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可变剪切事件在鳖甲煎丸抑制肝癌细胞增殖过程中的作用机制及变化 被引量：1
1
作者 杨利 林洪升 +5 位作者 李屏 韦巍 孔茵芝 谢杨益 李明芬 潘爱萍 《重庆医学》 CAS 2023年第14期2101-2106,2114,共7页
目的探讨可变剪切事件在鳖甲煎丸抑制肝癌细胞过程中的变化和作用机制。方法鳖甲煎丸血清(实验组)、空白血清(对照组)分别作用于人肝癌细胞株SMMC-7721,观察两组肝癌细胞增殖活性,采用全细胞转录组学检测和分析两组肝癌细胞的可变剪切... 目的探讨可变剪切事件在鳖甲煎丸抑制肝癌细胞过程中的变化和作用机制。方法鳖甲煎丸血清(实验组)、空白血清(对照组)分别作用于人肝癌细胞株SMMC-7721,观察两组肝癌细胞增殖活性,采用全细胞转录组学检测和分析两组肝癌细胞的可变剪切变化及基因的差异表达。结果实验组细胞的增殖活性较对照组明显降低(P<0.05)。实验组鉴定出5736个基因对应20447个剪切体,对照组中鉴定出5533个基因对应18955个剪切体,且均以外显子跳跃和第1个外显子可变剪切两种类型为主。实验组中有1061个基因的可变剪切事件不重合,对照组中有858个基因不重合,96个基因差异表达明显,其中ARHGAP8、ATP5L2、BIRC7、CASP9、HES5、INPP4B、SLC6A19、TNRC18、TPT1与肿瘤发生、发展密切相关。CASP9、HES5、INPP4B、SLC6A19的表达与肝癌患者生存率明显相关(P<0.05)。在不同肝炎病毒感染所致的肝癌中,ARHGAP8、HES5、INPP4B、TPT1起到保护因素的作用;酒精摄入所致的肝癌中,ATP5L2、HES5、INPP4B、TNRC18、TPT1起到保护因素的作用。结论可变剪切事件可能参与了鳖甲煎丸抑制肝癌细胞的增殖。 展开更多
关键词 鳖甲煎丸 可变剪切事件 肝癌细胞
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外显子跳跃模式中组蛋白修饰的组合模式分析 被引量：1
2
作者 田园芳 陈伟 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第5期668-674,共7页
可变剪接是基因表达调控的重要过程。组蛋白修饰参与了可变剪接,但具体调控机制尚不清楚。为了研究组蛋白修饰与可变剪接的关系,首先基于人胚肺成纤维细胞系的RNA-Seq数据,获得了该细胞系外显子跳跃模式的可变剪接数据。在此基础上,分... 可变剪接是基因表达调控的重要过程。组蛋白修饰参与了可变剪接,但具体调控机制尚不清楚。为了研究组蛋白修饰与可变剪接的关系,首先基于人胚肺成纤维细胞系的RNA-Seq数据,获得了该细胞系外显子跳跃模式的可变剪接数据。在此基础上,分析了外显子跳跃模式中排除和包含外显子中组蛋白修饰间的相关性。通过构建组蛋白修饰间的贝叶斯网络,推断了人胚肺成纤维细胞系外显子跳跃可变剪接事件中组蛋白修饰之间的因果关系。 展开更多
关键词 可变剪接 贝叶斯网络 外显子跳跃 组蛋白修饰
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基于TCGA SpliceSeq数据库可变剪接事件构建结肠癌患者预后风险模型
3
作者 雷鸣 郭萌月 +2 位作者 王若颖 倪小梅 石琼 《检验医学》 CAS 2021年第1期60-68,共9页
目的通过全基因组分析构建预后风险模型,预测结肠癌(COAD)患者预后。方法从癌症基因组计划(TCGA)数据库中下载COAD患者RNA-seq数据和临床信息;从TCGA SpliceSeq数据库下载7种类型的可变剪接事件;剪接因子(SF)数据从SpliceAid 2数据库中... 目的通过全基因组分析构建预后风险模型,预测结肠癌(COAD)患者预后。方法从癌症基因组计划(TCGA)数据库中下载COAD患者RNA-seq数据和临床信息;从TCGA SpliceSeq数据库下载7种类型的可变剪接事件;剪接因子(SF)数据从SpliceAid 2数据库中下载。用单因素Cox回归分析确定预后相关可变剪接事件(PASE),采用Lasso回归分析筛选变量,多因素Cox回归分析用于计算风险值并构建风险模型。用Cytoscape Reactome FI插件构建互作网络,寻找核心节点;用基因本体(GO)富集和KEGG通路进行基因功能注释和通路分析,Kaplan-Meier和受试者工作特征(ROC)曲线用于PASE风险模型的评估;用SF与其他基因的PASE构建预后相关互作网络。