目的基于肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和人类蛋白质图谱(human protein atlas,HPA)数据库生物学信息,分析肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中YEATS2表达水平与临床预后及治疗价值。方法从TCGA数据库下载HCC的mRN...目的基于肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和人类蛋白质图谱(human protein atlas,HPA)数据库生物学信息,分析肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中YEATS2表达水平与临床预后及治疗价值。方法从TCGA数据库下载HCC的mRNA表达数据和临床资料,运用R软件分析YEATS2在HCC组织与正常组织间的表达情况,并通过HPA数据库对其蛋白表达差异进行初步验证。比较YEATS2在HCC各临床特征之间的表达差异,然后通过Kaplan-Meier法和COX回归分析评估其对HCC患者生存期的影响,并绘制受试者工作特征(receiveroperating characteristic,ROC)曲线,评价其诊断价值。利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,探讨YEATS2在HCC中的生物学功能。通过“ESTIMATE”算法分析YEATS2表达与肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)的关系,并利用CIBERSORT评估其与肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。利用R包分析YEATS2表达水平与免疫检查点及药物敏感度的关系。结果在HCC组织中YEATS2的表达增加(P=4.96e-21),且表达水平与年龄、临床分期、病理分级和T分期相关(均P<0.05)。YEATS2高表达使HCC患者的总生存率(overall survival,OS)(P<0.001)和无进展生存期(progression free survival,FPS)(P=0.016)下降,COX回归结果显示,YEATS2表达水平与HCC患者的不良预后相关(OS:HR=2.167,95%CI:1.441~3.261,P=2.06e-04),其是HCC患者预测不良预后的独立危险因素(OS:HR=1.891,95%CI:1.243~2.877,P=0.003)。ROC曲线提示:1,3,5年AUC分别为0.677,0.622和0.612,具有良好预测能力。TCGA数据库共筛选出YEATS2高、低表达组的差异基因6764个,其中4094个基因在YEATS2高表达组中表达上调,2670个基因表达下调。GO和KEGG富集分析结果显示,YEATS2高表达组差异基因主要富集在免疫调节、细胞周期调控和药物耐药等通路。TME评分结果显示,YEATS2高�展开更多
文摘目的基于肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)和人类蛋白质图谱(human protein atlas,HPA)数据库生物学信息,分析肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中YEATS2表达水平与临床预后及治疗价值。方法从TCGA数据库下载HCC的mRNA表达数据和临床资料,运用R软件分析YEATS2在HCC组织与正常组织间的表达情况,并通过HPA数据库对其蛋白表达差异进行初步验证。比较YEATS2在HCC各临床特征之间的表达差异,然后通过Kaplan-Meier法和COX回归分析评估其对HCC患者生存期的影响,并绘制受试者工作特征(receiveroperating characteristic,ROC)曲线,评价其诊断价值。利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,探讨YEATS2在HCC中的生物学功能。通过“ESTIMATE”算法分析YEATS2表达与肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)的关系,并利用CIBERSORT评估其与肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的相关性。利用R包分析YEATS2表达水平与免疫检查点及药物敏感度的关系。结果在HCC组织中YEATS2的表达增加(P=4.96e-21),且表达水平与年龄、临床分期、病理分级和T分期相关(均P<0.05)。YEATS2高表达使HCC患者的总生存率(overall survival,OS)(P<0.001)和无进展生存期(progression free survival,FPS)(P=0.016)下降,COX回归结果显示,YEATS2表达水平与HCC患者的不良预后相关(OS:HR=2.167,95%CI:1.441~3.261,P=2.06e-04),其是HCC患者预测不良预后的独立危险因素(OS:HR=1.891,95%CI:1.243~2.877,P=0.003)。ROC曲线提示:1,3,5年AUC分别为0.677,0.622和0.612,具有良好预测能力。TCGA数据库共筛选出YEATS2高、低表达组的差异基因6764个,其中4094个基因在YEATS2高表达组中表达上调,2670个基因表达下调。GO和KEGG富集分析结果显示,YEATS2高表达组差异基因主要富集在免疫调节、细胞周期调控和药物耐药等通路。TME评分结果显示,YEATS2高�
