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题名锈毛钝果寄生叶绿体基因组的序列特征和系统发育分析
被引量：2
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作者
蒋明
王军峰
吴丹
朱晏
汤紫依
何海叶
张慧娟
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机构
台州学院生命科学学院
华东药用植物园科研管理中心
台州恩泽医疗中心(集团)路桥医院
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出处
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期3273-3280,共8页
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基金
台州市211人才工程经费资助(2012年度)。
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文摘
目的 以药用植物锈毛钝果寄生Taxilluslevinei为材料,在高通量测序、组装的基础上,明确叶绿体因组的结构、序列特征和系统发育关系。方法 利用SDS法提取基因组DNA,采用Illumina HiSeq X Ten进行高通量测序,用Novo Plasty组装叶绿体基因组,借助PhyML生成系统发育树。结果 锈毛钝果寄生的叶绿体基因组全长为122 208 bp,GC值为37.3%,大单拷贝区(large single copy region,LSC)、小单拷贝区(small single copy region,SSC)和反向重复区(inverted repeat region,IR)的长度分别为70 522、6084和22 801 bp;锈毛钝果寄生的叶绿体基因组共有基因108个,其中的编码蛋白基因、t RNA与r RNA分别为66、29和8个,另有5个假基因;inf A基因、所有的ndh基因及6个t RNA发生丢失。序列比对结果表明,锈毛钝果寄生与桑寄生T. sutchuenensis (Lecomte) Danser叶绿体基因组之间的相似性最高,达96.7%。系统发育分析结果表明,7种植物在发育树上分成5组,其中,锈毛钝果寄生与桑寄生和广寄生聚于一组。结论 锈毛钝果寄生叶绿体基因组的组装、序列分析和系统发育分析,为后续开展遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础,并为桑寄生科植物的进化和系统发育研究提供了依据。
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关键词
锈毛钝果寄生
桑寄生
广寄生
叶绿体基因组
序列特征
系统发育分析
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Keywords
taxillus levinei(Merr.)H.S.Kiu
taxillus sutchuenensis(lecomte)danser
T.chinensis(DC.)danser
chloroplast genome
sequence characterization
phylogenetic analysis
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分类号
R286.2
[医药卫生—中药学]
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