结果398例COAD患者中共有9085个基因发生了35391次可变剪接事件,有1811个基因发生了2015次PASE。由8个PASE构成的预后风险模型中,以0.919作为最佳临界值将患者分为高风险组和低风险组,2组间比较差异有统计学意义(P<0.001),ROC曲线下面积是0.860(1年生存率)。在单因素Cox回归分析中,患者肿瘤浸润、淋巴结转移、远处转移、临床分期、预后风险模型都与患者总体生存时间呈显著负相关(P<0.001)。经过多因素调整后,预后风险模型依然与患者总体生存时间呈显著负相关(P<0.001)。预后风险模型中,8个PASE与其对应基因mRNA的表达量无相关性(P>0.05)。结论通过TCGA-COAD全基因组分析了PASE对预后的影响,构建了可用于预测COAD预后风险模型。 展开更多
关键词 结肠癌 可变剪接事件 剪接因子 预后
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基于RNA-Seq数据识别外显子跳跃事件的方法研究综述
4
作者 白杨 王亚东 《智能计算机与应用》 2016年第2期1-4,共4页
随着高通量生物测序技术的产生及快速发展,从转录组高通量测序数据(RNA-Seq数据)中准确地识别选择性剪接事件成为了当前生物信息学研究的一个热点课题。识别选择性剪接事件对研究基因的功能、蛋白质结构的多样性、细胞的分化、物种的进... 随着高通量生物测序技术的产生及快速发展,从转录组高通量测序数据(RNA-Seq数据)中准确地识别选择性剪接事件成为了当前生物信息学研究的一个热点课题。识别选择性剪接事件对研究基因的功能、蛋白质结构的多样性、细胞的分化、物种的进化、以及疾病的产生机制具有重要的意义。在人类基因组中最主要的选择性剪接事件是外显子跳跃事件(>40%)。本文综述了基于RNA-Seq数据识别外显子跳跃事件的识别方法,并对常用的识别方法进行了总结分析。 展开更多
关键词 选择性剪接 RNA-SEQ 外显子跳跃事件
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基于可变剪切事件甲状腺癌预后模型的建立及调控网络研究
5
作者 刘英杰 张守彩 +2 位作者 岳聪博 季健 郑桂喜 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1163-1169,共7页
目的分析甲状腺癌的可变剪切(AS)事件,探讨AS事件与甲状腺癌预后的相关性,并建立AS事件与剪接因子(SF)的调控网络。方法分别从癌症基因图谱(TCGA)和TCGA SpliceSeq数据库下载507例甲状腺癌患者临床资料和AS事件数据,合并得到AS事件生存... 目的分析甲状腺癌的可变剪切(AS)事件,探讨AS事件与甲状腺癌预后的相关性,并建立AS事件与剪接因子(SF)的调控网络。方法分别从癌症基因图谱(TCGA)和TCGA SpliceSeq数据库下载507例甲状腺癌患者临床资料和AS事件数据,合并得到AS事件生存数据的矩阵,评估7种AS事件的发生情况。采用单因素Cox回归分析筛选与预后相关的AS事件,最小绝对值收敛和选择算子(LASSO)回归分析筛选变量避免模型过度拟合,多因素Cox回归分析构建预后模型。Kaplan-Meier曲线和受试者工作特征(ROC)曲线对预后模型的价值和效能进行评价。利用Pearson试验分析AS事件与SF的相关性,并对SF基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果本研究共纳入507例甲状腺癌患者,研究发现10447个基因发生了45150次可变剪切事件。其中ES为主要类型(38.84%),ME发生次数最少(0.51%)。单因素Cox回归筛选出1842个与预后相关的AS事件,多因素Cox分析建立了基于USHBP1-48249-AA、CACNB1-40626-AT和BEX5-89679-AP的预后风险模型。以风险分数0.807为最佳临界值,能够很好地区分高风险和低风险组(P<0.001,AUC=0.929)。构建的SF-AS调控网络中发现多个关键SF基因能够调控AS事件的表达,包括CDK12、RBM25、DDX39B、SRRM2和DDX46等。结论基于3-AS事件的模型对于评估患者预后具有较高的价值,构建的SF-AS调控网络为探讨甲状腺癌发生发展机制提供了新的思路。 展开更多
关键词 甲状腺肿瘤 可变剪切事件 剪接因子 预后
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