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基于Illumina MiSeq和IonS5 XL测序对原料乳中微生物多样性的比较分析 被引量：1
1
作者 苟萌 胡婕 +1 位作者 张彤彤 剧柠 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期67-75,共9页
不同的高通量测序平台各有优劣,针对研究对象选择合适的测序平台,对微生物多样性研究具有重要意义。以原料乳中的细菌为研究对象,采用Illumina MiSeq和IonS5 XL两种测序平台对细菌的V4—V5区进行扩增测序,探讨两种不同的测序平台在原料... 不同的高通量测序平台各有优劣,针对研究对象选择合适的测序平台,对微生物多样性研究具有重要意义。以原料乳中的细菌为研究对象,采用Illumina MiSeq和IonS5 XL两种测序平台对细菌的V4—V5区进行扩增测序,探讨两种不同的测序平台在原料乳微生物多样性应用中的适用性。结果显示:两个测序平台的原始测序数据经质控后均可满足实验需求;IonS5 XL测序在不同分类水平上的注释物种数、alpha多样性、稀释曲线和物种丰度等级曲线方面的结果优于Illumina MiSeq测序,显示出原料乳中较高的群落丰富度;Illumina MiSeq测序和IonS5 XL测序均检出相同的优势菌门与优势菌属;Venn图和PCA分析显示,Illumina MiSeq测序相较于IonS5 XL测序具有更好的生物学重复性,在测序稳定性方面具有优势。后期如能加大平行样本的统计,针对重复性进行改进,IonS5 XL测序也将在乳品微生物多样性研究中具有很大的应用空间。 展开更多
关键词 16S rRNA 原料乳 Illumina MiSeq测序 IonS5 xl测序
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感赤星病烟叶的真菌群落结构分析 被引量：14
2
作者 刘畅 汪汉成 +3 位作者 谢红炼 陈乾丽 余知和 孙光军 《贵州农业科学》 CAS 2019年第7期54-59,共6页
为了解田间感赤星病烟叶的叶际真菌群落结构,提取感病烟叶样品DNA,扩增子测序法扩增样品的ITS区,采用IonS5XL高通量测序技术对扩增片段进行高通量测序,并对其真菌群落结构进行分析。结果表明:田间感赤星病烟叶叶际真菌群落结构较为典型... 为了解田间感赤星病烟叶的叶际真菌群落结构,提取感病烟叶样品DNA,扩增子测序法扩增样品的ITS区,采用IonS5XL高通量测序技术对扩增片段进行高通量测序,并对其真菌群落结构进行分析。结果表明:田间感赤星病烟叶叶际真菌群落结构较为典型;门水平包括子囊菌门(Ascomycota 86.49%)、担子菌门(Basidiomycota 0.61%)及壶菌门(Chytridiomycota 0.01%);属水平包括链格孢属(Alternaria 83%)、茎点霉属(Phoma 1.43%)、镰刀霉属(Fusarium 0.79%、Symmetrospora 0.45%)、赤霉菌属(Gibberella 0.33%)、Hannaell 0.11%)、粉红螺旋聚孢霉(Clonostachys 0.09%)、枝孢霉属(Cladosporium 0.15%、Stagonosporopsis 0.07%、Plectosphaerella 0.07%)。 展开更多
关键词 烟草赤星病 叶际真菌 群落结构 IonS5xl高通量测序
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ABI3130xl全自动测序仪规模化测序的影响因素研究 被引量：2
3
作者 屈志鹏 王晓杰 +2 位作者 徐亮胜 贾涛 康振生 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2008年第1期183-188,共6页
【目的】提高利用ABI3130xl全自动测序仪对小麦与条锈菌互作的cDNA文库进行大规模测序的成功率,降低成本。【方法】将BigDye(BigDye(Teminator V3.1 Cycle Sequencing RR-100)分别稀释16,24和32倍设计测序的PCR反应体系,分析了EDTA溶液(... 【目的】提高利用ABI3130xl全自动测序仪对小麦与条锈菌互作的cDNA文库进行大规模测序的成功率,降低成本。【方法】将BigDye(BigDye(Teminator V3.1 Cycle Sequencing RR-100)分别稀释16,24和32倍设计测序的PCR反应体系,分析了EDTA溶液(125 mmol/L,pH 7.0)和醋酸钠溶液(3 mol/L,pH 5.2)以及不同模板类型等相关因素对测序结果的影响。【结果】BigDye稀释16倍的PCR反应体系的测序结果易出现染料峰,影响碱基正确读值;稀释32倍体系的测序结果中可用序列短,成功率低;稀释24倍体系测序结果的可用序列长且准确率高,为最佳反应体系。EDTA溶液和醋酸钠溶液可提高DNA纯化的质量,改善测序效果。以质粒DNA为模板测序较PCR产物直接测序效果好,通过控制模板质量可以提高测序成功率。【结论】利用优化体系共测得15 000条ESTs序列,其中有高读长序列13 080条,占87.2%,表明该优化体系简单有效,且可有效节约成本。 展开更多
关键词 ABI3130xl全自动测序仪 DNA测序 BigDye DNA模板
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