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锌指蛋白作为关键蛋白在白血病患者的间充质干细胞中的表达改变
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作者 李浩江 赵小飞 王桂琴 《药物生物技术》 CAS 2023年第5期470-477,共8页
探究白血病患者中间充质干细胞(MSC)关键基因并分析其与白血病之间的关联,在数据库(GEO)搜索关键词“间充质干细胞、白血病”得到数据,R语言软件对GSE101425阵列数据处理得到MSC的基因表达情况。通过limma包筛选出组间差异基因(包括对... 探究白血病患者中间充质干细胞(MSC)关键基因并分析其与白血病之间的关联,在数据库(GEO)搜索关键词“间充质干细胞、白血病”得到数据,R语言软件对GSE101425阵列数据处理得到MSC的基因表达情况。通过limma包筛选出组间差异基因(包括对照组和诊断组之间差异基因、诊断组和复发组之间的差异基因),随后两组间差异基因通过String在线数据库分析得到蛋白质互作网络(PPI)。在此基础上通过PPI对已有的差异基因进行扩充,将扩充后的差异基因上传至DAVID在线数据库进行在线生物学分析(包括生物学过程、细胞成分、分子功能、KEGG)。在随后的分析中,取两组之间的差异基因的集合,并定义其为关键差异基因,利用UniGene搜索库对锌指蛋白进行细胞亚结构的定位。在最后的动物实验中,通过细胞学染色和蛋白质印迹技术(WB)对关键差异基因进行验证。最后将锌指蛋白上传至String数据库并分析相关蛋白在白血病发生过程中的改变。GSE101425数据集包括4组,对照组比较诊断组间共有差异基因35个,其中表达升高17个,表达降低18个;诊断组比较复发组共有差异基因15个,其中表达升高有9个,表达降低有6个。String数据库对差异基因进行扩充后,对照组比较诊断组共有差异基因60个,诊断组比较复发组共有差异基因35个。DAVID对前者差异基因分析后其集中于免疫应答(生物功能)、细胞质膜(细胞成分)、蛋白结合(分子功能)、细胞粘附(KEGG)。DAVID对后者差异基因分析后其集中于mRNA剪切(生物功能)、核质(细胞成分)、蛋白结合(分子功能)、剪切(KEGG)。两组差异基因取交集得到4个关键差异基因,并对差异基因中关键基因锌指蛋白(ZFPM2)进行体外细胞学实验验证,发现白血病患者中间充质干细胞的改变和白血病的发生呈负相关,ZFPM2主要存在于细胞核中。并同时String数据库搜索ZFPM2相关蛋白,验� 展开更多
关键词 白血病 R语言 生物信息学分析 间充质干细胞 差异基因 关键差异基因 锌指蛋白
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