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苎麻UDPGDH基因的cDNA克隆及表达分析 被引量:7
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作者 刘峰 黄妤 +4 位作者 郭清泉 张学文 李良勇 邓晶 谢玲玲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期3542-3548,共7页
【目的】分离苎麻尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因。【方法】通过简并引物RT-PCR结合RACE技术和半定量RT-PCR。【结果】成功克隆苎麻Boehmeria nivea(Linn.)Gaud.尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因cDNA序列,序列长1837bp,编码一48... 【目的】分离苎麻尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因。【方法】通过简并引物RT-PCR结合RACE技术和半定量RT-PCR。【结果】成功克隆苎麻Boehmeria nivea(Linn.)Gaud.尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因cDNA序列,序列长1837bp,编码一480个氨基酸的蛋白质(GenBank No.EF178294)。半定量RT-PCR分析显示,UDPGDH在苎麻根、皮、茎和叶组织中均有表达,其表达量为茎>皮>叶>根,相对表达量依次为0.7075,0.3051,0.2651,0.1490。【结论】苎麻UDPGDH与其它植物相应序列具有较高同源性,在苎麻茎中有较高的表达。 展开更多
关键词 苎麻 尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH)基因 CDNA克隆 表达分析
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Targeting UDP-α-D-glucose 6-dehydrogenase alters the CNS tumor immune microenvironment and inhibits glioblastoma growth 被引量:1
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作者 Daqian Zhan Fatih Yalcin +9 位作者 Ding Ma Yi Fu Shuang Wei Bachchu Lal Yunqing Li Omar Dzaye John Laterra Mingyao Ying Hernando Lopez-Bertoni Shuli Xia 《Genes & Diseases》 SCIE 2022年第3期717-730,共14页
Glioblastoma(GBM,WHO grade IV glioma)is the most common and lethal malignant brain tumor in aduts with a dismal prognosis.The extracellular matrix(ECM)supports GBM progression by promoting tumor cell proliferation,mig... Glioblastoma(GBM,WHO grade IV glioma)is the most common and lethal malignant brain tumor in aduts with a dismal prognosis.The extracellular matrix(ECM)supports GBM progression by promoting tumor cell proliferation,migration,and immune escape.Uridine diphosphate(UDP)-glucose 6-dehydrogenase(UGDH)is the rate-limiting enzyme that catalyzes the biosynthesis of glycosaminoglycans that are the principal component of the CNS ECM.We investigated how targeting UGDH in GBM infuence$the GBM immune microenvironment,including tumor-associated microglia/macrophages(TAMs)and T cells.TAMs are the main im-mune effector cells in GBM and can directly target tumor cells if properly activated.In co-cultures of GBM cells and human primary macrophages,UGDH knockdown in GBM cells pro-moted macrophage phagocytosis and M-like polarization.In orthotropic human GBM xeno-grafts and syngeneic mouse glioma models,targeting UGDH decreased ECM deposition,increased TAM phagocytosis marker expression,reduced M2-like TAMS and inhibited tumor growth.UGDH knockdown in GBM cells also promoted cytotoxic T cell ifltration and activa-tion in orthotopic syngeneic mouse glioma models.The potent and in-human-use small mole-cule GAG synthesis inhibitor 4-methylumbelliferone(4-MU)was found to inhibit GBM cell proliferation and migration in vitro,mimic the macrophage and T-cell responses to UGDH knockdown in vitro and in vivo and inhibit growth of orthotopic murine GBM.Our study shows that UGDH supports GBM growth through multiple mechanisms and supports the development of ECM-based therapeutic strategies to simultaneously target tumor cells and their microenvi-ronment. 展开更多
