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不同种类RNA作为TSD推断内参基因的研究筛选和评估
1
作者
郭顺天
郑刘霞
+5 位作者
孙启凡
赵一霞
季安全
叶健
陈雯莉
胡胜
《中国法医学杂志》
CSCD
2023年第4期413-419,424,共8页
目的准确估算血迹离体时间能为刑事案件调查提供信息或线索。本文利用qPCR技术检测血迹中RNA的降解情况,进而筛选并评估适用于血迹离体时间推断的内参基因(reference genes)。方法本研究制备10名志愿者0~90 d区间范围内7个时间节点共70...
目的准确估算血迹离体时间能为刑事案件调查提供信息或线索。本文利用qPCR技术检测血迹中RNA的降解情况,进而筛选并评估适用于血迹离体时间推断的内参基因(reference genes)。方法本研究制备10名志愿者0~90 d区间范围内7个时间节点共70份样本的总RNA为实验材料,基于其中6名志愿者的样本的qPCR数据,使用geNorm和NormFinder算法对14个候选内参基因(let-7g-5p,let-7i-5p,miR-191-5p,miR-484,miR-103a-5p,miR-423-5p,PPIA,ACTB,5SrRNA,18SrRNA,miR-93-5p,U6b,SNORD24,SNORD38B)进行稳定性评估,筛选内参基因及其使用方案。选取全部10名志愿者70份样本,验证内参基因及其使用方案的校正效果。结果qPCR检测显示miRNA在血迹离体后90 d范围内表现出的稳定性较强。综合使用geNorm和NormFinder两种算法获得的内参基因使用方案为:以let-7g-5p为单基因内参,或以let-7g-5p、U6b和miR-191-5p组合为三内参基因。70个样本对两个内参基因使用方案的校正能力验证显示,多基因组合内参方案的三次方程模型能更准确推断血液斑迹的离体时间。结论本研究首先推荐以ACTB为标记,以let-7g-5p、U6b、miR-191-5p组合的三内参基因三次方程校正模型用于血迹离体时间推断检验鉴定技术研发;在考虑提高检验效率、简化实验流程等需求而需要选择单基因作为内参基因时,可以选择ACTB为标记,使用let-7g-5p为内参基因的三次方校正模型。
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关键词
法庭科学
内参基因
qPCR
核糖核酸(RNA)
离体时间(
tsd
)
原文传递
基于RNA生物标志物的血痕形成时间推断模型构建与验证
2
作者
郭顺天
郑刘霞
+5 位作者
孙启凡
赵一霞
季安全
叶健
陈雯莉
胡胜
《中国法医学杂志》
CSCD
2023年第5期530-536,共7页
目的 筛选血痕中与其形成时间(time since deposition,TSD)具有相关性的RNA生物标志物并构建血痕形成时间推断模型。方法 从文献筛选12个候选RNA生物标志物(ALAS2、B2M、HBA、HBB、PPIA、ACTB、GAPDH、SPTB、SNORD24、SNORD38B、5S rRNA...
目的 筛选血痕中与其形成时间(time since deposition,TSD)具有相关性的RNA生物标志物并构建血痕形成时间推断模型。方法 从文献筛选12个候选RNA生物标志物(ALAS2、B2M、HBA、HBB、PPIA、ACTB、GAPDH、SPTB、SNORD24、SNORD38B、5S rRNA、18S rRNA),以let-7g-5p为内参基因,利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,RT-qRCR)技术检测10名健康无关个体在7个时间节点的70份血痕样本,候选RNA生物标志物在0~180 d范围内的相对表达丰度,筛选与形成时间相关性高的RNA生物标志物,以此构建用于血痕形成时间推断的多元线性回归模型并验证。结果 通过GraphPad Prism和SPSS Statistic 22软件对候选RNA生物标志物的?Cq值(?Cq=Cq_(生物标志物)–Cq_(let-7g-5p))进行正态分布分析和相关性分析,确认PPIA、ACTB、GAPDH、ALAS2、B2M、HBA、18S rRNA和HBB这8个RNA生物标志物与血痕形成时间具有相关性。根据模型构建需要,选择向后回归法分别基于8个、4个、2个RNA生物标志物构建血痕形成时间推断多元线性回归模型,通过留一法对模型进行验证,选取实验样本和案件样本对模型推断效果进行测试,确定模型平均绝对偏差(Mean absolute deviation,MAD)。结论 本研究构建和验证了用于血痕形成时间推断的基于多个RNA生物标志物的多元线性回归模型,并使用案件样本进行了测试,评估了模型的实战应用潜力。
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关键词
法庭科学
血痕
核糖核酸
形成时间
原文传递
体液斑迹遗留时间推断研究现状与展望
被引量:
1
3
作者
赵彦豪
李淑瑾
《中国法医学杂志》
CSCD
2022年第6期594-598,共5页
现场体液斑迹的遗留时间是案件侦破的重要线索,对其进行准确的推断,可以确定案发时间,有效缩小警方的侦查范围。近年来,随着仪器分析技术、高通量测序技术的不断进步,推断现场法医物证遗留时间的研究取得一定进展。本文聚焦现场最常见...
