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松材线虫USP基因家族鉴定及生物信息学分析
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作者 谭瑞娜 郝昕 +1 位作者 理永霞 马玲 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期120-126,131,共8页
泛素特异性蛋白酶(USP)作为去泛素化酶的一种,在生物体内细胞发育、信号传递、肿瘤发生和转移及免疫反应等诸多方面发挥着重要功能。通过生物信息学的方法从松材线虫基因组中筛选并鉴定松材线虫USP家族基因19个,通过分析其理化特性、进... 泛素特异性蛋白酶(USP)作为去泛素化酶的一种,在生物体内细胞发育、信号传递、肿瘤发生和转移及免疫反应等诸多方面发挥着重要功能。通过生物信息学的方法从松材线虫基因组中筛选并鉴定松材线虫USP家族基因19个,通过分析其理化特性、进化发育、蛋白及基因结构及表达模式,为研究USP家族在松材线虫发育中的作用奠定基础。结果表明,松材线虫USP不均匀的分布于6条染色体上;理化性质分析发现松材线虫USP基因家族编码的氨基酸为280~1384个,分子质量介于31.53~158.94 ku,等电点介于4.77~9.43;基因和蛋白结构分析表明松材线虫USP家族是一个活跃的去泛素化酶家族。根据在不同发育阶段的松材线虫中USP家族表达模式分析发现,松材线虫USP家族对松材线虫胚胎发育和生长过程中具有一定的促进能力。因此,研究松材线虫USP家族的结构和表达模式对解析松材线虫发育趋势具有一定的指导意义,对探索松材线虫防治方法具有参考价值。 展开更多
关键词 松材线虫 usp家族 基因鉴定 基因表达分析
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马铃薯通用应激蛋白StUSP基因家族的鉴定及逆境表达模式分析
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作者 王泽民 田渺 +5 位作者 侯乐乐 晋昕 张国栋 杨江伟 张宁 司怀军 《干旱地区农业研究》 CSCD 北大核心 2024年第1期32-42,共11页
在全基因组和转录组水平系统鉴定马铃薯USP通用应激蛋白基因家族,并对该家族成员的基本特征及其在不同逆境胁迫下的表达模式进行分析。同时以马铃薯干旱耐受型品种‘陇薯10号’(L)和干旱敏感型品种‘大西洋’(D)为试验材料,利用高通量... 在全基因组和转录组水平系统鉴定马铃薯USP通用应激蛋白基因家族,并对该家族成员的基本特征及其在不同逆境胁迫下的表达模式进行分析。同时以马铃薯干旱耐受型品种‘陇薯10号’(L)和干旱敏感型品种‘大西洋’(D)为试验材料,利用高通量测序全面分析StUSP家族成员在干旱胁迫下的表达特性,筛选干旱胁迫关键差异表达基因。结果表明:马铃薯基因组中共有42个基因编码含有USP结构域的蛋白质,在11条染色体上不对称分布,且主要分布在1~6号染色体上。绝大多数StUSPs含有多个内含子。胁迫表达分析显示StUSPs能够响应多种非生物胁迫,且在干旱耐受性不同的马铃薯品种中差异表达。同时,利用qRT-PCR分析了12个成员干旱胁迫下表达模式,除StUSP12、StUSP22下调表达外,其余10个基因均正响应干旱胁迫。 展开更多
关键词 马铃薯 usp基因家族 鉴定 逆境 干旱胁迫 表达模式
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