有关于狮头鹅CNV与体重体尺的全基因组关联研究报道。【目的】通过二代基因组测序数据鉴别狮头鹅的CNV和拷贝数变异区域(copy number variation region,CNVR)在基因组上分布情况,通过CNV与体重体尺性状的关联分析,挖掘显著影响体重体尺的CNV及候选基因,为狮头鹅后续的分子育种研究提供参考。【方法】试验共收集了来自汕头市白沙禽畜原种研究所的111只狮头鹅,其中公鹅20只,母鹅91只。所有鹅均采用统一标准饲养管理。对111只鹅进行体重体尺测定,体尺性状包括体斜长、胸深、胸宽等9个指标。本试验对111只鹅进行体重体尺测定和二代基因组测序(5×)。测序数据利用SOAPnuke进行质控,软件Speedseq中的BWA模块进行序列比对,采用Speedseq中的LUMPY和CNVnator模块检测结构变异(structure variation,SV),从SV中筛选CNV。本试验用软件SVtools对CNV进行基因分型,然后采用单标记混合模型开展分型CNV与体重体尺的关联分析。采用染色体显著性水平(即0.05/染色体CNV数目)作为定义与性状显著关联CNV的阈值,对显著CNV位点及上下游50 kb进行基因注释,找到影响狮头鹅体重体尺关联的候选基因。用R包CNVrd2对物理距离小于1 Mb的染色体水平显著CNV和染色体水平显著SNP做连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)分析。【结果】对于111只狮头鹅,共检测出99158个CNV,其中缺失型94560个,重复型4598个,CNV平均长度11858 bp,大部分(74.06%)CNV长度位于50—1000 bp区间。CNVR共5225个,包括缺失型5029个,重复型110个和混合型86� 展开更多

关键词 狮头鹅 体重体尺 拷贝数变异 候选基因

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南江黄羊体重性状的微卫星标记研究

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作者 张恩平 陈玉林 +1 位作者 袁志发 张亚妮 《中国农学通报》 CSCD 2005年第12期1-3,13,共4页

通过10个微卫星位点,对周岁体重差异较大的南江黄羊极端个体基因组DNA进行扩增检测, 方差分析寻找与体重性状显著相关的微卫星标记。然后,利用该引物对随机群体进行检测,应用线性模 型计算含有相应标记个体体重性状的标记效应和替代效... 通过10个微卫星位点,对周岁体重差异较大的南江黄羊极端个体基因组DNA进行扩增检测, 方差分析寻找与体重性状显著相关的微卫星标记。然后,利用该引物对随机群体进行检测,应用线性模 型计算含有相应标记个体体重性状的标记效应和替代效应。结果发现,BM3413位点的186bp和190bp 等位基因、MFA70位点的109bp等位基因、INRA063位点的178bp和184bp等位基因、MB066位点的 110bp等位基因、MB3501位点的176bp等位基因,这些标记基因与南江黄羊周岁体重呈极显著正相关, 相关系数在0．5180-0．7375之间。BM3413位点的182bp等位基因、MFA70位点的115bp等位基因、 MB066位点的98bp等位基因,这些标记与南江黄羊周岁体重呈显著(极显著)的负相关．相关系数在- 0．6539--0．388之间。 展开更多

关键词 南江黄羊 体重性状 微卫星标记

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南江黄羊GHR基因5′-调控区多态与体重性状相关性研究 被引量：1

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作者 张春香 罗海玲 +2 位作者 陈喻 张国俊 贾志海 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2007年第15期4-7,共4页

试验采用PCR-SSCP方法检测392只南江黄羊和49只波尔山羊GHR基因5′-调控区多态性,并与体重性状进行关联分析。结果表明:GHR基因5′-调控区存在(G)10、(G)11与(G)14多态和(TG)13、(TG)14与(TG)17多态。经最小二乘分析,在2个山羊群体中基... 试验采用PCR-SSCP方法检测392只南江黄羊和49只波尔山羊GHR基因5′-调控区多态性,并与体重性状进行关联分析。结果表明:GHR基因5′-调控区存在(G)10、(G)11与(G)14多态和(TG)13、(TG)14与(TG)17多态。经最小二乘分析,在2个山羊群体中基因型效应对初生重的影响不显著(P>0.05),对周岁体重影响显著,基因型BB所对应周岁体重的最小二乘均值显著高于基因型DD所对应的最小二乘均值(P<0.05)。 展开更多

关键词 生长激素受体基因 体重性状 南江黄羊

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FSHR基因第10外显子SNP的筛选及其与兔体质量性状的关联性分析 被引量：1

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作者 石宇 卿恩华 +4 位作者 赖秀兰 胡深强 贾先波 王杰 赖松家 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期161-166,共6页

【目的】近年来,研究发现FSHR基因在非性腺组织中也有表达,能够介导FSH信号参与调控机体内多项生理活动。FSH-FSHR信号与脂肪沉积、体质量存在一定关联,但有关FSHR基因与兔体质量性状的关联还未见报道。【方法】本研究以天府黑兔为研究... 【目的】近年来,研究发现FSHR基因在非性腺组织中也有表达,能够介导FSH信号参与调控机体内多项生理活动。FSH-FSHR信号与脂肪沉积、体质量存在一定关联,但有关FSHR基因与兔体质量性状的关联还未见报道。【方法】本研究以天府黑兔为研究对象,采用PCR产物直接测序的方法对其FSHR基因第10外显子进行SNP筛选,并将基因型与兔各日龄体质量做关联性分析。【结果】测序结果经比对,在兔FSHR基因第10外显子发现突变g.163537 G>A和g.163619 A>G。其中g.163537 G>A为同义突变,处于低度多态(PIC<0.25),群体处于Hardy-Weinberg平衡;g.163619 A>G为错义突变,编码氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸,同样处于低度多态(PIC<0.25),群体处于Hardy-Weinberg平衡。对单位点基因型间体质量差异进行分析发现,g.163537 G>A位点对兔体质量影响不显著,但GG基因型个体的49、56及70日龄体质量高于GA和AA基因型个体,表明GG基因型增重速度较快;g.163619 A>G的AA基因型个体42、49日龄体质量显著高于AG基因型个体(P<0.05),尽管56、70日龄各基因型间差异不显著,AA基因型个体体质量仍然高于其他基因型。结果表明FSHR基因可以作为兔早期体质量性状选择的标记基因。 展开更多

关键词 FSHR基因 天府黑兔 SNP 体质量性状

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鸡MC3R基因多态性与体重和体组成性状的相关研究 被引量：2

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作者 张心扬 霍明东 +1 位作者 王守志 冷丽 《中国家禽》 北大核心 2015年第10期12-15,共4页

研究将鸡黑素皮质素受体3(MC3R)基因作为影响鸡体重和体组成性状的候选基因,以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第六、七、八世代为研究对象,采用PCR-SSCP和测序方法检测了MC3R基因编码区的多态性位点,并分析了MC3R基因多态性对鸡... 研究将鸡黑素皮质素受体3(MC3R)基因作为影响鸡体重和体组成性状的候选基因,以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第六、七、八世代为研究对象,采用PCR-SSCP和测序方法检测了MC3R基因编码区的多态性位点,并分析了MC3R基因多态性对鸡体重的影响。结果在MC3R基因编码区发现了一个C273T单碱基突变,此多态性位点对第六世代和第八世代两个群体的7周龄体重和屠体重有显著影响。结果可为后续肉鸡体重性状的分子标记辅助选择提供理论依据。 展开更多

关键词 鸡 黑素皮质素受体3基因 SNPS 体重和体组成 标记辅助选择

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