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酿酒酵母液泡电导1的抗原表位预测及抗原编码基因的克隆
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作者 董晓宇 邱宇 曹钧雄 《生物加工过程》 CAS 2024年第3期278-288,共11页
为了制备酵母菌液泡电导1(Yvc1)的抗原蛋白,本文首先通过生物信息学方法预测Yvc1抗原表位,并克隆其抗原编码基因。利用NCBI GenBank数据库、ORP Finder、EXPASY ProtScale、SOPMA、IEDB和NetMHCⅡpan等生物信息学工具对酿酒酵母S288c的Y... 为了制备酵母菌液泡电导1(Yvc1)的抗原蛋白,本文首先通过生物信息学方法预测Yvc1抗原表位,并克隆其抗原编码基因。利用NCBI GenBank数据库、ORP Finder、EXPASY ProtScale、SOPMA、IEDB和NetMHCⅡpan等生物信息学工具对酿酒酵母S288c的Yvc1抗原表位进行预测,并根据预测的结果设计引物并克隆其抗原编码基因。结果显示,YVC1基因全长2028 bp,有33个开放阅读框,最长一个被通读的序列,编码675个氨基酸。Yvc1分子量7.7937×10^(4),属于稳定、亲水性蛋白质;该蛋白含有4个膜外区域,亚细胞定位于液泡膜;二级结构中的无规则卷曲和β转角分别占29.48%和3.11%;分别含有5个B细胞优势抗原表位和2个Th优势表位区域;最终预测,优势抗原表位在1~236位氨基酸区域。扩增的酿酒酵母DL5168抗原编码基因序列与预测抗原的基因序列487707~489734 bp位点的相似性达到99%。本研究表明,生物信息学方法成功预测并克隆到Yvc1抗原编码基因,这为其抗原蛋白制备奠定基础。 展开更多
关键词 酿酒酵母 yvc1 生物信息学 抗原表位 基因克隆
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