不同浓度K^(+)处理下枸杞K^(+)通道相关基因表达水平分析 被引量：2

1

作者 于倩 张得芳 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期55-64,共10页

【目的】利用不同浓度的KCl溶液对‘青杞1号’的组培幼苗进行处理,对处理后的根部组织进行实验研究,研究并分析与钾离子通道相关的基因在宁夏枸杞中的表达模式。【方法】对不同浓度KCl处理后的宁夏枸杞幼苗根部进行RNA提取,采用实时荧... 【目的】利用不同浓度的KCl溶液对‘青杞1号’的组培幼苗进行处理,对处理后的根部组织进行实验研究,研究并分析与钾离子通道相关的基因在宁夏枸杞中的表达模式。【方法】对不同浓度KCl处理后的宁夏枸杞幼苗根部进行RNA提取,采用实时荧光定量PCR等方法,分析在不同浓度钾离子处理条件下,枸杞中钾离子通道相关基因表达量的变化情况。【结果】随着KCl处理浓度的增加,‘青杞1号’中KCO1B、TPK1、KT1、Cluster-17443.10870、Cluster-17443.69422和Cluster-17443.15033基因总体都为先上升再下降最后上升的趋势,其中,Cluster-17443.10870基因在K^(+)处理浓度变化至100 mmol/L时有一定程度的下降。KCO1B基因在150 mmol/L时表达量达到最大;KT1基因和Cluster-17443.69422基因在200 mmol/L时表达量达到最大;TPK1基因、Cluster-17443.10870基因和Cluster-17443.15033基因在350 mmol/L时表达量才达到最大。350 mmol/L K^(+)处理条件下各组基因的表达量都出现突然上升状态,预测此时钾通道活性已达到过饱和状态;在100 mmol/L K^(+)处理时,有多数基因的表达量低于对照组,预测此浓度下钾通道功能受抑制。其他浓度下各组基因的表达量都在中间处理浓度(150、200、250 mmol/L)时达到最大值,在最低(100 mmol/L)或最高(300 mmol/L)浓度处理时基因的表达量达到最小值。【结论】盐胁迫浓度的增加使宁夏枸杞钾离子通道相关基因的表达量总体呈现出先升后降再升和先升后降的变化趋势。本研究为今后研究枸杞钾盐胁迫调节机制提供了部分理论基础,为柴达木地区枸杞产业提质增效和盐碱地造林等工作提供理论支持,对促进绿色化、生态化枸杞种植产业的发展具有潜在意义。 展开更多

关键词 宁夏枸杞 K^(+)通道基因 相对表达量 表达水平分析

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粳稻叶绿体基因组的密码子用法 被引量：32

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作者 刘庆坡 薛庆中 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期1220-1224,共5页

基因组密码子使用受多种因素的影响 ,本试验通过对应分析探讨了若干重要因子对粳稻品种“日本晴”叶绿体全基因组序列密码子用法的效应。结果指出 ,在影响最大的第一条向量轴上 ,基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)和GC3s极显著相关... 基因组密码子使用受多种因素的影响 ,本试验通过对应分析探讨了若干重要因子对粳稻品种“日本晴”叶绿体全基因组序列密码子用法的效应。结果指出 ,在影响最大的第一条向量轴上 ,基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)和GC3s极显著相关 (r =0 785 和 - 0 80 4 ) ,而CAI与GC3s高度负相关 (r =- 0 917 ) ;说明基因表达水平的高低是影响密码子使用的主要因素 ,并且高表达的基因强烈偏好使用以T或A结尾的密码子。基因编码区碱基组成的影响力远不及基因的表达水平 ,G +C含量与ENC、CAI以及第一条向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0 344 、- 0 4 2 2 和 - 0 4 2 1 ;相关性测验和方差分析均表明基因长度对密码子的使用影响不大 ,估计与那些编码未知功能的ORFs的存在有关 ;复制转录对密码子的使用没有明显的选择。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合 ,确定了TGT和GAA等 12个密码子为叶绿体基因组的主要偏爱密码子。 展开更多

关键词 水稻 叶绿体基因组 密码子使用 对应分析 基因表达水平 G+C含量

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家蝇新型抗菌肽Muscin的基因克隆、表达模式及抑菌活性 被引量：8

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作者 杨雪 唐婷 +4 位作者 王一丽 刘欣 曹新茹 倪志华 柳峰松 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期617-624,共8页

