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甘蔗属大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列克隆与特点分析 被引量：4
1
作者 吴子莺 杨善 +5 位作者 钱旺 吴嘉云 陈柯 张珂 李佩婷 邓祖湖 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期466-476,共11页
为深入研究大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列(RT,reverse transcriptase)的特点,本研究使用简并引物将Ty1-copia RT序列克隆、测序,成功分离了60条Ty1-copia类RT序列,AT比例为46.0%~62.0%,长度为257~266bp,通过构建系统进... 为深入研究大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列(RT,reverse transcriptase)的特点,本研究使用简并引物将Ty1-copia RT序列克隆、测序,成功分离了60条Ty1-copia类RT序列,AT比例为46.0%~62.0%,长度为257~266bp,通过构建系统进化树分析,可将其分成6大类。将这些碱基序列翻译成氨基酸序列,通过ClustalX软件分析,发现存在上游TAFLHG、下游YVDDM以及中心SLYGLKQ保守结构域,并出现编码阅读框移码突变、终止密码子突变的现象。与其他禾本科物种的Ty1-copia RT序列一起构建系统进化树,结果发现可分成10类不同的进化谱系,60条大茎野生种Ty1-copia RT氨基酸序列中有12条序列归为Ⅰ类(Sre/Maximus)、有10条序列归为Ⅱ类(Retrofit/Ale)、有18条序列归为Ⅲ类(Ale)、有17条序列归为X类(Tork/TAR),仅有3条序列归为Ⅵ类(Tork/Angela);然而Bianca和Oryco/Ivana谱系未发现大茎野生种Ty1-copia RT序列,表明其与甘蔗杂交种、高粱的亲缘关系近。通过斑点杂交结果,可计算得到Ty1-copia RT序列在其基因组中拷贝数为6.75×103。FISH结果显示,Ty1-copia RT序列是弥散分布在染色体上,其中部分染色体端粒上的信号比较强。这些结果将有助于今后大茎野生种生物多样性研究、基因组研究,提供一定的参考依据。 展开更多
关键词 大茎野生种 ty1-copia反转录转座子 荧光原位杂交 进化分析 甘蔗
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火龙果Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析 被引量：20
2
作者 范付华 乔光 +1 位作者 郑思成 文晓鹏 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期265-272,共8页
根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从火龙果基因组中扩增出260bp左右的目标条带,经回收、克隆、测序及序列分析,获得了23条来源于火龙果试管苗变异和非变异材料的反转录酶序列。通过系统演化分析,... 根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从火龙果基因组中扩增出260bp左右的目标条带,经回收、克隆、测序及序列分析,获得了23条来源于火龙果试管苗变异和非变异材料的反转录酶序列。通过系统演化分析,所得序列可分为5类,存在较高的异质性;与母株相比,变异植株的反转录酶序列存在缺失、移码和终止密码子突变。经反转录酶氨基酸序列对比,火龙果与其它物种间具有较高的同源性,表明在不同物种间可能存在反转录转座子的横向传递作用。 展开更多
关键词 火龙果 变异 ty1-copia类反转录转座子 反转录酶 异质性
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脱落酸对铁皮石斛Ty1-copia类反转录转座子转录活性的影响 被引量：6
3
作者 李聪 斯金平 +2 位作者 高燕会 朱玉球 蒋园 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1788-1794,共7页
研究以Ty1-copia类反转录转座子反转录酶区域的简并引物,对100μmol·L-1脱落酸（ABA）处理的铁皮石斛进行反转录PCR（RT-PCR）扩增,得到260 bp左右的目的条带,说明100μmol·L-1的ABA能诱导Ty1-copia类反转录转座子转录活性的... 研究以Ty1-copia类反转录转座子反转录酶区域的简并引物,对100μmol·L-1脱落酸（ABA）处理的铁皮石斛进行反转录PCR（RT-PCR）扩增,得到260 bp左右的目的条带,说明100μmol·L-1的ABA能诱导Ty1-copia类反转录转座子转录活性的表达。将目的条带回收、克隆和测序后分析得到42条Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守序列,该序列变异性较大,核苷酸序列长度247-266 bp,同源性为46.3%-98.9%。经plantCARE软件分析发现与铁皮石斛基因组所分离的Ty1-copia类反转录转座子一样,存在多个受胁迫条件作用的调控元件、多个启动子的特征结构TATA box和CAAT box的保守序列及其他一些调控元件;但有转录活性的铁皮石斛Tyl-copia RT序列中与胁迫条件作用相关的调控元件明显增加。翻译成氨基酸后,有15条序列出现不同程度的终止密码子突变,19条序列出现移码突变,保守序列＂SLYGKQ＂全部发生不同程度的突变。其氨基酸序列经过系统聚类后可分为5类;且与基因组Tyl-copia RT序列聚类后发现多数发生转录的Tyl组反转录转座子RT序列与基因组Tyl组反转录转座子RT序列亲缘关系较远,说明经ABA诱导后发生转录的Tyl组反转录转座子RT序列与基因组Tyl组反转录转座子RT序列有很大的差异。 展开更多
关键词 铁皮石斛 脱落酸(ABA) ty1-copia类反转录转座子 反转录酶(RT) 转录活性