现场体液斑迹的遗留时间是案件侦破的重要线索,对其进行准确的推断,可以确定案发时间,有效缩小警方的侦查范围。近年来,随着仪器分析技术、高通量测序技术的不断进步,推断现场法医物证遗留时间的研究取得一定进展。本文聚焦现场最常见的物证类型之一体液斑迹,从血红蛋白及其衍生物、RNA、微生物、酶以及昼夜节律性标记物等方面梳理了体液斑迹遗留时间的研究成果,并从似然比的角度,就如何实现遗留时间的精准推断进行了展望。
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关键词
法医学
遗留时间
体液斑迹
原文传递
题名
不同种类RNA作为TSD推断内参基因的研究筛选和评估
1
作者
郭顺天
郑刘霞
孙启凡
赵一霞
季安全
叶健
陈雯莉
胡胜
机构
华中农业大学生命科学技术学院
公安部鉴定中心
出处
《中国法医学杂志》
CSCD
2023年第4期413-419,424,共8页
基金
国家重点研发计划项目(2022YFC3341002)
公安部鉴定中心基本科研业务费项目(2022JB021)。
文摘
目的准确估算血迹离体时间能为刑事案件调查提供信息或线索。本文利用qPCR技术检测血迹中RNA的降解情况,进而筛选并评估适用于血迹离体时间推断的内参基因(reference genes)。方法本研究制备10名志愿者0~90 d区间范围内7个时间节点共70份样本的总RNA为实验材料,基于其中6名志愿者的样本的qPCR数据,使用geNorm和NormFinder算法对14个候选内参基因(let-7g-5p,let-7i-5p,miR-191-5p,miR-484,miR-103a-5p,miR-423-5p,PPIA,ACTB,5SrRNA,18SrRNA,miR-93-5p,U6b,SNORD24,SNORD38B)进行稳定性评估,筛选内参基因及其使用方案。选取全部10名志愿者70份样本,验证内参基因及其使用方案的校正效果。结果qPCR检测显示miRNA在血迹离体后90 d范围内表现出的稳定性较强。综合使用geNorm和NormFinder两种算法获得的内参基因使用方案为:以let-7g-5p为单基因内参,或以let-7g-5p、U6b和miR-191-5p组合为三内参基因。70个样本对两个内参基因使用方案的校正能力验证显示,多基因组合内参方案的三次方程模型能更准确推断血液斑迹的离体时间。结论本研究首先推荐以ACTB为标记,以let-7g-5p、U6b、miR-191-5p组合的三内参基因三次方程校正模型用于血迹离体时间推断检验鉴定技术研发;在考虑提高检验效率、简化实验流程等需求而需要选择单基因作为内参基因时,可以选择ACTB为标记,使用let-7g-5p为内参基因的三次方校正模型。
关键词
法庭科学
内参基因
qPCR
核糖核酸(RNA)
离体时间(
tsd
)
Keywords
Forensic
science
Reference
genes
qPCR
Ribonucleic
acid(RNA)
time
since
deposition
(
tsd
)
分类号
D919.2 [医药卫生—法医学]
原文传递
题名
基于RNA生物标志物的血痕形成时间推断模型构建与验证
2
作者
郭顺天
郑刘霞
孙启凡
赵一霞
季安全
叶健
陈雯莉
胡胜
机构
华中农业大学生命科学技术学院
公安部鉴定中心
出处
《中国法医学杂志》
CSCD
2023年第5期530-536,共7页
基金
国家重点研发计划项目(2022YFC3341002)
公安部鉴定中心基本科研业务费项目(2022JB021)。
文摘