【目的】鉴定家蝇Musca domestica(Linnaeus)中一种新型抗菌肽(Muscin)基因,并分析其功能。【方法】通过数字基因表达谱和生物信息学分析,在家蝇转录组中筛选得到一条抗菌肽基因,命名为muscin。以实时荧光定量PCR技术研究该基因的组织... 【目的】鉴定家蝇Musca domestica(Linnaeus)中一种新型抗菌肽(Muscin)基因,并分析其功能。【方法】通过数字基因表达谱和生物信息学分析,在家蝇转录组中筛选得到一条抗菌肽基因,命名为muscin。以实时荧光定量PCR技术研究该基因的组织分布以及用大肠杆菌Escherichia coli和金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus混合细菌刺激后的表达量变化。并对合成肽Muscin进行抑菌活性检测及溶血率测定。【结果】muscin基因c DNA序列全长379 bp,包含完整的开放阅读框153 bp。推导Muscin多肽序列由50个氨基酸残基组成,N端含有由25个氨基酸残基组成的信号肽。成熟肽中富含疏水性氨基酸残基和带正电荷的氨基酸残基,理论等电点为9.39。基因定量结果显示muscin基因在血细胞和脂肪体中表达量最高。通过细菌刺激进行免疫诱导后,幼虫体内该基因的表达水平明显上调,并在6 h达到高峰。抑菌和溶血实验显示c-Muscin对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌具有广谱抑菌活性,且溶血活性较低。【结论】Muscin是一种新型的广谱抗菌肽,可能参与家蝇抗菌免疫反应,且具有一定药物开发潜质。 展开更多

关键词 家蝇 抗菌肽 基因克隆 生物信息学分析 表达量 抑菌活性 溶血实验

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广聚萤叶甲Vg基因的鉴定及表达分析

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作者 周永平 黄玉锋 +4 位作者 张燕 马超 陈红松 桂富荣 周忠实 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期278-286,共9页

卵黄原蛋白(vitellogenin,Vg)作为雌性多功能生殖蛋白,为卵黄发生提供所需的储备能源。为明确Vg基因在广聚萤叶甲Ophraella communa生殖过程中的潜在作用,本研究通过RT-PCR技术克隆得到广聚萤叶甲的3个Vg基因,其OcVg1,OcVg2和OcVg3开放... 卵黄原蛋白(vitellogenin,Vg)作为雌性多功能生殖蛋白,为卵黄发生提供所需的储备能源。为明确Vg基因在广聚萤叶甲Ophraella communa生殖过程中的潜在作用,本研究通过RT-PCR技术克隆得到广聚萤叶甲的3个Vg基因,其OcVg1,OcVg2和OcVg3开放阅读框(ORF)分别为5310、5322 bp和5298 bp,对应编码1768、1772和1764个氨基酸。其OcVgs蛋白具有LLTP超家族的保守结构域:LPD_N、DUF1943和VWD结构域;多位于N-端的多聚丝氨酸区(polyserine domains),保守的GL/ICG、R/KXXR/K、DGXR基序和C-端半胱氨酸残基等。构建系统进化树发现,OcVgs与鞘翅目昆虫聚为一支。时空表达分析发现,OcVgs基因在不同组织及发育阶段的表达动态相似,在脂肪体中特异性高表达(P<0.05);在成虫羽化后的性成熟阶段的表达量最高,幼虫期的表达水平可以忽略不计(P<0.05)。研究结果为深入理解广聚萤叶甲生殖作用的分子机制奠定基础。 展开更多

关键词 广聚萤叶甲 卵黄原蛋白基因 克隆 序列分析 表达水平

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菊芋生长发育特征及其块茎果糖含量变化分析 被引量：5

5

作者 赵孟良 任延靖 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1899-1909,共11页

菊芋(Helianthus tuberosus)是在我国快速发展的经济作物,近年来在新型糖、生物能源和功能饲料等领域得到了广泛应用。本文分析了菊芋品种‘青芋1号’和‘青芋3号’的生长发育特征和块茎果聚糖含量的变化规律,结果表明,开花时间是地上... 菊芋(Helianthus tuberosus)是在我国快速发展的经济作物,近年来在新型糖、生物能源和功能饲料等领域得到了广泛应用。本文分析了菊芋品种‘青芋1号’和‘青芋3号’的生长发育特征和块茎果聚糖含量的变化规律,结果表明,开花时间是地上部性状(株高、鲜重和干重)与块茎性状(块茎体积、鲜重和干重)快速增长的截止点。地上部鲜重与块茎体积、块茎鲜重、块茎干重的相关系数均小于0.5,且极显著。两个菊芋品种从匍匐茎形成到成熟期果聚糖及总可溶性糖含量均呈上升趋势。Ht1-SST、Ht1-FFT和Ht1-FEH基因的RT-PCR结果表明,块茎果聚糖积累主要是由Ht1-SST的早期表达引起的,而Ht1-FFT的表达在后期起主要作用。本研究结果拟为菊芋的栽培和高果聚糖菊芋品种的选育提供参考。 展开更多

