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基于生物信息学检测TRIM47基因在肝癌中的表达及意义 被引量：1
1
作者 伍隽华 顾娇娇 +3 位作者 陈云扬 余杰雄 邝乃乐 黄皓川 《中华肝脏外科手术学电子杂志》 CAS 2021年第1期98-103,共6页
目的探讨三结构域蛋白47(TRIM47)基因在肝癌中的表达及其临床意义。方法通过生物信息学方法,利用UALCAN、HPA数据库分析TRIM47在肝癌中的基因表达和蛋白表达。利用Kaplan-Meier生存数据库分析肝癌患者总生存率,评估TRIM47在肝癌患者预... 目的探讨三结构域蛋白47(TRIM47)基因在肝癌中的表达及其临床意义。方法通过生物信息学方法,利用UALCAN、HPA数据库分析TRIM47在肝癌中的基因表达和蛋白表达。利用Kaplan-Meier生存数据库分析肝癌患者总生存率,评估TRIM47在肝癌患者预后中的价值。利用cBioPortal数据库分析肝癌患者中TRIM47的基因突变频率,以及TRIM47基因突变对肝癌患者总生存率的影响。构建稳定表达TRIM47的肝癌细胞株Hep3B、Huh-7,采用qRT-PCR检测肝癌细胞TRIM47 mRNA,CCK-8法检测其细胞增殖能力。肝癌TRIM47 mRNA相对表达量和增殖能力比较采用秩和检验或t检验。结果UALCAN数据库分析显示肝癌组织中TRIM47 mRNA相对表达量中位数为18.95(10.79,31.81),明显高于正常肝组织中的7.09(5.76,9.61)(P<0.05)。HPA数据库分析显示肝癌组织中TRIM47蛋白水平呈高表达,而在正常肝组织中呈低表达。UALCAN数据库分析显示随着肿瘤组织中TRIM47表达水平的升高,患者临床分期、肿瘤分级越差(P<0.05)。Kaplan-Meier生存数据库分析显示低表达TRIM47的肝癌患者总体生存期更长(HR=1.59,95%CI:1.12~2.26;P<0.05)。cBioPortal数据库分析显示TRIM47在肝癌患者中的基因突变率可达14%,且能明显影响患者总生存率(P=0.0136)。Hep3B-TRIM47和Huh-7-TRIM47肝癌细胞TRIM47 mRNA平均相对表达量分别为(4.87±0.14)×10^-3、(2.47±0.47)×10^-3,明显高于对照组的(0.60±0.08)×10^-3、(0.18±0.05)×10^-3(t=26.560,4.856;P<0.05)。Hep3B-TRIM47和Huh-7-TRIM47肝癌细胞株增殖能力显著增强。结论TRIM47基因可通过促进肝癌细胞增殖影响肝癌患者的预后,TRIM47可能成为预测肝癌患者预后的一种新型标记物。 展开更多
关键词 癌 肝细胞 细胞增殖 trim47基因 计算生物学
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