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不同类型氨基酸网络参量与蛋白质折叠的关系 被引量：6
1
作者 严立成 苏计国 +1 位作者 陈慰祖 王存新 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第7期762-768,共7页
理论和实验研究表明,蛋白质天然拓扑结构对其折叠过程具有重要的影响.采用复杂网络的方法分析蛋白质天然结构的拓扑特征,并探索蛋白质结构特征与折叠速率之间的内在联系.分别构建了蛋白质氨基酸网络、疏水网、亲水网、亲水-疏水网以及... 理论和实验研究表明,蛋白质天然拓扑结构对其折叠过程具有重要的影响.采用复杂网络的方法分析蛋白质天然结构的拓扑特征,并探索蛋白质结构特征与折叠速率之间的内在联系.分别构建了蛋白质氨基酸网络、疏水网、亲水网、亲水-疏水网以及相应的长程网络,研究了这些网络的匹配系数(assortativity coefficient)和聚集系数(clustering coefficient)的统计特性.结果表明,除了亲水-疏水网,上述各网络的匹配系数均为正值,并且氨基酸网和疏水网的匹配系数与折叠速率表现出明显的线性正相关,揭示了疏水残基间相互作用的协同性有助于蛋白质的快速折叠.同时,研究发现疏水网的聚集系数与折叠速率有明显的线性负相关关系,这表明疏水残基间三角结构(triangle construction)的形成不利于蛋白质快速折叠.还进一步构建了相应的长程网络,发现序列上间距较远的残基接触对的形成将使蛋白质折叠进程变慢. 展开更多
关键词 氨基酸网络 疏水作用 折叠速率 匹配系数 聚集系数
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蛋白质氨基酸网络研究进展 被引量：3
2
作者 常珊 焦雄 +1 位作者 王美华 田绪红 《现代生物医学进展》 CAS 2011年第1期190-193,共4页
氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如:度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在... 氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如:度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在蛋白质折叠以及蛋白质分子对接问题中的应用。最后,分析了氨基酸网络研究目前存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。 展开更多
关键词 蛋白质 复杂网络 氨基酸网络
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复杂网络在蛋白质折叠中的应用 被引量：1
3
作者 李海彦 《德州学院学报》 2008年第2期1-4,共4页
简述了复杂网络的静态几何量及其机制模型,然后列举了复杂网络在蛋白质研究领域的应用进展.
关键词 复杂网络 蛋白质作用网络 氨基酸网络 蛋白质折叠网络
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基于Flask的蛋白质网络分析平台设计 被引量：1
4
作者 胡振鑫 李川 +1 位作者 蒲雪梅 袁榕澳 《现代计算机》 2021年第7期47-50,共4页
复杂网络技术目前已经被广泛应用在现实生活中的各个领域,通过将系统表征成复杂网络可以有效提供系统的关键拓扑信息。结合基于Python实现的Flask框架搭建氨基酸网络分析平台,通过将复杂网络应用于蛋白质结构,对蛋白质结构进行网络的构... 复杂网络技术目前已经被广泛应用在现实生活中的各个领域,通过将系统表征成复杂网络可以有效提供系统的关键拓扑信息。结合基于Python实现的Flask框架搭建氨基酸网络分析平台,通过将复杂网络应用于蛋白质结构,对蛋白质结构进行网络的构建,网络性质的分析。结合Three.js以及NGL Viewer提供蛋白质结构的可视化分析,结合ECharts框架提供氨基酸网络性质的可视化分析,为研究蛋白质结构提供便利的平台。 展开更多
关键词 FLASK PYTHON 氨基酸网络
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超氧化物歧化酶氨基酸网络的鲁棒性研究 被引量：1
5
作者 丁彦蕊 王雪芹 牟兆琳 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1091-1095,共5页
蛋白质结构的鲁棒性能够提高蛋白质在不稳定环境中保持生物功能的能力。用氨基酸网络表示超氧化物歧化酶(Fe-SOD)的结构,从研究氨基酸网络鲁棒性的角度研究Fe-SOD结构的鲁棒性。实验结果显示,氨基酸网络的鲁棒性比同等规模大小的随机网... 蛋白质结构的鲁棒性能够提高蛋白质在不稳定环境中保持生物功能的能力。用氨基酸网络表示超氧化物歧化酶(Fe-SOD)的结构,从研究氨基酸网络鲁棒性的角度研究Fe-SOD结构的鲁棒性。实验结果显示,氨基酸网络的鲁棒性比同等规模大小的随机网络的鲁棒性差。尤其以介数方式攻击,Fe-SOD氨基酸网络表现出明显的脆弱性。嗜热的Fe-SOD氨基酸网络的鲁棒性比常温的氨基酸网络的鲁棒性高。通过鲁棒性分析,识别氨基酸网络中关键残基,发现关键残基主要包括进化保守残基、疏水性残基、规则二级结构内部的残基以及Fe-SOD活性位点残基。与热稳定性低的Fe-SOD氨基酸网络相比,热稳定性高的Fe-SOD氨基酸网络中的关键残基较均匀地分布在Fe-SOD内部。关键残基在Fe-SOD结构中均匀分布,有利于提高嗜热Fe-SOD整体的稳定性。 展开更多
