目的分析不同来源栝楼Trichosanthes资源群体的遗传结构和自然亚群间基因漂移分析以及资源的遗传多样性,为栝楼育种奠定基础。方法从100对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)引物中筛选出扩增效果好、...目的分析不同来源栝楼Trichosanthes资源群体的遗传结构和自然亚群间基因漂移分析以及资源的遗传多样性,为栝楼育种奠定基础。方法从100对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)引物中筛选出扩增效果好、稳定性高的43对引物对13个来源于3个自然亚群的栝楼资源进行扩增,进行不同亚群间和品种之间的遗传结构和多样性分析。结果共扩增出691个位点,其中多态性位点百分率达到79.16%,整个群体的多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)、观察等位基因数(observing the number of alleles,Na)、有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、香农信息指数(Shannon information index,I)和遗传距离(genetic distance,H)依次为0.4955、1.7916、1.3746、0.3594和0.2316,3个自然亚群中其他野生类群的遗传丰富度最高,潜山和合肥自然亚群之间的遗传相似度高,达到0.9229。亲缘关系类群体间的群间分化系数(intergroup differentiation coefficient,Fst)平均为0.2656,类群间基因流(gene flow,Nm)平均为1.3826,遗传分化系数较大,不同自然亚群间具有一定的基因交流,但不同位点基因交换的差异很大。13个品种资源被分成2个亚群,2个长萼栝楼地方品种单独组成一个亚群,其他11个双边栝楼资源被聚为另一个亚类,2个亚群遗传相似性系数仅为60.94%,福建野生型与安徽育成品种相似性较低,四川野生型相似性较高,说明四川野生型已被大量应用于安徽栝楼育种。结论栝楼种质资源之间有较大的遗传相似性,不同自然亚群的栝楼种质资源之间有一定的基因交流。展开更多
目的开发SSR分子标记,分析不同产地瓜蒌Trichosanthis Fructus药材的遗传结构和进化及不同种质资源的遗传多样性。方法提取瓜蒌RNA,反转录获得cDNA,PCR富集得到cDNA文库,经高通量测序,组装后,获得高质量Unigene后,用MISA(MicroSatellite...目的开发SSR分子标记,分析不同产地瓜蒌Trichosanthis Fructus药材的遗传结构和进化及不同种质资源的遗传多样性。方法提取瓜蒌RNA,反转录获得cDNA,PCR富集得到cDNA文库,经高通量测序,组装后,获得高质量Unigene后,用MISA(MicroSatellite identification tool)鉴定简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),设计两端引物,从中选取64对引物对13个来源于3个地理居群的瓜蒌资源进行群体结构和遗传多样性分析。结果所开发的SSR标记具有良好的功效,在选用的整个群体中,其多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)、观察等位基因数(number of observed alleles,Na)、有效等位基因数(number of effective alleles,Ne)、香农信息指数(Shannon information index,I)和Nei遗传距离(Nei genetic distance,GD)依次为0.7587、3.5312、2.5883、1.0006和0.5592,3个自然群体之间,合肥和潜山自然群体的遗传相似性高,达到0.9417,与其他野生资源之间存在较大的遗传差异。经聚类分析,将13个品种资源分成2个亚群,其中2个长萼瓜蒌资源单独组成1个亚群,其余11个双边瓜蒌Trichosanthes rosthornii资源被分为另外1个亚群,而双边瓜蒌又被分为2个亚群,并且4个合肥育成品种分别在不同的亚群中,表明合肥育成品种来源较丰富。其他地区瓜蒌种质资源与安徽原产地瓜蒌遗传差异较大,能够为安徽瓜蒌育种拓宽种质资源基础。展开更多
文摘目的分析不同来源栝楼Trichosanthes资源群体的遗传结构和自然亚群间基因漂移分析以及资源的遗传多样性,为栝楼育种奠定基础。方法从100对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)引物中筛选出扩增效果好、稳定性高的43对引物对13个来源于3个自然亚群的栝楼资源进行扩增,进行不同亚群间和品种之间的遗传结构和多样性分析。结果共扩增出691个位点,其中多态性位点百分率达到79.16%,整个群体的多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)、观察等位基因数(observing the number of alleles,Na)、有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、香农信息指数(Shannon information index,I)和遗传距离(genetic distance,H)依次为0.4955、1.7916、1.3746、0.3594和0.2316,3个自然亚群中其他野生类群的遗传丰富度最高,潜山和合肥自然亚群之间的遗传相似度高,达到0.9229。亲缘关系类群体间的群间分化系数(intergroup differentiation coefficient,Fst)平均为0.2656,类群间基因流(gene flow,Nm)平均为1.3826,遗传分化系数较大,不同自然亚群间具有一定的基因交流,但不同位点基因交换的差异很大。13个品种资源被分成2个亚群,2个长萼栝楼地方品种单独组成一个亚群,其他11个双边栝楼资源被聚为另一个亚类,2个亚群遗传相似性系数仅为60.94%,福建野生型与安徽育成品种相似性较低,四川野生型相似性较高,说明四川野生型已被大量应用于安徽栝楼育种。结论栝楼种质资源之间有较大的遗传相似性,不同自然亚群的栝楼种质资源之间有一定的基因交流。
文摘目的开发SSR分子标记,分析不同产地瓜蒌Trichosanthis Fructus药材的遗传结构和进化及不同种质资源的遗传多样性。方法提取瓜蒌RNA,反转录获得cDNA,PCR富集得到cDNA文库,经高通量测序,组装后,获得高质量Unigene后,用MISA(MicroSatellite identification tool)鉴定简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),设计两端引物,从中选取64对引物对13个来源于3个地理居群的瓜蒌资源进行群体结构和遗传多样性分析。结果所开发的SSR标记具有良好的功效,在选用的整个群体中,其多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)、观察等位基因数(number of observed alleles,Na)、有效等位基因数(number of effective alleles,Ne)、香农信息指数(Shannon information index,I)和Nei遗传距离(Nei genetic distance,GD)依次为0.7587、3.5312、2.5883、1.0006和0.5592,3个自然群体之间,合肥和潜山自然群体的遗传相似性高,达到0.9417,与其他野生资源之间存在较大的遗传差异。经聚类分析,将13个品种资源分成2个亚群,其中2个长萼瓜蒌资源单独组成1个亚群,其余11个双边瓜蒌Trichosanthes rosthornii资源被分为另外1个亚群,而双边瓜蒌又被分为2个亚群,并且4个合肥育成品种分别在不同的亚群中,表明合肥育成品种来源较丰富。其他地区瓜蒌种质资源与安徽原产地瓜蒌遗传差异较大,能够为安徽瓜蒌育种拓宽种质资源基础。