关键词 菊芋 生长发育 相关性分析 果聚糖 表达水平

原文传递

面向异质基因数据的智能层次聚类算法研究 被引量：4

6

作者 季姜帅 裴颂文 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2022年第9期1808-1813,共6页

随着对基因致病理论研究的深入,产生了大量的异质基因表达量数据,且这些基因数据普遍存在高维度、非对称和高噪声等特性,因此通用的聚类算法面向异质基因数据的聚类精度不高.本文提出了一种面向异质基因数据的智能层次聚类算法(HCIGA).... 随着对基因致病理论研究的深入,产生了大量的异质基因表达量数据,且这些基因数据普遍存在高维度、非对称和高噪声等特性,因此通用的聚类算法面向异质基因数据的聚类精度不高.本文提出了一种面向异质基因数据的智能层次聚类算法(HCIGA).构建了融合精英保留法与轮盘赌的选择算子,并通过优化适应度函数和小生境策略保持种群多样性,加快收敛速度,提升聚类精度.HCIGA的有效性在脑肿瘤、肺癌、肾脏癌和乳腺癌数据集上进行测试,结果表明,与层次聚类算法(AGNES)、遗传K-Means算法(GKA)、DPeak和谱聚类算法相比,HCIGA算法的聚类精确度在五种算法中均为最佳,本文并将HCIGA算法应用于头颈部鳞状细胞癌(HNSC)数据集,成功识别出6种癌症亚型. 展开更多

关键词 聚类分析 遗传算法 基因表达量 数据挖掘 小生境技术

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油果实中查尔酮合成酶基因PsCHS的克隆表达分析及其启动子的分离 被引量：4

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作者 姜翠翠 王玉珍 叶新福 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2016年第1期16-21,共6页

从成熟果实均一化全长cDNA文库中分离了编码CHS基因的全长cDNA序列,命名为PsCHS,根据其序列设计引物,采用Genome Walking方法从基因组DNA中分离获得PsCHS基因上游的调控序列,命名为PsCHSp,PsCHS基因全长1 442bp,其中ORF 1 176bp,编... 从成熟果实均一化全长cDNA文库中分离了编码CHS基因的全长cDNA序列,命名为PsCHS,根据其序列设计引物,采用Genome Walking方法从基因组DNA中分离获得PsCHS基因上游的调控序列,命名为PsCHSp,PsCHS基因全长1 442bp,其中ORF 1 176bp,编码392个氨基酸;采用APA-Walking技术,获得该基因的5ˊ端调控区,经在线软件预测,启动子序列含有典型的结构特征元件TATA-box和CAAT-box,还包含光响应元件、厌氧诱导元件、胚乳表达相关元件、MYB结合位点以及激素响应元件;RT-PCR结果显示,PsCHS基因在果实发育的前期表达量较高,花后40d表达量最高,随后开始下降,果实成熟期表达量较低。分离获得的PsCHS基因属于查尔酮合成酶基因家族成员之一,查尔酮合成酶(Chalcone synthase,CHS,EC 2.3.1.74)是类黄酮合成途径中的一个重要酶,该基因可能对类黄酮的合成起到调控作用。 展开更多

关键词 (木奈) 查尔酮合成酶 全长CDNA 序列分析 调控元件 表达分析

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大豆Hsp20基因家族生物信息学分析及高温高湿胁迫响应的分析

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作者 徐乐 何宏泰 +5 位作者 刘浩然 林紫依 刘燕敏 王泽博 魏家萍 刘骕骦 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期565-578,共14页

