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贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
被引量：
18
1
作者
陈立杰
张素勤
+6 位作者
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期33-40,共8页
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF...
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462897个,共得到283376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的.
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关键词
古茶树
特异位点扩增片段测序(SLAF-seq)
SNP
进化树
PCA
遗传结构
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职称材料
题名
贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
被引量：
18
1
作者
陈立杰
张素勤
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
机构
贵州大学资产经营办公室
贵州大学农学院
贵州大学茶学院
贵阳市花溪区农业局
出处
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期33-40,共8页
基金
中央财政农业生产发展基金(黔财农[2015]240号)
贵州省农业攻关项目(黔科合支撑[2016]2603号,黔科合支撑[2018]2330号)
文摘
试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1656258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462897个,共得到283376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的.
关键词
古茶树
特异位点扩增片段测序(SLAF-seq)
SNP
进化树
PCA
遗传结构
Keywords
ancient
camellia
sinensis
specific-locus
amplified
fragment
sequencing(SLAF-seq)
SNP(single
nucleotide
polymorphism)
phylogenetic
tree
PCA
genetic
structure
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析
陈立杰
张素勤
尹杰
宋勤飞
牛素贞
赵基英
陈丹萍
王胜威
耿广东
《西南大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2019
18
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