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GPU引发的计算化学革命 被引量：7
1
作者 鲍建樟 丰鑫田 于建国 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第9期2019-2026,共8页
综述了图形处理器(GPU)在计算化学中的应用和进展.首先简单介绍了GPU在科学计算中应用的发展,然后分别详细讲述了迄今几个使用GPU和CUDA(compute unified device architecture,显卡厂商Nvidia推出的计算平台)开发工具设计的量子化学计... 综述了图形处理器(GPU)在计算化学中的应用和进展.首先简单介绍了GPU在科学计算中应用的发展,然后分别详细讲述了迄今几个使用GPU和CUDA(compute unified device architecture,显卡厂商Nvidia推出的计算平台)开发工具设计的量子化学计算和分子动力学(MD)模拟的算法和程序,尤其对目前唯一完全使用GPU技术开发的量子化学计算软件TeraChem做了完备的介绍,包括算法、实现的细节和程序目前的功能.此外,本文还对GPU在计算化学上将会发挥的作用做出了极为乐观的展望. 展开更多
关键词 GPU CUDA 计算化学 分子动力学 terachem
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GPU计算:突破制约计算化学发展的瓶颈 被引量：3
2
作者 刘松 鲍建樟 +1 位作者 李长瑜 于建国 《科研信息化技术与应用》 2014年第2期73-81,共9页
在生物体系、材料科学和药物设计等领域,采用计算化学方法存在计算耗时长、计算精度难以提高、计算体系难以扩大等瓶颈问题。本文介绍了使用GPU加速的量子化学计算程序和分子动力学模拟程序的新进展,并着重对完全为GPU计算设计的量子化... 在生物体系、材料科学和药物设计等领域,采用计算化学方法存在计算耗时长、计算精度难以提高、计算体系难以扩大等瓶颈问题。本文介绍了使用GPU加速的量子化学计算程序和分子动力学模拟程序的新进展,并着重对完全为GPU计算设计的量子化学计算程序TeraChem和分子动力学模拟程序ACEMD在算法、功能、性能和应用等方面做了详细的介绍,展望了GPU技术在计算化学领域中新的机遇和挑战。 展开更多
关键词 GPU 量子化学 分子动力学 terachem ACEMD
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NVIDIA GPU量子化学ab initio计算性能与并行效率研究
3
作者 何禹 王一波 《计算机与应用化学》 CAS 2016年第5期575-581,共7页
选择Valinomycin,Barnase等8个化学、生命科学领域的典型大分子体系,基函数数目从1160至12716范围,用NVIDIA K80 GPU高性能工作站,测试和分析了基于GPU特性设计的TeraChem量子化学程序的Hartree-Fock ab initio计算性能、并行效率,并与G... 选择Valinomycin,Barnase等8个化学、生命科学领域的典型大分子体系,基函数数目从1160至12716范围,用NVIDIA K80 GPU高性能工作站,测试和分析了基于GPU特性设计的TeraChem量子化学程序的Hartree-Fock ab initio计算性能、并行效率,并与GAMESS程序在CPU典型集群上的计算精度和效率进行对比。结果表明,TeraChem在单一K80 GPU工作站的计算速度是16节点四核CPU集群的2至17倍;当GPU计算核心数增加4倍,GPU平台计算性能还能有2.5倍增长;若正确控制计算过程参数,GPU与CPU平台计算结果的计算精度完全一致。TeraChem在K80 GPU上的卓越计算性能和表现,可让化学家在普通化学实验室而不是超级计算中心,完成大规模的非经验量子化学计算,挑战计算化学极限。 展开更多
关键词 GPU Hartree-Fock从头计算 terachem
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