热激蛋白(Hsps)家族中的小热激蛋白(Hsp20)在保护植物免受非生物胁迫方面发挥至关重要的作用,为探究大豆Hsp20家族基因的特性及其对高温高湿胁迫的响应,对大豆进行了全基因组分析,本研究采用生物信息学方法对进化关系、保守结构域、染... 热激蛋白(Hsps)家族中的小热激蛋白(Hsp20)在保护植物免受非生物胁迫方面发挥至关重要的作用,为探究大豆Hsp20家族基因的特性及其对高温高湿胁迫的响应,对大豆进行了全基因组分析,本研究采用生物信息学方法对进化关系、保守结构域、染色体位置、启动子顺式调控元件和组织特异性表达情况进行预测分析,并采用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术对湘豆3号和宁镇1号两个大豆品种在高温高湿胁迫下不同时间的蛋白表达量进行了分析。结果表明:在大豆基因组中共查找出33个GmHsp20基因,不均匀分布在16条染色体上并根据系统发育分析和亚细胞定位结果分为11个亚族。序列分析表明GmHsp20蛋白表现出较高的结构保守性,含有典型的ACD结构域,32个GmHsp20基因(96.96%)没有内含子,或只有1个内含子。启动子分析表明,GmHsp20基因含有大量与胁迫相关的顺式作用元件,其中MYB数目最多(110)个。基因组织特异性表达预测分析结果显示,除GmHSP22.6外,其余基因在各种组织和器官中均有表达。其中GmHSP18.5、GmHSP23.7、GmHSP15.2基因在所有组织中均高度表达。蛋白定量分析结果表明,与对照相比,宁镇1号和湘豆3号两个品种中,经高温高湿胁迫处理后,GmHSP18.5、GmHSP23.7、GmHSP26.0B、GmHSP17.8、GmHSP25.95个蛋白均上调表达,并且在两个品种间表达趋势基本一致,表明这些小热激蛋白家族成员可能参与了大豆对高温高湿胁迫的应答反应过程。本研究结果为进一步研究大豆小热激蛋白GmHsp20家族成员的功能提供有价值的信息。 展开更多

关键词 大豆 小热激蛋白Hsp20 生物信息学分析 高温高湿胁迫 蛋白表达量

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黏虫UDP-葡萄糖基转移酶UGT33J12基因序列分析及对两种杀虫剂的响应 被引量：2

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作者 樊东 王继伟 +2 位作者 司修洋 郭奇 周礼厚 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期20-28,共9页

UDP-葡萄糖基转移酶是昆虫体内重要解毒代谢酶,对昆虫抗药性发挥重要作用。研究基于转录组测序获得一条黏虫UDP-葡萄糖基转移酶cDNA序列,经UGT国际命名委员会命名为UGT33J12(GenBank登录号:MT873954)。该序列全长1 798 bp,含有1个开放... UDP-葡萄糖基转移酶是昆虫体内重要解毒代谢酶,对昆虫抗药性发挥重要作用。研究基于转录组测序获得一条黏虫UDP-葡萄糖基转移酶cDNA序列,经UGT国际命名委员会命名为UGT33J12(GenBank登录号:MT873954)。该序列全长1 798 bp,含有1个开放阅读框,长度为1 557 bp,编码518个氨基酸组成的多肽,分子质量约为58.95 ku,等电点为8.62。UGT33J12基因编码氨基酸N端区域包含一个长度为20个氨基酸信号肽序列,以及起催化作用的组氨酸(H)和天冬氨酸(D);C端区域包含两个供体结合区和一个保守特征性基序;在供体结合区中鉴定得到8个关键氨基酸残基。高效氯氟氰菊酯LD10处理黏虫四龄幼虫12、24和48 h,LD30、LD50处理黏虫12和24 h,该基因表达量上调;氯虫苯甲酰胺LD10处理黏虫四龄幼虫24、48 h,LD30处理黏虫3、12、24和48 h,LD50处理黏虫3、24和48 h,基因表达量均上调。结果表明,该基因可能参与黏虫对高效氯氟氰菊酯和氯虫苯甲酰胺两种杀虫剂解毒代谢过程。 展开更多

关键词 黏虫 UDP-葡萄糖基转移酶 序列分析 表达水平

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刺五加P450基因的筛选及其表达对皂苷含量的影响 被引量：2

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作者 宋鑫 崔明晖 +3 位作者 张朵朵 张杰 林丽梅 邢朝斌 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第16期5012-5020,共9页

目的筛选和鉴定刺五加Eleutherococcus sentsicosu中的细胞色素P450基因(EsP450),分析其进化特征,探究其与刺五加总皂苷含量的相关性。方法根据转录组测序结果,筛选得到EsP450基因,并对其进行生物信息学分析与适应性进化分析,采用qRT-PC... 目的筛选和鉴定刺五加Eleutherococcus sentsicosu中的细胞色素P450基因(EsP450),分析其进化特征,探究其与刺五加总皂苷含量的相关性。方法根据转录组测序结果,筛选得到EsP450基因,并对其进行生物信息学分析与适应性进化分析,采用qRT-PCR法检测EsP450基因的表达量,采用分光光度计测定刺五加的总皂苷含量。结果筛选得到了18条EsP450基因。刺五加P450蛋白不存在跨膜区域,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲结构为主。EsP450基因不存在正选择位点。各EsP450间的表达量差异显著,部分基因表达量差值在10倍以上,7条EsP450基因的表达与皂苷含量呈正相关关系(P<0.05)。结论鉴定出与刺五加总皂苷含量存在正相关关系的EsP450基因,EsP450基因在进化中受到纯净选择。 展开更多