关键词 4-MU Extracellular matrix(ECM) Glioblastoma(GBM) Hyaluronic acid(HA) PHAGOCYTOSIS T cells Tumor-associated microglia/macrophages(TAMs) ugdh
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苎麻UDPGDH原核表达载体的构建与表达
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作者 刘峰 曹雅琴 +3 位作者 张学文 李良勇 邓晶 郭清泉 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期256-259,297,共5页
通过RT-PCR获得UDPGDH cDNA序列,经酶切、连接,以pET-32a为原核表达载体,构建成pET-32a-UDPGDH重组表达载体.经酶切、PCR及DNA测序鉴定后,将阳性质粒转化表达受体菌E.coli BL21(DE3),经IPTG诱导后表达出1个约53 000的蛋白,与推测的UDPGD... 通过RT-PCR获得UDPGDH cDNA序列,经酶切、连接,以pET-32a为原核表达载体,构建成pET-32a-UDPGDH重组表达载体.经酶切、PCR及DNA测序鉴定后,将阳性质粒转化表达受体菌E.coli BL21(DE3),经IPTG诱导后表达出1个约53 000的蛋白,与推测的UDPGDH编码产物的大小一致.凝胶成像分析表明,最高表达量可占菌体总蛋白的47.1%,表明UDPGDH重组载体在大肠杆菌中获得了稳定的表达. 展开更多
关键词 苎麻 尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UDPGDH) 表达分析
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杂交构树UGDH基因家族生物信息学分析及表达特性分析
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作者 高娜 吕昕霏 +2 位作者 刘佳欣 白玉娥 吉仁花 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期120-132,共13页
【目的】对杂交构树UGDH基因家族成员进行克隆、生物信息学及表达特性分析。【方法】利用杂交构树(Broussonetia kazinoki×Broussonetia papyifera)的转录组数据获取UGDH基因序列,分别命名为BpUGDH1、BpUGDH2和BpUGDH4,设计引物克... 【目的】对杂交构树UGDH基因家族成员进行克隆、生物信息学及表达特性分析。【方法】利用杂交构树(Broussonetia kazinoki×Broussonetia papyifera)的转录组数据获取UGDH基因序列,分别命名为BpUGDH1、BpUGDH2和BpUGDH4,设计引物克隆杂交构树的UGDH基因家族成员(其中BpUGDH3在前期研究中已克隆),采用ExPASy、TMHMMServerv2.0、Swiss-ModeL、SOPMA、MEGA11.0等软件进行了生物信息学分析;采用qRT-PCR对不同器官组织进行基因表达差异分析。【结果】通过克隆获得了杂交构树UGDH1、UGDH2、UGDH3和UGDH4基因全长序列分别为1 895、927、1 658和481 bp,编码480、294、480和131个氨基酸;其中BpUGDH2为疏水性蛋白,其余为亲水性蛋白。BpUGDH基因均不含信号肽;均无跨膜结构域,蛋白均存在PLNO2353 superfamily一个超家族保守结构域。多序列比对得出BpUGDH1、BpUGDH2、BpUGDH3、BpUGDH4蛋白序列之间相似性为68.39%;系统进化树BpUGDH1同大豆UGDH2聚为一类;BpUGDH2和大豆UGDH4亲缘关系较近,同时BpUGDH2和BpUGDH4聚为一类,BpUGDH4和水稻UGDH1、水稻UGDH2以及玉米UGDH2亲缘关系近;BpUGDH3和拟南芥UGDH3有较近的亲缘关系。蛋白二级结构分析表明BpUGDH1、BpUGDH2、BpUGD4均以α螺旋和无规则卷曲为主,BpUGDH3则以无规则卷曲为主,占39.79%。qRT-PCR结果显示BpUGDH1在叶的表达量最高;BpUGDH2在根的表达量最高;BpUGDH3在茎中的表达量最高,BpUGDH4在茎的表达量最高,该基因家族均在茎中表达。【结论】本研究克隆得到了杂交构树UGDH1、UGDH2、UGDH4基因并与吉仁花克隆所得的杂交构树UGDH3基因共同进行生物信息学分析,为研究探讨各基因之间在调控半纤维素和果胶含量及二者相互作用奠定了一定理论基础。 展开更多
关键词 杂交构树 ugdh基因 生物信息学分析 表达分析
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甘草UGDH1基因的克隆、生物信息学及表达分析 被引量:2
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作者 孙一帆 任广喜 +2 位作者 李平 姜丹 刘春生 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期133-140,共8页
目的:对甘草尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UGDH)基因进行克隆、生物信息学及表达分析。方法:提取6周龄乌拉尔甘草幼苗根、茎、叶的总RNA,通过逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)克隆GuUGDH1基因(Gu表示甘草)互补脱氧核糖核酸(cDNA)序列,测序并进... 目的:对甘草尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UGDH)基因进行克隆、生物信息学及表达分析。方法:提取6周龄乌拉尔甘草幼苗根、茎、叶的总RNA,通过逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)克隆GuUGDH1基因(Gu表示甘草)互补脱氧核糖核酸(cDNA)序列,测序并进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术进行组织特异性分析。结果:克隆所得GuUGDH1基因的开放阅读框(ORF)全长1 443 bp,编码480个氨基酸残基(GenBank登录号MT968993);生物信息学分析显示,GuUGDH1属于稳定的酸性亲水蛋白,相对分子质量53.056 kDa,等电点5.89,不含信号肽,不含跨膜螺旋且都在膜外;含有3个典型的保守结构域,属于尿苷二磷酸(UDP)-葡萄糖/鸟苷二磷酸(GDP)-甘露糖脱氢酶家族;系统进化分析表明,GuUGDH1基因与豆科植物大豆Glycine max,密花豆Spatholobus suberectus的亲缘关系较近;Real-time PCR检测结果表明,在6周龄甘草幼苗的根、茎、叶中都能检测到GuUGDH1基因的表达,根的表达量显著高于茎和叶。结论:本研究克隆得到了甘草UGDH1基因并对其蛋白序列特征进行了系统分析,可为进一步研究UGDH1蛋白的催化功能提供理论依据。 展开更多
关键词 甘草 ugdh1基因 克隆 生物信息学 聚合酶链式反应(PCR)
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