关键词 氨基酸网络 鲁棒性 热稳定性
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基于群智能的蛋白质耐热温度预测研究
6
作者 高晓梅 丁彦蕊 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2017年第13期141-145,共5页
为直接利用序列和结构信息预测蛋白质耐热温度,提出了基于群智能的蛋白质耐热温度预测方法。基于多元线性回归模型,利用人工蜂群与粒子群混合算法,优化了蛋白质的耐热温度与氨基酸含量的多元线性回归模型的参数,得到蛋白质的耐热温度。... 为直接利用序列和结构信息预测蛋白质耐热温度,提出了基于群智能的蛋白质耐热温度预测方法。基于多元线性回归模型,利用人工蜂群与粒子群混合算法,优化了蛋白质的耐热温度与氨基酸含量的多元线性回归模型的参数,得到蛋白质的耐热温度。此外,通过加入蛋白质的氨基酸网络拓扑属性,提高了蛋白质耐热温度的预测准确性。对耐温蛋白质,网络拓扑属性的加入使得蛋白质耐热温度的预测值偏差和真实值偏差之间的相关系数增加到0.71,平均预测率增加到0.88;耐热蛋白质的相关系数增加到0.75,平均预测率增加到0.91。氨基酸网络拓扑属性的引入为预测蛋白质耐热温度提供了新的视角。 展开更多
关键词 蛋白质耐热温度 群智能算法 人工蜂群 粒子群优化 氨基酸网络 氨基酸含量
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基于残基涨落的加权氨基酸网络的构建及应用
7
作者 齐立省 陈慰祖 王存新 《北京工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第12期1695-1699,共5页
提出了一种以残基间距离涨落为权重的氨基酸网络的加权方式.对180个蛋白质的加权与非加权氨基酸网络的拓扑特征量进行了分析.统计结果表明,氨基酸网络具有明显的小世界特征,加权网的平均集聚系数比非加权网的小.节点度分布具有幂律形式... 提出了一种以残基间距离涨落为权重的氨基酸网络的加权方式.对180个蛋白质的加权与非加权氨基酸网络的拓扑特征量进行了分析.统计结果表明,氨基酸网络具有明显的小世界特征,加权网的平均集聚系数比非加权网的小.节点度分布具有幂律形式,显示了网络的层次模块性,进一步发现疏水残基对这一性质起了主要作用.另外,加权网的介数对折叠核的区分能力强于非加权网,表明加权网较非加权网包含了更多的蛋白质结构信息. 展开更多
关键词 氨基酸网络 残基涨落 小世界特性 幂律分布
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胰岛素受体底物1和2的氨基酸网络特征研究 被引量：1
8
作者 苗孟君 李云松 张延义 《盐城工学院学报（自然科学版）》 CAS 2021年第2期66-73,共8页
在胰岛素对脂质代谢的调控作用中,胰岛素受体底物2(IRS2)比胰岛素受体底物1(IRS1)发挥了更加重要的作用。为研究两者发挥作用的差异,分别选择IRS1、IRS2的4个结构数据,构建氨基酸相互作用网络,计算整体拓扑特征,分析网络的hub氨基酸差异... 在胰岛素对脂质代谢的调控作用中,胰岛素受体底物2(IRS2)比胰岛素受体底物1(IRS1)发挥了更加重要的作用。为研究两者发挥作用的差异,分别选择IRS1、IRS2的4个结构数据,构建氨基酸相互作用网络,计算整体拓扑特征,分析网络的hub氨基酸差异,计算7种中心性特征。实验表明,IRS2氨基酸相互作用网络的平均度及聚类系数高于IRS1的1QQG、5U1M、6BNT;IRS2中的hub氨基酸ATP、LYS、ILE是IRS1所没有的;除子图中心性和特征向量中心性外,IRS2网络中节点的其他中心性特征均优于IRS1。结果表明,IRS2的氨基酸相互作用网络中,节点聚集程度较高,更容易形成模块,更容易到达其他节点,与其他节点发生通讯。可以推测:IRS2在胰岛素对肝脏的代谢调控中比IRS1发挥着更加重要的作用。 展开更多
关键词 胰岛素受体底物1 2 氨基酸相互作用网络 拓扑特征 hub氨基酸 中心性特征
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胰岛素受体底物氨基酸相互作用网络鲁棒性研究
9
作者 苗孟君 颜洲 +1 位作者 刘东旭 王善勤 《信阳农林学院学报》 2022年第2期120-124,共5页
为了研究胰岛素受体底物2(IRS2)与胰岛素受体底物1(IRS1)在调节胰岛素对肝脏新陈代谢的作用差异,本文根据复杂网络思想,构建IRS1和IRS2的氨基酸酸相互作用网络,研究两者的鲁棒性差异。通过度攻击、随机攻击、介数攻击、接近程度攻击4种... 为了研究胰岛素受体底物2(IRS2)与胰岛素受体底物1(IRS1)在调节胰岛素对肝脏新陈代谢的作用差异,本文根据复杂网络思想,构建IRS1和IRS2的氨基酸酸相互作用网络,研究两者的鲁棒性差异。通过度攻击、随机攻击、介数攻击、接近程度攻击4种方式攻击两者的氨基酸相互作用网络,实验表明,在4种方式的攻击下,IRS2的网络鲁棒性均优于IRS1,表明IRS2的氨基酸相互作用网络更加稳定,容错性更高,推测IRS2比IRS1在调节胰岛素对肝脏新陈代谢中起着更重要的作用。 展开更多
关键词 胰岛素受体底物 鲁棒性 氨基酸相互作用网络
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