关键词 刺五加 细胞色素P450 生物信息学分析 基因表达量 QRT-PCR

原文传递

逐步判别分析法在基因表达数据分类中的应用 被引量：1

11

作者 邹杨 陈忠 谢俊宇 《长江大学学报（自然科学版）》 CAS 2011年第1期18-19,278-279,共2页

利用逐步判别分析法对基因表达值数据进行研究,筛选出了能够反映正常人和癌症患者在基因表达值上差异的特征基因。然后,以这些特征基因的表达值为训练样本建立Bayes判别函数,对未知类型的基因表达值序列进行了判别分类。结果表明,利用... 利用逐步判别分析法对基因表达值数据进行研究,筛选出了能够反映正常人和癌症患者在基因表达值上差异的特征基因。然后,以这些特征基因的表达值为训练样本建立Bayes判别函数,对未知类型的基因表达值序列进行了判别分类。结果表明,利用筛选出的变量进行判别时,其错判概率要远远小于利用所用变量进行判别时的情况。使用SAS分析系统完成以上步骤。 展开更多

关键词 逐步判别分析 基因表达水平 分类

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猪lncRNA TCONS-00035174基因全长克隆及组织表达

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作者 赵延辉 邢凯 +7 位作者 盛熙晖 齐晓龙 曹永春 崔德凤 张永红 倪和民 郭勇 王楚端 《北京农学院学报》 2021年第4期48-52,共5页

【目的】为探明lncRNA TCONS-00035174对猪肉品质影响作用。【方法】PCR、RACE-PCR扩增和序列拼接获得TCONS-00035174基因全长编码序列,用NCBI-BLAST、DNAMAN、CPC、CNCI等生物信息学软件进行序列和分子特征分析;qPCR分析在松辽黑猪和... 【目的】为探明lncRNA TCONS-00035174对猪肉品质影响作用。【方法】PCR、RACE-PCR扩增和序列拼接获得TCONS-00035174基因全长编码序列,用NCBI-BLAST、DNAMAN、CPC、CNCI等生物信息学软件进行序列和分子特征分析;qPCR分析在松辽黑猪和长白猪各组织的表达情况。【结果】lncRNA TCONS-00035174全长为3889 bp,位于chr2:5855637~5859868区间;与雪貂同源性最高;在松辽黑猪的脾脏组织中表达最高,在长白猪中肺脏组织中表达最高,相同组织中,除肾脏外,松辽黑猪的表达均显著高于长白猪。【结论】lncRNA TCONS-00035174可作为猪肉肉质性状机制研究的候选基因,该基因的发掘可以为后续遗传育种提供参考。 展开更多

关键词 猪 基因 克隆 生物信息学 表达量

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RRBP1在结直肠癌组织中的表达及临床意义

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作者 杨帆 张匠 毛英 《保健医学研究与实践》 2019年第6期44-47,共4页

目的探讨核糖体结合蛋白1(RRBP1)在结直肠癌组织中的表达及临床意义。方法收集2016年7月-2018年7月于四川省某医院就诊的184例结直肠癌患者手术切除的结直肠癌组织及癌旁正常组织标本,采用免疫组织化学法检测RRBP1表达水平,分析RRBP1表... 目的探讨核糖体结合蛋白1(RRBP1)在结直肠癌组织中的表达及临床意义。方法收集2016年7月-2018年7月于四川省某医院就诊的184例结直肠癌患者手术切除的结直肠癌组织及癌旁正常组织标本,采用免疫组织化学法检测RRBP1表达水平,分析RRBP1表达与患者临床病理参数和预后的关系。结果 RRBP1在结直肠癌中的阳性表达率为79.35%(146/184),明显高于癌旁正常组织的19.02%(35/184),差异有统计学意义(P<0.05)。不同年龄、性别、肿瘤部位患者RRBP1阳性表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05);不同肿瘤大小、TNM分期、分化程度、淋巴结转移患者RRBP1阳性表达率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。Cox回归分析结果显示,RRBP1阳性、Ⅲ/Ⅳ分期、低分化、淋巴结转移是结直肠癌患者预后的危险因素(P<0.05)。结论 RRBP1在结直肠癌组织中呈现高表达;RRBP1阳性为结肠癌患者预后危险因素;RRBP1作为分子标志物可以为结直肠癌的诊断及预后提供参考依据,值得临床参考。 展开更多

关键词 核糖体结合蛋白1 结直肠癌 COX回归分析 表达水平 临床特征 预后 影响因素

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