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铁皮石斛Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT)序列的克隆与分析 被引量：4
4
作者 李聪 斯金平 +1 位作者 高燕会 朱玉球 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期209-215,共7页
该研究根据Tyl—copia类反转录转座子RT的通用引物，从铁皮石斛浙江临安（C15）和云南广南（A39）种质中扩增得到43条Tyl—copia类反转录转座子RT序列，这些核苷酸序列具有较高的异质性，主要表现为，序列长度变化范围260—266bp，终止... 该研究根据Tyl—copia类反转录转座子RT的通用引物，从铁皮石斛浙江临安（C15）和云南广南（A39）种质中扩增得到43条Tyl—copia类反转录转座子RT序列，这些核苷酸序列具有较高的异质性，主要表现为，序列长度变化范围260—266bp，终止密码子和移码突变，所有序列均富含碱基AT，一致性为47．1％～97．7％。经plantCARE软件分析发现受低温、热、光、各种植物生长调节物质等不同胁迫条件作用的调控元件、多个启动子的特征结构TATAbox和CAATbox的保守序列及其他一些调控元件。翻译成氨基酸后，有10条序列出现1～4个不同程度的终止密码子突变，5条序列出现移码突变，保守序列“SLYGKQ”发生变异的有39条序列。其氨基酸序列经过系统聚类后可分为6类；且与其他植物（尤其是单子叶植物的小麦、荸荠）具有较高的同源性，表明它们问可能存在着Tyl—copia反转录转座子的横向传递。 展开更多
关键词 铁皮石斛 ty1-copia类反转录转座子 反转录酶(RT) 异质性
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裸燕麦Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的分离、鉴定与分析 被引量：1
5
作者 郭晓芳 贾举庆 +4 位作者 张晓军 张春来 张美俊 冯美臣 杨武德 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期721-728,共8页
本研究根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从裸燕麦(Avena nuda L.)品种‘品燕1号’基因组中分离获得23条Ty1-copia类反转录转座子序列,并对序列特征、系统发育关系及其转录活性进行分析。结果显示... 本研究根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从裸燕麦(Avena nuda L.)品种‘品燕1号’基因组中分离获得23条Ty1-copia类反转录转座子序列,并对序列特征、系统发育关系及其转录活性进行分析。结果显示,23条Ty1-copia类反转录转座子存在较高的异质性,序列间的一致性为45%～98%,存在插入、移码和终止密码突变,但频率不高;系统发育分析结果表明,燕麦Ty1-copia类反转录转座子在进化过程中主要为垂直传递。本研究通过检索燕麦基因表达数据库,发现了5个有转录活性的Ty1-copia类反转录转座子。 展开更多
关键词 裸燕麦 ty1-copia类反转录转座子 进化 转录活性
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栽培种花生Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析
6
作者 熊发前 刘菁 +9 位作者 阳太亿 蒋菁 贺梁琼 唐秀梅 韩柱强 钟瑞春 吴海宁 黄志鹏 唐荣华 刘俊仙 《花生学报》 北大核心 2021年第3期1-10,共10页
克隆Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列并分析其特性,为开发栽培种花生基于LTR反转录转座子的分子标记奠定基础。根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物对,利用PCR技术对栽培种花生品种“桂花1026”的基因组DNA... 克隆Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列并分析其特性,为开发栽培种花生基于LTR反转录转座子的分子标记奠定基础。根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物对,利用PCR技术对栽培种花生品种“桂花1026”的基因组DNA进行扩增,目的条带经回收、克隆、测序,最后对序列进行生物信息学分析。目的条带大小约260 bp,克隆获得了34条反转录酶序列,序列长度变化范围为256~267 bp,AT所占比例范围为51.36%~67.79%,AT与GC比例范围为1.06~2.10,序列间相似性范围为44.9%~98.5%,序列存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;34条反转录酶序列系统聚类为3个家族,家族Ⅰ和家族Ⅱ分别占到了总序列数的55.88%和35.29%;翻译成氨基酸后,有14条序列发生了无义突变,序列间相似性范围为11.4%~98.9%,呈现高度异质性;序列间保守基序也存在较大差异,呈现较高异质性;对栽培种花生与其他物种植物该类型反转录酶的氨基酸序列构建系统进化树,结果显示所有序列被分为7类,其中Ⅰ类和Ⅱ类分别包含16条和11条栽培种花生反转录酶序列,表明栽培种花生反转录酶序列具有比较高的保守性,同时栽培种花生也与葡萄、马铃薯、辣椒、烟草、番茄、大豆、甜菜、草莓等物种植物的反转录酶序列之间具有较近的亲缘关系,表明不同物种植物的Ty1-copia类反转录转座子之间有可能存在着横向传递。本研究所获得的反转录酶序列为栽培种花生Ty1-copia反转录转座子的分子标记开发利用及花生分子育种奠定了一定基础。 展开更多
关键词 栽培种花生 ty1-copia类反转录转座子 反转录酶 异质性
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