目的 筛选血痕中与其形成时间(time since deposition,TSD)具有相关性的RNA生物标志物并构建血痕形成时间推断模型。方法 从文献筛选12个候选RNA生物标志物(ALAS2、B2M、HBA、HBB、PPIA、ACTB、GAPDH、SPTB、SNORD24、SNORD38B、5S rRNA、18S rRNA),以let-7g-5p为内参基因,利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,RT-qRCR)技术检测10名健康无关个体在7个时间节点的70份血痕样本,候选RNA生物标志物在0~180 d范围内的相对表达丰度,筛选与形成时间相关性高的RNA生物标志物,以此构建用于血痕形成时间推断的多元线性回归模型并验证。结果 通过GraphPad Prism和SPSS Statistic 22软件对候选RNA生物标志物的?Cq值(?Cq=Cq_(生物标志物)–Cq_(let-7g-5p))进行正态分布分析和相关性分析,确认PPIA、ACTB、GAPDH、ALAS2、B2M、HBA、18S rRNA和HBB这8个RNA生物标志物与血痕形成时间具有相关性。根据模型构建需要,选择向后回归法分别基于8个、4个、2个RNA生物标志物构建血痕形成时间推断多元线性回归模型,通过留一法对模型进行验证,选取实验样本和案件样本对模型推断效果进行测试,确定模型平均绝对偏差(Mean absolute deviation,MAD)。结论 本研究构建和验证了用于血痕形成时间推断的基于多个RNA生物标志物的多元线性回归模型,并使用案件样本进行了测试,评估了模型的实战应用潜力。
关键词
法庭科学
血痕
核糖核酸
形成时间
Keywords
Forensic
science
Blood
stains
Ribonucleic
acid(RNA)
time
since
deposition
(
tsd
)
分类号
D919.2 [医药卫生—法医学]
原文传递
题名
体液斑迹遗留时间推断研究现状与展望
被引量:
1
3
作者
赵彦豪
李淑瑾
机构
河北医科大学法医学院
出处
《中国法医学杂志》
CSCD
2022年第6期594-598,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(82072118)
河北省自然科学基金资助项目(H2021206451)
河北省创新能力提升计划项目(225A5602D)。
文摘
现场体液斑迹的遗留时间是案件侦破的重要线索,对其进行准确的推断,可以确定案发时间,有效缩小警方的侦查范围。近年来,随着仪器分析技术、高通量测序技术的不断进步,推断现场法医物证遗留时间的研究取得一定进展。本文聚焦现场最常见的物证类型之一体液斑迹,从血红蛋白及其衍生物、RNA、微生物、酶以及昼夜节律性标记物等方面梳理了体液斑迹遗留时间的研究成果,并从似然比的角度,就如何实现遗留时间的精准推断进行了展望。
关键词
法医学
遗留时间
体液斑迹
Keywords
Forensic
time
since
deposition
(
tsd
)
Humoral
stains
分类号
D919.2 [医药卫生—法医学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
不同种类RNA作为TSD推断内参基因的研究筛选和评估
郭顺天
郑刘霞
孙启凡
赵一霞
季安全
叶健
陈雯莉
胡胜
《中国法医学杂志》
CSCD
2023
0
原文传递
2
基于RNA生物标志物的血痕形成时间推断模型构建与验证
郭顺天
郑刘霞
孙启凡
赵一霞
季安全
叶健
陈雯莉
胡胜
《中国法医学杂志》
CSCD
2023
0
原文传递
3
体液斑迹遗留时间推断研究现状与展望
赵彦豪
李淑瑾
《中国法医学杂志》
CSCD
2022
1
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