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题名苦荞叶绿体基因组密码子偏爱性分析
被引量：37
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作者
胡莎莎
罗洪
吴琦
姚慧鹏
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机构
四川农业大学生命科学学院
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出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第2期309-317,共9页
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基金
2013年四川省教育厅青年基金项目(13ZB0294)
2015年四川农业大学生命科学学院学科建设项目
四川农业大学双支计划共同资助
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文摘
本研究应用Codonw、CHIP、CUSP和SPSS软件对苦荞叶绿体基因组中38条蛋白质编码基因序列进行了偏爱性分析以及多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值,并与大肠杆菌、酵母、拟南芥以及水稻进行了对比分析。结果显示,苦荞叶绿体基因组基因密码子GC3含量明显低于GC2、GC1含量,表现出密码子对AT碱基结尾的偏爱性。中性绘图分析和ENC绘图分析表明苦荞叶绿体基因组的密码子偏爱性主要受选择的影响;通过和4种生物的密码子使用频率比较,发现其与大肠杆菌、水稻的密码子使用模式偏差较大,但与拟南芥、酵母的密码子使用模式相差较小,在此基础上确定了17种最优密码子。本研究分析结果对指导苦荞叶绿体基因进行分子改造,遗传转化,提高外源基因在苦荞的表达效率、新基因预测的准确性等基因工程问题具有一定的意义。
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关键词
苦荞叶绿体
密码子偏爱性
GC
ENC
RSCU
最优密码子
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Keywords
tartary buckwheat chloroplast
Codon bias
GC
ENC
RSCU
Optimal codons
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分类号
Q943.2
[生物学—植物学]
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